genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  135  ( 16151 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8591473--8592073	200	3.0	199	90	1	936	36	21	22	19	1.95
8593233--8593269	15	2.4	16	86	4	58	59	0	0	40	0.97
8594311--8594563	58	4.3	59	78	9	279	33	29	1	35	1.67
8594299--8594459	29	5.5	28	73	20	125	34	29	1	34	1.68
8594497--8594564	30	2.3	29	80	9	75	30	30	0	38	1.58
8596882--8596909	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8599374--8599437	21	3.0	21	70	4	56	56	6	3	34	1.40
8600132--8600298	82	2.0	83	97	1	318	31	19	18	30	1.96
8602881--8602959	34	2.3	34	86	0	122	32	18	25	22	1.97
8615317--8615346	6	5.0	6	100	0	60	50	16	16	16	1.79
8622669--8622750	17	4.8	17	81	3	94	37	2	4	54	1.35
8622680--8622750	34	2.1	34	89	0	106	39	1	5	53	1.33
8622687--8622736	23	2.2	23	85	0	64	38	2	6	54	1.37
8622793--8622836	23	1.9	23	90	0	70	40	25	11	22	1.87
8631015--8631259	50	5.0	47	72	12	170	40	17	25	15	1.90
8631015--8631307	100	2.9	99	80	8	272	39	17	26	17	1.91
8631449--8631592	78	1.8	78	83	2	191	27	31	15	25	1.96
8631449--8631613	78	2.1	78	82	4	190	28	29	16	25	1.97
8631655--8632311	202	3.3	200	88	1	915	36	19	22	21	1.95
8632636--8632717	17	4.8	17	78	3	85	36	2	6	54	1.38
8632654--8632703	23	2.2	23	88	0	73	36	2	8	54	1.42
8632647--8632717	34	2.1	34	86	5	99	38	1	7	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8641029--8641368	52	6.5	52	84	3	425	27	14	21	37	1.92
8654419--8654502	34	2.4	34	96	2	150	28	19	1	51	1.54
8656633--8656708	34	2.3	32	75	18	82	35	3	0	60	1.15
8660098--8660148	22	2.3	22	86	0	66	37	11	7	43	1.71
8660107--8660149	22	2.0	22	90	0	68	39	11	9	39	1.74
8672895--8672936	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
8674895--8674946	13	4.1	13	72	5	52	51	0	5	42	1.25
8675165--8675227	20	3.3	19	80	10	58	53	0	0	46	1.00
8676986--8677064	29	2.9	27	78	14	88	55	5	17	21	1.61
8676998--8677064	29	2.4	28	87	5	91	56	4	20	17	1.58
8677647--8677699	25	2.1	25	100	0	106	43	11	3	41	1.58
8678129--8678154	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8680969--8681011	22	1.9	22	85	4	59	48	2	2	46	1.27
8682381--8682444	9	7.7	9	70	26	52	50	0	0	50	1.00
8682381--8682446	30	2.3	29	84	12	91	51	0	0	48	1.00
8687359--8687433	39	1.9	39	83	5	98	40	16	12	32	1.84
8689759--8689791	15	2.2	15	94	0	57	78	9	0	12	0.95
8691437--8691512	6	13.0	6	73	20	63	43	2	1	52	1.23
8691437--8691512	17	4.4	17	82	11	91	43	2	1	52	1.23
8691437--8691511	10	7.0	11	72	20	61	42	2	1	53	1.23
8693499--8693708	29	7.2	30	77	10	195	37	25	3	33	1.72
8693492--8693698	89	2.4	87	85	4	256	36	25	3	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8699128--8699178	14	3.4	14	75	15	57	25	0	27	47	1.53
8702675--8702836	85	1.9	83	85	8	220	46	9	9	35	1.68
8702672--8702846	84	2.1	83	81	8	219	44	10	10	34	1.73
8705617--8705658	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
8705619--8705680	17	3.8	17	80	6	74	40	0	4	54	1.22
8705617--8705658	22	2.0	22	85	4	59	40	0	4	54	1.21
8705623--8705705	27	3.1	27	76	0	76	44	2	4	48	1.37
8705636--8705689	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
8706543--8706599	10	6.0	10	80	8	66	52	0	0	47	1.00
8706561--8706600	7	5.7	7	82	11	55	57	0	0	42	0.98
8706563--8706600	13	2.7	14	92	8	60	57	0	0	42	0.98
8706544--8706600	28	2.0	29	90	10	91	54	0	0	45	0.99
8707743--8707897	30	5.2	30	67	20	101	34	29	3	33	1.74
8707776--8707878	31	3.5	31	73	18	119	33	25	3	37	1.74
8707744--8708000	59	4.4	59	87	3	324	32	28	4	34	1.77
8707744--8708000	117	2.2	118	85	5	335	32	28	4	34	1.77
8718801--8719997	200	6.0	201	94	0	1902	36	21	22	18	1.95
8720375--8720416	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
8720377--8720438	17	3.8	17	80	6	74	40	0	4	54	1.22
8720375--8720416	22	2.0	22	85	4	59	40	0	4	54	1.21
8720381--8720454	27	2.7	27	76	0	76	43	1	4	51	1.29
8720394--8720447	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721300--8721359	10	6.0	10	75	17	54	53	0	0	46	1.00
8721299--8721360	16	3.9	17	85	6	78	53	0	0	46	1.00
8721310--8721360	13	3.8	13	80	15	50	54	0	0	45	0.99
8721301--8721360	31	1.9	32	90	10	97	55	0	0	45	0.99
8722501--8722808	58	5.3	59	89	4	448	32	29	2	35	1.73
8722501--8722808	117	2.6	118	88	7	477	32	29	2	35	1.73
8736424--8736682	97	2.7	97	93	0	446	35	15	19	28	1.93
8736976--8737108	30	4.5	30	78	9	105	35	5	24	34	1.78
8737030--8737268	59	4.1	58	78	7	189	38	4	23	33	1.74
8737073--8737268	29	6.7	29	71	14	134	38	4	22	34	1.73
8738247--8738279	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
8738245--8738297	10	5.3	10	84	4	63	41	0	0	58	0.98
8739011--8739046	17	2.2	16	90	5	54	58	2	0	38	1.13
8739502--8740363	49	17.5	48	72	10	550	17	24	19	38	1.92
8739459--8740363	98	9.2	98	86	3	1101	17	24	19	38	1.92
8739459--8740363	197	4.6	197	87	1	1178	17	24	19	38	1.92
8740723--8740781	29	2.0	29	100	0	118	44	3	28	23	1.70
8752065--8752206	29	4.9	30	76	13	120	36	4	24	34	1.75
8752040--8752218	29	6.1	30	73	16	119	39	6	22	31	1.79
8752156--8752236	30	2.7	28	80	14	74	39	8	20	30	1.83
8753255--8753300	19	2.3	21	88	7	69	41	0	0	58	0.98
8754028--8754107	17	4.6	17	76	1	70	51	5	2	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8764054--8764087	17	2.0	17	88	0	50	64	0	35	0	0.94
8776682--8776711	16	1.9	16	93	6	53	30	30	20	20	1.97
8776686--8776791	37	2.9	37	85	0	140	37	29	16	16	1.91
8781894--8782083	97	2.0	96	81	7	224	36	13	19	30	1.90
8782408--8782540	59	2.3	58	84	3	160	42	8	23	26	1.82
8782520--8782687	29	5.8	29	81	6	198	32	5	28	33	1.80
8782520--8782719	29	6.9	28	79	7	179	33	5	27	34	1.80
8783607--8783638	12	2.7	12	100	0	64	0	12	9	78	0.97
8783871--8783923	22	2.4	22	81	6	63	47	5	1	45	1.37
8784261--8784578	157	2.0	157	100	0	636	23	13	15	47	1.80
8784906--8784953	6	8.7	6	76	17	50	54	4	0	41	1.20
8784889--8784953	28	2.4	27	82	12	80	53	4	0	41	1.21
8784906--8784953	11	4.4	11	85	12	55	54	4	0	41	1.20
8784905--8784955	5	9.6	5	78	19	50	52	3	0	43	1.19
8786687--8786734	13	3.8	13	76	20	57	60	0	0	39	0.97
8786692--8786734	18	2.3	18	84	11	52	60	0	0	39	0.97
8792168--8792217	20	2.5	20	78	12	57	22	20	24	34	1.97
8801594--8801661	33	2.1	33	88	5	102	60	1	1	36	1.15
8803207--8803242	16	2.3	15	95	4	63	66	0	0	33	0.92
8803219--8803273	23	2.3	24	84	3	76	60	1	1	36	1.18
8803941--8803965	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
8805166--8805266	49	2.0	51	90	7	163	44	6	15	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8809453--8809521	34	2.0	34	100	0	138	40	20	5	33	1.76
8820554--8820619	9	7.1	9	73	3	51	56	3	6	34	1.40
8828179--8828243	33	1.9	34	93	6	114	50	3	21	24	1.63
8834162--8834196	6	5.8	6	100	0	70	17	0	51	31	1.45
8834231--8834255	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
8836069--8836158	44	2.0	45	97	2	173	38	8	4	47	1.55
8837766--8838251	29	16.7	28	65	22	193	34	3	29	32	1.75
8837766--8838251	58	8.3	58	84	3	512	34	3	29	32	1.75
8837765--8838254	116	4.2	117	82	3	567	34	3	30	32	1.75
8837766--8838254	175	2.8	175	83	4	603	34	3	30	32	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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