genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  57  of  135  ( 16151 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16395568--16395678	35	3.0	35	88	7	141	81	0	16	1	0.76
16395580--16395677	29	3.3	29	90	7	144	82	0	17	0	0.67
16395565--16395655	1	91.0	1	71	0	65	85	0	12	2	0.68
16396693--16397127	99	4.4	98	82	3	455	35	18	28	17	1.93
16396613--16396945	148	2.2	148	78	5	325	34	16	31	17	1.92
16396704--16397123	197	2.1	197	85	1	563	35	17	29	17	1.93
16396624--16397122	49	10.1	50	74	5	338	34	17	30	17	1.94
16397364--16397696	122	2.7	121	83	4	425	36	16	23	23	1.95
16397682--16397896	114	1.9	114	90	0	340	33	18	26	22	1.97
16400567--16400669	51	2.0	51	100	0	206	37	11	9	40	1.75
16401708--16401775	4	17.0	4	96	0	127	51	25	0	23	1.48
16421075--16421241	85	2.0	85	81	2	201	35	14	23	26	1.93
16420934--16421600	209	3.2	206	86	3	901	37	17	22	23	1.94
16421493--16421658	84	2.0	84	82	4	201	36	17	22	23	1.94
16426461--16426521	25	2.4	25	78	5	70	50	1	0	47	1.10
16426487--16426543	21	2.8	21	82	12	57	52	1	0	45	1.11
16426570--16426625	13	4.5	12	75	14	51	50	0	0	50	1.00
16426561--16426625	18	3.4	19	73	26	57	49	1	0	49	1.10
16430780--16430816	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
16432371--16432653	114	2.5	111	82	2	307	36	11	31	20	1.88
16432441--16432678	114	2.1	114	83	0	305	36	10	30	21	1.87
16439444--16439525	20	4.1	20	74	13	78	46	10	7	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16451252--16451311	30	2.0	30	87	6	86	11	13	23	51	1.73
16451333--16451389	29	2.0	29	86	6	80	14	1	28	56	1.48
16455282--16455334	24	2.2	24	83	12	65	1	20	3	73	1.08
16455295--16455328	17	2.0	18	88	11	54	2	23	0	73	0.97
16455915--16455964	17	2.8	16	83	16	55	62	12	12	14	1.56
16455922--16455964	17	2.4	17	92	7	68	60	11	11	16	1.59
16459347--16459423	36	2.1	36	92	0	127	33	22	23	20	1.97
16472277--16472336	30	2.0	30	87	6	86	11	13	23	51	1.73
16472358--16472414	29	2.0	29	86	6	80	14	1	28	56	1.48
16476317--16476361	17	2.5	19	82	17	60	2	22	0	75	0.91
16476943--16476992	17	2.8	16	83	16	55	62	12	12	14	1.56
16476950--16476992	17	2.4	17	92	7	68	60	11	11	16	1.59
16480379--16480455	36	2.1	36	92	0	127	33	22	23	20	1.97
16486831--16486877	5	9.2	5	77	13	51	0	23	0	76	0.78
16486831--16486889	6	8.6	7	78	17	54	1	23	0	74	0.91
16486831--16486891	19	3.3	18	86	11	79	1	24	0	73	0.92
16486830--16486889	25	2.5	25	84	13	81	3	23	0	73	0.98
16487476--16487518	17	2.4	17	88	7	59	60	9	11	18	1.57
16491596--16491635	18	2.3	18	86	4	55	52	10	17	20	1.72
16507323--16507366	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
16512814--16512863	24	2.1	24	100	0	100	60	4	8	28	1.43
16528303--16528346	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16544013--16544052	18	2.3	18	86	4	55	20	17	10	52	1.72
16549803--16549845	19	2.4	18	88	7	61	18	11	9	60	1.57
16565672--16565721	24	2.1	24	100	0	100	28	8	4	60	1.43
16583551--16583590	18	2.3	18	86	4	55	20	17	10	52	1.72
16589334--16589376	19	2.4	18	88	7	61	18	11	9	60	1.57
16589962--16590014	14	3.7	14	80	9	54	73	0	24	1	0.93
16589963--16590021	22	2.6	23	80	17	70	72	0	23	3	0.99
16596397--16596473	36	2.1	36	92	0	127	20	23	22	33	1.97
16599860--16599902	19	2.4	18	92	7	70	16	11	11	60	1.59
16599860--16599909	19	2.8	16	80	16	55	14	12	12	62	1.56
16600492--16600538	24	2.0	24	84	16	62	74	2	21	2	1.03
16600497--16600530	16	2.0	18	88	11	54	73	0	23	2	0.97
16604433--16604489	29	2.0	29	86	6	80	56	28	1	14	1.48
16634340--16645950	92	125.8	92	89	2	17173	32	18	16	33	1.93
16655342--16655384	9	4.6	9	83	13	52	86	2	4	6	0.79
16655339--16655377	19	2.1	18	90	9	60	84	2	7	5	0.84
16655791--16656272	42	11.5	42	86	2	594	21	19	24	34	1.97
16655791--16656619	126	6.7	126	81	6	944	21	19	24	34	1.96
16656237--16656300	28	2.3	28	88	0	92	23	28	17	31	1.97
16656195--16656332	70	2.0	70	86	0	195	21	23	21	34	1.97
16656265--16656621	42	8.5	42	87	1	428	21	19	24	34	1.96
16656153--16656384	112	2.1	112	87	0	329	23	22	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16657642--16657688	3	15.7	3	95	0	85	2	0	29	68	1.02
16658123--16658595	145	3.3	145	88	6	641	40	3	10	45	1.55
16664003--16664047	21	2.2	20	84	15	56	20	0	6	73	1.05
16666304--16666357	27	2.0	27	88	0	81	20	29	24	25	1.99
16666878--16666943	29	2.2	30	81	10	73	24	3	25	46	1.66
16666987--16667021	15	2.4	15	95	4	63	48	5	11	34	1.63
16669290--16669352	30	2.1	30	81	0	72	26	20	22	30	1.98
16671491--16671561	37	1.9	37	83	11	92	33	15	23	26	1.95
16672692--16672735	18	2.4	19	88	11	74	70	15	13	0	1.17
16688019--16688074	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
16692110--16692168	6	9.3	6	82	10	73	49	16	15	18	1.80
16692110--16692168	19	3.1	19	90	0	91	49	16	15	18	1.80
16692110--16692168	13	4.7	12	85	8	73	49	16	15	18	1.80
16692145--16692239	40	2.3	41	80	7	104	31	17	30	20	1.96
16692157--16692213	27	2.1	27	80	6	62	31	17	31	19	1.95
16706608--16706654	13	3.8	13	73	21	55	34	42	6	17	1.74
16711294--16711353	25	2.4	25	83	8	68	31	1	1	65	1.13
16721060--16721112	21	2.6	21	80	11	65	75	0	24	0	0.80
16721060--16721112	15	3.8	15	72	22	53	75	0	24	0	0.80
16728796--16728846	23	2.3	22	80	10	59	45	33	1	19	1.62
16728902--16728971	20	3.5	20	88	0	95	21	27	20	31	1.98
16728949--16728974	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16731877--16731906	14	2.1	15	93	6	53	36	13	40	10	1.78
16734102--16734149	17	2.8	17	81	6	51	58	6	16	18	1.59
16734116--16734149	18	1.9	18	88	5	52	55	5	14	23	1.61
16736471--16736504	15	2.4	14	90	5	50	67	5	17	8	1.37
16737620--16737922	27	11.3	26	85	5	317	32	25	22	19	1.97
16737619--16737922	54	5.7	53	83	6	355	32	25	22	19	1.97
16737620--16737922	160	1.9	161	90	4	488	32	25	22	19	1.97
16738656--16738693	14	2.6	15	80	20	53	13	18	7	60	1.56
16746075--16746103	12	2.4	12	100	0	58	41	6	6	44	1.58
16747609--16747674	27	2.4	27	87	5	96	54	12	6	27	1.60
16747648--16747684	18	2.1	18	94	0	65	62	5	8	24	1.44
16749118--16749143	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
16757061--16757107	23	2.0	23	100	0	94	25	17	36	21	1.94
16759157--16759185	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
16761962--16762053	28	3.3	28	81	1	105	35	29	13	21	1.91
16762132--16762219	28	3.1	28	76	9	97	28	23	21	26	1.99
16762119--16762200	28	2.9	28	81	7	103	28	21	20	29	1.98
16762124--16762284	57	2.8	57	86	3	209	29	21	21	27	1.98
16765027--16765065	19	2.1	18	90	4	60	64	5	5	25	1.35
16765147--16765172	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
16765186--16765228	19	2.2	19	84	12	52	58	2	0	39	1.11
16770153--16770202	20	2.5	20	83	0	64	42	8	20	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16778926--16778971	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
16782798--16782845	10	4.8	10	84	0	69	68	8	4	18	1.31
16782855--16782897	6	7.3	6	86	5	52	16	4	2	76	1.05
16782855--16782897	11	3.7	11	76	11	50	16	4	2	76	1.05
16782855--16782897	18	2.5	17	85	14	61	16	4	2	76	1.05
16783333--16783384	26	2.0	26	85	7	70	28	7	17	46	1.75
16783812--16783855	19	2.4	18	78	14	54	72	0	11	15	1.11
16784849--16784892	23	1.9	23	86	9	63	31	4	6	56	1.46
16787324--16787373	21	2.4	21	86	3	66	38	10	10	42	1.72
16793636--16793736	20	5.0	21	74	12	77	30	7	13	47	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135