genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  8  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377675--2378033	122	3.0	118	80	7	363	35	17	17	28	1.93
2379899--2379978	37	2.2	37	86	0	106	56	7	18	17	1.64
2379911--2379984	37	2.0	37	97	0	139	48	6	18	25	1.73
2383681--2383726	18	2.5	18	85	3	56	34	6	17	41	1.75
2383731--2383763	13	2.5	13	100	0	66	24	15	21	39	1.91
2395780--2396033	129	2.0	129	92	0	427	29	16	11	43	1.82
2400056--2400135	37	2.2	37	83	0	97	55	7	18	18	1.66
2400068--2400142	37	2.0	38	94	2	134	46	6	18	28	1.74
2402659--2402700	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
2402659--2402708	22	2.2	23	82	10	59	40	0	4	56	1.18
2402678--2402721	16	2.8	16	92	0	70	40	0	0	59	0.98
2403550--2403604	15	3.7	15	72	15	51	58	5	1	34	1.32
2404011--2404052	11	3.7	11	90	3	66	69	0	30	0	0.89
2406086--2406353	29	9.2	28	70	18	156	33	2	30	33	1.72
2406051--2406364	59	5.4	59	86	2	420	32	3	30	33	1.75
2406051--2406363	58	5.4	58	85	3	387	32	3	30	33	1.75
2406435--2406772	162	2.1	162	92	0	559	42	12	19	25	1.86
2407525--2407584	21	2.9	20	82	7	75	40	3	1	55	1.27
2408403--2408460	11	5.2	12	78	12	61	56	0	1	41	1.09
2408389--2408460	17	4.3	16	79	8	81	56	0	1	41	1.07
2408427--2408470	22	2.0	22	86	0	61	63	2	2	31	1.19
2408506--2408678	58	2.9	58	83	6	208	31	30	3	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408504--2408669	30	5.7	28	70	21	112	32	28	2	36	1.70
2408506--2408675	29	5.8	28	68	22	93	31	30	2	35	1.73
2413372--2413401	5	6.0	5	92	0	51	3	0	56	40	1.16
2421152--2421209	23	2.5	23	88	0	80	31	27	20	20	1.98
2427551--2427597	14	3.2	14	82	11	58	21	2	2	74	1.03
2427536--2427597	24	2.6	22	80	12	61	24	1	3	70	1.10
2428495--2428538	7	5.5	8	84	15	56	88	0	11	0	0.51
2428495--2428539	21	2.1	21	87	0	63	88	0	11	0	0.50
2430987--2431052	33	2.0	33	90	0	105	40	6	12	40	1.67
2440140--2440205	33	2.0	33	90	0	105	40	6	13	39	1.69
2440575--2440612	4	9.5	4	100	0	76	76	0	0	23	0.79
2442966--2443003	8	4.6	8	93	6	67	34	36	2	26	1.71
2448733--2448763	6	5.2	6	92	0	53	0	16	19	64	1.29
2448778--2448811	2	17.0	2	87	0	50	0	44	2	52	1.16
2449027--2449086	17	3.8	17	72	17	56	40	0	3	56	1.16
2449025--2449110	31	2.8	30	80	8	84	40	0	3	55	1.17
2450491--2450580	30	3.1	30	81	12	93	54	3	0	42	1.17
2450521--2450577	27	2.1	27	81	9	64	57	3	0	38	1.16
2452573--2452606	17	2.0	17	88	0	50	41	2	0	55	1.15
2454765--2454817	24	2.2	24	89	0	79	20	18	16	43	1.88
2456845--2456885	19	2.2	18	86	4	55	17	0	4	78	0.93
2457004--2457058	20	2.8	20	88	2	76	36	0	1	61	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2457192--2457374	91	2.1	87	83	8	226	39	6	15	38	1.73
2458674--2458748	34	2.2	34	88	4	107	46	14	12	26	1.79
2461736--2461999	57	4.6	57	91	2	397	39	19	10	30	1.85
2461736--2461998	116	2.3	112	88	3	382	39	19	10	30	1.85
2466640--2466799	10	16.6	10	67	18	72	65	1	3	30	1.16
2466666--2466756	9	9.8	9	74	11	76	64	0	3	31	1.09
2466696--2466757	19	3.4	18	80	10	72	69	0	3	27	1.04
2466640--2466762	57	2.2	57	83	4	151	66	0	2	30	1.10
2466642--2466819	9	18.5	10	68	21	64	65	1	3	29	1.18
2466668--2466830	10	16.3	10	70	13	61	63	0	4	31	1.18
2476660--2476690	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
2479064--2479126	24	2.6	24	87	0	90	49	12	14	23	1.78
2488180--2488255	17	4.5	16	80	11	73	36	1	2	59	1.20
2488168--2488264	34	2.8	33	79	13	106	38	1	3	57	1.21
2488185--2488246	6	10.7	6	75	13	58	35	1	3	59	1.23
2488190--2488246	23	2.5	23	82	5	62	36	1	3	57	1.26
2488174--2488249	11	6.8	11	73	8	64	39	1	2	56	1.21
2490196--2490350	30	5.2	30	88	0	195	38	22	1	36	1.66
2490310--2490444	60	2.3	58	83	9	168	30	25	3	40	1.73
2491779--2491815	17	2.2	18	85	9	51	54	5	8	32	1.53
2492577--2492630	24	2.4	21	80	14	63	51	7	7	33	1.58
2494075--2494118	21	2.1	21	100	0	88	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498940--2498992	6	8.8	6	97	0	79	16	67	5	9	1.37
2498910--2499034	66	1.9	66	89	0	196	24	55	8	11	1.63
2499047--2499113	3	22.3	3	87	0	98	34	61	1	2	1.20
2498982--2499260	78	3.5	78	75	9	283	32	47	8	11	1.71
2498939--2499247	120	2.6	120	82	4	324	30	49	8	11	1.69
2499186--2499260	36	2.1	36	89	0	114	33	45	12	9	1.73
2498964--2499230	42	6.5	42	79	6	278	31	49	7	11	1.67
2499345--2499459	12	9.6	12	71	0	77	16	30	16	36	1.91
2499444--2499707	18	15.0	18	78	8	159	12	27	18	41	1.86
2499373--2499675	24	12.6	24	82	6	238	12	29	17	40	1.86
2499373--2499707	42	7.8	42	82	6	259	12	28	17	40	1.87
2499871--2499922	27	1.9	27	88	0	77	23	59	5	11	1.53
2499904--2499934	3	10.3	3	92	0	53	29	67	0	3	1.06
2499871--2499928	27	2.1	27	83	0	71	24	60	5	10	1.49
2500295--2500329	3	11.7	3	87	0	52	31	62	2	2	1.24
2500292--2500330	12	3.2	12	88	0	60	30	58	2	7	1.39
2500331--2500522	6	30.0	6	75	14	116	18	48	14	18	1.81
2500343--2500510	21	7.6	21	83	11	178	18	50	14	16	1.79
2500453--2500529	27	2.9	27	75	7	84	22	54	11	11	1.68
2500319--2500529	54	3.8	54	76	14	187	19	49	14	17	1.80
2503453--2503530	36	2.2	36	90	0	120	14	8	53	23	1.68
2503579--2503700	33	3.7	32	83	12	149	20	8	50	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503570--2503710	66	2.1	66	85	0	201	19	7	51	21	1.70
2503464--2503829	180	2.0	179	85	6	499	16	7	51	24	1.70
2503751--2503828	33	2.4	33	86	4	104	15	8	53	21	1.69
2503753--2503829	39	2.0	39	84	0	100	15	9	54	20	1.68
2503791--2504626	423	2.0	423	86	3	1184	29	8	38	23	1.84
2505397--2505426	15	1.9	16	93	6	53	40	6	33	20	1.78
2504239--2506141	486	4.0	484	86	4	2400	31	7	37	24	1.83
2506264--2506315	24	2.2	24	89	6	79	42	21	9	26	1.83
2506275--2506326	24	2.2	24	92	0	86	42	15	17	25	1.88
2506523--2506645	6	20.5	6	75	5	79	47	13	24	13	1.79
2506523--2506653	24	5.5	24	69	10	88	47	13	24	14	1.80
2506523--2506645	36	3.4	35	78	2	111	47	13	24	13	1.79
2506587--2506681	42	2.3	42	83	0	109	48	11	26	13	1.77
2506623--2506682	24	2.5	24	83	0	66	43	8	31	16	1.78
2506771--2506928	24	6.6	24	87	1	210	42	14	15	27	1.86
2507304--2507355	24	2.2	24	92	0	86	44	17	15	23	1.86
2507556--2507772	24	9.0	24	85	7	221	44	15	25	14	1.84
2507551--2507772	42	5.3	42	87	3	288	44	14	25	14	1.84
2507570--2507773	18	11.3	18	81	6	198	44	15	25	14	1.84
2507832--2507945	33	3.4	33	85	7	156	7	11	45	35	1.69
2507839--2507942	36	3.0	36	88	4	151	8	11	45	34	1.71
2509144--2509303	70	2.3	70	95	2	284	41	11	20	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510561--2510601	20	2.1	19	86	4	55	41	7	7	43	1.60
2510763--2510798	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2515262--2515349	12	7.3	12	94	0	122	2	32	26	38	1.69
2515356--2515403	12	4.0	12	80	0	51	14	29	12	43	1.82
2515487--2515513	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
2515563--2515627	18	3.6	18	81	6	69	13	27	12	46	1.79
2515580--2515638	6	9.8	6	77	0	55	16	25	13	44	1.85
2515575--2515641	24	2.8	24	79	0	80	16	29	11	41	1.84
2515576--2515641	18	3.7	18	85	4	62	16	28	12	42	1.84
2515563--2515640	12	6.5	12	72	0	57	15	28	12	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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