genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  1  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3136--3167	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
9159--9230	36	2.0	36	100	0	144	36	27	2	33	1.72
13760--13912	23	6.7	23	77	6	141	39	27	4	28	1.76
13760--13912	46	3.3	46	82	2	166	39	27	4	28	1.76
13760--13912	69	2.2	69	79	5	159	39	27	4	28	1.76
14016--14127	46	2.4	45	83	5	143	37	22	5	34	1.77
14016--14128	23	4.9	23	78	5	111	38	22	5	34	1.77
14618--14646	15	1.9	15	100	0	58	41	20	10	27	1.85
22290--22386	31	3.2	30	83	4	115	31	25	22	19	1.98
22573--22649	31	2.6	29	87	4	109	36	10	14	38	1.80
31155--31196	21	2.0	21	90	9	68	47	23	16	11	1.80
32079--32162	40	2.1	40	100	0	168	38	38	11	11	1.79
36574--36616	23	1.9	23	85	4	61	51	4	9	34	1.55
37067--37206	35	4.0	35	92	0	199	22	27	32	17	1.97
43796--43853	4	14.5	4	100	0	116	25	0	24	50	1.50
46753--46853	35	2.9	35	92	0	166	17	30	28	22	1.97
46797--46852	19	3.1	19	65	31	50	16	30	30	23	1.96
46767--46871	35	3.1	34	87	2	95	19	27	30	22	1.98
47175--47245	36	2.0	36	88	0	106	28	11	12	47	1.76
52275--52345	36	2.0	36	94	0	124	28	11	12	47	1.76
62714--62835	54	2.3	54	88	0	181	36	15	7	40	1.75
63201--63241	18	2.3	18	95	0	73	36	14	2	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65606--65639	7	5.0	7	92	7	61	29	0	0	70	0.87
67324--67353	6	5.0	6	100	0	60	33	16	16	33	1.92
71353--71402	22	2.3	22	89	0	73	22	4	8	66	1.35
78551--78585	17	2.1	17	88	0	52	17	5	28	48	1.69
88355--88405	18	2.8	18	74	11	59	39	0	5	54	1.24
100283--100332	21	2.4	21	86	0	73	42	2	6	50	1.38
108304--108350	19	2.5	19	86	6	60	59	0	0	40	0.97
108385--108432	25	1.9	25	95	0	87	41	20	0	37	1.53
109243--109284	6	7.0	6	94	0	66	45	33	2	19	1.63
115385--115421	19	1.9	19	100	0	74	32	0	5	62	1.18
149851--149906	28	2.0	28	89	0	85	44	8	7	39	1.63
149855--149915	28	2.2	28	81	0	68	49	9	3	37	1.52
154380--154423	6	7.5	6	92	2	72	15	0	52	31	1.44
159287--159325	18	2.1	19	90	4	62	23	10	5	61	1.48
160418--160475	29	2.0	29	83	12	75	43	0	3	53	1.17
161972--162101	63	2.1	62	82	7	156	41	19	10	29	1.83
170402--170442	20	2.0	21	85	4	57	34	0	2	63	1.08
171645--171683	19	2.0	20	85	5	53	56	0	5	38	1.22
171685--171723	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
171763--171867	25	4.3	26	68	22	84	53	0	0	46	1.00
171778--171818	17	2.4	17	87	0	64	60	0	0	39	0.96
171782--171857	15	5.0	15	76	13	66	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171778--171845	17	4.4	16	73	15	54	58	0	0	41	0.98
171890--171958	17	3.9	17	74	9	59	53	1	1	43	1.18
171895--171964	35	1.9	37	85	5	99	58	1	2	37	1.22
171981--172044	17	3.6	17	81	6	74	45	3	1	50	1.27
171900--172070	80	2.2	80	80	3	184	48	3	4	43	1.41
173678--173740	32	2.0	32	90	6	101	53	0	6	39	1.26
174542--174588	23	2.0	23	88	12	69	29	0	17	53	1.44
174746--174846	37	2.6	38	75	12	98	26	17	23	31	1.97
175665--175735	31	2.3	31	85	7	99	26	12	22	38	1.90
182843--182889	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
194171--194239	31	2.2	31	94	0	120	36	5	10	47	1.61
207475--207505	6	5.2	6	100	0	62	51	0	0	48	1.00
213328--213636	172	1.8	171	87	3	469	43	20	12	24	1.86
213509--213925	148	2.8	147	83	5	511	41	22	11	23	1.87
213968--214388	164	2.6	163	86	3	553	46	25	9	18	1.80
214285--214504	116	1.9	116	85	3	309	45	23	9	22	1.80
217426--217521	48	2.0	48	93	0	165	40	22	17	18	1.91
217746--217816	36	2.0	36	85	0	97	42	16	9	30	1.81
218249--218282	15	2.3	15	89	0	50	35	8	0	55	1.31
221718--221761	16	2.7	16	80	13	54	45	4	4	45	1.44
221718--221760	17	2.6	17	82	10	54	46	4	4	44	1.45
222808--222847	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222793--222859	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
222787--222863	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
225956--225989	16	2.3	14	90	10	50	73	5	14	5	1.21
230716--230755	4	10.0	4	94	0	71	25	2	25	47	1.64
231282--232076	259	3.0	268	89	4	1263	22	17	23	36	1.95
237879--237963	39	2.2	39	97	2	163	25	7	11	55	1.61
246173--246302	67	1.9	67	100	0	260	34	15	12	37	1.85
248977--249026	20	2.4	21	83	9	59	56	2	0	42	1.11
250719--250749	7	4.4	7	100	0	62	12	58	0	29	1.35
252073--252280	104	2.0	104	100	0	416	40	15	20	24	1.90
252984--253175	67	2.8	67	83	7	233	30	13	24	31	1.94
253436--253921	194	2.5	194	81	6	601	41	14	8	34	1.77
255054--255099	23	2.0	23	100	0	92	30	21	8	39	1.84
256904--256979	31	2.5	31	88	0	116	38	7	9	44	1.66
258859--258922	26	2.5	26	75	10	76	40	14	4	40	1.66
258877--258919	13	3.3	13	76	0	50	46	16	0	37	1.47
277710--277740	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
289213--290166	315	3.0	315	92	2	1569	30	11	7	50	1.65
290524--290592	23	3.2	23	69	25	60	2	28	0	68	1.04
290496--290603	14	7.9	13	71	17	69	1	29	0	68	1.00
290542--290637	10	9.1	10	71	18	61	2	28	0	69	0.99
290524--290653	38	3.4	38	84	6	156	2	30	0	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290552--290636	34	2.5	34	82	5	100	1	29	0	69	0.96
291032--291067	18	1.9	19	88	5	56	33	5	0	61	1.19
295159--295192	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87
295159--295195	12	3.1	12	96	0	65	0	27	0	72	0.84
302258--302411	77	2.0	77	96	0	281	20	31	27	20	1.97
309730--309763	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
309730--309777	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
309910--310015	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
309927--310017	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
309997--310033	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
310172--310222	22	2.4	21	90	3	75	33	0	1	64	1.05
310325--310366	15	2.8	15	85	7	50	59	0	0	40	0.97
310325--310367	14	2.9	15	86	6	52	58	0	0	41	0.98
324853--324926	29	2.5	29	74	14	71	45	13	13	27	1.81
327373--327401	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
328820--328868	17	2.9	16	80	20	55	61	4	4	30	1.33
328981--329033	27	2.0	27	88	7	81	41	9	5	43	1.61
332448--332481	11	3.2	11	91	4	52	91	0	8	0	0.43
336378--336425	25	1.9	25	100	0	96	35	6	4	54	1.45
336582--336630	23	2.2	23	81	3	55	30	2	4	63	1.24
336753--336787	17	2.1	16	89	5	52	71	0	2	25	1.00
336960--336990	13	2.3	14	88	11	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336971--337010	20	2.1	19	86	9	55	45	2	2	50	1.28
337008--337062	20	2.7	19	81	13	56	47	0	3	49	1.19
336998--337063	21	3.1	21	72	14	55	46	0	3	50	1.16
337084--337135	15	3.1	18	75	25	60	55	3	0	40	1.18
338468--338734	138	1.9	137	82	0	327	24	10	26	38	1.88
340481--340511	11	2.7	12	90	10	55	38	0	0	61	0.96
342822--343086	140	1.9	140	86	6	385	43	7	4	44	1.51
346759--346848	23	4.0	23	74	11	89	37	20	21	21	1.94
348505--348579	26	3.0	26	79	11	84	56	4	0	40	1.18
348795--348832	14	2.8	14	88	4	51	44	5	0	50	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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