genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  29  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7603577--7603603	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7604761--7605009	51	4.6	51	77	14	232	34	14	22	28	1.93
7604791--7604908	62	1.9	62	96	0	218	36	12	20	30	1.90
7611002--7611225	112	2.0	112	99	0	439	44	6	20	28	1.76
7625059--7625204	59	2.5	58	77	11	145	24	11	9	54	1.66
7625421--7625552	31	4.5	29	72	15	101	48	10	13	27	1.75
7625831--7625898	30	2.3	30	84	0	91	45	13	13	27	1.80
7633849--7634088	29	8.2	29	71	14	163	36	1	28	33	1.67
7633872--7634097	58	3.9	58	82	9	273	34	1	29	34	1.68
7633849--7634070	30	7.6	28	71	17	123	35	1	28	34	1.68
7634066--7634171	29	3.5	31	71	15	89	33	6	21	37	1.80
7635300--7635329	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
7635875--7635917	13	3.1	14	80	19	54	18	13	25	41	1.88
7635981--7636021	17	2.3	18	91	4	66	53	0	2	43	1.13
7636365--7636809	201	2.2	200	90	2	698	19	22	22	36	1.95
7644292--7644386	29	3.3	29	72	5	93	36	2	27	33	1.69
7644292--7644708	58	7.1	57	80	7	428	35	1	28	33	1.68
7644306--7644741	29	14.9	29	69	18	221	35	2	28	34	1.69
7644307--7644703	59	6.8	59	83	4	493	35	1	28	34	1.68
7646554--7646601	18	2.8	17	87	6	69	54	2	2	41	1.24
7646516--7646601	17	4.8	17	76	16	75	50	2	1	46	1.21
7656256--7656299	22	2.0	22	82	8	54	43	4	11	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7658671--7658715	14	2.9	16	80	16	58	53	0	0	46	1.00
7659202--7659228	12	2.2	12	100	0	54	22	0	14	62	1.31
7660018--7660064	3	15.7	3	95	0	76	61	0	4	34	1.15
7660128--7660191	29	2.2	29	83	8	78	29	3	7	59	1.41
7664114--7664192	32	2.3	34	78	10	81	30	2	11	55	1.48
7669067--7669148	33	2.4	34	86	8	114	26	9	14	48	1.75
7670863--7670984	12	10.2	12	79	7	113	71	20	2	5	1.18
7670908--7670984	6	12.8	6	71	0	55	72	20	2	3	1.12
7670889--7670984	21	4.4	22	75	10	81	72	18	3	5	1.16
7670908--7670984	9	8.6	9	78	13	61	72	20	2	3	1.12
7670863--7670984	48	2.5	48	82	5	147	71	20	2	5	1.18
7686624--7686669	22	2.1	22	84	8	58	52	0	2	45	1.13
7687749--7687804	27	2.0	28	86	3	78	39	0	5	55	1.23
7687767--7687867	6	16.8	6	76	11	82	45	0	1	52	1.12
7687767--7687861	49	1.9	49	82	4	120	46	0	1	52	1.07
7689526--7689910	30	12.9	30	84	3	474	36	25	3	34	1.72
7689525--7689881	119	3.0	118	87	2	482	36	24	3	35	1.72
7689526--7689907	89	4.3	89	86	2	491	36	25	3	34	1.72
7689882--7690078	59	3.4	58	71	4	171	28	28	5	37	1.78
7701878--7702337	31	13.4	31	65	18	166	34	16	19	29	1.94
7701834--7702458	68	8.9	68	88	5	865	34	16	19	29	1.93
7701841--7702453	37	17.4	35	67	19	289	34	16	19	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7701828--7702458	280	2.3	281	96	0	1167	34	16	18	30	1.94
7702318--7702515	76	2.6	76	88	0	288	34	15	17	33	1.91
7702288--7702490	38	5.6	36	68	18	116	35	15	17	32	1.91
7702794--7702849	27	2.0	28	86	3	78	39	0	5	55	1.23
7702812--7702912	6	16.8	6	76	11	82	45	0	1	52	1.12
7702812--7702906	49	1.9	49	82	4	120	46	0	1	52	1.07
7704698--7705074	30	12.6	30	89	1	526	38	24	2	34	1.68
7708722--7708748	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
7713495--7713598	50	2.1	50	94	0	181	34	14	9	41	1.78
7713439--7713662	114	2.0	113	85	2	306	31	16	10	41	1.82
7713545--7713746	64	3.2	64	85	3	273	30	15	8	45	1.76
7727915--7727958	21	2.1	21	100	0	88	18	13	31	36	1.90
7734544--7734592	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
7736176--7736217	21	2.0	21	95	0	75	26	9	26	38	1.87
7736378--7736494	54	2.1	54	87	4	164	52	1	0	45	1.17
7736491--7736549	24	2.5	24	83	10	68	59	0	3	37	1.14
7739442--7739506	28	2.4	27	72	12	62	30	3	1	64	1.18
7749615--7749654	21	1.9	21	90	10	64	62	2	5	30	1.29
7749574--7749703	67	1.9	67	84	3	172	45	3	8	42	1.52
7755574--7755636	13	4.8	13	80	3	65	36	4	20	38	1.74
7761243--7761350	49	2.2	49	96	1	198	35	18	12	34	1.88
7765698--7765846	51	2.9	50	74	16	119	45	4	16	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7772306--7772344	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
7777605--7777656	20	2.7	19	72	16	52	50	1	0	48	1.12
7777623--7777676	19	2.6	21	75	21	60	53	3	0	42	1.18
7781178--7781574	7	55.3	7	96	3	654	0	56	16	27	1.40
7781221--7781292	9	8.3	9	93	4	114	0	56	20	22	1.42
7783672--7783723	21	2.3	24	81	18	67	38	7	0	53	1.30
7783703--7783750	22	2.1	24	85	14	66	39	2	0	58	1.10
7784845--7784875	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
7784828--7784875	24	2.0	23	84	4	60	39	0	2	58	1.10
7785504--7785547	20	2.3	19	81	14	54	47	2	2	47	1.27
7786463--7786508	15	3.1	15	70	17	51	54	13	8	23	1.66
7787421--7787520	38	2.7	36	80	11	96	40	4	1	55	1.26
7787476--7787531	25	2.2	25	84	6	69	37	0	1	60	1.07
7792283--7792341	30	2.0	30	100	0	118	50	15	3	30	1.60
7810603--7810635	18	1.9	17	88	11	50	24	18	18	39	1.92
7813937--7813990	22	2.5	22	100	0	108	64	12	11	11	1.49
7815510--7815551	22	2.0	21	85	4	57	42	0	2	54	1.13
7816019--7816116	46	2.2	44	83	8	119	40	2	17	39	1.61
7816227--7816262	12	3.0	12	84	15	56	61	0	0	38	0.96
7816275--7816367	32	2.9	32	79	12	111	43	0	1	55	1.06
7816280--7816376	15	6.3	15	72	11	88	43	0	1	55	1.06
7816283--7816397	30	3.9	30	77	10	112	41	0	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7816486--7816519	11	3.0	12	91	8	54	23	23	26	26	2.00
7816633--7816679	12	4.0	12	80	5	60	17	14	17	51	1.77
7816759--7816866	23	4.7	23	87	2	144	25	12	19	41	1.87
7816808--7816866	12	5.1	12	69	22	54	25	13	22	38	1.90
7817716--7817762	18	2.5	19	76	13	53	59	2	17	21	1.47
7817714--7817759	19	2.3	21	75	14	53	58	4	15	21	1.54
7823125--7823485	42	8.4	42	81	8	372	32	10	27	29	1.90
7823278--7823410	49	2.9	48	84	9	179	33	12	27	26	1.93
7823148--7823494	175	2.0	174	85	4	466	32	11	27	29	1.91
7829785--7829823	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
7830704--7830740	19	1.9	19	100	0	74	29	0	27	43	1.55
7835674--7835863	97	2.0	97	89	2	292	37	16	17	28	1.91
7835992--7836039	15	3.5	14	75	13	55	68	2	12	16	1.29
7835992--7836039	14	3.5	13	78	16	53	68	2	12	16	1.29
7835988--7836039	27	1.9	27	88	7	79	67	3	11	17	1.36
7836112--7836442	29	11.5	28	73	14	149	35	3	25	35	1.73
7836140--7836443	57	5.3	55	75	11	209	35	3	25	35	1.73
7836139--7836442	58	5.2	58	76	10	239	35	3	24	35	1.73
7836406--7836473	31	2.2	31	84	7	86	38	2	20	38	1.68
7838121--7838168	17	3.0	16	88	8	71	56	2	2	39	1.23
7838108--7838168	15	4.1	15	78	16	72	54	1	1	42	1.20
7845768--7845801	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7845907--7845943	15	2.5	15	91	8	58	18	0	5	75	0.99
7846080--7846135	28	2.0	28	83	13	71	14	1	10	73	1.18
7846109--7846149	17	2.3	19	88	12	61	17	7	4	70	1.28
7846064--7846203	67	2.1	66	76	11	142	17	4	9	69	1.32
7846306--7846352	22	2.1	22	84	7	60	29	2	4	63	1.25
7846371--7846451	31	2.7	30	80	5	83	30	6	14	48	1.69
7846643--7846704	31	2.1	30	87	6	90	43	11	8	37	1.70
7846639--7846707	29	2.4	27	81	13	84	42	11	8	37	1.72
7855622--7855715	31	3.0	31	85	3	118	37	9	6	46	1.62
7857804--7857846	23	2.0	21	81	9	50	25	13	11	48	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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