genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  69  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19560536--19560578	15	3.1	14	83	9	52	62	4	0	32	1.15
19563883--19563918	10	3.5	10	88	3	54	58	0	38	2	1.13
19570959--19571253	50	5.8	50	85	4	261	27	20	28	23	1.99
19570959--19571240	100	2.8	100	82	6	316	27	21	27	23	1.99
19571012--19571217	50	4.1	50	91	2	299	26	21	30	20	1.98
19575000--19575026	11	2.5	11	100	0	54	40	0	0	59	0.98
19579212--19579290	19	3.9	21	87	11	112	37	15	8	37	1.78
19579212--19579290	40	2.0	41	94	2	142	37	15	8	37	1.78
19579220--19579301	19	4.3	18	86	8	67	37	15	10	35	1.83
19579673--19579826	44	3.6	44	81	7	149	28	22	21	27	1.99
19580058--19580697	44	14.6	43	75	8	551	30	26	15	27	1.96
19580074--19580697	132	4.7	132	88	2	735	30	26	14	28	1.95
19581911--19581954	23	1.9	23	86	9	63	11	11	0	77	1.00
19586586--19586647	25	2.5	25	82	10	65	72	4	3	19	1.17
19586940--19587018	19	4.0	19	87	8	113	37	15	7	39	1.76
19586940--19587018	40	2.0	41	92	2	133	37	15	7	39	1.76
19586948--19587029	19	4.3	18	83	8	58	37	14	9	37	1.79
19587856--19587882	13	2.1	13	100	0	54	0	25	0	74	0.83
19589752--19589808	19	3.0	19	80	12	64	26	8	1	63	1.34
19589852--19589898	10	4.7	10	76	10	51	19	8	0	72	1.10
19590474--19590729	86	3.0	86	90	1	372	35	8	17	38	1.80
19591880--19591933	20	2.7	20	82	0	63	46	14	7	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19591875--19591958	40	2.1	40	82	8	100	45	14	9	30	1.77
19592104--19592142	21	1.9	20	84	5	51	38	15	7	38	1.76
19594859--19594932	39	1.9	38	86	8	105	36	4	0	59	1.16
19599573--19599611	18	2.2	18	85	0	51	23	15	12	48	1.79
19609379--19609408	11	2.7	11	89	0	51	43	16	13	26	1.85
19612987--19613135	71	2.1	71	92	0	244	28	16	19	34	1.94
19614612--19614844	116	2.0	116	94	0	412	39	13	27	19	1.89
19615356--19615415	23	2.6	24	81	5	70	70	6	0	23	1.11
19615312--19615422	9	12.2	9	68	9	55	67	7	3	21	1.31
19615810--19615852	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
19617022--19617058	6	6.3	6	96	3	67	83	0	0	16	0.64
19618625--19618719	40	2.4	40	87	0	136	24	16	26	32	1.96
19621317--19621354	20	1.9	20	88	0	58	71	5	0	23	1.07
19624097--19624136	17	2.4	16	91	4	62	45	10	2	42	1.51
19626450--19626501	27	2.0	27	85	11	72	55	11	9	23	1.64
19627631--19627659	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
19628499--19628550	23	2.3	23	75	0	59	59	0	7	32	1.26
19628789--19628854	29	2.3	28	78	17	73	34	6	3	56	1.40
19635084--19635301	107	2.0	107	94	0	382	36	18	19	25	1.94
19643333--19643410	3	26.3	3	71	12	54	30	5	2	61	1.31
19643729--19643768	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23
19648035--19648073	17	2.3	17	91	8	62	76	0	15	7	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19648037--19648084	23	2.1	22	88	3	69	77	0	16	6	0.97
19650326--19650608	45	6.3	45	84	0	341	31	16	23	29	1.96
19650351--19650608	135	1.9	135	88	0	390	31	17	22	29	1.96
19650589--19650732	44	3.2	44	70	9	139	26	27	25	20	1.99
19650558--19650804	89	2.8	89	87	2	343	28	25	21	24	1.99
19650796--19651224	132	3.2	132	89	1	637	29	21	24	24	1.99
19651336--19651500	44	3.7	44	80	4	118	26	18	25	30	1.98
19651377--19651541	89	1.9	89	84	5	226	26	18	26	28	1.98
19651377--19651581	89	2.3	89	80	5	218	26	19	26	27	1.99
19652787--19652867	3	26.3	3	71	14	58	29	7	2	60	1.37
19654630--19654670	21	1.9	22	90	5	66	51	4	21	21	1.67
19656177--19656213	18	2.1	18	100	0	74	21	24	27	27	1.99
19658159--19658190	16	2.0	16	100	0	64	25	6	12	56	1.59
19659273--19659339	31	2.1	31	83	8	82	61	4	1	32	1.25
19662364--19662439	27	2.8	27	75	15	75	19	27	18	34	1.95
19663362--19663402	21	2.0	21	90	0	64	41	0	17	41	1.49
19677556--19677624	34	2.0	34	97	0	129	43	0	20	36	1.52
19684583--19684637	18	3.1	18	78	0	65	41	20	7	30	1.79
19684580--19684674	36	2.6	36	82	8	104	42	20	8	29	1.81
19684929--19685041	33	3.6	31	77	10	122	47	14	1	36	1.54
19700644--19700687	22	2.0	22	86	8	63	47	0	0	52	1.00
19700768--19700834	27	2.5	27	97	0	125	31	23	32	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19700904--19700947	21	2.1	21	100	0	88	27	0	13	59	1.35
19700913--19700999	29	3.1	28	88	8	133	32	0	13	54	1.40
19701185--19701228	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
19701451--19701572	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.46
19701587--19701790	8	23.4	8	66	21	72	51	14	0	33	1.47
19701613--19701790	27	6.1	29	79	15	165	52	13	0	33	1.41
19701634--19701873	19	12.1	19	70	21	147	53	14	0	32	1.41
19701634--19701800	46	3.6	46	84	12	250	53	13	0	32	1.41
19701613--19701725	27	4.1	27	92	4	190	53	13	0	33	1.40
19701634--19701825	46	4.1	46	80	12	124	53	15	0	31	1.42
19701870--19701939	27	2.6	27	88	4	97	18	38	22	20	1.93
19709582--19709634	26	2.0	26	96	0	97	60	1	0	37	1.08
19710369--19710415	20	2.2	21	85	7	60	38	2	0	59	1.09
19711031--19711088	30	2.0	29	90	10	91	34	0	27	37	1.57
19711366--19711487	48	2.5	49	90	4	201	22	2	11	63	1.40
19711548--19711619	27	2.7	27	91	0	117	33	8	25	33	1.86
19713717--19713760	18	2.4	18	84	0	61	25	34	31	9	1.87
19717206--19717242	4	9.0	4	94	5	65	0	24	0	75	0.80
19717327--19717398	27	2.7	27	75	0	81	26	26	23	23	2.00
19719430--19719483	21	2.6	21	93	0	90	48	25	9	16	1.76
19720198--19720343	78	1.9	78	100	0	292	46	18	6	28	1.74
19720939--19720967	14	2.0	15	93	6	51	55	0	44	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19729917--19730255	169	2.0	169	91	0	552	29	21	28	21	1.98
19735422--19735469	24	2.0	24	92	8	80	50	4	12	33	1.59
19735773--19735821	16	3.1	16	93	0	80	38	4	34	22	1.73
19735991--19736032	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19736000--19736041	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19736355--19736525	92	1.9	90	89	4	263	49	5	2	42	1.40
19740306--19740330	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
19740849--19740904	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
19741512--19741591	5	16.0	5	94	0	124	62	37	0	0	0.95
19743895--19743955	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
19752784--19752815	17	1.9	17	93	6	57	43	3	0	53	1.16
19759082--19759115	17	2.1	16	89	10	52	44	0	0	55	0.99
19758995--19759111	59	2.1	56	84	7	148	53	1	1	42	1.21
19759111--19759219	34	3.3	31	80	14	112	41	1	1	55	1.21
19762537--19762697	78	2.1	78	98	0	313	29	9	24	36	1.88
19764617--19764665	20	2.3	22	82	10	57	48	4	10	36	1.56
19764874--19764915	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
19765698--19765742	23	2.0	23	91	4	74	42	0	2	55	1.12
19767140--19767165	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
19767307--19767333	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35
19767276--19767417	68	2.1	66	93	2	239	44	8	5	41	1.58
19767406--19767447	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19767276--19767439	68	2.5	65	85	10	205	45	8	4	41	1.56
19768499--19768835	44	7.7	44	64	18	137	26	23	18	32	1.97
19768476--19769369	132	6.8	132	91	0	1403	25	23	18	31	1.98
19768630--19769372	44	16.9	44	65	12	227	25	24	18	30	1.98
19769389--19770538	100	11.5	99	86	1	1334	23	20	22	32	1.98
19769389--19770538	199	5.8	199	84	3	1339	23	20	22	32	1.98
19770544--19770872	88	3.7	88	93	0	532	25	21	24	27	1.99
19770553--19770867	44	7.2	43	65	9	170	25	21	25	28	1.99
19776046--19776070	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
19776390--19776438	20	2.3	22	82	10	57	48	4	10	36	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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