genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  79  of  135  ( 16151 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24226472--24226509	18	2.1	18	90	0	58	31	28	18	21	1.97
24226654--24226679	7	3.7	7	100	0	52	0	53	0	46	1.00
24238680--24238715	18	2.0	18	88	0	54	38	27	13	19	1.90
24247029--24247186	37	4.3	37	86	0	208	13	17	32	35	1.90
24254710--24254750	19	2.2	18	91	4	64	21	29	21	26	1.99
24256139--24256199	32	1.9	31	87	9	88	60	0	0	39	0.97
24263857--24263949	27	3.1	27	72	21	96	29	4	9	56	1.50
24281947--24282225	50	5.6	50	85	0	360	35	17	27	20	1.94
24282037--24282218	24	7.3	24	68	14	91	34	17	28	19	1.94
24281952--24282196	26	9.7	26	67	10	105	36	17	26	19	1.94
24281951--24282225	150	1.8	150	88	1	417	36	17	26	19	1.94
24284792--24284907	51	2.3	51	90	0	187	32	12	25	29	1.93
24286696--24286730	5	6.8	5	87	6	52	17	0	2	80	0.84
24286694--24286735	11	3.8	11	81	9	50	21	0	2	76	0.90
24286696--24286732	16	2.3	16	85	0	56	18	0	2	78	0.87
24288274--24288308	14	2.5	14	90	9	54	28	11	0	60	1.32
24290075--24290121	22	2.2	22	92	3	78	74	4	6	14	1.17
24290932--24291013	31	2.7	30	76	14	87	63	4	0	31	1.15
24290994--24291018	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24291965--24292285	79	4.1	79	95	0	572	30	18	4	47	1.69
24291965--24292285	157	2.0	158	95	0	572	30	18	4	47	1.69
24292305--24292352	21	2.3	21	80	16	55	31	18	0	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24292563--24292607	22	2.0	23	83	12	58	37	26	20	15	1.92
24294506--24294533	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
24298694--24298733	20	2.0	20	85	5	53	45	5	17	32	1.70
24301027--24301074	15	3.2	15	88	5	62	37	8	25	29	1.85
24305480--24305541	31	2.0	31	100	0	124	35	9	25	29	1.88
24317961--24317993	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
24324282--24324337	29	2.0	26	83	10	67	66	1	8	23	1.30
24324390--24324429	15	2.8	14	81	7	53	72	0	10	17	1.11
24324390--24324429	7	5.6	7	85	5	53	72	0	10	17	1.11
24324571--24324608	13	2.9	13	77	14	51	73	0	5	21	1.02
24324855--24324937	37	2.2	37	89	0	121	30	25	19	25	1.98
24327320--24327373	21	2.6	21	82	5	65	29	14	24	31	1.95
24333208--24333498	158	1.8	158	90	0	474	30	22	22	24	1.99
24335609--24335756	41	3.6	41	93	0	251	37	11	22	27	1.89
24340652--24341109	228	2.0	228	99	0	898	29	17	24	28	1.97
24342761--24343017	41	6.2	41	94	1	460	36	10	25	27	1.89
24342761--24343017	83	3.1	83	95	0	471	36	10	25	27	1.89
24342761--24343017	124	2.1	124	94	1	462	36	10	25	27	1.89
24348712--24348774	24	2.5	25	75	12	58	39	28	14	17	1.89
24355793--24355851	30	2.0	30	96	0	109	23	22	11	42	1.86
24357878--24357927	20	2.5	20	81	15	50	42	16	0	42	1.47
24359404--24359720	158	2.0	158	86	0	436	29	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24367340--24367787	195	2.3	195	83	6	543	26	19	27	26	1.99
24368539--24368589	21	2.5	20	80	3	57	27	13	25	33	1.94
24370734--24370845	9	11.2	10	75	17	76	67	3	0	27	1.13
24370799--24370847	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
24374639--24374771	70	1.9	67	86	4	185	42	12	12	32	1.80
24374764--24374851	28	3.1	27	85	9	115	37	10	4	47	1.58
24377315--24377360	25	1.9	23	86	8	65	34	4	4	56	1.39
24381305--24381347	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
24383148--24383199	18	3.0	18	89	10	74	44	0	0	55	0.99
24383157--24383199	16	2.6	17	89	10	63	44	0	0	55	0.99
24383747--24383796	23	2.1	23	81	7	55	64	4	4	28	1.30
24387649--24387699	24	2.1	24	88	0	75	54	9	11	23	1.66
24391304--24391650	172	2.0	172	97	0	649	33	18	17	30	1.94
24395759--24395795	17	2.2	18	90	9	60	40	18	0	40	1.51
24398694--24398727	17	2.0	17	100	0	68	23	11	29	35	1.90
24408319--24408390	26	2.8	26	78	0	81	23	15	23	37	1.93
24414612--24414786	89	2.0	84	87	5	251	33	6	18	41	1.77
24425731--24425768	15	2.5	15	86	0	58	76	0	23	0	0.79
24432442--24432483	22	1.9	22	95	0	75	47	4	19	28	1.69
24432442--24432489	22	2.2	22	88	3	71	45	4	16	33	1.67
24434391--24434460	36	1.9	36	94	0	122	45	8	14	31	1.75
24434975--24435022	23	2.1	23	100	0	96	58	8	4	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24439689--24439899	108	2.0	108	83	3	273	38	19	13	28	1.89
24440049--24440117	25	2.7	25	82	13	70	62	1	10	26	1.35
24441005--24441035	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24442417--24442501	30	2.9	28	79	8	80	34	27	17	21	1.96
24442664--24442737	28	2.5	29	77	16	73	43	22	14	18	1.87
24445699--24445919	82	2.7	82	92	0	352	20	16	28	34	1.95
24447090--24447275	82	2.3	82	86	1	266	22	17	26	33	1.96
24447290--24447368	24	3.3	24	79	11	81	21	15	26	36	1.93
24450611--24450653	16	2.9	14	80	13	50	0	18	4	76	0.95
24451236--24451278	17	2.5	17	88	0	59	55	16	11	16	1.68
24481743--24481905	46	3.6	45	83	4	175	25	19	24	30	1.98
24484141--24484174	17	2.0	17	100	0	68	47	5	17	29	1.71
24493558--24493595	16	2.5	16	87	8	53	81	7	0	10	0.87
24493558--24493591	15	2.4	14	85	9	50	82	8	0	8	0.85
24495746--24495840	48	2.0	48	83	6	120	45	11	21	22	1.83
24495794--24495906	59	1.9	59	87	0	163	45	10	19	24	1.82
24504648--24504700	21	2.5	21	84	6	72	26	43	1	28	1.65
24508138--24508394	41	6.2	41	85	3	277	38	10	23	26	1.88
24508138--24508365	123	1.8	125	89	1	361	38	11	23	26	1.89
24508138--24508394	123	2.1	122	86	3	354	38	10	23	26	1.88
24511604--24511762	55	2.9	54	85	0	201	28	21	25	25	1.99
24516395--24516499	26	4.0	26	73	9	97	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24516394--24516497	52	2.0	52	83	3	129	29	21	20	28	1.98
24524853--24524957	26	4.0	26	79	4	104	30	22	20	26	1.98
24526270--24526309	21	1.9	21	94	0	71	30	5	7	57	1.48
24527862--24527911	26	1.9	26	88	8	75	6	8	10	76	1.17
24532552--24532581	3	10.0	3	92	0	51	0	30	0	70	0.88
24535873--24535911	15	2.6	15	92	8	62	41	5	23	30	1.76
24541675--24541729	24	2.2	24	90	3	83	29	12	7	50	1.67
24549883--24549926	17	2.6	16	82	10	52	13	13	11	61	1.57
24553081--24553134	24	2.2	24	93	0	90	29	14	9	46	1.76
24556128--24556221	20	4.7	20	69	5	64	32	24	21	21	1.97
24575782--24575820	16	2.3	16	86	8	51	35	12	17	33	1.88
24597310--24597372	3	21.0	3	81	12	76	66	0	33	0	0.92
24600010--24600056	24	2.0	24	87	8	69	25	10	10	53	1.68
24600540--24600918	193	2.0	193	90	1	607	30	17	26	25	1.97
24614960--24614994	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
24616465--24616499	14	2.5	14	85	0	52	62	2	0	34	1.10
24622218--24622260	17	2.5	17	88	0	59	16	11	16	55	1.68
24631605--24631684	22	3.6	22	73	18	67	63	0	3	32	1.12
24631592--24631689	24	3.8	25	74	22	89	65	0	3	31	1.08
24631625--24631689	23	2.7	24	81	9	80	66	0	3	30	1.07
24633254--24633281	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
24633337--24633439	36	2.9	36	82	5	145	35	19	11	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24633495--24633973	23	20.9	23	84	2	570	44	12	6	36	1.68
24633985--24634009	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
24635321--24635376	16	3.5	16	82	4	60	35	5	30	28	1.80
24635547--24635705	58	2.7	58	85	8	196	50	1	2	45	1.23
24639858--24639896	17	2.3	18	86	8	55	58	25	7	7	1.52
24656545--24656715	33	5.2	33	84	2	202	33	16	17	32	1.92
24656539--24656715	66	2.7	66	84	2	232	33	16	18	32	1.93
24656658--24657106	32	14.0	32	78	2	427	34	16	18	29	1.93
24657388--24657509	40	3.2	40	63	25	107	45	11	6	36	1.67
24657370--24657522	76	2.0	76	100	0	306	43	11	6	37	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135