genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22675996--22676420	147	2.9	146	87	5	579	47	9	2	40	1.51
22676736--22676762	6	4.5	6	100	0	54	66	0	14	18	1.25
22677156--22677443	42	6.9	42	89	2	436	37	25	17	20	1.93
22677156--22677708	126	4.5	126	84	8	719	37	24	17	20	1.93
22677411--22677471	28	2.2	28	90	0	95	39	16	21	22	1.92
22677370--22677513	70	2.1	70	90	2	227	37	22	18	21	1.94
22677438--22677708	42	6.5	42	87	3	384	37	24	17	20	1.94
22677324--22677683	112	3.1	111	80	13	418	37	23	17	20	1.94
22677242--22677639	196	2.0	196	91	0	643	37	24	18	20	1.94
22677200--22677683	238	2.0	238	89	1	747	37	24	17	20	1.93
22678110--22678172	10	6.5	10	75	12	60	6	12	1	79	0.99
22678120--22678172	27	2.0	27	88	0	79	5	13	1	79	0.99
22685855--22685887	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
22690191--22690221	4	7.8	4	92	0	53	48	0	29	22	1.51
22703550--22704397	149	5.6	149	89	4	1215	45	9	3	41	1.53
22709797--22709840	18	2.5	17	82	13	54	36	9	0	54	1.32
22710489--22710528	19	2.0	20	86	13	57	27	10	10	52	1.66
22714965--22715033	34	2.0	34	100	0	138	39	20	14	26	1.91
22726118--22726160	21	2.0	21	90	0	68	46	25	4	23	1.71
22746090--22746119	15	2.0	15	93	0	51	30	23	20	26	1.98
22747719--22747759	21	2.0	21	100	0	82	26	14	19	39	1.90
22754100--22754160	10	6.2	10	74	16	56	3	22	0	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22754118--22754158	14	2.9	14	100	0	82	0	26	0	73	0.84
22754094--22754160	24	2.8	24	75	11	73	4	23	0	71	1.04
22754658--22754692	14	2.4	15	95	4	63	51	31	5	11	1.61
22754716--22754755	11	3.6	11	82	0	53	22	32	22	22	1.98
22754746--22754802	27	2.1	27	86	0	78	19	24	24	31	1.98
22754762--22754835	20	3.7	20	87	0	94	14	22	27	35	1.94
22754735--22754835	7	15.4	7	72	13	81	16	24	25	32	1.96
22754746--22754836	13	6.8	13	76	9	67	16	23	25	35	1.95
22760113--22760166	26	2.1	26	100	0	108	18	24	18	38	1.93
22761290--22761336	10	4.6	10	84	7	51	4	21	0	74	0.99
22761308--22761334	14	1.9	14	100	0	54	0	25	0	74	0.83
22761833--22761867	14	2.4	15	95	4	63	51	31	5	11	1.61
22761951--22762022	20	3.6	19	76	12	65	16	19	26	37	1.93
22761960--22762010	27	1.9	27	84	4	68	15	17	29	37	1.91
22777150--22777189	18	2.2	18	100	0	80	35	10	22	32	1.87
22777773--22778240	59	7.9	59	90	2	708	35	1	30	32	1.68
22780142--22780204	16	3.8	17	75	6	67	55	4	0	39	1.21
22780145--22780197	27	2.0	27	84	0	70	56	5	0	37	1.23
22780818--22780864	6	7.8	6	90	0	67	46	0	31	21	1.51
22786868--22786913	11	4.2	11	80	0	56	17	21	36	23	1.94
22786869--22786911	22	2.0	22	95	0	77	13	20	39	25	1.90
22787342--22787437	38	2.5	39	80	11	110	23	16	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22787447--22787951	77	6.5	77	86	4	624	25	18	23	33	1.97
22787447--22787950	78	6.5	78	84	5	587	25	17	23	33	1.96
22787447--22787950	155	3.2	154	86	5	662	25	17	23	33	1.96
22789643--22789717	37	2.0	37	100	0	150	34	20	13	32	1.91
22806297--22806372	26	2.9	25	80	3	80	28	19	25	26	1.99
22808182--22808229	20	2.3	21	82	13	55	54	0	12	33	1.38
22809099--22809278	51	3.5	51	89	2	254	30	15	25	29	1.95
22809813--22809912	50	2.0	50	100	0	200	30	8	34	28	1.86
22815370--22815417	20	2.3	21	82	13	55	54	0	12	33	1.38
22816280--22816519	51	4.6	51	83	3	266	31	15	24	28	1.95
22816280--22816519	103	2.3	103	84	5	288	31	15	24	28	1.95
22818369--22818407	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
22822988--22823113	60	2.1	59	82	4	146	44	12	3	38	1.61
22823615--22823655	22	1.9	22	85	5	57	21	2	7	68	1.26
22823610--22823665	22	2.5	22	72	16	53	23	1	7	67	1.24
22824495--22824529	16	2.2	16	89	0	52	31	34	5	28	1.81
22824170--22824711	266	2.0	268	96	3	989	33	21	8	37	1.84
22824883--22824941	17	3.5	17	81	4	66	33	30	20	15	1.93
22824876--22824941	34	2.0	33	88	8	98	34	28	21	15	1.93
22826225--22826270	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
22827244--22827284	20	2.1	20	86	4	57	12	14	0	73	1.11
22828219--22828246	10	2.8	10	100	0	56	64	0	17	17	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22828273--22828325	10	5.7	9	86	8	54	18	5	1	73	1.12
22828270--22828339	20	3.5	20	86	9	92	20	7	1	71	1.17
22828282--22828328	10	4.7	10	94	0	85	19	8	0	72	1.10
22831520--22831565	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
22833854--22833909	28	2.0	28	92	0	94	23	33	16	26	1.95
22836459--22836497	21	1.9	20	85	15	53	15	12	15	56	1.68
22838312--22838499	92	2.1	91	83	7	229	39	19	7	33	1.79
22838542--22838588	19	2.5	19	93	3	78	63	0	0	36	0.94
22838948--22839053	9	11.6	9	71	11	81	28	3	1	66	1.20
22838957--22839040	17	4.8	17	80	9	80	28	3	2	65	1.22
22838965--22839053	36	2.4	38	79	11	103	28	4	2	65	1.24
22839127--22839344	90	2.4	90	86	6	291	29	9	23	37	1.87
22842935--22843060	64	2.0	64	93	3	218	28	23	20	27	1.99
22844369--22844415	23	2.1	21	81	14	51	61	4	2	31	1.27
22851858--22851884	13	2.1	13	100	0	54	25	14	7	51	1.68
22854055--22854104	21	2.4	21	80	6	57	26	14	26	34	1.94
22854733--22854773	12	3.1	14	76	16	52	70	7	7	14	1.31
22854764--22854806	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
22854816--22854840	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22859477--22859566	4	23.8	4	82	15	120	76	0	23	0	0.78
22859925--22859964	21	2.0	20	90	5	62	25	2	15	57	1.50
22861830--22861913	43	2.0	43	80	4	98	30	13	10	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22862485--22862531	21	2.2	21	96	0	85	21	38	14	25	1.92
22865812--22865889	4	19.5	4	83	12	90	1	30	0	67	0.98
22867342--22867390	21	2.3	21	78	0	53	30	28	12	28	1.93
22868090--22868153	18	3.6	18	80	0	74	34	23	20	21	1.97
22869101--22869168	34	2.0	34	100	0	136	38	14	2	44	1.61
22869294--22869359	23	2.8	24	80	13	73	40	22	24	12	1.88
22869299--22869359	25	2.6	23	80	14	70	40	22	24	11	1.87
22871470--22871496	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22878810--22878856	21	2.3	20	85	3	67	46	0	4	48	1.21
22878844--22878892	23	2.3	22	80	13	57	40	2	2	55	1.23
22878768--22878993	113	2.0	113	84	3	294	46	1	7	44	1.43
22879730--22879755	7	3.7	7	100	0	52	30	15	0	53	1.42
22884538--22884726	52	3.6	51	88	3	261	32	25	16	24	1.96
22887012--22887060	21	2.3	21	82	0	53	28	12	26	32	1.92
22898199--22898233	15	2.3	15	85	0	52	45	2	22	28	1.67
22900682--22900769	46	1.9	46	85	0	122	57	13	4	23	1.54
22909182--22909223	9	4.7	9	85	11	50	26	2	0	71	0.98
22909186--22909262	30	2.5	31	80	6	93	25	3	3	66	1.26
22920705--22920741	20	1.9	19	89	10	58	32	21	8	37	1.83
22920972--22921189	49	4.4	49	77	5	174	42	16	20	20	1.89
22921056--22921336	98	2.9	98	77	5	255	43	16	20	19	1.88
22921056--22921313	49	5.3	48	77	5	196	43	17	19	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22923112--22923183	37	1.9	37	97	0	135	26	2	6	63	1.33
22926406--22926440	17	2.0	18	94	5	63	62	11	0	25	1.28
22935080--22935109	10	2.9	10	95	5	51	90	0	6	3	0.56
22937962--22938214	43	5.9	43	83	0	274	29	17	24	28	1.97
22937980--22938224	86	2.8	86	85	1	312	28	17	24	30	1.97
22938830--22938855	6	4.3	6	100	0	52	50	15	0	34	1.45
22950603--22950644	19	2.2	19	95	0	75	26	23	4	45	1.73
22951310--22951339	11	2.7	11	100	0	60	40	10	20	30	1.85
22953850--22953883	15	2.3	15	89	0	50	50	32	8	8	1.64
22955052--22955101	22	2.3	22	83	10	59	26	0	6	68	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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