genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  32  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8359412--8359456	23	1.9	24	82	13	58	64	2	4	28	1.25
8360478--8360527	23	2.2	23	100	0	100	36	8	12	44	1.71
8364492--8364602	22	5.0	22	85	5	143	39	25	24	10	1.87
8364491--8364608	23	5.2	23	84	6	161	38	25	26	10	1.87
8364492--8364608	45	2.6	45	91	2	191	38	25	25	10	1.87
8370253--8370390	23	6.0	23	93	0	204	15	18	22	43	1.87
8372523--8372619	49	2.0	49	91	2	160	49	2	9	39	1.47
8384482--8384533	21	2.5	21	81	6	61	26	17	28	26	1.97
8386713--8386945	51	4.6	51	91	1	369	31	23	13	31	1.93
8391630--8391679	22	2.3	22	85	0	73	28	8	26	38	1.84
8400923--8400966	20	2.1	21	95	4	81	29	13	43	13	1.83
8400929--8400974	20	2.2	20	84	3	56	34	8	41	15	1.78
8411226--8411270	6	7.5	6	89	0	63	46	0	31	22	1.52
8412804--8412848	23	1.9	24	81	4	56	62	4	2	31	1.27
8413400--8413441	21	2.0	20	86	4	57	61	2	2	33	1.21
8413961--8413992	6	5.3	6	96	0	55	0	18	37	43	1.51
8419149--8419191	18	2.4	18	84	7	52	51	2	0	46	1.13
8422749--8422800	20	2.7	20	77	14	63	53	0	0	46	1.00
8422751--8422848	20	4.8	19	70	14	61	55	1	0	43	1.06
8423412--8423472	21	2.9	21	76	11	63	40	1	3	54	1.27
8434118--8434162	23	2.0	23	95	0	81	8	24	22	44	1.81
8434125--8434187	23	2.7	24	80	9	60	11	26	22	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8434165--8434241	23	3.1	24	82	16	95	12	24	20	41	1.88
8434178--8434273	48	2.0	48	83	4	122	13	27	19	39	1.89
8434866--8434913	25	1.9	25	100	0	96	43	2	0	54	1.12
8435049--8435089	21	2.0	21	90	4	66	53	0	0	46	1.00
8437392--8437482	6	15.0	6	76	11	78	48	2	1	48	1.21
8437364--8437418	28	2.0	28	88	0	83	38	0	3	58	1.16
8437383--8437456	17	4.6	16	83	11	89	39	1	1	58	1.15
8438993--8439289	161	1.8	161	90	2	481	25	17	13	43	1.85
8439469--8439628	29	5.4	29	69	18	107	30	25	4	40	1.75
8439460--8439653	59	3.3	58	83	8	241	30	26	4	38	1.75
8451615--8452295	69	9.9	68	91	1	1085	34	15	20	28	1.94
8451615--8452295	137	5.0	137	94	1	1125	34	15	20	28	1.94
8451615--8452295	205	3.3	206	92	1	1118	34	15	20	28	1.94
8452659--8452749	6	15.0	6	76	11	78	48	2	1	48	1.21
8452631--8452685	28	2.0	28	88	0	83	38	0	3	58	1.16
8452650--8452723	17	4.6	16	83	11	89	39	1	1	58	1.15
8454257--8454574	162	2.0	161	91	1	512	25	17	13	43	1.86
8454735--8454893	29	5.4	29	67	16	103	28	28	4	38	1.76
8454725--8454919	59	3.3	58	87	3	275	30	27	4	37	1.75
8454754--8454914	30	5.5	30	72	19	142	31	26	3	38	1.74
8454722--8454956	59	4.0	57	77	10	224	28	28	5	36	1.81
8459087--8459274	59	3.2	59	83	10	228	36	2	27	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8459086--8459189	29	3.6	29	74	19	108	35	2	28	32	1.72
8459173--8459264	29	3.2	29	79	17	118	40	2	25	32	1.68
8459182--8459274	29	3.2	29	77	19	113	36	2	24	36	1.68
8459717--8459779	17	3.8	16	75	6	63	57	6	0	36	1.24
8459701--8459774	27	2.7	27	76	0	67	52	5	1	40	1.33
8461088--8461159	36	2.0	36	94	0	126	43	9	8	38	1.68
8461095--8461169	36	2.1	36	90	2	116	42	8	8	41	1.63
8461509--8461602	46	2.0	46	83	4	118	48	5	23	22	1.70
8461661--8461701	16	2.4	19	76	23	54	48	0	2	48	1.14
8461661--8461704	18	2.6	16	80	20	54	52	0	2	45	1.13
8462037--8462092	29	1.9	30	92	3	96	55	7	7	30	1.54
8462168--8462194	14	1.9	14	100	0	54	22	7	37	33	1.82
8482399--8482478	40	2.0	40	82	4	99	33	15	20	31	1.93
8483596--8483635	20	2.0	20	90	0	62	45	2	15	37	1.59
8495552--8495587	18	2.1	18	89	5	56	36	0	8	55	1.30
8501097--8501162	30	2.3	29	82	12	75	63	0	0	36	0.95
8501113--8501163	15	3.4	14	78	21	59	62	0	0	37	0.95
8502243--8502271	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
8502679--8502727	23	2.0	23	84	7	62	42	4	6	46	1.47
8506532--8506593	27	2.3	27	94	0	106	37	8	8	46	1.63
8508498--8508540	16	2.8	15	82	3	50	2	13	2	81	0.89
8509572--8509683	39	2.9	38	84	10	145	38	21	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8511197--8511235	14	2.8	13	85	11	51	25	2	0	71	0.98
8513902--8513949	26	1.9	25	83	8	62	72	2	4	20	1.11
8516832--8516897	30	2.2	31	78	13	75	46	4	9	39	1.56
8518717--8519046	163	2.0	160	87	3	473	35	21	13	30	1.91
8523918--8524070	59	2.6	56	78	14	159	44	0	20	34	1.52
8523918--8524070	58	2.6	57	80	10	159	44	0	20	34	1.52
8523946--8524148	87	2.3	88	81	4	250	43	0	19	35	1.58
8523921--8524198	59	4.8	56	74	13	158	43	0	19	37	1.56
8523904--8524129	29	7.8	28	73	16	142	42	0	21	35	1.59
8524105--8524327	60	3.8	58	80	5	225	39	1	17	42	1.57
8524121--8524327	30	6.9	30	77	9	199	39	0	16	42	1.55
8524018--8524317	30	10.2	28	72	15	137	40	1	18	40	1.58
8524132--8524327	60	3.3	59	83	6	229	38	0	16	44	1.52
8525159--8525325	77	2.3	71	86	8	221	54	7	3	34	1.47
8525301--8525341	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8526882--8527183	49	6.2	49	83	2	304	13	26	20	39	1.90
8526904--8527131	97	2.3	98	86	2	316	12	26	22	38	1.90
8526904--8527239	97	3.4	97	80	5	291	13	26	21	39	1.90
8526854--8527183	146	2.3	146	77	3	342	13	27	21	37	1.91
8533117--8533276	29	5.4	29	74	13	123	37	4	26	31	1.76
8533112--8533226	59	2.0	59	84	3	153	36	4	28	30	1.77
8533292--8533468	30	5.9	29	74	9	124	37	2	20	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8533259--8533449	60	3.2	60	84	3	240	37	2	21	38	1.65
8534851--8534923	33	2.2	34	85	2	94	53	5	1	39	1.33
8534888--8534944	27	2.1	27	87	6	80	64	5	0	29	1.15
8534869--8534923	16	3.4	16	90	5	83	56	3	0	40	1.17
8535365--8535402	13	3.0	13	88	3	51	28	0	7	63	1.23
8538424--8538459	2	18.5	2	91	5	56	55	0	0	44	0.99
8538893--8538930	19	2.0	20	89	5	60	47	13	0	39	1.42
8545492--8545595	40	2.6	40	87	0	154	39	19	19	22	1.93
8548756--8548817	29	2.2	28	82	2	70	43	1	9	45	1.46
8549285--8549490	109	1.9	108	81	3	252	39	16	14	29	1.88
8550434--8550484	18	2.7	19	76	8	52	17	9	0	72	1.11
8550943--8551144	106	1.9	108	81	5	248	32	14	15	37	1.88
8552130--8552170	12	3.4	12	93	6	66	0	2	31	65	1.05
8552123--8552180	23	2.5	22	76	15	57	1	5	27	65	1.23
8552129--8552182	24	2.2	24	78	12	58	1	3	27	66	1.19
8552364--8552461	49	2.0	48	82	7	119	27	0	8	64	1.22
8553552--8553597	23	2.1	21	84	11	58	52	10	6	30	1.62
8556371--8556410	21	1.9	21	85	10	55	65	5	0	30	1.14
8556541--8556583	17	2.5	17	84	3	50	34	0	4	60	1.17
8557135--8557232	48	2.0	48	100	0	196	38	10	4	46	1.57
8563341--8563434	48	2.0	48	86	0	134	25	14	13	45	1.82
8565776--8565815	21	2.0	20	90	5	62	62	0	10	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565824--8565892	33	2.1	32	86	2	93	40	2	14	42	1.61
8567994--8568092	23	4.2	23	77	12	94	11	25	22	41	1.86
8568053--8568131	39	2.0	39	85	4	106	12	18	21	46	1.82
8568092--8568138	23	2.0	23	87	0	67	10	19	21	48	1.78
8577345--8577389	23	1.9	24	86	4	65	73	2	2	22	1.05
8577623--8577685	26	2.4	25	82	10	65	46	1	3	49	1.27
8578405--8578451	3	15.3	3	80	12	51	61	0	0	38	0.96
8579463--8579525	29	2.1	31	82	11	78	36	31	0	31	1.58
8579463--8579518	29	1.9	30	85	7	80	37	28	0	33	1.58
8579471--8579553	29	2.9	29	72	22	68	36	28	1	33	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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