genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  7  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108411--2108441	13	2.4	13	100	0	62	35	0	0	64	0.94
2113053--2113237	96	1.9	96	82	4	230	37	15	17	29	1.90
2113454--2113516	28	2.2	29	88	8	94	26	11	30	31	1.91
2113501--2113777	117	2.4	115	77	8	274	36	4	24	33	1.77
2113597--2113690	29	3.2	28	70	19	75	32	4	25	37	1.76
2113501--2113838	58	5.8	58	76	9	228	36	4	24	34	1.77
2113613--2113843	29	7.9	28	71	15	148	32	4	27	35	1.78
2113614--2113825	58	3.6	57	82	8	241	33	5	27	33	1.79
2114865--2114916	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
2115588--2115653	6	11.5	6	73	15	59	51	1	1	45	1.19
2115591--2115653	17	3.7	17	85	8	92	52	1	1	44	1.20
2115577--2115620	23	2.0	22	90	4	70	50	0	2	47	1.13
2118665--2118709	13	3.5	13	80	19	58	31	15	4	48	1.65
2118667--2118720	13	4.1	13	81	9	56	33	14	5	46	1.68
2118667--2118720	26	2.0	27	85	3	74	33	14	5	46	1.68
2124651--2124697	24	2.0	24	87	8	69	21	14	17	46	1.83
2124803--2124859	23	2.5	23	82	5	71	33	10	15	40	1.82
2124824--2124869	23	2.0	23	83	8	58	43	8	13	34	1.74
2160127--2160185	18	3.0	20	73	14	61	37	1	0	61	1.07
2162640--2162672	15	2.2	15	94	0	57	66	3	0	30	1.06
2163994--2164038	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2166216--2166250	5	7.0	5	93	0	61	77	20	0	2	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167214--2167260	22	2.1	23	88	11	71	23	0	6	70	1.10
2168498--2168528	16	1.9	16	93	0	53	51	16	0	32	1.44
2182640--2182690	22	2.3	23	79	3	59	45	3	1	49	1.32
2196526--2196567	21	2.0	21	95	4	77	42	4	14	38	1.66
2204846--2204893	19	2.6	18	83	6	60	35	0	0	64	0.94
2222223--2223238	520	2.0	511	87	3	1457	39	13	13	33	1.84
2225984--2226347	41	8.9	41	85	0	469	30	20	31	17	1.95
2228030--2228056	10	2.7	10	100	0	54	48	11	0	40	1.39
2228120--2228155	9	4.1	9	92	7	65	55	0	0	44	0.99
2228119--2228155	17	2.2	17	100	0	74	56	0	0	43	0.99
2229514--2229685	18	9.3	18	67	15	93	43	1	5	50	1.35
2229455--2229827	112	3.3	112	93	1	642	43	3	5	47	1.42
2229739--2229798	18	3.3	18	76	0	66	45	1	3	50	1.28
2229820--2229856	12	3.2	12	85	14	51	40	2	0	56	1.13
2229764--2229845	18	4.3	18	69	24	53	41	1	3	53	1.26
2229775--2229856	22	3.5	22	72	18	76	40	2	3	53	1.32
2229790--2229866	26	3.1	26	67	19	65	41	2	2	53	1.28
2229874--2229937	18	3.3	18	78	16	74	42	0	1	56	1.09
2229874--2229937	8	7.8	8	74	22	53	42	0	1	56	1.09
2235454--2235610	66	2.4	66	87	0	233	43	16	24	14	1.86
2236400--2236552	34	4.5	34	80	5	166	22	4	16	55	1.60
2236913--2236959	22	2.2	22	84	3	60	59	6	8	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238708--2238755	22	2.2	22	85	3	62	8	6	27	58	1.51
2239160--2239211	25	2.2	23	86	6	68	57	0	1	40	1.10
2239567--2239606	17	2.2	19	86	8	57	32	2	0	65	1.06
2241550--2241580	5	6.2	5	96	0	53	35	0	0	64	0.94
2241979--2242018	9	4.4	9	84	12	55	87	0	12	0	0.54
2241976--2242011	8	4.5	8	90	10	56	88	0	11	0	0.50
2243183--2243317	50	2.7	50	82	3	146	44	21	22	11	1.84
2243511--2244462	92	10.5	92	93	2	1654	33	15	19	31	1.93
2243511--2244460	270	3.5	271	93	2	1568	32	15	19	31	1.94
2245162--2245197	17	2.1	18	94	5	65	38	0	2	58	1.13
2245165--2245206	17	2.4	17	88	4	57	45	0	4	50	1.23
2246521--2246919	30	13.6	30	79	9	331	37	25	3	34	1.71
2246521--2246919	59	6.8	56	76	11	315	37	25	3	34	1.71
2246901--2246992	29	3.2	28	71	11	78	31	26	4	38	1.76
2247167--2247238	28	2.6	29	77	6	85	31	25	8	34	1.85
2251716--2251763	24	2.0	24	87	4	69	64	8	4	22	1.38
2252048--2252097	18	2.7	18	80	19	66	28	2	2	68	1.12
2255583--2255679	35	2.8	34	78	4	122	26	9	13	50	1.71
2258712--2258832	57	2.1	57	78	4	129	20	9	14	56	1.65
2274494--2274552	31	1.9	31	89	0	91	35	11	8	44	1.72
2276126--2276158	17	1.9	17	93	0	57	24	21	27	27	1.99
2278073--2278138	29	2.2	29	86	7	89	42	3	4	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286996--2287034	18	2.1	18	85	9	51	51	2	2	43	1.29
2288914--2289189	117	2.4	117	93	1	473	32	3	30	33	1.74
2288914--2289189	59	4.7	59	94	1	468	32	3	30	33	1.74
2288914--2289222	117	2.6	115	87	6	433	32	4	30	33	1.77
2288874--2289222	59	6.0	57	86	6	384	31	5	30	32	1.80
2290962--2291039	17	4.8	16	80	7	79	52	1	1	44	1.17
2295952--2296205	58	4.4	58	90	2	384	35	4	28	31	1.78
2295952--2296205	117	2.2	117	89	2	386	35	4	28	31	1.78
2295953--2296204	29	8.7	27	66	24	106	35	4	28	31	1.78
2297221--2297255	15	2.3	15	90	0	52	40	25	34	0	1.56
2298206--2298280	17	4.4	16	80	13	80	52	2	2	42	1.29
2298562--2299079	76	6.8	76	94	1	885	32	17	15	35	1.91
2298798--2299347	267	2.1	267	96	0	1012	32	17	14	35	1.90
2299065--2299447	76	5.0	76	94	1	626	33	16	14	34	1.90
2298722--2299423	343	2.0	343	96	0	1298	32	17	14	35	1.90
2298646--2299447	419	1.9	419	95	0	1435	32	17	15	34	1.91
2299369--2299536	91	1.9	90	89	3	266	29	18	16	35	1.93
2311381--2311635	59	4.4	58	82	5	298	34	3	27	33	1.75
2311381--2311634	29	8.7	29	69	16	141	35	3	27	33	1.75
2311412--2311643	117	2.0	117	89	4	360	35	4	25	34	1.77
2312652--2312686	15	2.3	15	90	0	52	40	25	34	0	1.56
2313654--2313739	6	14.7	6	73	9	79	54	0	3	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313654--2313739	41	2.1	41	91	0	136	54	0	3	41	1.17
2313619--2313739	18	6.6	18	77	12	102	51	1	2	44	1.24
2313619--2313704	17	4.9	17	81	9	93	51	2	1	45	1.21
2313619--2313738	17	6.5	17	71	17	89	50	1	2	45	1.25
2313619--2313739	35	3.3	36	76	15	104	51	1	2	44	1.24
2313660--2313765	41	2.6	41	81	1	113	53	1	2	41	1.26
2313671--2313763	24	3.7	24	74	21	75	53	2	3	40	1.29
2322661--2322873	104	2.0	104	97	0	399	20	12	11	55	1.67
2327324--2327393	35	2.0	35	100	0	140	28	17	25	28	1.97
2340870--2340935	29	2.3	29	86	5	89	48	3	3	45	1.33
2346758--2346796	16	2.4	17	86	4	53	48	0	0	51	1.00
2347943--2348118	59	3.0	59	85	3	221	33	5	30	30	1.79
2347983--2348146	30	5.6	29	72	11	102	33	2	29	34	1.71
2348084--2348177	29	3.2	28	77	12	84	31	5	23	39	1.77
2348249--2348591	163	2.1	163	89	1	519	42	12	18	27	1.86
2350199--2350305	6	18.2	6	71	18	82	47	0	3	47	1.26
2350199--2350315	11	10.0	11	71	14	65	47	1	3	47	1.29
2350226--2350305	31	2.5	32	87	8	117	52	0	3	43	1.19
2350232--2350305	17	4.6	17	85	11	102	54	0	4	41	1.19
2352372--2352408	9	4.1	9	89	0	56	27	10	13	48	1.75
2352372--2352408	18	2.1	18	94	0	65	27	10	13	48	1.75
2358250--2358288	11	3.2	12	82	17	53	58	0	7	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365976--2366005	15	2.0	15	93	0	51	63	0	13	23	1.29
2367927--2367960	16	2.1	17	88	5	52	26	11	5	55	1.58
2371903--2371928	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
2372302--2372441	24	6.1	24	68	22	79	57	1	1	39	1.16
2372337--2372386	23	2.2	22	80	13	57	58	0	2	40	1.10
2372374--2372406	16	2.1	16	88	5	50	66	0	3	30	1.06
2372933--2373013	30	2.7	29	76	17	76	45	3	0	50	1.19
2377398--2377653	58	4.4	58	79	7	252	30	20	14	34	1.92
2377418--2377626	116	1.8	113	84	7	287	27	23	16	33	1.96
2377672--2378028	61	6.0	59	78	7	310	36	16	17	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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