genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  31  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8073897--8073983	37	2.4	36	86	7	113	41	14	22	20	1.89
8074007--8074135	68	1.9	69	82	4	163	29	16	23	31	1.96
8074267--8074559	95	3.1	95	97	0	550	29	20	8	41	1.82
8080895--8080944	22	2.3	20	75	18	55	48	10	0	42	1.37
8085245--8085269	12	2.1	12	100	0	50	24	24	0	52	1.48
8090783--8090813	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8091944--8091985	21	2.0	21	86	9	59	35	0	21	42	1.53
8093798--8093837	16	2.5	15	84	11	53	27	0	0	72	0.85
8094675--8094722	23	2.1	23	84	0	60	50	16	6	27	1.69
8100943--8101000	31	1.9	31	89	3	91	34	8	12	44	1.72
8109045--8109146	40	2.5	40	83	0	114	24	19	20	35	1.96
8113332--8113372	13	3.2	13	83	10	57	17	19	21	41	1.90
8114412--8114440	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
8122755--8122801	23	2.0	23	87	0	67	44	8	2	44	1.46
8127628--8127671	11	3.8	11	85	8	61	29	2	0	68	1.02
8129563--8129657	37	2.6	36	90	8	140	49	0	3	47	1.17
8130297--8130354	27	2.1	27	81	6	64	50	36	0	13	1.42
8131703--8131783	30	2.7	31	83	7	105	22	12	20	44	1.85
8132019--8132102	38	2.2	39	89	2	125	46	3	1	48	1.27
8132317--8132362	2	24.5	2	78	12	53	45	0	4	50	1.21
8132317--8132390	11	6.7	11	76	8	71	45	2	4	47	1.35
8133361--8133387	7	3.9	7	100	0	54	40	44	0	14	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8135309--8135349	6	7.2	6	78	10	50	31	4	17	46	1.69
8135311--8135345	16	2.2	16	89	0	52	31	5	17	45	1.71
8140595--8140679	43	2.0	43	88	0	125	25	31	18	23	1.97
8140660--8140700	20	2.0	20	100	0	82	46	24	19	9	1.80
8141958--8142000	20	2.2	19	95	4	77	60	11	9	18	1.57
8145703--8146019	41	7.8	41	83	6	333	23	26	26	22	2.00
8145706--8146058	123	2.9	120	77	9	342	22	27	25	24	2.00
8146155--8146181	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8146945--8147004	21	2.8	22	82	9	63	55	5	33	6	1.48
8149531--8149603	38	1.9	38	88	0	110	30	21	20	27	1.98
8169542--8169802	29	8.9	29	77	9	160	34	29	3	32	1.73
8169542--8169768	29	7.7	30	78	6	162	33	29	3	32	1.75
8169542--8169859	29	10.9	27	75	10	107	33	29	3	33	1.75
8169542--8169768	58	3.9	57	76	7	195	33	29	3	32	1.75
8169761--8169836	28	2.7	28	85	2	89	35	27	3	32	1.75
8169870--8169931	31	2.0	31	84	6	81	33	17	6	41	1.75
8171408--8171488	40	2.0	40	100	0	162	37	11	17	34	1.85
8171941--8171989	17	2.9	17	78	6	55	44	24	10	20	1.82
8177980--8178043	3	21.3	3	100	0	128	32	0	0	67	0.91
8181030--8181067	14	2.7	14	84	11	51	28	0	10	60	1.30
8182074--8182116	19	2.4	18	81	14	54	30	0	0	69	0.88
8182096--8182142	20	2.2	21	81	7	51	40	2	2	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182415--8182501	6	16.0	6	74	20	84	43	0	2	54	1.13
8182415--8182517	17	6.3	16	87	6	129	44	0	1	53	1.11
8182415--8182500	11	8.0	11	75	17	74	43	0	2	54	1.13
8183166--8183195	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8183854--8183881	10	2.8	10	100	0	56	21	39	21	17	1.93
8184272--8184517	30	8.2	30	80	8	268	40	18	2	39	1.64
8184272--8184515	90	2.7	90	87	3	332	40	18	2	38	1.64
8184273--8184558	30	9.6	29	79	4	196	38	20	2	38	1.68
8184541--8184603	30	2.1	29	83	13	76	34	25	9	30	1.88
8194583--8194637	20	2.7	19	75	10	56	36	0	1	61	1.06
8195167--8195206	20	2.0	20	100	0	80	40	0	15	45	1.46
8200940--8200967	5	5.6	5	100	0	56	78	0	21	0	0.75
8217388--8217428	18	2.4	17	92	8	73	36	4	19	39	1.73
8218253--8218303	10	5.1	10	77	15	52	62	9	0	27	1.26
8218253--8218303	18	2.5	21	84	12	63	62	9	0	27	1.26
8218587--8218625	21	1.9	20	89	5	60	25	23	10	41	1.86
8225557--8225656	30	3.3	30	81	0	119	32	25	17	26	1.97
8225580--8225680	30	3.4	30	81	2	96	32	25	20	20	1.97
8228770--8228910	6	23.8	6	74	13	123	39	4	0	55	1.25
8228770--8228909	17	8.6	17	82	9	175	39	4	0	55	1.25
8228786--8228909	48	2.6	48	97	0	230	39	4	0	54	1.27
8228949--8228975	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8230767--8231202	59	7.4	59	83	7	521	34	29	2	33	1.70
8230767--8231202	117	3.7	117	83	7	555	34	29	2	33	1.70
8230760--8231094	29	11.4	29	70	25	199	34	28	2	34	1.70
8230767--8231197	176	2.4	175	84	7	543	34	29	2	34	1.69
8235347--8235418	24	2.9	24	87	6	81	30	8	22	38	1.83
8235362--8235418	24	2.4	24	93	0	96	29	8	21	40	1.83
8236318--8236376	20	2.9	21	72	7	68	18	22	20	38	1.93
8236312--8236389	40	2.0	40	86	0	111	16	23	17	42	1.89
8236509--8236657	77	1.9	77	82	2	183	34	10	17	36	1.85
8239723--8239756	17	2.0	17	88	0	50	32	8	29	29	1.87
8241019--8241063	22	2.1	22	84	12	58	26	2	2	68	1.12
8248165--8248189	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
8263469--8263508	20	2.0	20	95	0	71	52	0	12	35	1.39
8271426--8271497	11	6.5	11	73	9	65	41	2	2	52	1.30
8271449--8271498	17	2.9	17	80	11	66	40	4	4	52	1.39
8271726--8271765	20	2.0	21	90	5	64	20	45	17	17	1.86
8273438--8273708	30	9.0	30	90	1	382	36	23	2	36	1.70
8273740--8273834	30	3.2	29	73	20	97	32	26	5	35	1.79
8273712--8273878	59	2.8	57	86	6	226	29	28	5	35	1.81
8273712--8273847	30	4.6	29	71	18	93	30	27	5	36	1.79
8273712--8273871	29	5.4	28	69	20	85	30	26	5	37	1.78
8285968--8286435	68	6.8	68	89	4	661	34	18	20	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8286038--8286436	37	11.4	37	67	17	253	34	17	20	27	1.95
8286152--8286398	31	7.4	31	69	16	161	35	17	19	26	1.95
8285968--8286435	143	3.4	139	90	5	654	34	18	20	26	1.95
8286773--8286844	11	6.5	11	73	9	65	41	2	2	52	1.30
8286796--8286845	17	2.9	17	80	11	66	40	4	4	52	1.39
8287073--8287112	20	2.0	21	90	5	64	20	45	17	17	1.86
8293662--8293727	23	3.0	23	74	22	61	57	4	1	36	1.28
8300093--8300227	46	2.9	46	77	2	137	31	25	17	25	1.97
8301208--8301250	18	2.3	19	88	4	61	67	0	0	32	0.91
8303280--8303386	18	5.8	18	79	1	88	29	24	23	22	1.99
8303280--8303386	54	1.9	56	83	3	137	29	24	23	22	1.99
8310647--8310713	30	2.2	30	89	0	107	26	29	11	31	1.92
8310658--8310722	30	2.2	30	85	0	85	30	29	9	30	1.88
8314062--8314136	24	3.1	24	98	0	141	56	5	12	26	1.57
8325725--8325789	31	2.1	31	88	0	94	43	10	12	33	1.77
8325954--8325978	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
8330181--8330279	31	3.3	31	80	2	121	48	7	5	39	1.52
8334961--8335015	25	2.1	27	83	6	69	34	12	5	47	1.65
8337721--8337766	6	7.7	6	100	0	92	17	0	50	32	1.47
8338847--8338915	22	3.3	20	82	9	84	4	4	23	68	1.26
8338957--8339020	24	2.7	23	80	9	74	10	6	9	73	1.25
8339003--8339027	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8341018--8341243	9	24.8	9	67	15	81	59	3	2	34	1.25
8341020--8341054	10	3.6	10	84	7	54	74	2	0	22	0.95
8341017--8341054	19	2.0	19	94	0	67	71	5	0	23	1.07
8341089--8341119	16	1.9	16	93	0	53	58	0	3	38	1.15
8341139--8341188	21	2.5	20	83	9	57	52	4	2	42	1.31
8341165--8341242	37	2.1	37	85	4	104	60	3	3	32	1.33
8341198--8341235	20	2.0	20	89	5	60	57	0	5	36	1.21
8341018--8341244	19	11.9	19	66	21	57	59	3	2	34	1.25
8342494--8342561	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
8359392--8359440	19	2.4	22	83	12	61	61	0	4	34	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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