genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  67  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20170479--20170769	129	2.3	129	81	4	311	24	17	19	38	1.93
20170528--20170731	43	4.7	44	74	7	161	25	18	18	37	1.93
20170528--20170737	86	2.4	86	78	6	221	25	17	19	38	1.93
20172817--20172974	83	1.9	83	90	0	253	32	18	17	31	1.94
20176988--20177031	20	2.1	22	84	12	58	63	2	0	34	1.07
20177917--20177971	27	2.0	27	85	0	74	34	14	27	23	1.94
20178461--20178519	28	2.1	28	84	6	75	57	6	13	22	1.59
20179464--20179711	121	2.0	121	100	0	496	27	9	19	43	1.82
20182067--20182112	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
20185623--20185738	21	5.8	20	70	22	66	65	5	3	25	1.29
20185623--20185682	18	3.4	17	81	9	57	63	5	1	30	1.25
20185641--20185693	3	17.7	3	84	0	70	64	1	1	32	1.15
20185706--20185742	17	2.1	18	90	5	58	75	0	8	16	1.02
20185999--20186027	14	2.0	15	93	6	51	44	0	41	13	1.44
20193277--20193322	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
20200252--20200297	24	1.9	24	95	0	83	28	10	13	47	1.76
20204074--20204100	13	2.1	13	100	0	54	22	7	51	18	1.70
20206136--20206204	35	2.0	35	97	0	129	34	10	15	39	1.82
20212913--20212942	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
20217797--20218458	216	3.1	212	86	3	864	27	17	15	40	1.89
20219402--20219464	32	2.0	32	93	0	108	38	19	11	31	1.86
20219510--20219608	39	2.5	39	96	0	180	54	16	5	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20219926--20220455	263	2.0	259	83	2	646	27	16	14	41	1.87
20220193--20221897	215	7.9	215	83	3	1957	28	16	14	40	1.88
20221701--20222080	191	2.0	192	82	3	462	28	16	13	41	1.87
20221894--20224017	214	9.9	215	83	2	2434	28	16	14	41	1.87
20223821--20224200	191	2.0	192	82	3	462	28	16	13	41	1.87
20224014--20225209	216	5.6	216	83	2	1437	27	16	13	41	1.86
20225548--20225688	50	2.8	50	70	8	115	35	12	17	35	1.86
20225898--20225930	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
20227320--20227364	18	2.4	18	85	10	56	11	22	4	62	1.46
20228366--20228400	17	2.1	17	89	10	54	5	17	5	71	1.25
20228417--20228483	24	2.7	25	76	15	75	17	8	2	70	1.27
20229628--20229765	50	2.7	51	78	11	149	36	11	16	35	1.85
20229610--20229751	50	2.8	51	75	10	139	35	12	14	36	1.85
20229960--20229992	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
20230820--20231544	217	3.4	210	84	4	923	28	17	14	40	1.88
20231490--20231598	53	2.1	53	87	3	157	18	20	16	44	1.86
20231545--20237085	213	25.4	215	74	10	3493	27	16	14	41	1.87
20231543--20237085	430	12.7	428	75	10	4181	27	16	14	41	1.87
20231545--20237085	643	8.5	641	77	9	4272	27	16	14	41	1.87
20233410--20233732	165	2.0	166	85	3	445	27	15	14	42	1.86
20233891--20237064	635	5.0	637	85	4	3892	28	16	14	41	1.87
20237445--20237486	20	2.0	21	90	4	68	28	28	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20237491--20237598	50	2.2	50	83	6	130	37	12	13	36	1.84
20237807--20237839	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
20239230--20239273	18	2.4	19	81	14	56	11	25	4	59	1.51
20240290--20240346	19	3.0	20	84	7	73	15	7	5	71	1.25
20241556--20241588	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
20241765--20248698	215	32.3	216	81	4	7488	28	17	14	40	1.88
20248690--20257264	213	40.1	214	73	11	4826	27	16	14	40	1.88
20248690--20257258	427	20.0	428	73	11	5184	27	16	14	40	1.88
20251638--20252173	210	2.7	190	80	11	516	29	15	14	39	1.88
20252212--20253198	212	4.6	214	81	5	1070	27	16	15	40	1.89
20252245--20253200	428	2.2	429	82	4	1139	26	16	15	40	1.89
20248719--20257248	857	10.0	852	74	11	5447	27	16	14	40	1.88
20257263--20259680	212	11.3	214	80	4	2295	27	16	14	40	1.88
20257273--20259675	633	3.8	635	83	3	2922	27	16	14	40	1.88
20259703--20259743	21	2.0	21	86	13	59	26	7	9	56	1.58
20259678--20263654	213	18.7	213	81	4	4183	28	16	14	40	1.88
20259695--20263654	643	6.2	644	82	5	4327	28	16	14	40	1.88
20263663--20264863	212	5.6	213	82	4	1169	27	16	15	40	1.88
20263865--20265857	996	2.0	994	83	3	2555	27	16	15	40	1.89
20264737--20265002	139	1.9	140	83	7	344	28	16	13	41	1.86
20264856--20266065	213	5.7	215	83	3	1300	27	16	15	40	1.88
20266070--20269857	214	17.7	214	81	4	4106	27	16	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20266070--20269857	430	8.8	427	81	4	3981	27	16	14	40	1.88
20269729--20269996	141	1.9	138	84	2	356	29	14	14	41	1.85
20269855--20270624	215	3.6	213	81	6	867	27	15	15	40	1.88
20270525--20270778	139	1.8	139	86	1	366	29	14	15	40	1.87
20269070--20274678	782	7.0	775	73	13	3557	28	16	14	40	1.88
20270631--20272277	213	7.7	215	82	5	1686	27	16	14	41	1.87
20268674--20271635	998	3.0	995	78	9	3178	27	16	14	41	1.88
20271952--20272622	356	1.9	352	81	5	825	29	17	13	39	1.88
20272269--20273916	213	7.7	214	82	5	1717	28	17	14	39	1.89
20271707--20272846	569	2.0	566	83	3	1439	29	17	13	40	1.87
20273347--20274485	569	2.0	565	84	2	1505	29	17	13	39	1.88
20273914--20275189	216	5.9	214	82	4	1440	28	17	13	40	1.88
20275203--20276277	213	5.0	213	82	2	1266	40	14	17	27	1.89
20275210--20276273	429	2.5	426	81	3	1206	40	14	17	27	1.89
20276849--20277103	139	1.8	139	88	0	393	29	15	16	39	1.89
20276625--20277316	352	2.0	355	84	3	912	29	16	14	40	1.87
20276956--20277717	213	3.6	216	84	3	930	28	16	13	41	1.86
20279311--20280550	216	6.0	196	74	12	557	28	17	14	40	1.88
20279507--20281649	216	10.0	216	81	3	2224	28	16	13	40	1.87
20279507--20281649	430	5.0	424	80	5	2158	28	16	13	40	1.87
20279241--20298195	621	30.1	641	76	9	12530	28	17	13	40	1.88
20281284--20281330	19	2.2	22	85	14	64	29	4	10	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20281492--20281801	152	2.0	155	88	1	464	25	14	16	43	1.85
20281647--20298195	213	78.8	211	74	10	11679	28	17	13	40	1.88
20281647--20314191	428	76.3	427	74	10	21988	28	17	14	40	1.88
20282278--20282651	192	1.9	192	84	3	502	28	16	14	40	1.88
20283327--20283700	192	1.9	192	84	3	493	28	16	14	40	1.88
20284376--20284749	192	1.9	192	84	3	493	28	16	14	40	1.88
20285425--20285798	192	1.9	192	83	4	477	28	15	14	41	1.86
20286481--20286847	192	1.9	192	84	3	488	27	16	14	41	1.87
20287523--20287896	192	1.9	192	83	3	484	28	16	14	40	1.88
20288568--20288944	192	2.0	192	83	6	478	27	16	15	40	1.89
20289620--20289983	192	1.9	192	85	3	500	28	16	14	40	1.87
20290670--20291043	192	1.9	192	83	4	486	28	16	14	41	1.87
20291719--20292092	192	1.9	192	84	3	502	28	16	14	40	1.88
20293816--20294179	192	1.9	192	85	3	500	28	16	14	40	1.87
20294863--20295229	192	1.9	192	83	5	483	27	15	15	40	1.88
20295915--20296278	192	1.9	192	83	6	470	27	16	15	40	1.88
20296962--20297338	192	2.0	192	84	4	492	27	16	15	40	1.89
20297997--20298387	192	2.0	192	86	3	538	27	17	15	39	1.90
20298189--20299245	213	4.9	214	79	7	1043	28	18	13	40	1.88
20299064--20299437	192	1.9	192	84	3	493	28	16	14	40	1.87
20300111--20300487	192	2.0	192	84	3	490	28	16	14	40	1.88
20300303--20302812	215	11.8	214	79	6	2313	28	16	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20301161--20301526	192	1.9	192	86	3	522	27	15	16	40	1.88
20301339--20302812	217	6.8	215	82	3	1615	27	17	13	41	1.87
20302661--20302964	152	2.0	155	84	5	404	27	15	15	41	1.87
20302860--20303249	193	2.0	191	80	5	430	29	20	11	38	1.88
20303050--20304957	216	8.9	215	83	4	2128	28	17	14	39	1.88
20304822--20305109	153	1.9	153	81	2	355	29	19	15	35	1.93
20305142--20305521	192	2.0	190	81	5	444	26	18	12	41	1.87
20305327--20314199	216	41.5	215	82	4	9563	27	17	14	40	1.88
20314665--20314727	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
20315683--20316214	216	2.5	214	83	3	662	27	17	14	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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