genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28454082--28454128	20	2.3	20	92	0	76	80	0	8	10	0.89
28454082--28454128	10	4.7	10	79	10	60	80	0	8	10	0.89
28455621--28455684	31	2.1	30	85	5	85	42	15	9	32	1.79
28462658--28462720	31	2.0	30	82	11	74	52	1	4	41	1.32
28462805--28462842	16	2.4	16	95	0	67	36	2	31	28	1.71
28463014--28463141	58	2.2	59	82	12	156	52	1	0	45	1.15
28463128--28463183	24	2.3	25	81	9	62	57	0	5	37	1.22
28474608--28474632	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
28474859--28474900	20	2.0	21	86	13	61	30	4	4	59	1.39
28476292--28476360	28	2.5	28	79	9	77	24	18	21	34	1.96
28476320--28476427	55	2.0	55	83	0	135	23	14	25	37	1.93
28481056--28481144	35	2.5	35	85	3	117	26	14	17	40	1.89
28481126--28481277	46	3.3	46	87	3	218	34	17	15	32	1.91
28484862--28484886	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
28487346--28487504	86	1.8	86	85	5	223	52	19	15	12	1.73
28487355--28487537	58	3.3	56	77	8	185	50	21	14	13	1.76
28487355--28487537	28	6.5	28	79	8	144	50	21	14	13	1.76
28487436--28487565	26	4.9	26	84	6	93	47	22	13	16	1.81
28487545--28487785	29	8.7	28	69	11	158	39	24	14	22	1.91
28487595--28487692	51	1.9	52	87	2	144	42	23	14	19	1.87
28487655--28487785	57	2.3	57	80	5	147	39	24	10	25	1.87
28487890--28488103	56	3.8	56	85	4	288	26	26	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28491410--28491496	20	4.0	20	71	18	75	42	1	25	31	1.62
28491397--28491491	47	2.0	47	100	0	190	46	2	23	28	1.64
28504947--28505021	39	1.9	39	86	2	107	61	4	0	34	1.15
28508217--28508281	31	2.1	31	100	0	130	47	9	3	40	1.51
28508227--28508293	31	2.2	31	81	5	73	55	4	4	35	1.40
28512449--28512711	29	8.9	30	78	7	227	37	24	3	34	1.74
28518542--28518635	6	15.7	6	78	14	97	79	0	20	0	0.73
28518542--28518635	13	7.2	13	82	11	104	79	0	20	0	0.73
28518550--28518635	19	4.4	19	78	14	70	79	0	20	0	0.74
28519872--28520058	100	1.9	99	82	6	234	39	20	24	15	1.91
28519847--28520081	100	2.4	99	78	5	224	40	22	22	14	1.90
28520395--28520554	39	4.1	38	72	10	101	25	26	23	25	2.00
28520414--28520597	39	4.7	38	75	9	147	25	28	21	25	1.99
28520414--28520661	78	3.2	78	83	4	304	25	30	18	25	1.98
28520859--28521029	49	3.5	49	76	4	193	38	16	23	21	1.93
28520966--28521337	201	1.9	201	90	1	602	35	19	22	22	1.96
28521167--28521511	164	2.1	164	93	1	584	35	20	24	19	1.95
28520910--28521585	365	1.9	365	92	1	1131	35	20	23	21	1.96
28522012--28522046	17	2.1	17	88	0	52	45	2	0	51	1.16
28523747--28523970	29	7.7	29	74	9	143	35	25	4	35	1.76
28523757--28523971	59	3.7	59	81	5	220	33	26	4	35	1.76
28525258--28525304	25	1.9	25	86	4	69	78	0	14	6	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28541407--28541739	49	6.8	49	70	11	207	39	18	24	17	1.92
28541407--28541749	98	3.5	99	83	4	410	39	18	24	17	1.92
28546650--28546717	20	3.7	18	74	12	59	73	2	2	20	1.09
28546814--28546838	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28548491--28548927	40	10.9	42	76	11	382	25	17	26	30	1.97
28548512--28548939	78	5.4	79	81	3	400	25	17	26	30	1.97
28549113--28549711	49	12.2	49	73	7	367	20	29	15	34	1.94
28549109--28549707	98	6.1	98	89	1	801	20	29	15	34	1.94
28551517--28551564	5	9.8	5	93	6	73	0	16	0	83	0.65
28551602--28551656	16	3.7	15	88	11	78	0	18	0	81	0.68
28551602--28551656	7	7.4	7	83	16	67	0	18	0	81	0.68
28551471--28551737	93	2.8	95	91	6	405	11	19	7	62	1.52
28551696--28551735	14	2.9	13	85	7	53	0	20	0	80	0.72
28551695--28551737	19	2.3	19	84	8	61	0	18	0	81	0.69
28557575--28557599	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28558985--28559253	95	2.8	95	83	2	299	25	17	20	36	1.94
28559103--28559302	95	2.1	95	83	1	240	26	19	19	35	1.95
28559327--28559378	25	2.1	25	88	0	77	19	19	19	42	1.90
28561345--28561413	28	2.4	29	85	2	86	26	27	20	26	1.99
28563132--28563165	17	2.0	17	94	0	59	26	14	5	52	1.64
28564984--28565030	22	2.1	22	88	0	67	38	17	4	40	1.69
28565064--28565122	28	2.1	28	81	6	66	28	16	8	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28566360--28566443	22	3.8	22	84	6	107	40	27	22	9	1.85
28570128--28570438	45	7.0	44	75	11	303	31	24	18	25	1.98
28570123--28570433	90	3.5	88	83	6	378	30	25	19	24	1.98
28570862--28570897	17	2.1	17	89	0	54	80	11	0	8	0.90
28573038--28573197	85	1.9	85	83	7	209	24	23	15	36	1.94
28573247--28573355	48	2.3	49	80	6	125	22	25	13	38	1.91
28573540--28573709	85	2.0	85	82	2	207	24	21	15	37	1.93
28573381--28573991	209	2.9	209	91	0	956	24	21	16	37	1.93
28582180--28582298	57	2.1	57	82	1	139	36	3	23	36	1.72
28582188--28582397	29	7.2	30	76	10	141	35	3	24	35	1.74
28582261--28582406	59	2.5	60	73	8	138	31	3	26	38	1.73
28583428--28583461	13	2.6	13	85	0	50	61	2	8	26	1.40
28585582--28585626	19	2.2	20	80	19	56	28	8	0	62	1.25
28585719--28585819	3	33.3	3	77	9	98	29	2	1	65	1.18
28590490--28590600	47	2.4	46	83	1	141	20	10	20	47	1.80
28591591--28591772	98	1.9	98	95	0	328	35	19	10	35	1.86
28596782--28596841	22	2.8	22	85	7	70	66	3	0	30	1.07
28596781--28596838	20	2.9	19	80	14	71	63	3	0	32	1.11
28596822--28596897	16	4.2	17	68	22	57	68	1	1	28	1.06
28596857--28596902	23	2.0	23	83	8	58	65	0	0	34	0.93
28597241--28597306	29	2.2	29	80	15	73	48	12	4	34	1.61
28597609--28597689	40	2.1	38	84	11	103	27	2	4	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28597665--28597731	31	2.2	29	84	5	80	28	1	2	67	1.14
28597663--28597717	21	2.6	21	78	13	60	25	0	3	70	1.03
28603478--28603512	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
28604954--28604989	9	4.0	9	96	0	63	0	36	0	63	0.94
28609304--28611549	561	4.0	561	94	0	3918	28	17	16	37	1.92
28612568--28612668	31	3.3	30	81	9	89	35	6	10	46	1.66
28612568--28612636	29	2.2	32	82	7	90	37	5	8	47	1.58
28612616--28612683	31	2.2	31	84	5	84	33	8	13	44	1.74
28612806--28612864	29	2.0	30	83	3	75	50	15	5	28	1.65
28614208--28614268	32	1.9	32	86	6	88	26	18	9	45	1.80
28615977--28616043	24	3.0	22	76	16	68	35	1	0	62	1.04
28616951--28617003	19	2.7	20	80	11	65	64	5	0	30	1.17
28616940--28617007	29	2.4	29	78	11	70	61	4	0	33	1.16
28617060--28617105	23	1.9	23	86	8	65	63	0	6	30	1.20
28617060--28617108	25	2.0	25	84	8	64	63	0	6	30	1.19
28632166--28632209	20	2.2	20	84	8	54	54	0	36	9	1.32
28632251--28632329	39	2.0	39	95	0	140	31	12	30	25	1.93
28636169--28636197	14	2.1	14	93	6	51	37	13	20	27	1.91
28640214--28640252	18	2.2	19	86	9	55	56	0	23	20	1.42
28643261--28643295	17	2.1	17	94	5	63	68	5	8	17	1.35
28644660--28644722	27	2.3	27	94	0	108	49	0	30	20	1.49
28654460--28654510	24	2.2	23	83	13	61	49	17	23	9	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28655237--28655290	14	3.9	14	73	9	56	40	0	5	53	1.24
28658189--28658355	87	1.9	86	87	3	246	34	22	16	26	1.95
28662094--28662128	17	2.1	17	89	5	54	25	11	5	57	1.56
28665282--28665368	23	3.7	23	78	4	86	42	14	10	32	1.80
28667392--28667441	24	2.0	25	88	11	77	26	22	4	48	1.68
28668356--28668406	24	2.1	25	88	3	77	27	5	5	60	1.43
28669263--28669322	31	2.0	30	87	9	86	41	0	3	55	1.16
28669263--28669321	30	2.0	31	86	6	86	42	0	3	54	1.17
28669277--28669339	27	2.3	27	78	10	67	41	0	3	55	1.16
28669480--28669533	28	1.9	28	85	7	74	25	0	1	72	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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