genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21086768--21108116	853	25.0	851	77	9	16748	40	14	17	27	1.88
21117345--21117381	19	2.1	19	85	10	51	45	0	0	54	1.00
21117396--21117446	19	2.7	19	93	0	93	37	3	5	52	1.44
21125911--21125943	16	2.1	16	100	0	66	39	6	18	36	1.75
21128651--21128707	29	1.9	30	89	3	89	29	14	28	28	1.95
21137780--21137811	12	2.7	12	95	0	55	59	0	37	3	1.13
21138125--21138151	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
21141286--21141326	12	3.5	12	87	12	59	41	0	0	58	0.98
21147847--21147892	23	2.0	24	82	4	58	76	2	8	13	1.11
21158193--21158293	20	4.9	20	73	10	80	32	6	12	47	1.68
21158193--21158283	40	2.3	40	82	3	103	30	7	14	47	1.72
21158728--21158802	36	2.1	37	82	7	91	45	10	9	34	1.71
21159365--21159867	252	2.0	252	95	0	907	29	17	20	32	1.96
21160735--21160803	20	3.5	20	93	0	111	33	11	14	40	1.82
21160736--21160823	40	2.2	40	81	4	97	36	12	12	38	1.81
21166314--21166444	19	6.9	19	79	5	124	26	23	17	32	1.97
21166314--21166444	37	3.5	37	82	3	154	26	23	17	32	1.97
21172575--21172628	21	2.6	21	79	5	65	27	27	11	33	1.91
21173317--21173394	19	4.0	20	88	3	106	21	21	20	35	1.96
21173317--21173394	39	2.0	39	85	5	104	21	21	20	35	1.96
21185852--21185936	20	4.2	20	75	10	68	28	7	16	48	1.72
21185852--21185936	40	2.1	40	82	4	100	28	7	16	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21189749--21189778	14	2.1	14	93	0	51	6	10	0	83	0.81
21191077--21191253	49	3.7	48	78	8	189	15	24	19	40	1.91
21191076--21191259	98	1.9	96	85	2	251	16	24	19	40	1.91
21191675--21191709	18	1.9	18	88	0	52	54	8	11	25	1.64
21203974--21204003	14	2.1	14	93	0	51	6	10	0	83	0.81
21206563--21206612	17	2.9	17	76	5	55	32	22	28	18	1.97
21212020--21212363	185	1.9	179	86	7	496	39	4	4	51	1.43
21212201--21212397	107	1.8	107	87	6	292	37	3	7	52	1.46
21212768--21212822	16	3.5	16	82	2	67	9	23	34	32	1.86
21212791--21212839	16	3.0	17	85	5	57	8	26	34	30	1.86
21215223--21215258	13	2.9	12	84	8	54	75	0	22	2	0.94
21228073--21228130	21	2.8	21	81	0	62	25	20	17	36	1.94
21229866--21230100	52	4.5	52	85	1	310	25	14	23	36	1.93
21232169--21232289	40	3.0	40	85	2	127	25	24	19	29	1.99
21232192--21232420	120	1.9	120	83	5	293	22	24	20	32	1.98
21232182--21232412	40	5.8	40	86	2	248	22	25	20	31	1.98
21236239--21236386	69	2.1	69	94	0	260	29	16	27	27	1.97
21236272--21236380	37	3.1	37	69	17	122	28	15	29	26	1.96
21236284--21236480	33	5.9	32	69	12	128	28	16	27	27	1.97
21237333--21237382	21	2.4	21	79	0	55	28	10	24	38	1.87
21243274--21243378	51	2.2	49	86	8	144	50	12	17	20	1.77
21246893--21246938	21	2.2	20	84	3	56	78	2	2	17	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21247998--21248043	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
21251618--21251643	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
21252877--21253058	37	4.9	37	82	0	211	31	28	22	17	1.97
21252851--21253058	111	1.9	111	84	4	285	31	27	22	18	1.97
21255720--21255796	38	2.0	38	100	0	154	37	15	18	28	1.91
21260169--21260354	74	2.5	74	86	2	257	29	32	23	15	1.95
21260169--21260355	37	5.0	37	84	1	232	29	32	22	15	1.95
21262943--21262997	27	2.0	28	82	10	69	50	10	0	38	1.37
21263022--21263064	22	2.0	22	81	9	52	51	13	4	30	1.62
21263657--21263725	27	2.5	28	85	7	104	55	1	0	43	1.08
21269431--21269455	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
21272221--21272258	15	2.5	15	84	12	51	57	5	0	36	1.21
21276815--21276850	17	2.1	17	89	0	54	16	11	25	47	1.79
21277714--21277789	34	2.2	34	92	0	125	51	1	18	28	1.54
21278008--21278052	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
21280599--21280733	25	5.2	25	75	9	112	26	17	21	34	1.95
21280589--21280708	52	2.3	52	84	2	145	25	16	22	35	1.95
21281438--21281493	21	2.7	21	94	0	103	37	12	25	25	1.91
21286737--21287016	139	2.0	139	96	1	517	35	14	17	32	1.90
21288118--21288159	21	2.0	21	85	0	57	38	16	11	33	1.86
21290415--21290542	36	3.6	36	94	0	220	22	24	11	41	1.87
21292724--21292867	28	5.1	28	81	8	166	24	20	8	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21292719--21292867	57	2.6	57	81	8	185	24	20	8	46	1.79
21294344--21294380	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
21297430--21297483	20	2.7	20	85	0	72	38	7	9	44	1.65
21298928--21298959	3	10.7	3	93	0	55	62	0	34	3	1.11
21302763--21302843	21	3.9	21	70	12	60	33	20	11	34	1.88
21310832--21310968	36	3.8	36	85	1	168	23	16	26	34	1.95
21310832--21310995	72	2.3	72	85	6	208	23	16	25	34	1.95
21310838--21310999	36	4.5	36	80	9	125	24	15	25	34	1.95
21314234--21314292	16	3.7	16	81	0	64	49	6	18	25	1.72
21327210--21327241	9	3.6	9	95	0	55	40	3	0	56	1.15
21329588--21329614	7	3.9	7	100	0	54	0	70	0	29	0.88
21330567--21330595	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
21335942--21336016	11	7.5	11	64	27	51	70	1	1	26	1.03
21335922--21336016	9	10.4	9	70	20	56	72	2	1	24	1.02
21335929--21336008	38	2.2	35	84	10	99	73	1	1	23	0.97
21335942--21336056	20	5.8	20	72	7	110	64	2	1	31	1.17
21336253--21336350	20	5.2	20	71	18	66	28	5	1	65	1.20
21336248--21336346	29	3.4	29	77	10	105	30	5	1	63	1.22
21336320--21336363	11	4.2	11	80	11	56	22	2	0	75	0.92
21336263--21336366	20	5.5	19	71	7	68	28	4	0	65	1.19
21336301--21336352	9	5.7	9	73	13	52	25	1	0	73	0.94
21336349--21336415	32	2.2	31	78	13	75	32	1	4	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21336359--21336418	32	1.9	32	93	3	104	36	0	5	58	1.20
21340573--21340605	16	2.1	16	100	0	66	24	18	18	39	1.92
21350554--21350592	18	2.2	18	90	0	60	76	2	5	15	1.06
21350615--21350672	11	5.2	11	85	2	62	20	1	5	72	1.13
21351053--21351100	23	2.0	24	84	11	64	27	4	20	47	1.68
21351587--21351634	10	4.6	10	80	17	53	72	4	12	10	1.24
21351578--21351634	21	2.7	21	86	8	80	75	3	12	8	1.16
21351618--21351652	17	2.0	18	94	5	63	74	0	14	11	1.08
21351587--21351671	11	9.0	9	72	23	52	71	2	15	10	1.23
21352255--21352300	25	1.9	23	86	8	65	34	4	4	56	1.39
21357640--21357668	14	2.0	15	93	6	51	37	6	0	55	1.27
21357880--21357919	19	2.1	19	85	4	53	42	0	0	57	0.98
21357915--21357968	10	5.4	10	77	14	58	31	0	1	66	1.02
21357907--21357975	21	3.4	20	78	7	77	39	0	1	59	1.06
21357896--21357972	30	2.6	31	82	13	99	38	0	1	59	1.06
21357907--21357964	22	2.7	21	84	7	64	37	0	1	60	1.07
21357907--21357975	10	6.9	10	75	11	52	39	0	1	59	1.06
21360763--21360789	14	1.9	14	100	0	54	22	7	33	37	1.82
21365156--21365264	57	1.9	57	84	3	148	23	40	0	34	1.61
21370669--21370727	18	3.4	18	76	4	68	13	16	0	69	1.19
21371616--21371821	6	33.8	6	75	14	120	71	5	5	16	1.24
21371659--21371821	23	6.8	24	74	15	115	73	4	6	16	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21371656--21371821	18	9.4	17	78	10	138	72	4	6	16	1.20
21373665--21373697	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
21373915--21374047	50	2.6	51	77	9	146	36	15	12	35	1.86
21375249--21375306	25	2.3	25	90	3	89	72	1	5	20	1.13
21375249--21375341	25	3.6	26	78	16	86	74	2	5	18	1.11
21375247--21375341	26	3.5	29	79	16	105	74	2	5	17	1.10
21375247--21375358	52	2.1	54	82	9	133	74	2	7	16	1.16
21376368--21376412	18	2.4	18	85	10	56	62	4	22	11	1.46
21377702--21377734	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
21377827--21377913	33	2.6	33	96	0	156	33	13	6	45	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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