genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27666165--27666223	19	3.2	18	88	7	75	62	0	5	32	1.17
27666263--27666325	9	6.4	10	72	22	53	53	0	4	41	1.22
27666272--27666328	19	2.9	19	89	7	80	52	0	5	42	1.24
27666610--27666701	19	4.6	18	69	21	58	32	6	2	58	1.36
27669995--27670063	32	2.2	32	81	5	77	78	7	2	11	1.06
27670732--27670765	17	2.0	17	100	0	68	11	35	17	35	1.87
27671582--27671631	25	2.0	26	92	4	84	22	6	6	66	1.36
27671582--27671631	26	2.0	25	88	4	73	22	6	6	66	1.36
27672063--27672413	50	6.9	51	74	12	253	25	20	18	35	1.96
27672053--27672358	100	3.0	100	81	4	305	25	21	18	34	1.96
27672147--27672459	152	2.1	152	85	1	432	24	20	20	34	1.96
27672303--27672554	101	2.5	101	75	3	247	27	18	17	37	1.93
27677721--27677798	23	3.4	23	96	0	138	35	24	24	15	1.94
27677791--27677844	23	2.3	23	90	0	81	38	20	29	11	1.87
27677699--27677802	46	2.3	46	86	0	145	36	25	23	14	1.93
27678446--27678476	10	2.9	11	90	9	55	19	9	6	64	1.45
27683815--27683871	19	3.0	20	78	14	57	77	5	1	15	1.03
27685402--27685456	26	2.1	26	89	0	83	18	3	16	61	1.48
27685642--27685682	21	2.0	21	95	0	73	51	9	2	36	1.48
27687712--27687769	15	3.8	15	80	15	57	13	6	0	79	0.93
27687719--27687873	4	37.0	4	68	18	59	16	6	3	73	1.19
27687712--27687800	34	2.6	33	78	8	88	14	8	1	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27687784--27687873	21	4.4	21	74	16	73	17	3	5	73	1.17
27687776--27687819	22	2.0	22	81	0	52	18	2	4	75	1.09
27692665--27692761	42	2.3	42	89	1	140	44	8	20	26	1.80
27697675--27697718	22	2.2	19	88	12	61	36	15	0	47	1.46
27699940--27700079	69	2.1	65	85	7	183	32	20	4	43	1.71
27717464--27717500	17	2.1	19	85	10	51	64	8	13	13	1.48
27727154--27727438	101	2.9	98	80	8	328	35	18	18	27	1.95
27727872--27727906	14	2.5	14	90	0	52	34	42	2	20	1.66
27729096--27729130	18	1.9	18	88	0	52	28	5	0	65	1.15
27729290--27729323	11	3.0	11	86	4	50	17	2	2	76	1.04
27729286--27729327	4	10.8	4	80	14	52	19	2	2	76	1.01
27729344--27729385	13	3.2	13	80	6	50	14	0	9	76	1.02
27729286--27729412	56	2.3	54	82	15	154	16	5	5	72	1.23
27729258--27729452	27	7.3	26	66	25	63	15	7	6	70	1.32
27729574--27729619	21	2.2	21	84	3	58	19	4	10	65	1.41
27742828--27742934	55	1.9	55	100	0	214	39	15	14	29	1.88
27742819--27742948	55	2.5	48	85	13	179	39	15	14	30	1.87
27747493--27747545	23	2.3	23	93	0	88	24	7	0	67	1.16
27747486--27747545	18	3.4	18	76	13	63	25	6	0	68	1.14
27747578--27747603	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
27782448--27782487	15	2.7	15	96	0	71	30	17	0	52	1.45
27816030--27816060	16	2.0	16	93	6	55	58	0	12	29	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27819563--27819625	31	2.0	31	84	6	81	39	4	0	55	1.21
27830772--27830834	7	9.3	7	72	19	53	41	26	15	15	1.88
27830765--27830829	20	3.2	20	89	6	105	43	24	16	15	1.87
27833441--27833555	34	3.4	34	86	2	160	37	33	11	18	1.86
27849296--27849553	50	5.2	49	70	7	180	17	33	15	32	1.92
27849266--27849605	99	3.4	99	80	2	380	17	32	16	32	1.93
27849230--27849607	49	7.7	49	71	7	212	17	32	16	33	1.93
27873283--27873326	21	2.1	21	82	0	52	72	4	4	18	1.19
27878850--27878956	7	14.1	7	74	15	54	71	1	1	24	1.05
27878878--27878967	9	10.9	8	76	17	62	70	2	1	26	1.06
27878894--27878937	7	6.0	7	97	2	70	72	0	0	27	0.85
27899591--27899669	15	5.3	15	96	0	140	49	12	32	5	1.63
27904546--27904594	21	2.3	21	85	0	71	28	22	14	34	1.93
27907435--27907480	17	2.6	18	79	6	58	21	10	8	58	1.58
27917960--27917992	15	2.1	16	88	5	50	51	6	30	12	1.63
27918424--27918462	16	2.4	17	86	4	53	23	10	15	51	1.73
27919092--27919120	14	2.1	14	100	0	58	27	0	31	41	1.56
27919539--27919576	19	2.0	19	94	0	67	26	15	28	28	1.96
27929286--27929325	21	2.0	21	90	5	64	12	12	7	67	1.41
27930540--27931355	50	16.5	50	78	6	590	33	16	31	18	1.93
27930548--27931362	149	5.5	148	80	3	775	33	17	30	18	1.94
27931704--27932260	39	14.4	39	71	10	354	23	30	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27931686--27932260	78	7.4	78	84	2	674	23	30	20	25	1.99
27931673--27932260	155	3.8	155	85	3	736	23	29	21	25	1.99
27932712--27932776	17	3.8	17	77	4	69	43	4	1	50	1.32
27932714--27932776	6	11.0	6	72	16	53	42	4	1	50	1.32
27934399--27934622	30	7.6	28	80	7	202	33	24	3	39	1.72
27934472--27934598	28	4.4	29	85	5	132	33	25	3	37	1.74
27934399--27934622	59	3.8	58	75	13	201	33	24	3	39	1.72
27934400--27934633	117	2.0	116	81	7	269	33	24	3	38	1.74
27936022--27936057	17	2.1	17	94	0	63	25	13	11	50	1.75
27938218--27938648	193	2.2	194	82	4	512	28	18	25	27	1.98
27942821--27942852	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
27943320--27943731	193	2.1	195	80	4	469	29	17	25	27	1.98
27943320--27943762	192	2.3	195	80	4	477	29	18	25	26	1.98
27945672--27945709	17	2.2	18	90	4	60	15	18	13	52	1.74
27946305--27946352	10	4.9	10	82	12	64	81	0	18	0	0.70
27948613--27948656	18	2.5	18	85	3	54	61	13	9	15	1.56
27962498--27962638	43	3.3	43	91	2	230	22	29	22	24	1.99
27962943--27963090	66	2.2	66	89	0	224	15	25	16	42	1.87
27966632--27966710	41	1.9	41	94	0	140	20	22	22	34	1.97
27968105--27968179	24	3.4	23	66	25	63	12	34	26	26	1.91
27968080--27968339	41	6.3	42	82	7	277	15	32	25	27	1.95
27968104--27968339	82	2.9	82	84	3	307	14	33	24	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27968104--27968332	123	1.9	122	87	6	338	14	33	23	27	1.94
27971809--27971865	28	2.1	27	93	3	96	24	7	15	52	1.67
27980257--27980294	16	2.3	17	86	4	51	81	0	13	5	0.85
27984544--27984571	7	4.0	7	100	0	56	42	42	0	14	1.45
27985043--27985067	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
27994171--27994216	23	2.0	23	100	0	92	30	26	26	17	1.97
28001352--28001429	21	3.7	21	75	3	77	43	24	11	20	1.85
28001341--28001427	42	2.1	42	86	4	122	41	27	9	21	1.84
28004529--28004625	37	2.6	37	76	0	104	27	24	15	31	1.95
28007167--28007239	17	4.2	17	76	1	65	21	20	9	47	1.78
28007153--28007222	34	2.1	34	83	0	86	21	20	10	48	1.78
28008360--28008459	37	2.7	38	82	3	105	30	27	17	26	1.97
28008433--28008526	37	2.5	37	82	0	125	28	23	17	30	1.97
28011003--28011050	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
28011377--28011464	40	2.2	40	95	0	158	11	44	28	15	1.81
28012570--28012621	24	2.2	24	92	0	86	53	5	30	9	1.57
28013942--28013975	16	2.2	15	89	5	50	82	2	11	2	0.89
28018613--28018978	178	2.1	178	94	0	642	28	19	20	31	1.97
28021459--28021495	11	3.5	11	89	10	51	0	16	0	83	0.64
28022049--28022106	17	3.4	17	80	0	62	50	13	15	20	1.78
28029418--28029461	21	2.1	21	86	0	61	11	15	4	68	1.36
28060770--28060812	20	2.2	20	91	0	68	44	16	6	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28070964--28071328	181	2.0	182	95	0	651	27	13	20	38	1.91
28086174--28086273	36	2.8	35	80	8	112	23	26	15	36	1.93
28087880--28088039	63	2.7	60	86	10	206	53	2	0	43	1.18
28087880--28088039	59	2.7	60	84	12	197	53	2	0	43	1.18
28092509--28092610	52	2.0	52	80	3	116	17	24	12	45	1.84
28093771--28093824	21	2.6	21	77	16	58	35	22	9	33	1.86
28109484--28109545	30	2.1	30	93	0	106	24	29	20	25	1.99
28110205--28110242	19	2.0	20	89	5	60	39	18	13	28	1.88
28111602--28111626	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
28111772--28112068	81	3.6	80	75	10	253	41	12	12	33	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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