genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  89  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25734070--25734147	40	1.9	41	89	2	122	46	12	14	26	1.80
25737052--25737105	22	2.5	22	77	17	58	29	1	25	42	1.66
25737046--25737138	36	2.5	37	81	10	111	25	5	25	43	1.76
25740867--25740977	57	1.9	57	92	0	186	40	27	11	19	1.87
25744704--25744805	48	2.1	48	100	0	204	19	9	11	58	1.60
25746038--25746075	16	2.4	16	95	0	67	36	15	0	47	1.46
25746038--25746084	16	2.9	16	87	6	51	36	12	2	48	1.53
25753036--25753156	52	2.3	54	77	11	126	42	3	4	49	1.38
25753409--25753469	30	2.0	30	100	0	122	32	13	37	16	1.87
25757905--25757934	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
25786485--25786540	24	2.3	24	90	0	94	33	12	25	28	1.92
25786869--25786924	24	2.3	24	87	6	78	35	12	23	28	1.91
25787189--25787433	41	5.6	46	74	13	207	30	20	21	27	1.98
25786408--25787186	384	2.0	383	96	0	1326	36	15	19	28	1.93
25787174--25787433	130	2.0	130	94	0	457	31	20	21	27	1.98
25787328--25787489	85	1.9	86	84	3	220	30	20	22	27	1.98
25790365--25790450	42	2.0	43	86	6	122	50	1	23	25	1.57
25792654--25792739	34	2.5	34	81	3	102	19	18	31	30	1.96
25792677--25792728	17	3.1	16	75	5	50	15	19	36	28	1.92
25793151--25793192	6	7.0	6	81	10	50	78	2	2	16	0.96
25799733--25799800	34	2.0	34	97	0	127	39	14	13	32	1.85
25801359--25801416	21	2.8	20	84	7	71	41	32	10	15	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25804424--25804462	15	2.6	15	87	0	60	43	12	25	17	1.85
25817179--25817217	10	3.9	10	93	0	60	38	25	0	35	1.56
25824574--25824611	15	2.5	15	91	0	67	52	7	21	18	1.70
25835376--25835458	40	2.1	40	86	4	114	50	22	12	14	1.76
25838052--25838093	18	2.3	19	80	12	52	78	0	11	9	0.96
25839174--25839222	19	2.6	19	80	6	64	71	0	4	24	1.03
25840531--25840604	25	2.8	26	72	15	62	52	2	2	41	1.29
25840502--25840633	68	1.9	69	90	1	212	50	4	3	41	1.38
25842575--25842650	28	2.7	28	93	0	125	23	17	31	27	1.97
25847255--25847444	76	2.6	74	89	5	278	40	9	4	45	1.58
25850603--25850694	34	2.9	31	80	19	116	40	20	10	28	1.86
25852610--25852669	16	3.8	16	71	8	50	50	3	3	43	1.35
25860569--25860618	11	4.4	12	78	12	52	70	2	4	24	1.15
25860570--25860620	22	2.3	22	80	12	61	68	1	3	25	1.17
25860567--25860618	12	4.5	12	76	9	54	69	1	3	25	1.16
25862900--25862942	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
25863353--25863571	49	4.5	49	95	0	384	43	3	9	43	1.52
25863395--25863478	29	3.2	29	62	28	78	42	2	9	45	1.49
25865497--25865555	29	2.0	29	100	0	118	25	16	23	33	1.96
25867016--25867245	125	1.8	124	91	0	379	29	20	17	33	1.95
25867431--25867479	6	7.3	7	84	9	50	44	42	0	12	1.41
25867432--25867464	6	5.3	6	96	3	57	39	45	0	15	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25869536--25869587	24	2.2	24	83	13	63	57	1	0	40	1.10
25869568--25869620	10	5.2	9	79	18	52	60	1	3	33	1.26
25869568--25869620	21	2.6	18	76	23	52	60	1	3	33	1.26
25870973--25870997	13	1.9	13	100	0	50	72	0	28	0	0.86
25874720--25874803	26	3.3	26	78	5	91	34	21	27	16	1.95
25874865--25874948	25	3.4	25	79	8	75	28	21	28	21	1.99
25879886--25879940	15	3.5	16	75	12	51	30	0	1	67	1.01
25883020--25883071	16	3.3	15	78	5	50	48	1	32	17	1.58
25884635--25884688	18	2.9	18	83	2	63	44	9	46	0	1.35
25888430--25888488	29	2.0	29	86	0	82	18	23	18	38	1.93
25888459--25888555	49	2.0	48	91	2	158	23	25	18	31	1.97
25890195--25890254	28	2.1	28	90	0	93	30	21	23	25	1.99
25890655--25890710	27	2.1	26	83	3	67	23	16	23	37	1.93
25890665--25891134	27	17.4	27	82	4	376	20	16	20	43	1.88
25891436--25891460	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
25893155--25893298	41	3.5	41	89	1	218	27	20	28	23	1.99
25898969--25898993	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
25899981--25900202	114	1.9	114	96	0	408	40	3	14	40	1.64
25900689--25900835	41	3.6	41	89	1	224	27	19	29	23	1.98
25904520--25904553	16	2.1	16	88	0	50	38	17	2	41	1.65
25904574--25904613	20	2.0	20	100	0	80	50	20	0	30	1.49
25905983--25906014	5	6.4	5	100	0	64	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25912615--25913897	411	3.1	405	88	2	1856	32	17	11	38	1.86
25917640--25917682	20	2.2	20	86	0	59	44	6	0	48	1.29
25917641--25917701	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
25926118--25926178	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
25927712--25927737	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
25928043--25928076	10	3.6	9	85	14	50	85	0	8	5	0.75
25931065--25931101	6	6.2	6	90	0	56	16	0	48	35	1.46
25933998--25934057	31	1.9	31	96	0	111	28	20	5	46	1.71
25942823--25942881	22	2.7	22	75	0	55	62	8	8	20	1.49
25942865--25942905	22	1.9	21	90	5	64	75	7	7	9	1.18
25943267--25943306	12	3.3	12	92	0	62	40	15	15	30	1.87
25945081--25945119	12	3.3	11	86	13	51	84	0	15	0	0.62
25948282--25948352	22	3.0	24	75	22	69	46	1	0	52	1.09
25948288--25948359	37	1.9	37	91	5	119	43	1	0	55	1.08
25948291--25948352	22	2.5	24	85	12	74	43	1	0	54	1.09
25948302--25948359	15	4.3	15	68	31	51	41	0	0	58	0.98
25951468--25951512	22	2.0	22	95	0	81	46	15	11	26	1.79
25952713--25952747	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
25954027--25954377	123	2.8	126	82	3	415	29	15	21	33	1.94
25957407--25957621	116	1.9	116	95	0	394	42	10	8	38	1.70
25957626--25957687	29	2.2	29	91	2	108	29	0	25	45	1.54
25957640--25957808	73	2.3	73	85	1	223	27	1	23	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25957660--25957754	22	4.3	22	70	16	61	29	1	21	48	1.57
25957735--25958218	50	9.8	50	86	4	669	25	1	26	46	1.61
25957897--25957983	21	3.7	21	69	27	59	22	1	27	48	1.58
25957735--25958218	101	4.9	99	89	4	676	25	1	26	46	1.61
25957998--25958083	21	3.8	21	66	25	59	23	1	27	47	1.59
25957728--25958218	250	2.0	245	89	2	750	25	1	26	46	1.61
25958795--25958829	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
25959481--25959505	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
25960724--25960774	22	2.3	22	96	0	93	37	0	33	29	1.58
25960640--25960752	51	2.2	51	91	0	181	45	0	23	30	1.54
25961441--25961509	31	2.3	30	80	7	77	42	10	10	37	1.73
25967398--25967426	15	2.0	15	93	6	51	44	6	13	34	1.71
25970879--25970924	9	5.1	9	86	0	65	13	41	8	36	1.75
25972688--25972727	19	2.1	19	95	0	71	45	5	5	45	1.47
25972736--25972792	2	29.0	2	76	3	53	43	3	0	52	1.18
25972736--25972792	12	4.3	12	80	20	69	43	3	0	52	1.18
25976769--25976811	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
25976794--25976926	56	2.3	56	81	10	135	44	1	4	49	1.31
25977191--25977626	2	217.5	2	95	0	791	49	1	0	48	1.14
25978402--25978597	72	2.7	72	83	8	233	28	24	23	22	1.99
25978558--25978780	113	2.0	114	79	8	249	26	25	24	23	2.00
25979099--25979153	21	2.7	20	82	5	56	14	1	36	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25979172--25979230	8	7.6	8	81	7	77	16	0	44	38	1.48
25979167--25979230	23	2.8	23	86	13	96	18	0	43	37	1.51
25979173--25979230	15	3.8	15	86	2	71	17	0	44	37	1.49
25979170--25979236	15	4.4	15	83	3	55	17	0	43	38	1.50
25979502--25979578	40	2.0	40	85	12	106	20	2	37	38	1.67
25980375--25980436	22	2.7	23	78	14	58	54	3	1	40	1.26
25980634--25980799	83	2.0	83	96	1	307	39	10	18	31	1.85
25982241--25982313	33	2.3	31	86	6	94	19	19	23	38	1.93
25983386--25983609	25	8.8	25	90	3	331	44	20	0	34	1.52
25983386--25983609	51	4.4	50	88	6	333	44	20	0	34	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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