genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19271092--19271128	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
19271142--19271219	38	2.0	39	82	7	97	51	1	1	46	1.17
19272326--19272360	6	5.7	6	96	3	61	54	0	28	17	1.43
19287537--19287576	17	2.4	17	83	4	55	50	2	0	47	1.14
19289290--19289356	32	2.1	32	97	0	125	56	1	11	29	1.44
19289689--19289744	27	2.2	26	84	9	71	41	1	1	55	1.21
19293154--19293304	70	2.2	67	83	5	178	41	3	13	41	1.64
19293377--19293419	20	2.2	19	83	4	50	25	2	2	69	1.12
19295182--19295215	16	2.2	16	89	5	52	23	14	14	47	1.82
19302871--19302945	24	3.1	24	92	0	132	29	20	29	21	1.98
19303009--19303050	14	2.9	14	76	16	50	19	0	19	61	1.34
19303024--19303117	46	2.1	44	82	11	111	30	1	15	52	1.51
19312233--19312277	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
19312343--19312383	20	2.0	20	100	0	82	39	14	24	21	1.91
19312753--19312780	5	5.6	5	100	0	56	42	17	17	21	1.89
19317001--19317041	22	1.9	21	85	5	55	7	12	7	73	1.25
19317303--19317342	17	2.4	17	86	0	53	65	0	7	27	1.20
19317301--19317334	17	2.0	17	94	0	59	61	0	5	32	1.20
19323738--19323825	38	2.4	37	79	12	101	27	22	15	34	1.95
19324641--19324671	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
19330878--19330910	16	2.1	16	100	0	66	12	18	0	69	1.18
19332849--19332917	29	2.3	29	82	9	77	50	11	5	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19332864--19332922	29	2.0	30	86	3	84	49	15	6	28	1.70
19332874--19332942	29	2.3	29	82	9	77	43	17	7	31	1.76
19335322--19335699	78	4.9	77	73	14	226	38	20	4	35	1.74
19335408--19335581	23	7.7	23	69	22	111	36	21	5	36	1.76
19335377--19335581	68	3.0	68	92	0	340	38	20	4	36	1.73
19335536--19335614	33	2.4	33	89	4	115	36	18	5	39	1.73
19335603--19335673	35	2.1	33	82	15	83	36	21	4	38	1.73
19335638--19335753	23	4.9	23	77	11	72	41	18	4	35	1.71
19335624--19335722	49	2.0	48	86	1	135	39	21	5	34	1.75
19335695--19335801	23	4.7	23	91	0	160	43	16	6	32	1.74
19336221--19336415	36	5.4	36	87	1	266	35	23	9	31	1.87
19349095--19349277	37	5.0	37	82	4	201	14	20	30	34	1.93
19349188--19349248	21	3.1	21	66	22	60	13	21	32	32	1.91
19359863--19359916	18	3.1	18	89	2	74	59	14	9	16	1.60
19360338--19360365	12	2.3	12	100	0	56	0	39	0	60	0.97
19362178--19362222	16	2.8	16	87	9	65	75	0	13	11	1.05
19375468--19375687	37	6.0	37	86	1	264	14	19	31	34	1.91
19379402--19379583	40	4.6	40	79	5	197	23	28	17	31	1.97
19379429--19379581	80	1.9	80	87	0	225	22	30	16	30	1.96
19384807--19384853	24	2.0	24	87	8	69	48	8	14	27	1.73
19387475--19387518	15	2.9	15	86	6	54	0	31	4	63	1.14
19394106--19394146	17	2.4	17	80	19	50	46	14	21	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19402351--19402378	7	4.0	7	100	0	56	14	0	42	42	1.45
19407196--19407244	24	2.1	24	88	3	73	44	8	20	26	1.79
19410392--19410524	70	1.9	67	82	7	160	32	11	12	44	1.77
19411889--19411961	24	3.0	24	76	6	67	35	24	17	21	1.95
19433182--19433238	3	18.7	3	76	16	55	0	35	0	64	0.93
19433190--19433234	15	2.9	15	90	3	63	0	33	0	66	0.92
19434836--19435204	186	2.0	186	94	0	648	43	10	18	27	1.82
19439450--19439491	18	2.3	18	87	0	57	23	19	23	33	1.97
19443631--19443688	24	2.4	24	81	13	66	58	3	1	36	1.25
19448579--19448769	20	9.6	20	68	5	109	25	28	16	29	1.97
19448545--19448781	40	5.9	40	82	3	271	25	28	15	31	1.95
19448827--19448910	39	2.2	39	84	0	105	14	25	22	38	1.92
19448846--19448911	20	3.3	20	73	12	64	13	27	21	37	1.91
19448867--19448928	19	3.2	19	70	17	56	11	27	20	40	1.87
19448840--19448939	39	2.5	40	90	3	150	11	29	21	39	1.87
19448855--19448917	20	3.2	20	71	13	67	11	25	23	39	1.88
19450994--19451051	27	2.1	27	100	0	116	25	18	20	34	1.96
19452791--19452825	11	3.3	11	96	4	63	17	37	0	45	1.48
19461147--19461643	150	3.4	145	84	5	604	43	11	3	42	1.56
19461173--19461393	52	4.4	51	65	17	118	44	10	3	41	1.54
19462542--19463061	42	12.5	42	86	2	690	35	24	18	22	1.96
19463471--19463508	18	2.1	18	85	9	51	2	10	2	84	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19463464--19463508	21	2.1	22	84	12	58	4	11	2	82	0.91
19475409--19475453	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
19477503--19477553	11	3.7	14	85	14	63	56	0	0	43	0.99
19477504--19477553	15	3.2	15	83	16	66	58	0	0	42	0.98
19477520--19477596	9	9.7	9	71	23	57	51	0	1	46	1.09
19477527--19477603	38	2.0	38	92	0	127	48	0	1	50	1.09
19478137--19478324	96	2.0	96	89	0	286	47	18	10	24	1.79
19478609--19478684	37	2.1	37	84	0	98	46	1	1	51	1.17
19479030--19479500	236	2.0	235	88	5	702	41	13	7	37	1.73
19482819--19483002	50	3.7	49	70	15	130	46	10	2	41	1.50
19482695--19483119	148	2.9	148	84	8	527	43	11	3	41	1.57
19482869--19483119	138	1.8	139	86	4	373	44	11	3	39	1.59
19483541--19483571	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
19484253--19484475	43	5.3	43	87	3	274	36	11	25	27	1.90
19487498--19487551	21	2.6	21	79	5	56	33	9	24	33	1.87
19488625--19488659	18	2.0	17	94	5	61	80	0	0	20	0.72
19491776--19491978	43	4.8	43	90	1	257	34	13	25	26	1.93
19491776--19492001	86	2.7	84	83	2	265	34	13	24	27	1.93
19491796--19492032	43	5.6	42	86	2	235	36	11	24	27	1.90
19491955--19492045	41	2.2	42	82	2	103	37	10	23	28	1.89
19492628--19492679	21	2.5	21	84	6	70	30	11	25	32	1.91
19495474--19495519	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19504407--19504437	15	2.1	14	94	5	53	32	6	0	61	1.21
19508497--19508719	109	2.0	111	79	1	243	48	17	18	15	1.81
19508600--19509041	115	3.8	115	76	9	341	48	17	17	16	1.82
19508451--19509041	115	5.1	116	74	10	336	48	17	17	16	1.82
19514164--19514265	49	2.1	49	100	0	204	42	5	27	24	1.77
19517008--19517155	75	2.0	75	82	2	181	35	19	17	27	1.94
19525574--19525613	16	2.4	17	87	8	55	32	10	20	37	1.85
19527334--19527383	15	3.3	15	84	13	59	2	20	0	78	0.86
19530122--19530158	18	2.2	17	90	9	58	35	13	18	32	1.90
19531869--19531917	15	3.2	15	86	11	64	2	22	0	75	0.90
19541539--19541590	21	2.5	21	81	6	61	32	19	30	17	1.95
19547438--19547539	51	2.0	50	90	5	161	35	22	20	21	1.96
19549965--19550012	3	16.0	3	79	16	55	64	2	33	0	1.05
19549965--19550012	14	3.4	15	72	21	50	64	2	33	0	1.05
19551024--19551067	22	2.0	23	86	4	63	70	2	6	20	1.21
19550709--19551830	564	2.0	564	98	0	2172	37	13	17	31	1.88
19575321--19575355	7	5.0	7	100	0	70	42	42	0	14	1.45
19576634--19576679	21	2.1	23	84	8	60	50	8	36	4	1.53
19583247--19583336	35	2.6	35	74	8	85	33	25	20	21	1.97
19596051--19596085	17	1.9	19	88	11	56	71	0	2	25	1.00
19596051--19596089	13	2.9	14	84	7	53	69	0	5	25	1.09
19616415--19616452	14	2.7	14	100	0	76	42	13	13	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19618434--19618485	18	2.8	18	69	13	52	53	11	30	3	1.54
19618604--19618636	17	1.9	17	93	0	57	21	21	9	48	1.77
19626289--19626322	17	2.0	17	94	0	59	55	11	14	17	1.68
19628687--19628775	38	2.3	38	80	0	97	29	19	22	29	1.98
19631207--19631240	9	3.8	9	96	0	59	55	0	20	23	1.43
19646228--19646302	30	2.5	30	88	0	114	29	20	22	28	1.98
19655148--19655839	79	8.8	80	82	3	769	33	14	10	42	1.79
19655150--19655838	236	2.9	239	83	2	854	33	14	10	42	1.79
19662441--19662480	17	2.4	17	87	4	55	27	10	37	25	1.88
19662897--19662921	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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