genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27354133--27354214	38	2.2	38	88	4	121	35	10	15	37	1.83
27357113--27357157	15	2.9	15	90	3	63	42	6	4	46	1.50
27358757--27358809	6	8.5	6	80	12	54	7	0	47	45	1.31
27363947--27364351	53	7.6	53	87	2	580	34	22	16	26	1.95
27367453--27367508	23	2.4	23	75	0	58	32	16	17	33	1.92
27371834--27371899	13	5.1	13	76	7	71	30	6	25	37	1.80
27373443--27373502	31	1.9	31	93	0	102	35	11	8	45	1.71
27375329--27375375	23	2.1	22	84	4	58	57	4	4	34	1.38
27377373--27377418	23	2.0	23	82	0	56	36	19	10	32	1.87
27378151--27378488	30	11.5	28	78	11	277	35	2	25	36	1.71
27378145--27378438	59	4.9	60	78	12	214	36	2	25	36	1.68
27380157--27380201	6	7.3	6	80	14	56	55	0	0	44	0.99
27380158--27380201	7	7.0	7	82	17	53	56	0	0	43	0.99
27380875--27381302	49	8.7	49	74	4	358	17	33	16	32	1.93
27380861--27381248	198	2.0	198	84	1	517	19	32	15	31	1.93
27380861--27381248	99	3.9	99	79	3	415	19	32	15	31	1.93
27389473--27389858	30	13.0	30	79	9	341	34	2	27	35	1.70
27389473--27389854	59	6.5	58	79	7	340	34	2	27	35	1.70
27389471--27389858	89	4.4	88	79	6	383	34	2	28	35	1.70
27392264--27392338	11	6.5	11	75	11	62	5	25	0	69	1.09
27392271--27392335	23	2.8	22	79	11	58	6	24	0	69	1.11
27392710--27392775	21	3.1	21	91	2	105	43	33	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27392882--27392940	7	8.7	7	83	7	77	15	23	25	35	1.94
27392882--27392946	20	3.2	20	97	0	121	15	23	24	36	1.93
27392882--27392940	13	4.4	14	82	8	77	15	23	25	35	1.94
27399304--27399378	11	6.5	11	75	11	62	5	25	0	69	1.09
27399311--27399375	23	2.8	22	79	11	58	6	24	0	69	1.11
27399750--27399815	21	3.1	21	87	10	98	45	33	0	21	1.52
27399867--27399935	10	6.7	10	75	5	66	18	24	28	27	1.98
27399867--27399935	21	3.3	21	81	2	68	18	24	28	27	1.98
27399922--27399980	7	8.7	7	79	7	68	15	23	23	37	1.93
27399927--27399984	20	2.9	20	94	0	107	13	24	22	39	1.90
27399949--27399973	13	1.9	13	100	0	50	16	24	24	36	1.94
27405347--27405423	32	2.5	31	79	14	86	57	3	0	38	1.17
27406954--27406978	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27410594--27410622	6	4.8	6	100	0	58	0	65	0	34	0.93
27413719--27413756	6	6.3	6	90	0	58	10	34	21	34	1.87
27413719--27413756	12	3.2	12	96	0	67	10	34	21	34	1.87
27415285--27415355	32	2.2	32	82	9	83	52	12	5	29	1.62
27415562--27415625	3	21.3	3	100	0	128	32	0	0	67	0.91
27416483--27416536	17	3.1	17	76	13	56	44	0	0	55	0.99
27416483--27416536	18	2.9	20	68	18	53	44	0	0	55	0.99
27418215--27418285	36	2.0	36	91	0	115	14	16	22	46	1.83
27420513--27420552	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27421241--27421327	45	1.9	45	97	0	165	24	3	31	41	1.71
27425189--27425222	17	1.9	18	88	5	52	14	11	8	64	1.49
27433589--27433630	18	2.3	18	87	0	57	21	19	19	40	1.92
27444916--27444941	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
27445050--27445090	20	2.0	20	100	0	82	48	9	9	31	1.69
27451911--27451966	25	2.2	25	78	6	60	73	5	8	12	1.24
27461265--27461305	3	13.7	3	100	0	82	34	31	0	34	1.58
27461304--27461338	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
27467805--27467836	12	2.7	12	100	0	64	9	46	25	18	1.79
27468519--27468563	24	2.0	23	83	12	58	46	11	15	26	1.79
27476906--27477014	53	2.0	54	94	1	193	37	16	3	42	1.66
27477000--27477058	26	2.3	26	87	0	82	32	15	11	40	1.83
27503679--27503719	15	2.8	14	85	10	55	80	0	17	2	0.82
27508920--27508984	3	22.7	3	73	14	57	0	33	1	64	1.03
27508921--27508977	16	3.7	15	77	17	64	0	33	0	66	0.92
27508920--27508977	30	1.9	30	89	6	91	0	32	0	67	0.91
27515086--27515136	18	2.8	18	68	11	50	21	15	19	43	1.88
27526970--27527024	17	3.2	17	77	7	58	21	16	12	49	1.79
27527579--27527614	19	1.9	19	88	5	56	80	0	16	2	0.83
27532651--27532706	18	3.1	19	85	12	73	39	0	5	55	1.23
27532610--27532693	27	3.0	27	72	11	80	44	0	4	51	1.22
27535392--27535449	30	1.9	30	92	0	98	29	22	6	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27539191--27539462	139	2.0	140	93	0	465	36	19	16	27	1.93
27542318--27542372	29	1.9	28	85	3	74	23	21	25	29	1.99
27551028--27551058	15	2.1	15	93	0	53	58	25	0	16	1.38
27551118--27551181	31	2.1	31	90	0	101	21	23	14	40	1.90
27555637--27555670	15	2.2	16	89	5	52	41	0	29	29	1.57
27555989--27556032	10	4.5	10	80	5	54	84	0	13	2	0.73
27556944--27557086	50	2.8	51	73	10	148	35	16	19	27	1.94
27556895--27557323	100	4.3	100	78	7	386	34	16	18	30	1.93
27557343--27557648	50	6.1	48	71	16	151	35	18	21	24	1.96
27557393--27557722	150	2.2	150	92	1	545	33	18	20	26	1.96
27557381--27557679	50	6.0	50	70	16	188	35	18	20	25	1.95
27557410--27557722	50	6.3	50	71	11	176	34	17	21	26	1.95
27557393--27557767	150	2.5	150	88	2	513	34	18	20	26	1.96
27556893--27557802	100	9.1	99	73	8	268	35	17	19	28	1.94
27557794--27558115	143	2.3	143	81	3	387	35	17	18	29	1.93
27558394--27558430	13	2.9	13	84	15	51	51	40	0	8	1.32
27558437--27558468	15	2.1	16	88	11	50	62	25	0	12	1.30
27559238--27559280	23	1.9	22	86	13	61	18	2	4	74	1.10
27571067--27571160	38	2.5	37	79	8	109	29	26	14	28	1.95
27574306--27574330	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
27574428--27574476	17	2.9	17	90	0	62	18	20	8	53	1.70
27574445--27574497	17	3.1	17	86	0	70	22	18	9	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27577748--27577790	22	1.9	23	81	13	54	44	0	20	34	1.52
27579746--27580053	43	7.3	43	77	6	272	28	27	18	24	1.98
27582363--27582622	29	9.0	27	68	15	117	31	1	33	33	1.67
27582328--27582622	59	5.1	58	86	7	345	32	2	32	33	1.70
27583724--27583789	19	3.5	19	87	0	87	45	4	1	48	1.32
27584479--27584555	17	4.5	17	75	1	73	50	5	1	42	1.32
27584465--27584541	34	2.3	33	80	6	82	46	3	1	48	1.28
27591433--27591834	82	4.9	82	85	0	536	19	29	19	31	1.96
27591438--27591834	41	9.7	41	82	0	472	19	29	19	31	1.96
27591782--27591887	53	2.0	53	83	0	131	18	27	17	35	1.94
27591840--27591933	41	2.3	40	83	1	107	15	26	21	36	1.94
27591741--27591926	94	2.0	93	84	1	246	17	29	18	34	1.94
27604500--27604538	14	3.0	12	82	17	51	66	0	33	0	0.92
27607663--27608059	107	3.8	103	82	11	497	52	5	3	38	1.41
27607988--27608037	19	2.7	20	77	20	54	52	0	0	48	1.00
27607670--27608047	204	1.9	204	89	5	595	52	4	3	39	1.39
27611359--27611391	17	1.9	17	100	0	66	36	18	9	36	1.82
27618653--27618701	21	2.3	21	89	0	71	18	16	24	40	1.90
27623661--27623695	10	3.4	10	92	4	52	54	11	5	28	1.59
27624054--27624296	121	2.0	121	92	0	405	39	21	8	29	1.83
27624511--27624535	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
27637320--27637352	17	1.9	17	93	0	57	21	21	9	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27643666--27643708	18	2.3	19	88	4	61	55	11	18	13	1.68
27649874--27649936	24	2.6	24	82	0	81	26	11	9	52	1.67
27651836--27651951	24	4.9	24	88	2	171	30	11	7	50	1.66
27651836--27651951	47	2.4	48	89	1	171	30	11	7	50	1.66
27662422--27662468	4	11.8	4	86	0	67	68	0	2	29	1.02
27663845--27663916	19	3.9	18	73	21	53	66	4	2	26	1.23
27665009--27665064	23	2.4	23	85	5	69	41	23	28	7	1.80
27666030--27666080	20	2.5	20	75	12	59	29	15	29	25	1.96
27666134--27666218	20	4.3	19	79	16	84	60	3	2	34	1.27
27666134--27666218	9	8.6	10	73	20	72	60	3	2	34	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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