genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24658570--24658607	14	2.6	15	80	19	53	52	13	0	34	1.40
24669665--24670024	32	11.3	32	84	0	416	33	15	21	29	1.95
24682691--24682857	65	2.6	65	79	6	187	40	11	7	40	1.69
24682753--24682909	67	2.4	65	82	2	188	37	14	8	38	1.78
24682974--24683025	19	2.8	19	80	13	72	63	0	0	36	0.95
24683007--24683079	27	2.6	29	73	22	75	57	1	2	38	1.22
24683041--24683130	37	2.4	36	80	9	90	64	2	2	31	1.18
24683041--24683130	38	2.4	37	83	3	99	64	2	2	31	1.18
24683368--24683449	10	8.5	10	71	18	50	32	4	2	59	1.31
24683406--24683449	19	2.4	17	85	14	52	31	6	2	59	1.36
24683435--24683473	19	2.1	19	90	4	62	17	5	0	76	0.96
24683576--24683783	90	2.3	88	83	8	269	35	7	19	38	1.79
24684365--24684409	22	2.0	23	86	4	65	42	6	2	48	1.41
24684656--24684732	22	3.5	22	77	13	68	54	5	1	38	1.31
24686794--24686826	10	3.3	10	95	0	57	6	9	0	84	0.76
24686794--24686838	20	2.2	20	80	7	56	8	8	2	80	1.00
24687856--24687915	16	3.9	15	78	12	61	80	1	6	11	0.98
24687856--24687907	14	3.6	14	81	5	59	80	1	7	9	0.97
24688395--24688424	11	2.7	11	94	0	51	16	3	3	76	1.05
24693128--24693159	16	2.0	16	100	0	64	37	12	6	43	1.68
24693318--24693401	26	3.2	26	81	3	89	30	20	20	28	1.97
24694798--24694848	11	4.5	11	75	4	57	47	27	15	9	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24697578--24697610	11	3.0	11	90	0	57	33	0	3	63	1.10
24697601--24697630	14	2.1	14	93	0	51	20	6	3	70	1.25
24702777--24702820	23	1.9	23	85	0	61	13	13	25	47	1.79
24703745--24703827	26	3.2	26	83	6	114	24	22	24	28	1.99
24712544--24712590	24	2.0	24	91	0	76	31	19	19	29	1.96
24712836--24712907	17	4.2	17	76	0	72	22	23	9	44	1.82
24713482--24713513	17	1.9	17	93	6	57	81	0	18	0	0.70
24718777--24718869	26	3.5	26	83	1	105	33	17	23	25	1.96
24725741--24725841	26	3.8	26	77	6	96	32	18	21	26	1.97
24727631--24727901	40	6.8	40	76	4	224	23	18	28	28	1.98
24727647--24727750	42	2.5	40	81	6	136	21	17	27	33	1.95
24728811--24728939	55	2.3	55	81	2	143	27	26	27	18	1.98
24733007--24733044	19	1.9	19	89	5	58	31	10	13	44	1.77
24735672--24735738	33	2.0	33	85	5	91	35	8	22	32	1.85
24738308--24738480	40	4.3	40	82	7	183	21	19	30	28	1.97
24738301--24738457	80	2.0	80	90	0	251	21	19	31	27	1.98
24749167--24749243	32	2.4	32	76	10	84	28	6	2	62	1.33
24752292--24752365	32	2.3	33	83	2	96	28	5	1	64	1.23
24764702--24764784	16	5.2	16	91	0	121	28	25	4	40	1.76
24764948--24764999	22	2.3	22	77	9	52	65	1	0	32	1.04
24768501--24768546	16	2.9	16	73	23	51	60	0	2	36	1.09
24773375--24773412	15	2.5	15	87	8	51	63	2	0	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24775210--24775443	115	2.0	115	94	0	414	35	9	14	40	1.79
24777344--24777394	25	2.1	23	82	13	59	70	1	3	23	1.14
24779995--24780031	19	1.9	19	94	0	65	40	13	18	27	1.88
24782725--24782782	21	2.8	21	75	15	57	29	20	17	32	1.95
24782825--24783097	116	2.3	115	76	10	268	33	27	9	29	1.88
24783579--24783765	52	3.6	52	84	4	234	36	22	13	26	1.92
24789941--24790188	116	2.1	116	81	5	288	33	27	9	29	1.89
24790687--24790873	52	3.6	52	88	1	259	35	22	14	26	1.93
24792241--24792285	21	2.1	21	95	0	81	4	48	15	31	1.65
24792277--24792424	66	2.2	66	86	2	208	16	22	15	45	1.85
24797927--24798430	18	29.9	18	64	20	128	47	4	1	47	1.30
24798016--24798143	31	4.6	29	71	17	94	46	4	0	47	1.28
24797956--24798442	49	10.1	49	77	13	345	46	4	1	47	1.32
24797968--24798453	128	3.8	128	78	8	551	46	4	1	47	1.32
24798016--24798190	79	2.2	80	95	1	316	46	5	0	48	1.29
24798102--24798541	209	2.1	209	96	0	810	46	4	2	46	1.35
24798492--24798543	18	2.8	18	79	2	68	50	0	1	48	1.12
24800963--24801001	14	2.8	14	84	11	53	25	0	20	53	1.45
24802386--24802952	41	13.8	41	74	12	355	23	27	24	24	2.00
24802441--24802952	82	6.2	82	79	5	460	23	27	24	24	2.00
24802386--24802893	41	12.3	41	78	6	420	23	27	24	24	2.00
24809378--24809422	19	2.4	19	81	7	56	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24813018--24813074	12	4.5	12	74	25	55	17	3	0	78	0.88
24813908--24813996	40	2.2	40	86	5	126	29	28	24	17	1.98
24815480--24815524	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
24821755--24821879	19	5.9	20	68	17	67	71	3	3	22	1.15
24823900--24823957	10	5.9	10	79	4	55	0	27	1	70	0.97
24823924--24823958	15	2.3	15	85	0	52	0	20	5	74	1.02
24825728--24825833	49	2.2	49	86	3	142	39	17	16	25	1.91
24828072--24828157	20	4.3	20	77	4	84	30	5	13	50	1.66
24828073--24828157	40	2.1	40	82	4	100	30	5	14	49	1.66
24830976--24831085	27	4.1	27	76	4	107	34	26	6	32	1.82
24834146--24834188	22	2.0	21	86	13	61	46	0	4	48	1.22
24834149--24834228	30	2.6	31	81	14	96	51	0	2	46	1.14
24834208--24834232	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
24837084--24837127	20	2.2	20	83	0	52	45	4	2	47	1.35
24836895--24837394	146	3.4	145	82	9	602	45	9	3	41	1.54
24837810--24837856	3	15.7	3	91	8	78	68	29	0	2	1.02
24837901--24837925	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
24838259--24838696	42	10.4	42	82	4	553	35	24	19	21	1.96
24845430--24845479	26	1.9	26	95	0	91	24	18	26	32	1.97
24847348--24847381	4	8.5	4	86	0	50	47	0	29	23	1.52
24847348--24847381	16	2.1	16	100	0	68	47	0	29	23	1.52
24852140--24852671	145	3.6	147	84	9	651	44	8	3	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24853141--24853165	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
24853493--24853859	42	8.7	42	88	1	529	35	24	20	19	1.95
24862145--24862180	5	7.8	5	85	14	51	0	13	0	86	0.58
24862139--24862180	23	1.9	22	90	9	68	0	14	0	85	0.59
24867662--24867699	17	2.2	18	90	4	60	68	7	5	18	1.34
24870270--24870346	20	3.8	20	81	5	84	22	16	20	40	1.91
24870270--24870346	40	1.9	40	81	5	93	22	16	20	40	1.91
24874664--24874715	20	2.6	21	73	14	56	19	11	21	48	1.80
24887507--24887546	18	2.3	19	83	16	59	17	17	10	55	1.69
24887507--24887546	17	2.3	18	87	12	57	17	17	10	55	1.69
24890526--24890577	26	2.0	26	100	0	104	50	3	26	19	1.65
24892004--24892069	20	3.3	20	79	12	73	19	18	21	40	1.91
24906542--24906575	12	2.7	13	95	4	61	14	0	11	73	1.10
24917394--24917449	21	2.7	21	78	10	60	37	32	17	12	1.88
24919263--24919389	62	2.0	62	100	0	254	32	29	13	24	1.93
24924020--24924068	17	2.9	16	85	11	71	18	22	14	44	1.85
24925323--24925675	177	2.0	177	97	1	672	29	18	24	28	1.98
24926303--24926415	50	2.3	50	92	0	190	28	22	25	23	1.99
24934580--24935160	49	11.8	49	80	5	494	45	19	16	18	1.86
24934580--24935160	147	3.9	147	81	3	614	45	19	16	18	1.86
24935049--24935204	51	3.1	50	84	6	167	44	23	14	17	1.85
24949352--24949449	27	3.7	26	85	5	124	28	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24950831--24951101	24	11.3	24	83	0	308	27	21	18	32	1.97
24955833--24955906	36	2.1	36	86	0	103	51	14	6	27	1.68
24955847--24955915	36	1.9	36	87	0	102	49	14	7	28	1.70
24957776--24957842	29	2.3	29	81	2	80	31	5	11	50	1.63
24959996--24960046	27	1.9	26	84	11	68	56	1	1	39	1.22
24959963--24960052	42	2.2	39	76	9	90	56	3	1	38	1.23
24963463--24963503	6	6.8	6	97	0	73	70	17	0	12	1.16
24964008--24964052	23	2.0	22	91	4	72	26	8	0	64	1.23
24966845--24966887	20	2.2	20	91	0	68	74	2	0	23	0.93
24968347--24968467	19	6.1	20	69	21	69	41	4	0	52	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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