genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838204--8838279	29	2.6	28	78	15	82	32	2	28	35	1.71
8840108--8840164	17	3.4	17	78	9	71	52	1	1	43	1.21
8840709--8841211	38	13.3	38	64	25	173	32	19	14	33	1.92
8840678--8841232	76	7.3	76	92	2	879	33	18	15	33	1.92
8846068--8846101	14	2.3	15	90	5	52	2	23	2	70	1.15
8853300--8853825	58	9.0	59	84	2	605	35	4	28	31	1.76
8853341--8853825	175	2.8	174	85	6	590	36	3	27	32	1.74
8853775--8853865	30	3.0	30	79	17	100	29	4	30	35	1.77
8855670--8855731	16	4.2	14	74	21	56	50	1	1	46	1.20
8855680--8855735	17	3.4	17	82	5	78	53	1	1	42	1.21
8857009--8857101	48	1.9	48	95	0	168	36	13	13	35	1.85
8857508--8857569	21	3.0	21	78	19	76	43	4	4	46	1.46
8862226--8862355	35	3.7	34	83	10	145	40	1	3	55	1.25
8862258--8862336	6	13.5	6	75	10	74	41	1	1	55	1.16
8862253--8862335	12	7.0	12	78	10	82	39	1	1	57	1.14
8862259--8862336	23	3.3	23	78	5	77	41	1	1	56	1.15
8862226--8862355	17	7.5	17	81	7	145	40	1	3	55	1.25
8862958--8863022	12	5.5	12	85	10	73	63	0	3	33	1.10
8862970--8863023	3	17.3	3	81	14	65	62	0	1	35	1.06
8864201--8864531	30	11.2	29	78	12	302	35	24	3	35	1.72
8864201--8864473	60	4.6	58	85	8	345	36	23	3	36	1.71
8864406--8864647	28	8.3	29	72	19	143	33	29	2	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8864432--8864692	87	3.0	85	70	18	216	31	31	3	33	1.75
8864438--8864692	58	4.4	59	81	4	277	31	31	3	33	1.75
8864438--8864689	117	2.2	116	82	6	314	32	31	3	33	1.74
8865447--8865506	29	2.1	29	100	0	120	35	28	20	16	1.94
8875873--8875921	23	2.1	24	85	11	66	44	4	2	48	1.33
8877470--8877507	18	2.1	18	85	9	51	26	10	13	50	1.73
8877509--8877575	36	2.0	34	85	11	93	47	16	10	25	1.78
8883875--8884002	31	4.2	31	73	15	106	25	14	12	47	1.79
8884248--8884327	32	2.5	32	87	2	108	53	10	12	23	1.68
8886453--8886485	12	2.8	12	100	0	66	9	45	15	30	1.77
8889967--8890040	22	3.8	20	78	13	75	22	4	4	68	1.23
8889959--8890068	10	11.4	9	68	21	55	23	4	2	69	1.20
8890046--8890101	10	5.3	10	74	17	51	30	1	1	66	1.12
8890129--8890206	28	2.7	29	70	7	70	24	2	2	70	1.12
8891778--8891812	18	1.9	19	88	11	56	34	22	0	42	1.54
8894154--8894220	20	3.4	18	75	20	55	53	0	5	40	1.25
8894745--8894808	34	2.0	34	87	9	98	51	6	0	42	1.27
8895487--8895550	28	2.4	26	81	5	74	29	17	6	46	1.72
8895808--8895886	32	2.5	32	76	11	92	51	11	10	26	1.69
8901313--8901337	7	3.6	7	100	0	50	24	28	32	16	1.96
8914542--8914580	19	2.1	19	100	0	78	41	28	10	20	1.85
8922071--8922115	23	1.9	24	86	4	65	17	4	57	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8922790--8922844	26	2.0	27	83	13	69	29	12	7	50	1.67
8922739--8922902	59	2.8	58	76	7	152	25	10	7	56	1.60
8923065--8923124	31	1.9	31	86	6	86	50	8	15	26	1.72
8923064--8923136	31	2.3	29	78	19	76	49	8	15	27	1.72
8924658--8924734	39	2.0	39	94	0	136	20	10	20	48	1.79
8924646--8924749	39	2.9	34	80	13	118	24	11	20	44	1.84
8926236--8926382	66	2.2	66	81	2	161	31	11	27	29	1.92
8937028--8937065	18	2.1	18	90	9	60	23	10	15	50	1.75
8937183--8937217	12	2.6	14	82	17	56	28	8	8	54	1.60
8937335--8937364	13	2.3	13	94	0	51	33	0	3	63	1.11
8944137--8944173	19	1.9	19	94	0	65	48	21	18	10	1.78
8944166--8944389	41	5.5	39	77	7	133	31	16	29	21	1.96
8944199--8944389	41	4.7	41	86	2	249	29	17	30	21	1.97
8946323--8946450	41	3.1	40	82	4	148	37	17	27	17	1.92
8949575--8949632	30	2.0	29	86	3	80	48	13	36	1	1.53
8949931--8950143	43	5.0	42	85	6	277	26	17	26	29	1.98
8949931--8950143	86	2.5	86	88	0	336	26	17	26	29	1.98
8950971--8951007	16	2.3	16	90	0	56	64	5	5	24	1.36
8953860--8953892	17	1.9	17	93	0	57	51	0	0	48	1.00
8954526--8954568	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
8961779--8961815	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8970570--8970625	6	9.3	6	80	7	69	55	0	3	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8970570--8970619	19	2.8	18	93	6	84	56	0	4	40	1.18
8970585--8970634	25	2.0	24	96	3	91	56	0	2	42	1.11
8970591--8970634	12	3.6	12	84	3	61	56	0	2	40	1.11
8970905--8972607	92	18.4	92	91	2	1758	34	15	13	36	1.87
8971841--8971995	40	3.6	40	72	23	134	34	16	13	35	1.88
8972304--8972454	40	3.5	39	70	24	131	37	16	12	33	1.87
8971929--8972609	279	2.4	278	90	2	1035	36	15	12	35	1.85
8972642--8972790	50	3.0	48	69	13	113	13	25	22	38	1.91
8972650--8972831	100	1.8	99	84	5	251	13	23	22	41	1.89
8974074--8974129	17	3.2	17	78	14	60	1	12	5	80	0.96
8974075--8974127	27	1.9	27	84	3	70	1	13	5	79	0.99
8974087--8974127	9	4.6	9	85	11	57	0	14	4	80	0.87
8974932--8974969	15	2.3	18	86	13	55	0	23	0	76	0.79
8975012--8975069	20	2.9	19	78	19	64	15	3	6	74	1.17
8978838--8978893	6	9.3	6	80	7	69	55	0	3	41	1.17
8978838--8978887	19	2.8	18	93	6	84	56	0	4	40	1.18
8978853--8978902	25	2.0	24	96	3	91	56	0	2	42	1.11
8978859--8978902	12	3.6	12	84	3	61	56	0	2	40	1.11
8983797--8983852	14	3.5	15	79	16	51	66	1	3	28	1.19
8985033--8985115	17	4.5	17	68	19	51	34	2	7	55	1.41
8985805--8985838	15	2.2	16	94	5	61	55	0	0	44	0.99
8986881--8987232	59	5.9	59	72	12	183	36	24	2	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8986882--8987236	30	12.0	30	74	12	159	36	25	2	35	1.71
8986918--8987323	89	4.6	89	80	9	381	35	24	3	36	1.74
8986879--8987470	29	20.1	29	71	12	284	34	26	4	34	1.76
8987706--8987899	97	2.0	97	88	4	293	28	19	15	37	1.92
8989335--8989435	30	3.4	31	80	6	102	37	21	1	38	1.65
8989349--8989590	29	8.3	28	73	10	130	38	22	2	36	1.66
8989553--8989627	31	2.5	32	74	8	77	40	14	2	42	1.60
8989397--8989829	29	14.9	28	70	12	200	35	25	4	35	1.75
8989401--8989684	116	2.5	116	78	10	271	37	22	3	36	1.71
8989523--8989733	86	2.4	87	80	3	237	36	24	4	35	1.75
8990058--8990255	94	2.1	97	88	5	296	28	17	14	39	1.89
8994762--8994792	8	3.8	8	91	8	53	51	0	0	48	1.00
8995012--8995055	17	2.6	17	82	7	54	45	2	0	52	1.13
8995446--8995501	22	2.6	21	73	18	53	39	1	7	51	1.40
8995970--8995994	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8998802--8998853	24	2.2	24	85	0	68	32	1	9	55	1.43
8999235--8999291	18	3.4	17	71	7	53	63	1	1	33	1.15
8999266--8999333	9	7.7	9	69	9	50	69	4	0	26	1.07
8999266--8999333	17	3.8	18	74	12	52	69	4	0	26	1.07
8999480--8999531	20	2.7	19	75	3	50	21	3	11	63	1.43
8999753--8999796	9	4.7	9	82	5	52	31	0	2	65	1.05
9002504--9002591	37	2.4	36	79	11	88	40	0	4	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9003834--9003862	4	7.5	4	92	7	51	79	20	0	0	0.74
9006729--9006778	22	2.3	22	82	0	64	18	10	10	62	1.54
9007150--9007195	18	2.5	19	85	3	58	54	2	2	41	1.25
9009495--9009616	23	5.2	22	77	12	86	12	25	23	38	1.90
9011996--9012038	17	2.5	17	77	7	52	23	18	27	30	1.98
9012153--9012211	18	3.4	17	76	2	64	28	23	23	23	1.99
9015350--9015386	17	2.2	17	86	13	51	67	0	0	32	0.91
9015357--9015396	19	2.0	20	85	4	55	60	0	0	40	0.97
9015624--9015668	20	2.2	21	84	4	56	64	6	2	26	1.30
9018826--9018919	18	5.1	18	93	2	143	48	17	3	30	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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