genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032246.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42061019

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  72  of  135  ( 16151 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618436--21618474	15	2.6	15	87	0	51	20	28	20	30	1.98
21621814--21621865	25	2.1	24	82	10	61	55	11	9	23	1.64
21624581--21624624	17	2.6	17	81	0	52	11	9	0	79	0.93
21624590--21624626	19	1.9	19	89	10	58	10	13	0	75	1.04
21624591--21624634	19	2.4	19	82	14	56	11	11	2	75	1.15
21624581--21624634	19	3.0	17	81	10	54	11	9	1	77	1.06
21624817--21624845	9	3.2	9	100	0	58	58	41	0	0	0.98
21634804--21634978	18	9.7	18	87	0	224	25	20	25	29	1.99
21636329--21636385	11	5.3	11	77	12	55	59	21	7	12	1.56
21636329--21636385	22	2.6	22	80	2	71	59	21	7	12	1.56
21636329--21636392	33	1.9	33	84	12	87	57	21	7	12	1.60
21638060--21638356	52	5.7	52	87	1	398	28	15	24	31	1.95
21641057--21641503	52	8.6	52	87	1	610	36	23	12	26	1.92
21641190--21641271	26	3.2	26	62	25	64	36	23	12	28	1.90
21641684--21641761	26	3.0	26	62	20	63	38	23	11	26	1.89
21641684--21641940	52	4.9	52	93	0	433	36	24	13	25	1.92
21646407--21646769	98	3.7	97	85	1	469	35	19	20	24	1.95
21646405--21646784	195	1.9	196	86	1	539	35	19	20	25	1.96
21648292--21648341	21	2.4	22	80	10	59	20	2	4	74	1.08
21648458--21648496	14	2.5	17	88	12	57	20	0	5	74	1.01
21648489--21648525	13	2.6	15	87	8	51	16	5	5	72	1.21
21648489--21648541	15	3.7	14	83	14	56	16	3	5	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21648584--21648638	28	2.0	28	82	7	67	20	1	5	72	1.13
21650471--21650585	58	2.0	58	87	3	169	47	17	0	34	1.48
21654200--21654365	83	2.0	83	93	0	287	38	21	15	24	1.92
21655393--21655457	22	3.0	22	95	0	112	44	26	20	9	1.81
21655539--21655586	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
21660015--21660087	23	3.2	23	81	9	87	42	26	23	8	1.82
21660169--21660216	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
21664866--21664903	19	2.1	19	90	5	60	42	0	18	39	1.50
21666631--21666673	21	2.1	20	86	4	59	67	13	9	9	1.42
21673727--21673769	20	2.2	20	95	0	77	37	16	18	27	1.92
21675355--21675382	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21690307--21690354	24	2.0	24	100	0	96	62	12	0	25	1.30
21696489--21696542	21	2.6	21	87	0	72	29	14	24	31	1.95
21696555--21696586	15	2.0	17	88	11	50	28	31	12	28	1.93
21697938--21697982	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
21701978--21702038	28	2.2	28	88	5	88	32	26	27	13	1.93
21704759--21704795	19	1.9	19	89	10	58	70	0	10	18	1.16
21706093--21706134	11	3.9	11	81	3	50	40	0	4	54	1.21
21706095--21706156	17	3.8	17	80	6	74	40	0	4	54	1.22
21706093--21706134	22	2.0	22	85	4	59	40	0	4	54	1.21
21706101--21706153	27	2.0	27	84	0	70	37	0	5	56	1.23
21706919--21706958	10	4.1	10	87	3	55	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21706919--21706973	10	6.1	10	76	16	50	54	0	0	45	0.99
21707322--21707352	14	2.2	14	94	0	53	83	0	16	0	0.64
21708092--21708504	59	7.0	59	84	6	480	31	29	2	35	1.73
21708259--21708351	28	3.2	28	71	24	86	32	31	0	36	1.58
21708092--21708505	117	3.5	117	87	1	560	31	29	2	35	1.73
21711554--21711644	39	2.3	40	90	3	141	21	19	21	36	1.95
21711541--21712240	42	17.2	42	80	7	721	24	17	27	30	1.97
21711541--21712248	123	5.8	124	79	8	656	24	17	27	30	1.97
21724613--21724739	39	3.3	39	94	0	209	20	11	28	39	1.88
21724739--21724824	26	3.3	26	80	3	93	26	20	20	31	1.98
21725633--21725672	21	1.9	21	85	10	55	12	15	7	65	1.47
21732478--21732543	19	3.3	19	73	22	71	27	1	16	54	1.51
21732488--21732555	23	3.0	23	78	16	72	23	2	17	55	1.55
21732536--21732594	12	4.8	12	71	19	50	16	6	16	59	1.58
21735872--21735930	23	2.5	23	86	2	82	32	6	16	44	1.74
21739754--21739794	16	2.6	16	84	0	55	41	4	36	17	1.71
21739765--21739912	74	2.0	74	85	0	197	51	4	25	18	1.66
21741465--21741528	29	2.2	30	85	2	85	37	4	18	39	1.72
21743048--21743196	46	3.2	46	85	0	181	48	11	19	20	1.79
21745849--21745878	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
21746680--21746716	17	2.1	19	85	10	51	27	8	8	56	1.56
21747717--21747801	38	2.2	38	85	0	107	17	17	29	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21752839--21752895	21	2.6	23	81	10	66	49	26	1	22	1.60
21753299--21753347	20	2.3	22	86	6	66	63	4	2	30	1.24
21754976--21755024	25	2.0	25	87	0	71	67	8	4	20	1.34
21755154--21755192	20	2.0	20	85	10	53	74	5	7	12	1.20
21755186--21755221	15	2.5	15	90	4	56	75	2	0	22	0.94
21755326--21755364	19	2.2	18	90	9	62	64	5	10	20	1.44
21758573--21758611	21	1.9	20	89	5	60	30	38	23	7	1.83
21764894--21765020	26	4.9	26	90	0	191	22	24	18	33	1.97
21764873--21765020	52	2.8	52	85	2	199	22	25	20	31	1.98
21765237--21765605	189	2.0	189	100	0	738	42	16	10	31	1.81
21774859--21774897	18	2.2	18	90	0	60	58	7	7	25	1.52
21775013--21775057	18	2.5	19	82	10	58	77	6	2	13	1.05
21775015--21775082	22	3.2	20	77	10	64	76	5	2	14	1.09
21775169--21775207	19	2.2	18	90	9	62	64	5	10	20	1.44
21776821--21777215	100	4.0	100	78	3	393	26	19	18	35	1.95
21776814--21777210	200	2.0	201	85	1	546	26	19	18	35	1.95
21776837--21777215	50	7.6	50	67	9	180	26	20	18	35	1.95
21778087--21778346	130	2.0	129	82	6	303	19	26	16	37	1.93
21779332--21779394	17	3.9	16	79	12	58	74	4	4	15	1.16
21779364--21779396	17	2.0	17	94	5	59	78	6	3	12	1.04
21779327--21779399	22	3.5	21	70	14	62	75	4	4	16	1.11
21781825--21781860	15	2.4	15	90	0	54	33	5	19	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21785231--21785418	40	4.6	40	80	7	198	22	23	19	34	1.96
21788092--21788150	19	3.2	19	73	2	66	35	30	13	20	1.91
21788092--21788158	18	3.6	18	76	6	71	32	29	14	22	1.94
21788092--21788175	36	2.3	37	87	4	116	34	28	15	21	1.94
21794197--21794241	24	1.9	23	95	4	81	26	13	26	33	1.93
21794970--21795048	41	1.9	41	86	0	113	29	20	15	35	1.93
21804216--21804350	52	2.6	52	91	0	216	25	13	25	35	1.92
21804299--21804475	60	3.0	60	89	5	252	33	14	19	31	1.92
21809050--21809115	18	3.7	18	78	13	73	31	27	21	19	1.97
21810942--21810984	21	2.0	22	86	4	61	6	4	27	60	1.43
21812991--21813039	25	1.9	26	87	4	73	32	0	4	63	1.13
21820341--21820449	55	2.0	55	80	8	123	32	29	20	18	1.96
21821155--21821207	26	2.0	26	88	0	79	33	24	16	24	1.96
21821222--21821456	86	2.9	80	76	9	231	33	28	16	21	1.95
21836294--21836348	24	2.3	24	93	6	94	29	27	23	20	1.99
21840245--21840284	21	1.9	21	84	0	53	30	17	20	32	1.95
21848322--21848362	21	2.1	19	86	9	55	43	12	21	21	1.85
21848516--21849344	38	21.2	39	75	12	384	31	24	18	25	1.98
21848515--21849391	78	11.1	78	81	6	882	31	24	18	25	1.98
21848515--21849367	116	7.3	117	75	10	688	30	25	18	25	1.98
21848515--21849344	235	3.5	233	82	5	919	31	24	18	25	1.98
21851456--21851493	16	2.3	17	90	4	60	13	7	7	71	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21852845--21852897	24	2.2	24	82	0	61	26	24	24	24	2.00
21852854--21852912	24	2.5	24	91	0	91	28	23	23	23	1.99
21854327--21855654	670	2.0	667	86	4	1868	36	17	8	37	1.81
21860626--21860692	14	4.6	14	72	17	64	16	4	32	46	1.67
21860621--21860680	31	2.0	30	83	9	77	15	6	33	45	1.72
21860599--21860692	45	2.1	45	96	4	172	13	7	32	45	1.72
21863599--21863648	24	2.2	22	83	16	59	70	0	6	24	1.10
21867291--21867390	50	2.0	50	88	3	148	35	12	21	32	1.90
21877540--21877836	52	5.7	52	86	2	409	32	24	15	27	1.95
21882635--21882694	21	2.9	21	84	0	75	35	15	21	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135