genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  53  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14588892--14588924	17	1.9	17	100	0	66	18	15	6	60	1.54
14589951--14590045	32	3.0	32	87	0	136	38	17	11	31	1.86
14591879--14591922	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
14595926--14595956	8	3.9	8	95	0	53	16	0	0	83	0.64
14600565--14600595	8	3.8	8	95	4	53	22	22	12	41	1.88
14608829--14609527	39	17.3	40	71	17	461	32	23	18	25	1.97
14608831--14609527	158	4.3	159	89	6	978	32	23	18	25	1.97
14608923--14609527	79	7.6	80	90	4	920	33	23	18	25	1.97
14610029--14610061	8	4.1	8	88	11	50	27	0	0	72	0.85
14614582--14614632	23	2.2	24	82	3	59	60	5	13	19	1.53
14619553--14619588	18	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
14619563--14619626	31	2.0	31	85	14	87	45	0	0	54	0.99
14619552--14619626	32	2.4	30	82	12	89	44	0	0	56	0.99
14619580--14619621	18	2.3	19	80	8	52	42	0	0	57	0.99
14626857--14626895	3	13.0	3	84	10	53	0	28	0	71	0.86
14626857--14626895	15	2.6	16	88	12	64	0	28	0	71	0.86
14633011--14633064	18	3.0	18	84	10	67	16	16	27	38	1.90
14636457--14636682	52	4.5	51	64	16	139	42	10	2	45	1.50
14636390--14636756	149	2.4	151	90	3	578	44	11	2	40	1.56
14637179--14637218	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
14637217--14637263	3	15.7	3	95	0	67	27	6	31	34	1.82
14637259--14637302	18	2.4	18	92	0	70	54	0	11	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14637179--14637302	6	20.7	6	86	6	54	48	2	15	33	1.58
14637741--14638199	42	10.9	42	84	1	553	35	23	20	21	1.96
14638608--14638657	11	4.7	11	81	16	52	6	8	2	84	0.86
14638600--14638656	21	2.7	21	80	0	60	7	10	1	80	0.96
14648097--14648135	21	1.9	20	85	15	53	23	12	12	51	1.74
14651895--14651944	11	4.5	11	80	5	64	72	8	0	20	1.10
14652129--14652196	12	5.7	12	82	5	66	69	17	4	8	1.32
14652127--14652199	24	3.1	24	78	2	85	69	17	4	8	1.29
14652155--14652189	11	3.1	11	92	8	61	71	17	2	8	1.23
14652131--14652198	23	2.8	25	76	10	61	69	17	4	8	1.32
14652057--14652190	56	2.4	56	80	3	155	68	16	4	10	1.34
14652181--14652233	20	2.7	19	81	18	56	71	13	1	13	1.22
14652201--14652250	22	2.2	22	86	10	66	72	14	4	10	1.26
14652076--14652230	68	2.3	69	77	5	163	69	14	4	11	1.34
14652192--14652261	21	3.3	21	77	14	65	68	18	4	8	1.32
14655682--14655752	24	3.0	24	85	2	108	19	19	4	56	1.58
14656558--14656602	19	2.4	19	85	3	56	57	15	11	15	1.64
14656569--14656608	19	2.1	19	100	0	80	50	15	15	20	1.79
14663311--14663338	13	2.2	13	100	0	56	42	21	14	21	1.88
14674152--14674200	22	2.2	22	88	0	71	40	8	8	42	1.64
14677285--14677312	8	3.5	8	100	0	56	10	39	0	50	1.37
14683603--14683679	6	13.7	6	68	22	51	40	0	5	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14683603--14683665	17	3.7	17	82	4	74	39	0	6	53	1.26
14683622--14683679	10	5.8	10	74	22	59	41	0	3	55	1.17
14684401--14684449	3	16.3	3	83	8	64	63	0	0	36	0.95
14685495--14685754	59	4.4	60	79	9	225	34	27	3	33	1.75
14685483--14685773	30	10.0	28	77	12	187	35	27	3	33	1.75
14685495--14685773	29	9.6	29	76	12	200	34	27	3	33	1.74
14686019--14686214	96	2.0	98	87	2	279	28	17	16	37	1.92
14687127--14687168	22	1.9	22	85	0	57	38	0	7	54	1.28
14687139--14687214	6	12.8	6	70	13	50	38	1	1	59	1.14
14687147--14687195	20	2.5	20	83	6	66	36	0	0	63	0.95
14689179--14689501	30	11.0	29	83	5	330	36	24	2	36	1.68
14689179--14689501	88	3.7	87	82	9	352	36	24	2	36	1.68
14689214--14689504	29	9.9	29	84	7	311	37	24	1	36	1.63
14689220--14689506	88	3.3	86	85	5	353	37	24	1	36	1.63
14691977--14692002	8	3.2	8	100	0	52	26	23	11	38	1.89
14695080--14695127	15	3.0	16	81	9	53	77	4	18	0	0.93
14695082--14695141	31	1.9	31	83	6	77	78	3	15	3	1.01
14696718--14697995	92	13.9	92	94	0	2209	32	16	19	31	1.94
14697697--14697943	40	5.6	40	68	26	151	31	14	19	34	1.92
14697840--14698103	144	1.8	145	93	1	458	35	14	18	31	1.92
14697925--14698047	52	2.3	52	92	1	210	34	17	17	30	1.93
14698381--14698435	6	9.8	6	73	15	55	41	1	1	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14698389--14698456	17	4.1	17	81	5	77	44	2	2	50	1.32
14709564--14709602	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
14711768--14711907	34	3.9	35	68	12	97	33	20	22	22	1.97
14711674--14711967	108	2.7	108	83	5	326	36	18	20	25	1.95
14712050--14712090	12	3.2	12	83	10	55	56	4	0	39	1.21
14712433--14712490	28	2.1	28	86	0	80	24	10	8	56	1.60
14713288--14713318	11	2.7	11	95	5	53	29	0	0	70	0.87
14716440--14716507	33	2.1	33	86	5	93	36	27	16	19	1.93
14734002--14734027	12	2.2	12	100	0	52	50	7	7	34	1.60
14734562--14734667	9	11.4	9	69	16	56	31	0	5	63	1.18
14735082--14735135	21	2.6	21	77	13	58	66	1	3	27	1.19
14736519--14736616	26	4.2	24	80	16	102	13	26	21	38	1.90
14736519--14736616	20	4.2	23	80	18	98	13	26	21	38	1.90
14747299--14747346	17	2.8	17	81	12	62	54	14	14	16	1.72
14749171--14749308	24	5.8	24	85	0	159	30	18	23	27	1.97
14759493--14759549	17	3.4	17	78	7	62	21	15	14	49	1.80
14759485--14759550	34	1.9	34	81	6	80	19	18	13	48	1.81
14763888--14763955	17	4.0	17	75	11	68	22	17	13	47	1.82
14784715--14784759	17	2.8	16	81	18	58	0	22	0	77	0.76
14784715--14784760	10	4.3	11	86	8	60	0	21	0	78	0.76
14785322--14785363	17	2.4	18	78	21	54	50	19	14	16	1.79
14792038--14792071	18	2.0	17	88	11	52	11	14	26	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14798733--14798776	22	2.0	23	86	4	63	31	15	9	43	1.79
14806952--14806991	21	1.9	21	89	0	62	55	12	32	0	1.38
14806951--14806998	21	2.3	21	81	0	60	58	10	31	0	1.32
14807739--14807785	16	2.9	16	81	9	60	78	0	21	0	0.75
14807739--14807785	15	3.0	15	84	6	58	78	0	21	0	0.75
14809350--14809432	41	2.0	41	100	0	166	26	19	9	44	1.81
14825124--14825175	25	2.1	25	89	7	79	32	23	21	23	1.98
14826452--14826612	85	1.9	85	96	0	295	44	13	6	36	1.70
14829448--14829497	20	2.5	20	80	9	57	46	2	16	36	1.58
14831301--14831354	21	2.6	21	84	0	72	27	14	25	31	1.95
14832144--14834270	705	3.0	707	97	0	3965	32	16	18	32	1.94
14835787--14835875	32	2.9	32	81	5	85	19	2	30	48	1.61
14836717--14836813	28	3.4	28	85	8	115	51	1	1	46	1.14
14836745--14836815	16	5.1	13	73	20	63	54	0	1	43	1.08
14837342--14837528	28	6.7	28	84	3	191	26	16	25	31	1.96
14837337--14837528	56	3.4	56	83	1	215	26	16	25	32	1.96
14837398--14837582	56	3.3	54	81	8	185	24	16	25	34	1.95
14842417--14842470	25	2.2	24	83	12	65	22	0	5	72	1.05
14850891--14850916	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
14852343--14852383	15	2.7	15	88	7	57	29	4	14	51	1.63
14854473--14854511	20	2.0	20	84	0	51	20	17	0	61	1.34
14863002--14863035	17	2.0	17	88	0	50	67	0	23	8	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14864176--14864446	134	2.0	134	99	0	533	31	8	26	33	1.87
14864986--14865041	28	2.1	28	83	6	71	57	5	23	14	1.58
14865624--14865666	17	2.6	16	85	3	59	6	9	9	74	1.22
14895868--14895913	6	7.5	6	83	13	58	80	2	17	0	0.81
14895868--14895913	19	2.5	18	86	10	58	80	2	17	0	0.81
14898252--14898727	252	1.9	254	83	2	627	29	18	26	25	1.98
14899587--14899667	19	4.3	19	73	17	78	12	16	29	41	1.84
14916639--14916669	16	1.9	16	93	0	53	22	12	6	58	1.58
14923647--14923680	17	1.9	18	88	5	52	61	11	11	14	1.56
14927170--14927283	40	2.8	40	94	0	201	28	15	29	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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