genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  92  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28669544--28669589	18	2.6	18	86	3	58	32	2	0	65	1.05
28669480--28669569	10	8.9	10	66	16	51	24	2	3	70	1.14
28671381--28671425	17	2.6	18	82	3	56	40	4	2	53	1.33
28671416--28671473	30	1.9	30	86	6	82	41	1	3	53	1.28
28673404--28673600	30	6.7	30	83	9	223	39	24	2	33	1.67
28673404--28673601	58	3.4	59	82	8	228	39	25	2	33	1.67
28673404--28673631	29	7.8	29	80	7	189	38	26	3	32	1.72
28673580--28673643	29	2.2	28	89	10	103	34	34	7	23	1.84
28673583--28673663	29	2.8	29	86	5	101	34	30	8	25	1.86
28675173--28675409	119	2.0	119	99	0	465	29	19	6	44	1.75
28676374--28676412	20	2.0	20	90	10	62	46	2	2	48	1.29
28683025--28683091	31	2.3	29	87	10	93	25	17	7	49	1.73
28686131--28686184	20	2.7	20	80	8	56	57	9	1	31	1.41
28686956--28687202	123	2.0	123	99	0	485	29	22	7	40	1.81
28690785--28690924	71	2.0	71	86	0	199	36	15	22	25	1.94
28690818--28690973	71	2.2	71	89	0	240	33	15	21	28	1.94
28704154--28704185	13	2.5	13	95	5	57	78	0	0	21	0.76
28712840--28712885	23	2.0	24	83	12	60	54	2	15	28	1.53
28714214--28714885	50	13.5	50	80	3	561	20	25	17	35	1.95
28714260--28714884	100	6.3	100	82	2	630	20	25	17	35	1.95
28714214--28714885	150	4.5	149	79	4	638	20	25	17	35	1.95
28715859--28715988	62	2.1	62	92	0	215	18	17	18	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28727453--28727487	15	2.3	15	95	0	61	25	34	5	34	1.80
28730450--28730474	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
28730915--28730960	15	3.1	15	76	17	51	78	10	0	10	0.97
28731957--28731993	18	2.1	19	90	10	60	10	2	16	70	1.27
28738389--28738588	51	3.9	51	86	0	283	30	14	24	30	1.95
28755578--28755673	50	1.9	50	84	0	129	29	19	18	32	1.96
28770358--28770405	15	3.2	15	85	5	53	27	22	10	39	1.87
28772507--28772691	71	2.6	71	86	1	246	32	14	26	26	1.94
28777618--28777991	59	6.3	59	87	2	477	33	1	31	33	1.69
28777617--28777991	117	3.2	118	85	6	501	33	1	31	33	1.69
28777653--28777989	29	11.5	28	69	16	152	33	1	31	33	1.69
28780415--28781218	200	4.0	200	92	1	1274	19	23	20	36	1.95
28793333--28793594	59	4.4	60	83	9	338	32	1	32	32	1.69
28793343--28793581	122	2.0	122	89	3	365	33	2	32	32	1.70
28793491--28793586	28	3.3	28	69	25	74	33	1	31	34	1.65
28795587--28795645	26	2.3	26	82	11	68	47	3	1	47	1.29
28800765--28800802	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
28807989--28808039	22	2.3	22	82	3	57	54	5	0	39	1.24
28808771--28808827	17	3.4	17	72	20	57	47	14	1	36	1.54
28819857--28819894	7	5.4	7	100	0	76	28	42	13	15	1.85
28821156--28821192	15	2.4	16	82	13	51	32	0	2	64	1.07
28821574--28821615	10	3.8	11	75	12	50	30	16	16	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28822276--28822435	30	5.4	29	77	6	135	34	21	3	40	1.72
28822298--28822396	28	3.4	28	84	6	126	37	24	1	37	1.62
28822276--28822441	58	2.8	58	78	8	167	33	23	3	39	1.72
28822475--28822553	30	2.7	30	78	11	83	35	17	2	44	1.63
28828790--28828869	37	2.2	36	86	6	108	53	10	18	17	1.71
28829734--28829854	49	2.4	49	80	4	127	38	17	29	14	1.89
28829749--28830510	50	15.3	49	71	11	324	35	17	32	15	1.91
28829648--28830094	199	2.3	198	77	3	452	36	16	30	16	1.91
28829800--28830463	249	2.7	249	83	3	802	34	16	32	15	1.91
28829611--28830510	99	9.1	100	73	10	394	35	17	31	15	1.91
28830280--28830671	99	4.0	99	79	5	357	35	16	31	16	1.91
28832920--28833110	29	6.7	29	77	8	110	34	27	2	36	1.71
28832894--28833006	29	3.9	30	77	8	99	33	24	3	38	1.73
28832865--28833110	58	4.2	56	77	9	167	34	26	3	35	1.73
28832969--28833087	29	4.1	29	82	9	129	31	30	4	33	1.77
28839505--28839562	21	2.8	21	83	0	71	27	15	22	34	1.94
28847296--28847387	40	2.3	40	78	1	94	38	17	22	21	1.93
28847372--28847628	41	6.2	41	85	2	300	32	17	27	22	1.96
28847384--28847629	123	2.0	124	85	0	332	32	17	27	22	1.96
28847324--28847656	41	8.1	41	82	2	188	34	18	25	22	1.96
28847395--28847656	123	2.1	122	82	2	326	32	19	26	22	1.97
28850956--28851134	43	4.2	43	81	1	191	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28852171--28852218	23	2.0	24	88	11	73	35	4	12	47	1.60
28856017--28856135	24	5.0	24	77	0	130	35	15	27	21	1.94
28856018--28856137	48	2.5	48	88	0	186	35	15	27	22	1.94
28859106--28859171	30	2.2	31	94	2	116	51	0	0	48	1.00
28859106--28859171	31	2.2	30	91	8	107	51	0	0	48	1.00
28859104--28859156	14	3.6	14	70	9	52	47	0	0	52	1.00
28863875--28863990	58	2.0	60	89	5	182	43	0	1	53	1.16
28864160--28864207	15	3.1	15	82	5	60	25	20	6	47	1.73
28864332--28864383	23	2.3	23	80	6	61	51	0	0	48	1.00
28865009--28865145	72	1.9	71	84	1	184	50	16	8	25	1.72
28865081--28865203	59	2.1	60	87	1	176	47	17	8	25	1.77
28866469--28866517	17	2.9	17	79	8	55	38	4	0	57	1.18
28866904--28866968	18	3.6	18	70	0	67	30	21	29	18	1.97
28868015--28868080	12	5.4	12	69	16	55	53	4	0	42	1.21
28876380--28876428	3	16.3	3	100	0	98	67	32	0	0	0.91
28877941--28878002	30	2.1	30	90	0	97	20	6	17	54	1.65
28880893--28880948	29	2.1	27	84	15	73	14	5	7	73	1.23
28884782--28885035	30	8.6	29	77	7	181	35	1	26	36	1.66
28884791--28885035	60	4.1	59	78	6	219	35	1	26	36	1.67
28888607--28888760	30	5.2	30	80	2	168	37	22	1	39	1.62
28888607--28888826	60	3.7	59	76	4	194	33	23	4	38	1.74
28888607--28888857	30	8.4	30	74	8	140	33	23	3	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28895818--28895847	13	2.3	13	94	0	51	50	0	13	36	1.42
28896086--28896387	153	2.0	153	89	1	462	34	14	17	33	1.90
28896938--28897494	59	9.5	59	82	7	659	36	2	29	32	1.70
28896939--28897453	30	17.6	29	66	25	180	36	2	29	32	1.69
28896938--28897494	233	2.4	236	86	5	797	36	2	29	32	1.70
28899454--28899498	16	2.7	17	86	6	65	57	2	0	40	1.11
28899438--28899500	27	2.3	27	77	0	72	52	1	1	44	1.20
28899789--28899822	3	11.7	3	93	6	61	70	0	29	0	0.87
28899787--28899824	17	2.2	17	100	0	76	73	0	26	0	0.83
28899792--28899819	14	2.0	14	100	0	56	71	0	28	0	0.86
28900857--28900967	49	2.3	48	82	1	132	31	19	28	19	1.97
28901284--28901867	39	15.0	38	70	6	247	24	30	18	26	1.98
28901278--28901856	78	7.4	78	84	0	645	24	30	18	25	1.98
28911254--28911278	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
28911210--28911343	60	2.3	59	83	8	159	60	5	4	29	1.40
28913168--28913203	18	2.1	18	89	5	56	50	0	5	44	1.25
28913773--28913815	16	2.8	16	79	10	54	37	2	0	60	1.10
28916925--28917069	71	2.0	71	93	0	245	34	36	2	26	1.71
28924843--28924937	28	3.5	27	69	12	77	24	23	17	34	1.96
28924842--28924954	55	2.1	55	86	3	156	27	22	16	33	1.95
28924962--28925133	28	6.2	28	78	4	123	26	23	16	33	1.96
28924969--28925103	56	2.4	54	80	9	155	26	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28928616--28928653	16	2.2	18	86	9	53	47	5	7	39	1.55
28946106--28946158	19	2.8	19	88	0	79	11	1	30	56	1.45
28956274--28956303	6	5.0	6	91	0	51	53	0	0	46	1.00
28959322--28959365	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
28961777--28962043	51	5.2	51	93	0	417	33	15	22	28	1.94
28969103--28969339	51	4.6	51	86	1	323	35	14	21	29	1.93
28982904--28982930	14	1.9	14	100	0	54	25	7	14	51	1.68
28983260--28983284	7	3.6	7	100	0	50	16	0	12	72	1.13
28983563--28983663	33	3.1	33	89	0	157	21	1	24	51	1.58
28985404--28985445	11	3.8	11	78	12	50	28	2	2	66	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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