genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24968366--24968432	20	3.4	19	76	12	73	37	7	0	55	1.28
24968381--24968455	28	2.6	30	77	16	86	38	6	0	54	1.27
24968381--24968467	29	3.0	29	76	17	83	40	5	1	52	1.33
24969906--24969960	27	2.0	27	85	0	74	23	32	23	20	1.98
24971163--24971207	14	3.2	13	79	14	54	31	0	2	66	1.04
24974291--24974340	26	1.9	26	87	0	73	32	0	10	58	1.31
24974425--24974465	6	6.8	6	83	10	57	65	14	2	17	1.37
24977407--24977440	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
24977559--24977584	6	4.3	6	100	0	52	0	50	0	50	1.00
24978239--24978311	24	3.2	23	72	16	62	56	0	2	41	1.14
24984153--24984192	15	2.8	15	88	7	57	67	5	0	27	1.11
24985395--24985442	16	2.8	17	87	6	62	37	2	2	58	1.22
24985434--24985461	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24987645--24987700	27	2.1	27	86	6	78	19	33	7	39	1.79
24987870--24987916	6	7.8	6	86	9	69	17	2	14	65	1.36
24990958--24991045	27	3.3	27	98	0	167	22	39	22	14	1.91
24991411--24991473	27	2.3	27	94	0	108	19	33	31	15	1.93
24998466--24998534	21	3.3	21	64	28	56	24	40	18	15	1.90
25002638--25002693	28	2.0	28	100	0	112	53	14	14	17	1.73
25008487--25008524	18	2.1	18	90	9	60	50	15	10	23	1.75
25008664--25008736	34	2.1	34	94	0	128	28	17	0	53	1.44
25012063--25012109	18	2.6	17	90	9	76	61	4	0	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25013111--25013185	31	2.4	31	88	0	105	42	12	14	30	1.82
25017260--25017290	14	2.2	14	100	0	62	38	6	25	29	1.81
25018557--25018604	18	2.7	18	83	0	69	70	12	14	2	1.25
25021186--25021223	20	1.9	20	84	10	51	55	5	2	36	1.37
25042201--25042275	20	3.8	20	87	5	66	6	36	22	34	1.81
25042220--25042338	20	5.9	20	84	5	125	9	33	21	36	1.85
25042220--25042335	40	2.9	40	84	5	146	9	34	20	35	1.85
25042587--25042622	16	2.2	17	90	5	56	27	0	16	55	1.42
25046372--25046519	28	5.3	28	84	7	169	47	17	18	15	1.82
25049060--25049141	23	3.5	23	83	3	110	51	28	8	12	1.68
25049282--25049332	9	5.7	9	88	0	66	21	39	3	35	1.72
25055601--25055639	19	2.1	19	90	0	60	28	17	12	41	1.87
25056194--25056280	21	4.2	20	71	20	63	13	3	5	77	1.09
25056203--25056280	11	7.4	10	70	13	50	12	3	5	78	1.06
25057577--25057614	15	2.5	15	83	12	51	36	0	10	52	1.36
25068933--25068974	17	2.5	17	88	11	61	14	16	14	54	1.71
25077805--25077846	20	2.1	20	91	8	68	35	11	0	52	1.38
25077808--25077853	20	2.3	20	85	7	58	30	17	0	52	1.45
25081586--25081620	11	3.1	11	92	8	61	54	8	8	28	1.60
25081586--25081619	12	2.9	12	95	4	61	55	8	8	26	1.59
25083113--25083137	7	3.6	7	100	0	50	44	24	0	32	1.54
25085774--25085812	17	2.2	18	86	4	53	48	0	10	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25088236--25088260	8	3.1	8	100	0	50	0	64	0	36	0.94
25101015--25101073	24	2.5	24	100	0	118	42	0	8	49	1.33
25102283--25102346	26	2.5	26	80	7	69	40	0	15	43	1.47
25102636--25102793	30	5.2	30	79	8	158	43	20	3	32	1.69
25103792--25103840	23	2.1	24	84	3	64	73	8	8	10	1.25
25108387--25108450	23	2.8	23	88	9	103	35	3	17	43	1.65
25110790--25110818	13	2.3	13	94	5	51	24	34	6	34	1.82
25112976--25113063	44	2.0	44	97	0	167	29	12	13	44	1.81
25114370--25114417	12	4.0	12	77	0	51	31	16	12	39	1.86
25116911--25116949	18	2.2	18	95	0	69	12	10	12	64	1.51
25118611--25119030	210	2.0	209	93	0	723	35	11	25	28	1.90
25119814--25119863	23	2.2	23	88	0	73	36	20	20	24	1.95
25121829--25122208	60	6.3	59	83	7	444	38	2	22	35	1.70
25121829--25122208	30	12.6	30	82	6	396	38	2	22	35	1.70
25121830--25122208	89	4.2	90	86	4	446	38	2	22	35	1.70
25123927--25124048	47	2.6	48	92	1	201	22	17	17	42	1.89
25123795--25124342	171	3.2	171	88	1	787	20	18	18	41	1.90
25124085--25124218	47	2.8	48	82	3	173	22	20	17	38	1.93
25124162--25124605	123	3.6	123	84	3	552	22	18	19	39	1.92
25124146--25124600	246	1.9	245	90	0	730	22	18	19	40	1.92
25136187--25136401	117	1.8	118	83	6	285	40	6	20	33	1.77
25136214--25136476	30	8.8	31	74	12	160	39	4	18	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25137727--25137809	37	2.2	37	100	0	166	40	2	16	39	1.62
25141231--25141408	94	1.9	92	87	4	259	49	8	2	38	1.49
25142655--25142705	24	2.2	23	85	3	66	31	11	13	43	1.80
25142668--25142713	23	2.0	24	91	4	76	23	10	17	47	1.79
25143790--25143825	16	2.2	16	100	0	72	47	16	0	36	1.47
25143806--25143921	58	2.0	58	88	3	171	46	18	0	34	1.50
25145434--25145597	58	2.8	57	79	14	190	23	15	12	48	1.78
25145434--25145597	59	2.8	58	81	10	199	23	15	12	48	1.78
25146848--25146882	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
25147253--25147285	15	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
25149970--25150001	14	2.4	14	94	5	57	34	9	6	50	1.60
25156021--25156069	25	2.0	25	84	8	64	22	18	30	28	1.97
25159408--25159449	17	2.5	17	100	0	84	28	26	4	40	1.76
25162526--25162556	15	2.1	15	93	0	53	25	9	38	25	1.86
25165837--25165884	7	6.9	7	82	0	51	39	31	6	22	1.79
25170931--25171066	39	3.4	39	79	7	166	29	27	22	19	1.98
25170928--25171120	41	4.8	40	75	5	158	32	27	20	20	1.97
25170930--25171094	80	2.1	80	90	0	258	30	27	21	19	1.98
25170942--25171116	80	2.2	80	86	0	242	31	28	20	20	1.97
25172551--25172590	13	3.2	13	96	3	73	32	22	0	45	1.53
25178084--25178123	20	2.0	20	85	4	55	45	17	20	17	1.86
25178566--25178603	20	1.9	20	94	0	67	39	23	15	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25181288--25181343	21	2.7	21	85	0	76	30	25	14	30	1.95
25181311--25181352	21	2.0	21	81	9	50	33	28	9	28	1.88
25200694--25200730	19	1.9	19	94	0	65	64	10	0	24	1.25
25208474--25208511	14	2.7	14	84	11	51	10	18	2	68	1.30
25210843--25210893	18	2.6	21	75	18	63	17	11	11	58	1.62
25214523--25214557	18	1.9	18	94	0	61	51	14	20	14	1.76
25228091--25228119	14	2.0	15	93	6	51	41	17	27	13	1.87
25230853--25230905	3	17.7	3	78	21	58	64	1	33	0	1.05
25250648--25250773	23	5.5	22	83	2	153	12	18	23	45	1.84
25250648--25250774	46	2.8	46	87	2	175	12	18	23	44	1.84
25254380--25254482	26	4.0	26	74	5	73	33	23	16	27	1.96
25255110--25255147	8	5.0	8	84	12	53	84	0	15	0	0.63
25255116--25255147	14	2.3	14	94	0	55	84	0	15	0	0.63
25256659--25256684	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
25262569--25262632	33	1.9	33	93	0	110	32	21	18	26	1.97
25262942--25262994	22	2.3	24	81	12	67	28	5	11	54	1.58
25264524--25264558	18	1.9	18	88	0	52	17	8	2	71	1.23
25271455--25271621	24	7.0	24	90	1	255	31	22	18	27	1.97
25277870--25277915	17	2.7	18	80	16	53	65	2	6	26	1.28
25278214--25278247	18	1.9	18	94	5	61	38	0	0	61	0.96
25278204--25278249	17	2.8	17	81	15	60	32	0	0	67	0.91
25278382--25278470	38	2.3	37	80	5	88	26	5	2	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25278523--25278566	23	2.0	22	86	13	63	47	0	0	52	1.00
25295967--25296103	47	2.9	47	82	3	168	18	15	28	37	1.91
25309093--25309142	9	5.2	9	77	13	55	72	0	24	4	1.02
25309093--25309142	21	2.6	18	77	22	57	72	0	24	4	1.02
25309099--25309138	21	1.9	21	90	10	64	70	0	25	5	1.08
25317832--25317877	18	2.6	18	77	16	51	71	2	2	23	1.08
25319976--25320418	194	2.3	194	83	5	538	27	16	27	28	1.97
25321139--25321190	21	2.5	21	78	6	61	26	9	28	34	1.88
25327264--25327339	31	2.3	31	86	8	98	10	31	18	39	1.85
25329309--25329369	31	2.0	31	100	0	122	37	26	6	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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