genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18890927--18891147	72	3.0	72	90	2	318	39	17	13	29	1.88
18892701--18892864	81	2.0	83	97	2	314	47	15	8	28	1.74
18893034--18893081	17	3.1	17	69	25	52	52	0	39	8	1.32
18897798--18897840	21	2.0	21	95	0	77	41	11	23	23	1.87
18898989--18899038	12	4.5	11	79	20	59	20	0	60	20	1.37
18899607--18899669	29	2.1	32	80	14	80	30	12	7	49	1.69
18902441--18902629	29	6.7	29	80	6	190	38	23	11	26	1.89
18902444--18902629	57	3.3	57	82	1	194	37	24	10	27	1.88
18902441--18902630	86	2.2	85	83	9	235	38	23	11	26	1.88
18902729--18902832	55	1.9	55	91	0	172	26	25	13	34	1.93
18907376--18907427	18	2.9	18	82	0	68	9	26	13	50	1.72
18908263--18908304	14	2.9	15	86	13	61	69	0	2	28	1.01
18908266--18908306	22	1.9	21	90	5	64	68	0	2	29	1.03
18908266--18908304	7	5.4	7	82	17	53	69	0	2	28	1.02
18908853--18909053	106	1.9	105	90	4	325	52	5	3	38	1.43
18909129--18909176	19	2.5	20	75	21	50	54	0	0	45	0.99
18915873--18915917	21	2.1	21	83	0	54	20	11	31	37	1.87
18919717--18919741	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
18924581--18924618	19	2.0	19	89	0	58	28	13	18	39	1.88
18924549--18924653	23	4.7	23	73	9	83	28	21	16	33	1.95
18925855--18926066	109	1.9	110	91	2	347	41	14	11	32	1.82
18927678--18927736	6	9.7	6	75	10	57	6	0	40	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18927728--18927771	22	2.0	22	86	4	63	9	0	31	59	1.29
18928124--18928878	85	8.9	85	80	5	699	29	16	23	30	1.96
18928124--18928878	43	17.8	43	81	4	746	29	16	23	30	1.96
18929889--18929988	1	100.0	1	69	0	56	0	16	0	84	0.63
18929891--18929986	7	13.9	7	77	18	103	0	16	0	83	0.65
18929891--18929988	42	2.3	42	86	11	130	0	16	0	83	0.64
18929891--18929986	49	2.0	49	88	10	144	0	16	0	83	0.65
18936200--18936417	109	2.0	109	88	5	323	41	15	11	31	1.82
18936573--18936612	19	2.0	20	85	14	55	62	2	2	32	1.22
18936685--18936739	27	2.1	26	83	6	67	60	1	16	21	1.45
18938686--18938734	19	2.6	19	84	12	66	71	2	4	22	1.13
18939020--18939116	17	5.4	18	70	9	65	27	3	1	68	1.11
18939253--18939481	89	2.5	92	83	5	306	32	11	20	35	1.88
18941265--18941337	30	2.4	30	80	6	85	31	4	26	38	1.75
18942130--18942180	19	2.8	18	82	8	59	23	47	17	11	1.81
18942172--18942219	17	2.8	17	77	0	51	16	43	22	16	1.87
18942650--18942714	29	2.2	29	83	0	76	10	18	24	46	1.81
18947800--18947834	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
18948065--18948102	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
18955139--18955172	13	2.7	13	90	4	52	2	20	11	64	1.39
18955955--18956228	45	6.1	45	80	3	309	25	16	25	33	1.96
18955967--18956242	89	3.1	89	79	7	312	25	17	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18956211--18956348	38	3.5	38	72	11	132	26	14	29	29	1.95
18956080--18956340	89	3.0	89	79	10	231	27	15	24	32	1.95
18956542--18956588	24	2.0	24	91	0	76	34	19	23	23	1.97
18957290--18957323	13	2.6	13	90	9	52	0	17	0	82	0.67
18958219--18958255	7	4.8	8	87	12	51	0	18	0	81	0.70
18958220--18958256	16	2.3	16	90	9	58	0	16	0	83	0.64
18966343--18966388	24	1.9	24	95	0	83	34	15	28	21	1.94
18970814--18970940	23	5.4	23	85	5	139	44	22	22	11	1.83
18972798--18972924	65	2.0	65	100	0	254	39	21	3	36	1.69
18973424--18973473	21	2.4	22	80	16	61	28	30	14	28	1.95
18974459--18974524	34	2.0	33	84	3	87	25	30	25	18	1.98
18974399--18974652	101	2.5	102	81	2	305	25	25	24	24	2.00
18974964--18975228	135	2.0	135	93	0	458	39	18	5	36	1.74
18979057--18979135	36	2.2	36	97	0	149	44	11	5	39	1.62
18981248--18981301	21	2.6	21	93	0	90	35	25	7	31	1.84
18983041--18983082	20	2.2	19	83	12	50	38	16	2	42	1.61
18985113--18985262	34	4.5	34	78	2	135	32	36	13	18	1.89
18993863--18993903	21	2.0	21	90	0	64	29	24	14	31	1.95
18993890--18993980	17	5.4	17	69	3	76	30	20	16	31	1.95
18995250--18995297	18	2.7	18	84	9	64	31	16	31	20	1.95
19012265--19012301	19	2.0	18	89	5	56	56	0	40	2	1.13
19016006--19016058	21	2.6	20	77	14	54	20	18	20	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19022936--19022981	23	2.0	24	91	4	76	47	36	6	8	1.60
19025673--19025737	29	2.2	30	81	10	80	40	24	4	30	1.75
19027208--19027251	18	2.4	18	81	7	54	68	11	6	13	1.39
19028955--19028997	3	14.3	3	80	0	50	34	9	0	55	1.32
19028955--19028997	12	3.6	12	83	0	59	34	9	0	55	1.32
19029411--19029777	150	2.4	150	90	4	569	40	3	12	43	1.58
19030826--19031291	240	2.0	237	89	3	713	36	8	14	40	1.77
19032159--19032216	22	2.6	23	80	2	73	15	3	25	55	1.56
19035023--19035099	30	2.6	30	83	4	93	32	25	2	38	1.70
19035048--19035105	30	1.9	30	89	10	91	29	27	5	37	1.78
19037852--19037979	23	5.5	23	80	5	132	12	21	21	44	1.85
19037876--19038022	69	2.1	71	82	9	178	14	21	19	44	1.87
19045212--19045338	23	5.4	23	82	5	139	11	22	21	44	1.84
19045232--19045370	23	6.0	22	76	14	93	13	21	20	43	1.86
19052003--19052051	25	2.0	25	95	0	89	26	24	10	38	1.87
19061425--19061767	110	3.0	110	83	7	380	40	18	20	20	1.92
19061606--19061697	48	1.9	48	90	0	148	40	15	23	20	1.91
19061535--19061767	125	1.9	124	87	0	340	41	18	20	20	1.91
19074465--19074546	30	2.8	29	86	1	110	37	19	1	41	1.59
19074460--19074578	29	4.1	28	78	9	107	33	24	3	38	1.72
19077997--19078025	12	2.3	13	94	5	51	0	20	0	79	0.74
19082058--19082108	24	2.2	24	89	3	77	27	33	9	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19085780--19086449	124	5.4	124	86	1	833	38	15	21	23	1.92
19086109--19086201	48	1.9	48	88	0	141	38	15	24	21	1.92
19085780--19086441	249	2.7	247	86	2	853	38	15	21	23	1.92
19088167--19088277	30	3.7	30	84	9	138	35	25	2	36	1.70
19092149--19092197	7	7.8	6	80	13	55	2	18	0	79	0.83
19092149--19092195	12	3.8	12	86	8	67	2	17	0	80	0.80
19092155--19092197	11	3.6	11	82	17	59	2	18	0	79	0.85
19092149--19092197	25	2.0	24	92	4	80	2	18	0	79	0.83
19092149--19092198	19	2.6	20	84	9	68	2	20	0	78	0.86
19092947--19092986	21	1.9	21	84	0	53	2	32	10	55	1.47
19109517--19109601	20	4.2	20	78	0	80	15	24	15	44	1.85
19109497--19109601	40	2.6	40	87	0	147	16	26	14	42	1.86
19109497--19109609	20	5.7	20	73	4	75	15	28	15	40	1.88
19113653--19113698	26	1.9	24	83	16	60	28	13	8	50	1.70
19116170--19116225	21	2.7	21	83	5	69	42	33	12	10	1.77
19123577--19123626	22	2.3	22	82	6	57	26	24	30	20	1.98
19143144--19143185	17	2.4	18	84	4	50	52	9	11	26	1.68
19143309--19143352	21	2.1	21	87	8	63	4	27	9	59	1.48
19161179--19161222	21	2.1	21	87	8	63	63	9	22	4	1.42
19167499--19167528	11	2.7	11	100	0	60	36	0	0	63	0.95
19167981--19168021	21	2.0	21	85	9	57	41	12	0	46	1.41
19184675--19184705	15	2.1	15	93	0	53	35	12	25	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19192219--19192257	19	2.0	21	90	10	64	53	10	12	23	1.69
19221626--19221787	84	1.9	83	93	1	279	32	20	14	33	1.92
19242230--19242300	34	2.1	35	83	2	90	21	22	8	47	1.77
19244807--19244889	24	3.3	24	64	23	62	32	18	22	26	1.97
19244794--19244897	52	2.0	52	98	0	199	29	20	21	28	1.98
19244819--19244900	23	3.3	23	65	28	60	29	21	18	30	1.97
19249686--19249754	34	2.0	34	100	0	138	39	0	11	49	1.39
19249943--19250039	21	4.7	20	71	20	74	46	2	2	49	1.25
19249962--19250024	33	1.9	33	81	12	76	44	1	3	50	1.27
19250367--19250555	96	2.0	96	86	2	263	35	14	16	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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