genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26029390--26029462	30	2.4	31	86	6	96	35	24	4	35	1.75
26029462--26029610	29	5.2	28	72	18	101	29	27	5	37	1.79
26029440--26029570	59	2.2	60	83	5	178	30	25	5	38	1.78
26031219--26031287	22	3.1	22	85	2	84	39	18	28	13	1.88
26046772--26046839	21	3.2	21	83	8	57	23	17	10	48	1.78
26046771--26046837	22	3.1	22	82	6	75	23	17	8	49	1.75
26052432--26052687	82	3.1	82	78	3	264	30	19	26	23	1.98
26052432--26052668	41	5.8	41	79	5	201	29	19	27	23	1.98
26052432--26052660	123	1.9	123	83	3	300	30	19	27	23	1.98
26052768--26052807	18	2.2	18	100	0	80	60	5	0	35	1.19
26055894--26056080	43	4.3	43	81	5	205	24	16	28	31	1.96
26055894--26056080	42	4.3	42	82	8	205	24	16	28	31	1.96
26063512--26063758	43	5.8	43	90	1	374	20	31	21	26	1.98
26063512--26063758	85	2.9	85	91	3	381	20	31	21	26	1.98
26064050--26064107	9	5.9	9	76	23	55	0	43	24	32	1.55
26064042--26064112	21	3.4	21	92	0	115	0	42	22	35	1.54
26064055--26064113	11	5.5	11	75	22	63	0	44	23	32	1.54
26064109--26064257	66	2.3	66	91	0	244	16	24	16	42	1.88
26066697--26066773	36	2.1	36	100	0	154	25	15	31	27	1.96
26069783--26069883	8	12.1	8	72	17	73	55	0	0	42	1.13
26069795--26069877	26	3.1	26	76	6	94	55	1	1	42	1.15
26069783--26069912	44	3.1	42	80	12	133	53	3	0	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26070171--26070220	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26070207--26070450	75	3.2	76	93	4	422	51	5	1	41	1.33
26070352--26070861	135	3.8	135	97	0	943	47	5	1	45	1.36
26070580--26070631	20	2.6	21	77	14	56	40	3	0	55	1.18
26070558--26070643	18	4.6	18	72	11	55	48	3	1	46	1.26
26070352--26070861	269	1.9	268	96	0	948	47	5	1	45	1.36
26070815--26070872	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26070828--26070955	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
26070755--26070955	94	2.1	94	97	0	375	51	4	1	41	1.32
26070785--26070928	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26071187--26071236	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26070623--26072071	597	2.4	597	95	2	2551	44	7	7	41	1.59
26071220--26071537	32	9.7	31	65	23	102	49	5	2	43	1.36
26071412--26071469	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26071425--26071552	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
26071352--26071552	94	2.1	94	96	0	366	51	4	1	41	1.33
26071784--26071833	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26071820--26072334	76	7.2	76	71	18	462	48	5	1	44	1.36
26071966--26072341	135	2.8	135	97	0	691	47	5	1	45	1.35
26071220--26072938	883	2.0	867	95	2	3091	44	6	6	42	1.56
26072295--26072352	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26072308--26072435	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26072235--26072435	94	2.1	94	97	0	375	51	4	1	41	1.32
26072265--26072408	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26072667--26072716	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26072832--26072965	32	4.2	32	66	27	106	50	5	1	42	1.33
26072892--26072949	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26072905--26073032	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
26072832--26073032	94	2.1	94	97	0	375	51	4	1	41	1.32
26072862--26073005	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26072103--26073550	597	2.4	597	95	2	2569	44	7	7	41	1.59
26073264--26073313	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26073300--26073543	76	3.2	76	93	3	422	50	6	1	41	1.37
26072700--26075297	881	3.0	883	97	1	4862	44	7	6	41	1.56
26073446--26073819	135	2.8	134	96	1	671	47	5	1	45	1.35
26073713--26073846	32	4.2	32	66	27	106	50	5	1	42	1.33
26073773--26073830	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26073786--26073913	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
26073713--26073913	94	2.1	94	97	0	375	51	4	1	41	1.32
26073743--26073886	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26074145--26074194	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26074181--26074425	76	3.2	76	94	2	431	50	6	1	41	1.37
26074656--26074713	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26074669--26074796	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26074596--26074796	94	2.1	94	97	0	375	51	4	1	41	1.32
26074327--26074702	135	2.8	135	96	0	682	47	5	1	44	1.36
26074626--26074769	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26075027--26075076	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26075191--26075324	32	4.2	32	66	27	106	50	5	1	42	1.33
26075060--26075282	67	3.3	64	72	11	196	47	5	2	44	1.40
26075191--26075391	94	2.1	93	97	0	357	51	4	1	41	1.32
26075251--26075308	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26075264--26075391	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
26074464--26075910	596	2.4	597	95	2	2551	44	7	7	41	1.59
26075221--26075364	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26075623--26075672	18	2.8	18	81	0	73	50	2	0	48	1.12
26075659--26076173	76	7.2	76	71	18	462	48	5	1	44	1.36
26075805--26076180	135	2.8	135	97	0	691	47	5	1	45	1.35
26076134--26076191	8	7.2	8	74	14	57	58	1	0	39	1.08
26076147--26076274	18	6.9	18	73	15	82	54	4	0	39	1.27
26076074--26076274	94	2.1	94	97	0	375	51	4	1	41	1.32
26076104--26076247	32	4.6	32	74	17	113	50	4	2	42	1.35
26078737--26078769	16	2.1	17	88	11	52	30	6	0	63	1.18
26079852--26080109	41	6.3	41	81	3	272	22	27	22	28	1.99
26081932--26082229	148	2.0	148	99	0	587	35	19	17	27	1.94
26083753--26083943	52	3.7	52	84	2	251	31	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26090805--26090835	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
26095510--26095534	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
26095964--26096001	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26097865--26098690	420	2.0	421	94	0	1458	29	13	23	33	1.93
26098909--26098963	24	2.2	24	90	3	83	27	16	10	45	1.80
26103966--26104010	18	2.5	19	76	23	53	0	33	0	66	0.92
26128557--26128678	61	2.0	61	98	0	235	27	11	22	39	1.88
26130017--26130064	21	2.4	19	83	13	60	41	2	10	45	1.50
26130017--26130064	20	2.3	22	86	10	66	41	2	10	45	1.50
26131202--26131645	59	7.6	59	85	3	590	34	29	1	34	1.68
26131202--26131640	117	3.7	118	86	4	595	34	29	1	34	1.68
26131202--26131640	176	2.5	175	88	4	634	34	29	1	34	1.68
26134801--26135164	161	2.3	158	84	4	464	33	14	18	33	1.91
26134801--26135212	158	2.6	158	82	3	479	33	13	18	34	1.90
26139302--26139354	20	2.6	20	93	3	88	0	35	5	58	1.22
26149318--26149404	45	1.9	45	90	4	140	21	52	2	22	1.58
26149358--26149416	30	2.0	30	83	6	75	23	52	1	22	1.56
26149443--26149519	24	3.2	24	86	0	100	25	45	1	27	1.61
26150570--26150664	50	1.9	50	88	0	145	40	21	13	25	1.90
26155309--26155377	20	3.3	20	85	4	84	47	11	7	33	1.67
26157690--26157755	27	2.4	27	87	0	87	28	24	7	39	1.82
26166690--26166778	21	4.3	21	69	17	53	35	3	0	60	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26169487--26169535	23	2.1	24	84	3	64	44	6	2	46	1.39
26170973--26170998	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
26171050--26171091	19	2.2	18	87	8	57	26	19	4	50	1.67
26171411--26171488	2	40.0	2	94	5	142	48	0	0	51	1.00
26171479--26171521	16	2.7	16	88	0	68	30	2	0	67	1.03
26183722--26183768	24	2.0	24	87	8	69	27	14	8	48	1.73
26185685--26185856	50	3.4	50	84	0	200	34	20	24	20	1.97
26204746--26204812	17	3.8	17	80	4	71	19	19	11	49	1.79
26215988--26216028	21	1.9	22	90	5	66	78	0	21	0	0.76
26215992--26216030	17	2.4	16	78	4	51	79	0	20	0	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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