genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  10  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747623--2747692	27	2.6	27	93	0	113	41	24	15	18	1.89
2747623--2747690	14	5.0	14	74	18	63	41	25	16	17	1.89
2748937--2748976	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2749481--2749662	30	6.1	29	71	14	129	32	26	2	37	1.69
2749474--2749656	59	3.1	57	74	10	170	33	24	2	39	1.68
2752456--2752486	16	1.9	16	93	0	53	64	12	6	16	1.47
2752634--2752675	21	2.1	21	86	8	61	52	0	14	33	1.42
2757459--2757507	2	24.0	2	95	4	89	48	2	0	48	1.12
2758088--2758112	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
2759316--2759383	31	2.2	30	82	7	75	36	4	10	48	1.57
2762816--2762864	20	2.5	19	77	9	53	10	10	0	79	0.93
2767527--2767565	15	2.6	14	84	11	51	23	2	0	74	0.94
2767753--2767793	19	2.1	20	86	4	57	36	26	9	26	1.88
2767780--2767809	15	2.0	15	93	0	51	26	16	13	43	1.85
2771600--2771671	31	2.3	31	85	4	92	48	11	11	29	1.73
2775552--2775577	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
2775755--2775824	6	12.0	6	75	6	63	54	4	0	41	1.20
2776347--2776462	48	2.4	49	82	1	144	17	30	15	37	1.91
2776413--2776956	100	5.4	100	92	0	847	15	26	20	37	1.92
2776601--2777010	50	8.2	52	71	13	168	15	25	19	40	1.90
2779058--2779094	15	2.4	15	90	4	56	5	13	5	75	1.15
2789357--2789433	39	2.0	40	89	2	120	32	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790827--2790896	6	12.0	6	78	6	72	52	4	0	42	1.20
2790822--2790902	18	4.3	18	75	15	67	54	3	0	41	1.18
2794028--2794080	21	2.5	20	82	14	63	33	5	1	58	1.32
2796534--2796722	95	2.0	95	100	0	378	24	17	16	40	1.90
2805583--2805607	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2805813--2805846	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
2806541--2806696	31	5.3	31	63	27	79	24	14	10	50	1.74
2806611--2806704	31	3.2	31	71	17	99	26	13	8	51	1.70
2806541--2806728	58	3.2	58	86	3	261	25	13	10	50	1.74
2807958--2808018	30	2.0	30	84	6	79	16	6	52	24	1.67
2807990--2808085	42	2.3	42	88	0	138	14	9	53	22	1.70
2808055--2808118	33	1.9	33	93	0	110	15	12	51	20	1.75
2808100--2808237	57	2.5	56	87	6	192	13	10	50	25	1.73
2815689--2815728	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2816349--2816392	16	2.4	18	82	17	56	43	0	0	56	0.99
2816335--2816400	29	2.2	30	79	15	82	42	3	0	54	1.15
2816462--2816500	17	2.2	19	86	9	55	43	0	0	56	0.99
2816462--2816494	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
2816599--2816660	29	2.1	30	84	3	81	40	4	4	50	1.45
2818227--2818277	23	2.3	23	79	3	59	29	3	19	47	1.68
2819203--2819227	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
2823278--2823381	23	4.4	23	77	7	84	12	22	21	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2826137--2826190	19	2.8	19	81	10	58	46	0	1	51	1.11
2826177--2826250	30	2.5	30	86	8	98	31	4	5	59	1.38
2827954--2828014	23	2.7	23	81	0	68	8	18	21	52	1.71
2828337--2828380	19	2.4	19	81	14	56	9	6	6	77	1.13
2829277--2829425	76	2.0	76	89	1	228	27	16	4	51	1.65
2838052--2838094	20	2.1	21	86	4	61	55	0	0	44	0.99
2838641--2838670	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2840015--2840049	17	2.0	18	88	5	54	0	40	0	60	0.97
2840145--2840178	14	2.4	14	85	0	50	64	2	0	32	1.08
2840158--2840213	13	4.5	12	76	14	51	51	1	1	44	1.22
2840630--2840752	21	5.6	21	66	18	63	36	4	0	57	1.26
2840730--2840763	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
2841042--2841084	20	2.1	21	86	4	61	53	0	0	46	1.00
2840735--2841149	211	1.9	215	88	4	633	40	5	2	51	1.40
2848322--2848358	12	3.1	12	92	0	56	0	27	0	72	0.84
2848457--2848490	14	2.4	14	85	0	50	64	2	0	32	1.08
2848470--2848525	13	4.5	12	76	14	51	51	1	1	44	1.22
2848943--2849065	21	5.6	21	66	18	63	36	4	0	57	1.26
2849043--2849076	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
2849353--2849395	20	2.1	21	86	4	61	53	0	0	46	1.00
2858201--2858285	38	2.2	38	97	0	161	40	7	10	42	1.67
2862830--2862864	18	1.9	18	94	0	61	25	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862834--2862866	15	2.2	15	94	0	57	24	15	27	33	1.95
2874676--2874720	21	2.3	19	84	7	54	24	4	0	71	1.05
2874827--2874869	3	14.7	3	95	4	79	30	0	0	69	0.88
2877120--2877162	11	4.0	11	81	3	52	41	0	4	53	1.21
2877120--2877162	22	2.0	22	86	4	61	41	0	4	53	1.21
2879216--2879357	29	4.9	29	74	21	111	36	28	2	33	1.69
2879254--2879598	59	5.9	59	84	2	426	33	29	2	33	1.72
2879254--2879598	119	2.9	118	85	5	448	33	29	2	33	1.72
2884363--2884421	28	2.1	28	84	6	75	32	1	15	50	1.54
2887368--2887420	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2887747--2887780	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
2895700--2896260	285	2.0	284	92	1	937	25	16	18	39	1.91
2899277--2899374	30	3.2	30	70	18	76	42	7	4	45	1.50
2921450--2921500	11	4.7	11	78	2	50	74	13	7	3	1.18
2927355--2927387	16	2.0	17	94	5	59	78	0	3	18	0.87
2927750--2927798	5	9.8	5	100	0	98	0	61	0	38	0.96
2928598--2928975	202	1.9	201	86	2	544	42	17	9	30	1.80
2930486--2930518	14	2.3	15	94	5	59	0	15	0	84	0.61
2931761--2931802	15	2.7	16	85	3	50	16	14	19	50	1.79
2934027--2934153	63	2.0	63	96	0	236	28	18	7	44	1.78
2934499--2934524	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
2941796--2941858	31	2.0	31	100	0	126	15	25	31	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2943769--2943804	16	2.3	15	86	9	54	33	13	8	44	1.74
2944787--2944857	32	2.3	29	77	15	72	29	2	5	61	1.33
2946042--2946082	21	1.9	22	90	5	66	58	0	0	41	0.98
2946849--2947047	99	2.0	102	87	4	289	42	17	6	34	1.73
2954072--2954134	21	3.2	20	82	10	67	69	3	0	26	1.03
2954072--2954134	10	6.3	10	76	12	58	69	3	0	26	1.03
2954090--2954139	19	2.5	19	83	6	55	72	4	0	24	1.02
2954087--2954167	17	4.6	17	69	15	58	69	3	1	25	1.13
2961580--2961613	14	2.4	14	95	0	59	23	0	5	70	1.09
2968170--2968196	11	2.5	11	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2968772--2968797	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
2974711--2974768	18	3.2	17	76	18	55	34	34	6	24	1.82
2974708--2974754	17	2.7	17	81	12	60	34	31	8	25	1.86
2974779--2974804	9	2.9	9	100	0	52	34	42	0	23	1.54
2977687--2977744	28	2.0	28	93	3	98	46	13	15	24	1.82
2982225--2982298	22	3.8	19	66	18	53	48	0	4	47	1.20
3003603--3003639	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
3005195--3005330	67	2.0	67	88	5	204	26	13	14	45	1.82
3005595--3005688	45	2.1	46	95	2	172	53	6	13	26	1.64
3012100--3012206	54	2.0	52	94	3	187	16	13	20	49	1.79
3016374--3016463	31	3.1	29	75	12	87	44	1	10	44	1.44
3016544--3016609	22	2.9	22	78	15	62	28	9	6	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3020029--3020071	22	2.0	22	81	9	52	27	11	4	55	1.55
3023392--3023456	24	2.7	24	76	23	82	40	1	1	56	1.18
3024868--3024914	21	2.2	21	85	14	62	34	4	14	46	1.64
3028722--3028750	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
3029815--3029870	17	3.6	16	81	15	64	39	1	0	58	1.08
3034702--3034755	28	2.0	27	85	3	72	53	7	3	35	1.47
3038673--3038731	24	2.5	24	88	5	84	20	15	28	35	1.93
3042459--3042520	6	10.5	6	79	10	56	27	22	0	50	1.50
3059080--3059124	20	2.2	20	85	14	58	26	6	28	37	1.82
3059489--3059576	42	2.1	42	87	8	126	40	6	15	36	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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