genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  30  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7860280--7860448	23	7.4	22	80	9	135	11	23	21	43	1.85
7860281--7860402	46	2.7	46	85	2	165	11	22	21	44	1.84
7860304--7860448	69	2.1	66	85	10	184	12	22	20	44	1.85
7860692--7860717	5	5.2	5	100	0	52	38	42	0	19	1.51
7864469--7864666	59	3.4	59	69	8	161	37	3	29	29	1.74
7864646--7864995	30	11.7	30	87	5	435	35	4	24	35	1.77
7864829--7864877	15	3.3	15	70	30	50	40	2	20	36	1.64
7864645--7864995	90	3.9	90	90	3	530	35	4	24	35	1.77
7865865--7865903	19	2.0	20	90	5	62	33	0	2	64	1.08
7866060--7866094	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
7866868--7866920	24	2.2	23	86	6	70	33	0	1	64	1.05
7866909--7866985	6	13.2	6	74	15	72	55	2	1	40	1.22
7866912--7866990	17	4.9	16	78	10	81	56	3	1	37	1.25
7866911--7866995	31	2.9	30	83	13	90	55	3	1	40	1.25
7866949--7867003	27	2.0	27	86	6	76	54	7	0	38	1.28
7867384--7867972	37	17.4	31	65	19	182	26	21	18	34	1.96
7867339--7868153	68	11.9	68	92	1	1326	26	20	18	34	1.96
7867339--7868166	137	6.1	137	94	0	1383	26	20	18	34	1.96
7867339--7868153	205	4.0	204	93	1	1353	26	20	18	34	1.96
7878449--7878644	59	3.4	57	72	10	171	38	4	28	29	1.75
7878617--7878704	30	2.9	30	80	16	94	31	5	27	35	1.80
7878649--7879008	30	12.0	30	83	1	443	35	4	23	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879874--7879912	19	2.0	21	90	10	64	35	0	2	61	1.10
7880061--7880108	3	15.7	3	79	12	53	33	0	2	64	1.05
7880060--7880108	19	2.6	19	90	3	73	32	0	2	65	1.04
7880903--7881001	6	16.8	6	76	14	82	51	1	1	46	1.14
7880928--7881011	11	7.9	11	75	17	54	55	2	1	40	1.20
7880929--7881001	16	4.6	16	83	10	89	57	1	1	39	1.16
7880928--7881011	27	2.9	30	83	15	90	55	2	1	40	1.20
7880965--7881019	27	2.0	27	86	6	76	54	7	0	38	1.28
7881751--7881962	106	2.0	105	97	0	397	40	16	5	38	1.72
7882092--7882124	14	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
7904017--7904056	13	2.9	15	75	17	50	20	5	10	65	1.42
7905739--7905801	24	2.7	24	80	2	74	26	11	17	44	1.82
7905739--7905808	23	3.0	23	75	6	70	30	10	17	42	1.81
7923891--7923933	15	3.0	14	80	12	52	60	2	16	20	1.46
7924028--7924136	30	3.7	28	76	21	98	33	4	31	31	1.78
7924030--7924165	58	2.3	58	88	1	191	33	4	30	31	1.78
7924035--7924136	29	3.5	30	75	22	108	35	2	28	33	1.72
7924057--7924225	29	5.8	29	73	19	102	32	4	27	35	1.76
7924041--7924193	58	2.6	56	80	9	146	32	3	28	34	1.76
7924315--7924954	161	4.0	161	97	0	1181	41	14	18	25	1.88
7926490--7926554	17	3.9	16	88	6	85	55	3	3	38	1.31
7926464--7926549	6	14.8	6	72	16	65	47	1	3	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7926513--7926567	27	2.0	27	85	0	74	52	5	1	40	1.35
7930788--7930813	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7931164--7931210	2	24.0	2	87	12	71	48	0	2	48	1.13
7936478--7936626	61	2.4	61	75	6	149	40	12	5	40	1.66
7938953--7939067	40	2.9	36	92	1	122	40	12	21	25	1.88
7938895--7939144	81	3.0	82	82	4	306	37	12	24	26	1.90
7938890--7939144	122	2.1	124	86	3	354	37	11	24	26	1.90
7938890--7939186	41	7.2	41	83	6	300	38	11	24	26	1.89
7938915--7939172	122	2.1	121	84	5	322	37	12	24	26	1.90
7965428--7965469	21	2.0	21	100	0	84	19	33	19	28	1.96
7968434--7968785	59	6.0	57	85	5	326	34	6	28	30	1.83
7968476--7968756	30	9.5	31	67	10	185	34	5	27	32	1.79
7968470--7968788	117	2.7	118	89	0	487	34	5	28	31	1.80
7968470--7968859	30	13.2	29	69	10	150	34	5	28	32	1.79
7968470--7968790	59	5.5	57	89	4	421	34	5	28	31	1.80
7968470--7968829	59	6.1	56	87	7	368	33	5	29	32	1.79
7968779--7968962	30	6.1	30	89	1	262	37	3	21	37	1.72
7968788--7968962	61	2.9	60	88	1	269	38	4	21	36	1.73
7968779--7968962	91	2.0	89	94	2	323	37	3	21	37	1.72
7969058--7969375	162	2.0	162	89	3	489	46	13	14	25	1.81
7969109--7969459	161	2.2	160	80	6	379	49	12	14	22	1.77
7970205--7970270	26	2.6	27	76	9	75	39	3	6	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7970912--7970989	17	4.8	17	78	9	90	50	2	1	46	1.23
7970913--7971006	48	1.9	48	87	6	136	46	4	2	46	1.34
7970912--7971005	17	5.6	17	78	8	86	47	4	2	45	1.34
7970912--7970989	6	13.2	6	74	12	72	50	2	1	46	1.23
7971322--7972175	68	12.5	68	97	0	1591	26	20	18	34	1.96
7984106--7984331	29	7.7	29	67	14	133	33	5	28	32	1.81
7984104--7984359	59	4.4	59	91	0	397	33	5	28	32	1.81
7984311--7984489	30	6.0	28	82	7	90	35	2	24	37	1.68
7984104--7984418	118	2.7	114	83	10	366	33	5	27	33	1.79
7984362--7984506	61	2.4	61	90	1	220	37	3	22	37	1.71
7984353--7984506	30	5.1	30	87	2	211	36	3	21	38	1.70
7984606--7984919	162	1.9	162	88	3	472	46	13	14	26	1.81
7985750--7985815	26	2.6	27	76	9	75	39	3	6	51	1.42
7986459--7986536	17	4.8	17	78	9	90	50	2	1	46	1.23
7986459--7986552	17	5.6	17	78	8	86	47	4	2	45	1.34
7986459--7986536	6	13.2	6	74	12	72	50	2	1	46	1.23
7986460--7986553	48	1.9	48	87	6	136	46	4	2	46	1.34
7987484--7987513	14	2.2	13	94	5	51	36	10	13	40	1.78
7992369--7992425	27	2.1	28	90	3	89	38	10	28	22	1.87
7994129--7994198	35	2.0	35	88	2	106	38	10	14	37	1.79
7999989--8000013	9	2.8	9	100	0	50	84	8	8	0	0.79
8001182--8001229	24	2.0	24	100	0	96	33	8	20	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8005652--8005710	23	2.6	22	82	15	75	6	20	23	49	1.73
8011190--8011236	19	2.4	19	92	3	76	29	27	4	38	1.76
8014865--8014896	11	2.9	11	100	0	64	43	0	37	18	1.51
8030322--8030350	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
8030928--8031017	11	8.0	11	73	9	65	44	3	0	52	1.17
8030925--8031020	28	3.3	29	81	8	99	44	3	0	52	1.17
8030954--8030993	17	2.4	17	95	0	71	42	2	0	55	1.13
8030925--8031020	23	4.2	23	69	9	70	44	3	0	52	1.17
8030966--8031004	17	2.3	17	90	0	60	46	2	0	51	1.14
8031845--8031895	19	2.6	19	82	11	59	64	0	0	35	0.94
8032602--8032947	163	2.1	163	86	3	482	26	16	11	45	1.81
8033017--8033316	30	10.0	30	83	4	345	37	24	2	35	1.70
8033022--8033316	90	3.3	90	88	1	414	37	24	2	35	1.70
8045314--8045923	68	8.8	68	91	2	898	33	16	20	29	1.95
8045233--8045847	136	4.5	136	92	2	944	33	16	20	29	1.94
8045233--8045847	204	3.0	204	91	2	935	33	16	20	29	1.94
8046302--8046336	17	2.1	17	88	0	52	45	2	0	51	1.16
8047181--8047223	23	1.9	21	86	13	59	67	0	0	32	0.91
8047932--8048276	162	2.1	162	87	3	505	26	16	11	45	1.82
8048350--8048473	29	4.2	29	85	3	167	38	21	4	34	1.75
8048350--8048513	30	5.6	28	80	9	150	37	24	4	33	1.75
8048494--8048688	59	3.3	58	71	10	166	30	28	4	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8052119--8052160	14	3.0	14	76	13	50	73	4	0	21	1.01
8058911--8059006	50	1.9	49	91	2	156	31	12	10	45	1.76
8061049--8061442	59	6.7	61	78	13	171	35	25	2	37	1.68
8061040--8061443	30	13.8	29	69	19	164	35	25	2	37	1.68
8061136--8061442	58	5.3	59	83	5	349	33	26	1	37	1.68
8061304--8061448	29	5.0	29	70	7	114	34	28	0	35	1.63
8064951--8064987	20	1.9	19	89	10	58	40	0	0	59	0.97
8065677--8065722	21	2.2	21	85	11	60	32	30	6	30	1.83
8066269--8066340	9	7.6	9	73	11	63	47	4	1	47	1.30
8069199--8069243	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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