genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6817499--6817561	24	2.5	24	80	10	65	57	0	3	39	1.15
6817508--6817561	24	2.2	25	86	3	74	57	0	1	40	1.09
6821411--6821450	19	2.0	21	85	9	57	50	27	5	17	1.67
6822245--6822375	25	5.3	24	70	7	77	32	19	27	20	1.97
6822289--6822375	24	3.6	24	76	14	90	35	21	25	17	1.95
6822559--6822605	25	1.9	25	86	4	69	38	17	25	19	1.92
6823770--6823794	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
6825958--6826001	18	2.5	17	82	10	52	63	4	4	27	1.33
6829505--6829539	18	2.0	18	88	5	54	22	17	22	37	1.94
6831322--6831422	42	2.4	42	90	5	150	36	10	30	21	1.88
6835390--6835451	29	2.2	28	85	8	81	64	1	0	33	1.03
6835703--6835783	31	2.6	32	84	2	110	41	16	20	20	1.89
6835766--6835837	27	2.6	28	82	6	85	48	12	15	23	1.79
6835867--6835919	19	2.6	19	80	16	54	32	3	1	62	1.24
6836726--6836915	83	2.2	85	86	6	253	38	22	9	29	1.85
6836934--6836976	18	2.3	18	88	4	59	65	0	0	34	0.93
6836943--6836977	18	1.9	18	100	0	70	57	0	0	42	0.99
6837213--6837250	18	2.1	19	85	5	51	39	10	2	47	1.52
6837230--6837354	58	2.1	58	82	7	146	36	4	2	56	1.31
6837334--6837388	26	2.1	26	83	6	67	43	1	1	52	1.22
6837433--6837655	85	2.5	87	85	7	299	31	8	22	37	1.84
6842855--6842889	6	5.5	6	87	12	52	65	0	17	17	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6847277--6847440	43	3.8	42	75	9	136	31	26	17	25	1.97
6851422--6851479	23	2.5	22	80	5	62	31	0	1	67	1.01
6851425--6851500	17	4.1	17	73	23	55	34	0	1	64	1.02
6855333--6855379	23	2.0	23	87	0	67	42	21	2	34	1.65
6855343--6855386	23	1.9	23	85	0	61	47	18	0	34	1.49
6862488--6862546	22	2.7	22	74	10	66	74	1	3	20	1.05
6863402--6863445	23	1.9	23	95	0	79	52	9	2	36	1.46
6870907--6871222	125	2.5	125	88	1	483	28	23	17	30	1.97
6871340--6871387	24	2.1	21	88	11	69	54	33	0	12	1.38
6892130--6892178	24	2.1	24	81	11	57	48	14	14	22	1.79
6896232--6896308	35	2.3	35	80	8	90	37	1	3	57	1.26
6901709--6901785	36	2.1	36	84	11	104	40	1	6	51	1.36
6901728--6901785	18	3.2	18	74	13	57	41	1	5	51	1.34
6902002--6902055	25	2.2	25	100	0	108	24	7	27	40	1.81
6903313--6903425	39	2.9	38	80	5	111	31	20	23	23	1.98
6903292--6903425	40	3.4	39	77	6	128	36	22	20	20	1.95
6903465--6903629	41	4.0	41	91	0	258	19	23	26	30	1.98
6904063--6904151	7	12.9	7	77	7	56	22	0	43	33	1.53
6904028--6904084	21	2.7	21	78	10	62	19	0	42	38	1.51
6904027--6904119	34	2.7	34	88	3	123	20	0	40	38	1.53
6904056--6904151	21	4.6	20	67	21	63	22	0	42	34	1.54
6906069--6906094	11	2.4	11	100	0	52	15	15	0	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6907311--6907353	17	2.5	17	96	3	77	53	4	4	37	1.43
6908835--6909067	43	5.4	43	93	2	380	20	17	33	29	1.95
6908835--6909067	85	2.7	86	91	3	380	20	17	33	29	1.95
6908835--6909067	128	1.8	129	91	2	389	20	17	33	29	1.95
6913152--6913398	50	4.8	50	80	9	268	23	28	21	27	1.99
6913152--6913390	100	2.3	104	84	6	301	23	28	20	27	1.99
6926349--6926392	22	2.0	22	95	0	79	43	13	15	27	1.85
6927161--6927209	14	3.8	13	81	10	55	44	0	0	55	0.99
6927164--6927206	14	3.3	14	87	9	56	44	0	0	55	0.99
6927171--6927209	14	2.8	14	85	14	62	48	0	0	51	1.00
6927236--6927280	14	3.3	14	81	3	56	53	4	0	42	1.21
6927396--6927444	25	2.0	25	100	0	98	46	16	12	24	1.81
6930115--6930175	28	2.3	26	77	5	68	50	6	0	42	1.28
6936988--6937048	26	2.3	26	88	0	86	36	29	11	22	1.90
6941122--6941160	17	2.2	18	86	4	53	38	2	2	56	1.27
6941219--6941323	50	2.1	52	90	3	169	31	12	4	51	1.60
6947809--6947851	19	2.3	19	79	0	50	48	18	11	20	1.79
6948362--6948431	31	2.3	31	84	0	95	47	14	5	32	1.68
6948681--6948718	13	2.8	14	84	8	51	2	15	0	81	0.80
6949207--6949232	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
6957171--6957209	18	2.2	18	90	0	60	51	0	0	48	1.00
6963176--6963230	26	2.1	26	83	6	67	16	16	25	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6963196--6963250	26	2.1	26	86	6	76	18	20	20	41	1.90
6963232--6963331	25	4.1	25	66	14	64	19	28	19	34	1.95
6967677--6967753	23	3.4	22	78	12	75	62	9	1	27	1.33
6971914--6971957	20	2.2	20	84	8	54	40	6	4	47	1.50
6973899--6974011	58	1.9	58	89	0	172	37	11	29	22	1.89
6973907--6974024	58	2.0	58	83	3	148	38	11	28	22	1.88
6974065--6974169	33	3.2	33	83	0	111	44	14	21	19	1.86
6974178--6974253	28	2.7	28	87	0	98	38	13	27	21	1.90
6992881--6992924	6	7.2	6	81	2	52	0	56	0	43	0.99
6992881--6992924	18	2.4	18	92	3	70	0	56	0	43	0.99
6992984--6993033	25	2.0	25	92	0	82	4	32	4	60	1.34
6993221--6993246	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
6996415--6996453	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
6996536--6996612	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
6996552--6996591	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
6996540--6996606	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
6996575--6996614	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
6998076--6998141	28	2.3	28	76	7	71	62	0	7	30	1.23
7001128--7001180	22	2.4	22	79	17	56	50	0	1	47	1.12
7001705--7001744	21	2.0	19	85	9	53	10	10	5	75	1.19
7006763--7006833	35	2.0	35	97	0	133	8	40	23	26	1.83
7022563--7022627	30	2.3	28	80	17	73	53	13	4	27	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7023592--7023644	25	2.1	26	86	10	74	22	13	9	54	1.67
7026778--7026843	34	1.9	35	84	3	89	21	18	18	42	1.89
7038936--7038964	8	3.6	8	100	0	58	79	0	20	0	0.74
7040318--7041420	259	4.2	259	80	10	1139	28	18	23	28	1.98
7040318--7041439	132	8.5	132	83	8	1289	28	18	23	28	1.98
7048351--7048384	17	1.9	18	88	5	52	14	8	0	76	1.01
7048572--7048621	21	2.3	22	82	6	66	40	2	16	42	1.59
7053515--7053668	41	3.8	41	82	3	184	31	29	18	20	1.96
7053707--7053820	39	2.8	41	84	4	142	21	21	17	39	1.92
7053707--7053820	40	2.8	40	85	4	140	21	21	17	39	1.92
7055662--7055695	16	2.1	16	88	0	50	32	5	11	50	1.63
7055664--7055879	9	24.8	9	73	11	164	30	4	19	45	1.70
7055664--7055726	25	2.5	25	92	0	108	30	4	15	49	1.66
7055701--7055822	62	1.9	63	86	3	174	32	4	18	45	1.68
7055988--7056142	13	11.8	13	71	11	84	43	4	10	40	1.60
7055988--7056123	53	2.6	53	89	4	220	44	4	11	39	1.61
7056296--7056381	44	1.9	44	85	4	118	48	2	4	44	1.36
7056716--7056767	7	7.3	7	79	12	61	71	13	11	3	1.28
7056716--7056769	21	2.5	21	85	14	83	70	12	11	5	1.32
7057051--7057649	303	2.0	294	90	2	937	38	11	14	35	1.82
7058047--7058473	198	2.2	198	93	0	712	34	20	16	28	1.94
7058847--7058938	47	2.0	47	84	0	121	46	3	7	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7058927--7058971	20	2.2	21	88	11	67	11	4	2	82	0.91
7059271--7059335	7	9.3	7	81	6	69	33	43	0	23	1.54
7059270--7059325	21	2.7	21	86	8	78	32	46	0	21	1.52
7059430--7059460	14	2.2	14	100	0	62	38	45	0	16	1.47
7059413--7059456	21	2.1	21	82	0	52	31	47	0	20	1.50
7059757--7060323	114	5.0	114	85	3	662	31	25	21	21	1.98
7060237--7060375	73	1.9	73	86	5	201	30	28	22	17	1.97
7060237--7060396	73	2.2	73	84	4	198	31	28	21	17	1.96
7062434--7062506	3	25.0	3	83	5	96	34	1	1	63	1.12
7068756--7068803	25	1.9	25	100	0	96	31	4	27	37	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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