genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  73  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20554577--20554632	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
20555503--20555553	17	2.9	17	85	5	66	68	1	0	29	1.00
20555503--20555553	19	2.8	19	85	5	70	68	1	0	29	1.00
20555810--20555841	16	1.9	17	93	6	57	34	3	6	56	1.40
20556239--20556319	37	2.2	37	90	2	126	16	20	32	30	1.95
20560397--20560460	29	2.2	30	83	8	78	45	0	4	50	1.22
20560564--20560656	39	2.3	40	77	5	107	37	0	8	53	1.32
20562540--20562657	42	2.8	42	79	2	121	39	18	20	21	1.92
20563224--20563285	28	2.2	28	94	0	106	37	24	17	20	1.94
20563647--20563796	81	1.9	81	84	2	203	20	18	20	40	1.91
20563649--20563810	27	6.0	27	86	1	173	20	17	21	39	1.92
20567331--20567553	42	5.3	42	75	1	169	39	19	17	22	1.92
20569744--20569783	20	2.1	19	85	4	53	60	5	0	35	1.19
20583867--20583939	37	2.0	37	81	10	87	57	1	2	38	1.22
20587244--20587487	109	2.2	110	83	5	309	26	16	20	36	1.94
20588384--20588432	21	2.3	21	96	0	89	32	26	12	28	1.92
20591051--20591146	3	32.0	3	97	0	183	65	0	1	33	1.00
20591322--20591374	4	13.0	4	96	4	97	49	1	0	49	1.12
20592514--20592565	22	2.4	21	78	9	59	65	1	11	21	1.34
20592558--20592613	6	9.8	6	94	5	91	53	0	28	17	1.44
20593104--20593157	25	2.1	26	89	3	83	51	0	9	38	1.34
20593119--20593165	25	1.9	25	82	4	60	53	0	12	34	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20593329--20593375	21	2.2	21	96	0	85	61	0	10	27	1.29
20593497--20593550	27	1.9	28	88	7	83	27	14	7	50	1.70
20597198--20597529	90	3.7	89	86	4	443	54	14	4	26	1.59
20598196--20598505	117	2.7	113	78	4	314	36	22	16	23	1.94
20599531--20599573	9	4.7	9	82	5	59	72	2	0	25	0.97
20600388--20600427	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
20600374--20600439	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
20600367--20600443	14	5.0	15	71	20	52	32	7	15	44	1.75
20600966--20601295	111	3.0	111	98	0	642	40	15	11	33	1.82
20601995--20602305	145	2.2	145	97	1	590	42	11	22	23	1.87
20606223--20606261	19	2.0	20	90	5	62	46	0	0	53	1.00
20615816--20615893	42	1.9	41	84	5	104	37	8	15	38	1.79
20615833--20616179	146	2.4	147	80	2	376	37	13	11	37	1.82
20616528--20616578	20	2.5	20	100	0	102	50	9	3	35	1.54
20623430--20623455	6	4.3	6	100	0	52	50	15	15	19	1.79
20632443--20632486	21	2.1	21	83	8	54	18	4	0	77	0.94
20632460--20632501	17	2.5	17	84	0	57	16	7	0	76	1.00
20632450--20632513	27	2.3	26	82	10	67	20	6	0	73	1.04
20633530--20633554	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
20638178--20638351	50	3.5	50	76	0	186	24	20	22	32	1.97
20638171--20638386	100	2.2	100	88	0	324	25	19	22	31	1.98
20638450--20638596	41	3.5	41	72	12	136	32	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20638450--20638637	85	2.2	85	91	0	304	31	21	18	28	1.97
20638484--20638637	44	3.6	44	75	7	163	31	22	16	29	1.96
20638542--20638954	217	1.9	216	86	4	591	25	23	20	30	1.99
20638845--20639185	130	2.6	130	92	0	565	24	23	21	30	1.99
20646836--20647125	107	2.7	107	94	2	492	33	19	15	31	1.93
20646807--20647125	108	3.0	108	90	3	500	33	18	16	31	1.94
20647621--20647710	3	30.0	3	79	8	67	61	4	1	33	1.23
20647621--20647673	21	2.5	21	93	6	90	64	7	1	26	1.31
20648913--20648959	19	2.5	19	75	6	51	19	0	34	46	1.50
20649360--20649622	123	2.1	123	97	0	490	30	22	16	30	1.96
20649556--20650204	175	3.7	174	94	0	1102	28	22	18	30	1.97
20649433--20650201	44	17.8	44	68	11	308	28	22	18	30	1.97
20649556--20650204	349	1.9	349	94	0	1156	28	22	18	30	1.97
20652521--20652549	8	3.6	8	100	0	58	10	0	10	79	0.94
20657117--20657435	108	3.0	108	90	3	500	33	18	16	31	1.93
20657937--20658020	3	28.0	3	77	9	82	64	4	1	29	1.22
20657939--20657992	21	2.6	21	94	5	92	62	7	1	27	1.32
20657982--20658032	15	3.4	15	91	0	75	64	0	1	33	1.05
20658946--20658984	15	2.6	15	95	0	69	2	23	12	61	1.43
20659239--20659285	19	2.5	19	75	6	51	19	0	34	46	1.50
20665220--20665284	3	21.7	3	90	6	105	69	0	30	0	0.89
20666806--20666869	28	2.2	29	81	8	78	48	14	0	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20666912--20667066	41	3.7	42	77	12	151	51	13	4	30	1.61
20670433--20670728	151	2.0	152	95	0	540	26	14	16	42	1.87
20673546--20673607	26	2.3	27	86	8	83	37	9	17	35	1.83
20673979--20674033	9	5.6	9	78	19	56	30	20	1	47	1.60
20686672--20687158	57	8.6	56	75	9	346	35	13	17	33	1.89
20686672--20687163	115	4.3	113	76	5	361	35	13	17	33	1.89
20687955--20688054	35	2.9	35	83	0	119	27	18	28	27	1.98
20691905--20691975	37	1.9	35	83	13	90	29	1	5	63	1.26
20692843--20692910	21	3.2	21	97	0	127	13	27	27	30	1.94
20704606--20704703	22	4.5	22	88	0	124	32	14	26	26	1.94
20706451--20706590	61	2.3	58	85	4	172	51	0	3	44	1.24
20706594--20706637	23	1.9	23	81	9	54	45	0	2	52	1.13
20716516--20716555	21	1.9	21	94	0	71	60	12	12	15	1.60
20718810--20718847	20	1.9	20	88	0	58	47	7	7	36	1.62
20719231--20719272	17	2.5	17	84	0	57	23	21	0	54	1.44
20724038--20724128	9	9.9	9	70	19	55	31	1	3	63	1.17
20724042--20724097	20	2.9	19	82	10	69	35	0	3	60	1.14
20724085--20724146	16	3.8	15	72	14	52	29	1	1	67	1.09
20728802--20728851	25	2.0	25	100	0	100	44	8	24	24	1.80
20753044--20753085	21	2.0	21	100	0	84	33	9	23	33	1.87
20755867--20756109	105	2.3	104	89	5	366	19	18	30	30	1.96
20765838--20766024	45	4.2	45	78	8	157	25	13	26	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20765834--20765997	90	1.8	90	85	2	231	25	13	25	35	1.92
20786031--20786076	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
20786900--20787059	81	2.0	81	85	2	214	32	12	13	41	1.82
20790823--20790898	11	7.1	11	71	16	61	47	1	1	50	1.18
20790829--20790898	6	12.0	6	72	22	60	48	0	1	50	1.09
20790822--20790897	17	4.4	16	80	15	89	47	1	1	50	1.18
20798477--20798539	30	2.1	30	90	0	99	25	19	28	26	1.98
20798474--20798560	28	3.0	29	83	6	97	28	19	25	26	1.99
20798922--20799225	27	11.3	25	82	8	205	18	18	19	43	1.88
20798922--20799213	81	3.6	81	83	3	358	18	18	19	43	1.89
20798922--20799225	54	5.6	53	81	5	335	18	18	19	43	1.88
20799415--20799447	17	2.0	17	88	5	50	21	42	21	15	1.89
20801828--20801863	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
20804587--20804636	11	4.2	12	75	12	50	50	0	2	48	1.12
20805695--20805765	30	2.4	30	76	2	72	38	8	12	40	1.74
20811913--20811937	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
20825010--20825059	25	2.0	25	84	7	66	12	18	20	50	1.78
20825623--20825652	12	2.5	12	94	0	51	60	10	3	26	1.45
20825566--20825777	67	3.1	67	89	2	309	50	6	10	33	1.63
20825736--20825780	21	2.1	21	84	8	56	48	2	8	40	1.47
20827739--20827801	32	2.0	32	83	0	81	49	0	9	41	1.35
20827809--20827907	44	2.3	41	75	17	92	44	1	4	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20827842--20827923	26	2.9	28	80	10	87	42	0	1	56	1.07
20827755--20828017	120	2.3	115	87	7	369	43	1	4	49	1.33
20828145--20828250	44	2.5	41	77	18	126	35	30	3	30	1.75
20828162--20828253	46	2.0	46	93	4	161	39	30	4	26	1.75
20828166--20828264	46	2.2	44	89	7	146	40	31	6	22	1.78
20840577--20840630	21	2.6	21	90	0	90	24	9	37	29	1.86
20846137--20846195	19	3.1	20	76	11	70	67	3	0	28	1.06
20846264--20846325	32	2.0	32	90	3	99	38	8	11	41	1.70
20871165--20871454	50	5.8	50	83	5	320	22	28	22	26	1.99
20871165--20871444	150	1.9	148	82	5	357	22	28	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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