genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  9  of  135  ( 16151 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515341--2515761	228	1.8	228	91	0	698	21	37	8	32	1.84
2515785--2516012	6	38.0	6	75	1	161	17	28	13	41	1.86
2515347--2515868	228	2.3	228	85	1	679	20	36	9	34	1.85
2515800--2516012	42	5.1	42	83	2	275	17	28	12	41	1.86
2516158--2516264	54	2.0	54	88	3	162	17	34	5	42	1.73
2516013--2516468	198	2.3	198	89	3	671	20	34	6	38	1.78
2516362--2516522	54	3.0	54	87	0	241	17	34	6	41	1.76
2516614--2516774	54	3.0	54	89	2	261	18	36	4	39	1.73
2516158--2516906	252	2.9	251	90	2	1149	20	35	6	37	1.78
2517144--2517420	144	1.9	144	83	4	353	22	36	7	33	1.81
2517597--2517622	3	8.7	3	100	0	52	30	69	0	0	0.89
2517700--2517742	18	2.4	18	92	0	68	23	46	20	9	1.79
2525133--2525207	36	2.1	36	87	5	107	20	49	2	28	1.62
2525169--2525340	66	2.6	66	85	0	211	23	46	3	26	1.68
2525069--2525774	167	4.2	168	82	6	770	24	45	4	25	1.71
2525235--2525442	101	2.0	102	82	6	253	25	44	2	27	1.68
2525478--2525528	18	2.9	18	73	2	50	21	52	3	21	1.62
2525504--2526067	66	8.5	65	69	12	272	24	44	4	26	1.74
2525577--2525865	99	2.9	102	84	5	397	24	47	4	23	1.71
2525735--2525809	36	2.1	36	85	5	98	18	53	4	24	1.62
2525770--2526067	132	2.3	132	85	2	402	25	42	4	27	1.75
2526563--2526594	14	2.3	14	100	0	64	28	12	43	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535080--2535179	48	2.1	48	86	0	137	23	45	11	21	1.83
2535219--2535426	54	3.6	54	80	14	254	22	49	4	24	1.69
2535273--2535475	66	2.9	66	87	7	253	22	47	4	25	1.71
2535065--2535365	159	1.9	153	83	4	386	21	46	6	24	1.76
2535404--2535447	21	2.1	21	100	0	88	9	54	4	31	1.52
2535350--2535501	75	2.0	75	98	0	295	19	49	5	25	1.69
2535488--2535561	36	2.1	36	92	0	121	22	48	5	22	1.71
2535433--2535615	90	2.0	90	94	0	321	23	48	5	22	1.72
2535587--2535880	93	3.0	93	81	11	331	25	44	3	25	1.70
2535680--2535886	105	2.0	105	86	3	292	26	44	3	25	1.71
2535937--2535966	15	2.0	15	100	0	60	33	40	26	0	1.57
2537017--2537075	31	2.0	30	86	6	84	33	10	11	44	1.75
2537014--2537086	31	2.5	29	79	16	71	36	10	12	39	1.78
2537260--2537323	29	2.2	29	88	8	94	46	14	7	31	1.72
2537269--2537327	29	2.0	30	96	3	111	47	16	6	28	1.72
2541755--2541966	66	3.2	65	80	7	239	23	48	5	23	1.71
2541947--2542002	18	3.1	18	71	0	58	16	50	3	30	1.62
2541926--2542002	36	2.1	36	92	0	127	16	51	2	28	1.58
2541796--2542134	168	2.0	168	89	4	524	23	46	5	25	1.72
2541749--2542200	234	1.9	234	87	0	663	22	47	5	24	1.73
2541962--2542914	66	14.1	66	80	8	1020	23	47	5	23	1.72
2542216--2542242	12	2.2	12	100	0	54	25	59	0	14	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541962--2542963	342	2.9	342	93	0	1700	23	47	5	23	1.72
2542558--2542584	12	2.2	12	100	0	54	25	59	0	14	1.36
2541962--2542914	276	3.5	263	84	6	1192	23	47	5	23	1.72
2548254--2548311	28	2.0	29	83	3	73	43	6	1	48	1.40
2554980--2555275	146	2.0	147	84	5	386	42	24	7	24	1.81
2557851--2557888	18	2.1	18	95	0	67	34	5	10	50	1.59
2560322--2560375	14	3.5	16	73	21	53	31	0	1	66	1.02
2560323--2560380	29	2.0	29	87	12	84	29	0	1	68	0.99
2560406--2560452	18	2.7	18	80	6	53	38	6	0	55	1.26
2560543--2560597	17	3.6	15	77	22	53	47	3	1	47	1.30
2561214--2561422	30	7.1	28	68	22	117	33	29	1	36	1.66
2561202--2561632	59	7.4	58	85	6	484	32	29	2	35	1.72
2561204--2561574	29	12.7	29	67	16	144	32	29	2	35	1.71
2561202--2561636	117	3.7	117	83	6	526	32	29	2	34	1.73
2563856--2563889	17	1.9	18	88	5	52	23	2	2	70	1.15
2566635--2566689	25	2.2	25	83	6	67	52	1	0	45	1.11
2566748--2566804	24	2.3	25	96	3	107	35	10	12	42	1.77
2569105--2569138	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
2569344--2569402	31	1.9	31	86	3	84	45	5	3	45	1.42
2570067--2570111	23	2.0	23	86	0	63	68	6	0	24	1.13
2577325--2577355	16	1.9	16	93	0	53	25	16	16	41	1.88
2579070--2579111	15	2.7	16	88	7	59	64	4	0	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2598400--2598446	24	2.1	23	84	11	62	14	12	14	57	1.66
2602516--2602547	5	6.8	5	92	7	50	0	34	21	43	1.53
2610557--2610619	23	2.7	24	74	18	69	53	1	0	44	1.10
2611314--2611413	18	5.3	18	68	22	53	32	2	3	63	1.21
2613991--2614015	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2617406--2617431	11	2.4	11	100	0	52	15	0	19	65	1.27
2629604--2629672	26	3.0	21	73	18	66	27	13	8	50	1.70
2643408--2643439	16	2.0	16	93	0	55	37	3	6	53	1.42
2644226--2644252	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
2645287--2645325	17	2.3	17	90	0	60	43	7	0	48	1.31
2646718--2646826	57	1.9	56	84	1	146	24	11	27	35	1.91
2649055--2649229	60	2.9	59	81	5	190	25	16	9	48	1.77
2649064--2649232	61	2.8	60	81	5	171	26	16	10	47	1.78
2649462--2649567	28	3.6	30	75	15	98	44	12	18	24	1.84
2649464--2649548	31	2.9	29	75	20	88	47	9	20	23	1.79
2649376--2649547	92	1.9	92	81	4	213	48	12	15	22	1.79
2660119--2660160	17	2.5	18	81	11	54	42	0	0	57	0.99
2672053--2672109	16	3.9	15	74	23	50	43	0	1	54	1.10
2675962--2676031	30	2.4	31	73	9	74	65	5	4	24	1.32
2676583--2676613	3	10.3	3	92	0	53	64	0	35	0	0.94
2686199--2686387	23	8.4	23	78	12	178	42	21	24	11	1.86
2686205--2686279	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686255--2686387	71	1.9	69	85	11	182	39	21	26	12	1.90
2695075--2695253	92	2.0	92	80	3	209	36	15	8	39	1.78
2695397--2695493	28	3.5	27	83	9	115	65	1	1	31	1.06
2695702--2695746	19	2.5	18	89	7	65	26	6	0	66	1.16
2695691--2695877	9	19.4	9	69	19	78	30	3	1	65	1.15
2695720--2695853	39	3.4	38	75	11	119	33	2	0	62	1.15
2695691--2695879	10	19.5	10	68	17	80	30	3	1	65	1.15
2699661--2699709	17	2.9	16	79	8	53	69	0	4	26	1.06
2700843--2700894	27	1.9	27	84	0	68	36	3	5	53	1.43
2709163--2709218	19	2.8	20	72	8	60	53	0	0	46	1.00
2709243--2709435	9	20.6	9	70	14	81	62	3	4	30	1.29
2709265--2709395	30	4.5	29	73	11	99	60	3	3	33	1.28
2709315--2709365	19	2.7	20	81	6	54	64	1	1	31	1.15
2709256--2709374	20	6.3	19	71	13	77	61	2	1	34	1.20
2709454--2709505	11	4.7	11	83	7	70	26	0	3	69	1.06
2709454--2709515	33	1.9	32	90	3	97	27	1	4	66	1.21
2709583--2709682	10	9.7	10	72	10	76	31	5	1	63	1.23
2709583--2709681	22	4.8	21	76	15	82	30	5	1	63	1.22
2709585--2709719	10	13.6	10	69	14	57	34	3	0	60	1.20
2722318--2722342	11	2.3	11	100	0	50	44	0	40	16	1.47
2732387--2732436	7	7.4	7	82	8	68	46	2	40	12	1.52
2732649--2732676	14	2.0	14	100	0	56	35	28	28	7	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732944--2732985	14	3.0	14	100	0	84	35	28	28	7	1.84
2732649--2733561	309	3.0	309	93	3	1593	34	21	15	28	1.93
2732455--2734111	295	5.6	295	92	4	2804	34	20	14	29	1.93
2732455--2734111	604	2.8	589	94	2	2901	34	20	14	29	1.93
2734101--2734129	14	2.1	14	100	0	58	37	27	13	20	1.91
2741963--2742021	15	3.9	15	72	0	55	28	16	0	54	1.43
2745802--2746065	116	2.3	112	88	3	384	30	10	19	39	1.85
2745802--2746065	57	4.6	57	91	2	397	30	10	19	39	1.85
2747518--2747558	17	2.3	18	91	4	66	43	2	0	53	1.13
2747627--2747692	13	4.9	13	77	17	64	42	24	16	16	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135