genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21377982--21378114	50	2.6	51	77	9	146	36	15	12	35	1.86
21379937--21379990	28	1.9	28	85	14	76	31	9	3	55	1.49
21380369--21380421	20	2.9	18	76	13	54	52	0	11	35	1.37
21381423--21381470	22	2.1	24	88	7	73	66	0	2	31	1.03
21381808--21381870	32	1.9	33	87	9	94	47	4	3	44	1.40
21382413--21382464	25	2.1	25	100	0	104	30	7	11	50	1.67
21383730--21384106	141	2.8	136	82	5	427	27	11	20	40	1.87
21393302--21393338	17	2.2	17	90	4	58	45	2	8	43	1.47
21395485--21395557	24	3.0	24	91	0	119	26	13	4	56	1.55
21399476--21399532	21	2.7	22	78	8	64	26	8	33	31	1.87
21400854--21400924	25	2.8	25	86	2	88	36	26	18	18	1.94
21403257--21403345	20	4.5	20	82	2	108	38	19	34	7	1.81
21405593--21405638	24	2.0	23	95	4	83	26	13	6	54	1.62
21408886--21409223	41	8.2	41	79	8	294	26	24	25	23	2.00
21408904--21409286	41	9.3	41	76	11	250	26	23	25	25	2.00
21408845--21409286	82	5.4	83	76	10	279	26	23	24	25	2.00
21411513--21411537	13	1.9	13	100	0	50	56	36	0	8	1.29
21411753--21411909	66	2.4	66	86	2	226	44	15	24	15	1.85
21412198--21412441	43	5.7	43	94	0	398	26	25	30	18	1.98
21416556--21416601	22	2.0	22	87	4	65	28	2	2	67	1.14
21416553--21416616	28	2.3	29	83	8	87	29	1	3	65	1.17
21416567--21416620	28	1.9	28	96	0	99	27	1	1	68	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21418005--21418157	42	3.6	42	90	1	236	37	9	24	28	1.87
21424915--21425229	42	7.5	42	87	3	384	37	10	25	27	1.88
21431346--21432405	532	2.0	534	88	1	1590	28	19	17	34	1.95
21433540--21433611	3	24.0	3	94	5	128	66	0	33	0	0.92
21433796--21433827	15	2.0	17	88	11	50	43	9	34	12	1.75
21434202--21434279	21	3.9	20	69	17	54	66	1	23	8	1.27
21434235--21434279	18	2.5	18	85	0	63	68	2	20	8	1.27
21434200--21434382	99	1.9	98	82	5	235	61	1	25	11	1.39
21434331--21434379	16	2.8	18	78	9	57	63	2	24	10	1.37
21434493--21434522	15	1.9	16	93	6	53	46	0	36	16	1.47
21436708--21436768	30	2.0	30	90	0	95	27	22	21	27	1.99
21436708--21436778	15	4.7	15	80	0	79	30	25	18	25	1.98
21436923--21436966	18	2.4	18	76	0	52	25	29	11	34	1.91
21436923--21436974	18	2.9	17	77	5	50	26	30	11	30	1.92
21439726--21440309	217	2.7	216	85	2	794	28	18	14	38	1.90
21440509--21440541	17	1.9	17	88	11	50	27	3	3	66	1.21
21440759--21440891	50	2.6	51	77	9	146	36	15	12	35	1.85
21442024--21442851	215	3.8	215	84	4	1031	27	18	13	40	1.88
21442026--21442844	431	1.9	432	85	3	1121	27	18	13	40	1.88
21444195--21444303	49	2.2	52	85	5	143	36	11	16	35	1.84
21444772--21444834	32	2.0	32	90	0	99	33	11	17	38	1.85
21448062--21448154	33	3.1	28	77	18	89	69	1	25	3	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21448066--21448121	29	2.0	28	82	10	69	67	1	26	3	1.16
21451365--21451427	32	2.0	32	87	0	90	33	11	19	36	1.87
21452431--21452467	13	2.7	14	91	8	67	64	5	10	18	1.43
21452494--21452536	23	1.9	22	86	13	61	58	2	13	25	1.48
21454277--21454339	32	2.0	32	93	0	108	38	44	6	11	1.66
21454675--21454760	33	2.6	32	78	12	95	67	1	27	3	1.14
21454648--21454727	20	4.0	19	72	20	56	68	1	23	6	1.19
21457973--21458099	32	4.0	32	95	0	218	29	12	19	37	1.89
21460719--21460763	18	2.4	18	85	10	56	11	22	4	62	1.46
21461766--21461811	25	1.9	23	86	8	65	10	13	4	71	1.27
21461823--21461867	18	2.5	18	79	13	65	24	4	2	68	1.19
21463217--21463249	10	3.3	10	95	0	57	33	9	39	18	1.82
21463542--21463604	32	2.0	32	90	0	99	39	19	9	31	1.83
21463650--21463748	39	2.5	39	91	0	162	54	15	5	25	1.61
21464639--21464762	50	2.4	50	84	5	151	36	12	15	36	1.84
21464969--21465001	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
21466370--21466460	45	2.0	45	100	0	182	21	13	13	51	1.74
21470454--21470490	18	2.1	18	89	0	56	37	10	24	27	1.88
21473627--21473665	15	2.6	15	83	0	51	33	20	28	17	1.96
21475693--21475830	74	1.9	75	96	1	260	34	13	15	36	1.87
21476388--21476988	216	2.8	216	86	1	787	28	19	13	38	1.90
21477025--21478043	215	4.7	214	83	3	1122	28	18	13	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21477006--21478043	432	2.4	431	81	2	1158	28	18	13	39	1.89
21477866--21478194	180	1.8	180	84	3	448	31	19	12	37	1.88
21478046--21481057	216	13.9	216	82	2	3307	27	19	13	39	1.88
21482846--21482888	8	5.1	8	78	10	50	81	0	6	11	0.87
21485704--21485755	25	2.1	25	82	7	61	53	13	11	21	1.70
21487193--21487694	215	2.3	214	83	5	645	30	17	13	38	1.88
21488542--21488691	80	1.9	80	92	0	255	35	22	14	28	1.93
21488837--21493346	217	20.8	215	80	4	4668	27	18	14	39	1.89
21488837--21493334	433	10.4	433	86	3	5455	27	18	14	39	1.89
21493774--21493868	32	3.0	32	88	0	145	30	11	18	38	1.87
21494837--21497921	216	14.2	216	80	5	3161	27	18	14	39	1.89
21497137--21497166	11	2.7	11	100	0	60	26	20	20	33	1.97
21496921--21497921	217	4.5	224	78	7	847	27	17	14	40	1.88
21498466--21498577	48	2.3	48	90	0	170	53	14	9	22	1.70
21505974--21506042	15	4.6	15	69	7	50	26	24	21	27	1.99
21506120--21506969	217	3.9	215	81	5	928	26	17	14	40	1.88
21510549--21510581	15	2.2	15	100	0	66	27	27	21	24	1.99
21517639--21517743	52	2.0	52	83	7	133	50	7	2	39	1.46
21531626--21531663	11	3.5	11	78	7	51	52	10	10	26	1.68
21532191--21532248	23	2.6	23	83	2	73	48	1	3	46	1.29
21533516--21533669	37	4.2	37	83	0	200	12	21	33	33	1.90
21533525--21533686	74	2.2	74	82	0	189	14	22	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21534450--21534491	22	1.9	22	85	9	59	61	11	21	4	1.48
21548050--21548629	38	14.7	39	74	10	367	31	23	18	26	1.97
21548050--21548309	78	3.3	78	84	2	324	30	27	18	24	1.98
21548259--21548645	77	4.9	77	80	4	373	32	21	18	26	1.97
21549141--21549182	22	1.9	22	85	9	59	64	16	19	0	1.30
21556112--21556274	41	3.9	40	80	7	191	22	25	12	39	1.89
21556095--21556278	41	4.4	42	80	8	189	22	25	11	40	1.87
21560282--21560579	37	8.0	37	86	2	402	12	22	32	31	1.92
21568263--21568322	17	3.3	18	78	13	61	78	1	10	10	1.04
21568293--21568322	8	3.6	8	91	8	51	90	0	0	10	0.47
21568293--21568325	9	3.8	9	96	4	59	87	0	0	12	0.53
21572218--21572411	97	2.0	97	90	0	307	38	18	17	26	1.92
21572768--21573010	29	8.4	29	77	8	187	30	3	29	37	1.75
21572938--21573090	79	1.9	78	90	1	243	31	2	26	39	1.70
21573016--21573122	30	3.6	30	89	2	171	33	1	24	40	1.66
21573810--21573849	16	2.4	17	87	4	55	27	5	0	67	1.11
21574916--21574961	10	4.8	10	75	20	53	56	2	0	41	1.11
21574924--21574961	17	2.2	17	90	9	60	55	2	0	42	1.14
21575380--21576064	210	3.3	209	87	3	921	21	21	18	38	1.94
21575852--21575923	37	1.9	37	88	0	108	20	22	20	36	1.96
21578261--21578300	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
21587577--21587770	97	2.0	97	87	2	282	36	15	19	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21588038--21588111	30	2.5	30	82	8	96	37	2	21	37	1.68
21588139--21588244	28	3.8	27	78	9	115	27	7	29	35	1.84
21588128--21588483	30	12.3	30	80	9	255	32	4	25	36	1.77
21588231--21588493	59	4.5	58	82	7	257	35	3	24	36	1.72
21589468--21589516	12	4.2	12	80	15	57	34	2	4	59	1.28
21590182--21590239	10	5.8	10	74	22	59	55	3	0	41	1.17
21590196--21590258	17	3.8	16	85	10	81	53	4	0	41	1.22
21590182--21590258	6	13.7	6	71	22	60	54	3	0	41	1.19
21600861--21600893	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
21610055--21610084	13	2.3	13	100	0	60	56	26	10	6	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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