genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440163--1440200	19	2.0	20	94	5	69	36	18	7	36	1.80
1445798--1446096	150	2.0	150	99	0	589	25	14	16	44	1.84
1455225--1455274	23	2.2	22	82	7	55	12	12	10	66	1.46
1464998--1465527	80	6.6	79	79	7	471	42	20	13	23	1.87
1465004--1465555	159	3.4	159	79	6	535	43	20	13	22	1.86
1473423--1474019	153	3.8	152	78	10	424	52	12	16	18	1.73
1473491--1474241	149	4.9	155	79	10	602	52	15	14	17	1.75
1475161--1475221	31	2.0	31	83	0	77	32	8	13	45	1.72
1478534--1478567	18	2.0	17	88	11	52	64	0	0	35	0.94
1480893--1481020	60	2.1	60	91	0	202	34	9	19	36	1.84
1480924--1481019	29	3.2	29	66	11	77	30	9	19	40	1.83
1480923--1481057	60	2.3	59	81	5	155	37	8	21	32	1.84
1484356--1484448	11	8.9	11	67	23	58	55	1	3	39	1.23
1484357--1484425	30	2.3	30	95	2	122	59	0	1	39	1.06
1484377--1484456	42	1.9	42	94	0	142	58	1	3	36	1.24
1485170--1485228	30	2.0	28	87	6	82	55	3	15	25	1.55
1489895--1489936	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1491725--1491794	29	2.3	30	78	4	79	58	5	4	31	1.41
1493620--1494147	239	2.2	237	87	5	744	30	15	15	38	1.88
1501968--1502008	18	2.3	18	86	0	55	36	0	0	63	0.95
1504401--1504428	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
1505320--1505360	20	2.0	20	85	4	55	29	12	12	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1515806--1515860	26	2.1	26	86	6	76	38	20	3	38	1.70
1515961--1516009	23	2.1	25	85	11	68	24	6	0	69	1.11
1519683--1519716	13	2.4	14	90	9	52	20	0	0	79	0.73
1521043--1521072	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1523410--1523466	10	5.6	10	79	4	69	22	1	19	56	1.51
1523407--1523466	21	2.9	21	82	2	77	23	1	20	55	1.53
1528222--1528256	12	2.9	12	88	12	54	37	2	0	60	1.12
1528706--1528750	3	15.3	3	82	17	51	73	0	26	0	0.84
1528706--1528752	5	9.2	5	93	6	53	74	0	25	0	0.82
1531509--1531623	57	2.0	57	100	0	230	40	17	12	30	1.86
1533814--1533856	21	2.0	22	82	13	54	62	13	18	4	1.48
1534600--1534661	31	2.1	28	82	8	70	35	4	8	51	1.53
1535798--1535907	58	1.9	58	92	0	184	51	1	1	44	1.22
1541471--1541511	18	2.2	19	83	12	50	24	0	7	68	1.15
1555637--1555663	10	2.7	10	100	0	54	18	0	0	81	0.69
1559547--1559590	22	2.0	22	81	4	52	47	2	11	38	1.52
1564487--1564552	29	2.2	30	81	2	80	40	16	6	36	1.73
1568055--1568088	17	2.0	17	100	0	68	35	11	5	47	1.65
1571094--1571146	25	2.0	27	85	7	74	33	0	1	64	1.05
1574180--1574248	32	2.2	32	89	5	104	24	8	5	60	1.48
1575400--1575440	10	4.1	10	83	0	55	48	29	2	19	1.61
1584317--1584385	26	2.9	23	78	6	75	52	15	10	21	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1585079--1585157	35	2.2	36	75	16	85	40	1	0	58	1.06
1585120--1585181	26	2.3	26	86	2	79	37	0	1	61	1.06
1589489--1589518	4	7.5	4	92	0	51	56	0	0	43	0.99
1589710--1589778	31	2.2	32	79	10	79	44	8	15	30	1.77
1589714--1589792	31	2.5	30	76	8	77	41	8	18	30	1.81
1590162--1590919	314	2.4	313	81	4	904	36	21	13	28	1.91
1594590--1594634	23	1.9	24	86	4	65	60	0	2	37	1.09
1594590--1594642	24	2.2	24	83	6	63	60	0	3	35	1.15
1594645--1594991	134	2.6	135	91	1	561	22	15	25	36	1.93
1595379--1595415	20	1.9	21	84	15	53	10	16	2	70	1.27
1598997--1599029	15	2.4	14	90	10	50	48	9	0	42	1.35
1601866--1601891	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
1607262--1607519	139	1.9	139	91	1	428	45	15	5	34	1.68
1608049--1608091	20	2.1	21	82	4	52	55	2	16	25	1.53
1615524--1615561	9	4.2	9	83	10	51	21	0	2	76	0.91
1615972--1616040	31	2.2	31	89	0	102	44	15	17	21	1.86
1617979--1618015	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
1620781--1620820	10	3.6	11	86	10	55	30	0	0	70	0.88
1621261--1621307	22	2.0	22	84	15	60	65	2	0	31	1.04
1621225--1621311	17	4.7	17	67	25	52	65	3	1	29	1.16
1621571--1621609	15	2.6	16	84	12	55	23	2	0	74	0.94
1621868--1621912	13	3.5	13	90	6	74	33	13	0	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1622074--1622125	18	2.8	18	72	13	52	53	7	0	38	1.30
1628632--1628761	61	2.1	61	81	2	145	44	10	4	40	1.58
1632384--1632410	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
1642080--1642114	16	2.2	16	94	0	61	37	0	5	57	1.23
1643361--1643394	17	2.0	17	88	0	50	35	17	11	35	1.87
1645339--1645430	40	2.3	40	96	1	166	0	27	8	64	1.23
1646211--1646256	20	2.3	20	78	17	51	69	4	0	26	1.07
1646618--1646650	16	2.1	16	100	0	66	36	12	27	24	1.91
1647347--1647372	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
1649635--1649693	31	2.0	28	83	9	73	54	6	1	37	1.37
1653197--1653245	24	2.0	24	100	0	98	63	20	8	8	1.48
1653953--1653980	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
1655642--1655699	9	6.4	9	85	0	80	39	24	10	25	1.87
1655642--1655699	18	3.2	18	95	0	107	39	24	10	25	1.87
1655739--1655767	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
1655723--1655780	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
1656871--1656941	28	2.7	26	83	12	90	64	1	0	33	1.02
1661813--1661851	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
1664942--1665131	90	2.1	90	85	1	247	43	11	31	14	1.81
1665161--1665189	14	2.1	14	100	0	58	37	13	34	13	1.85
1666840--1666972	66	2.0	66	97	0	248	35	18	24	21	1.96
1670725--1670785	26	2.3	27	75	8	63	34	1	1	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1671644--1671668	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1674090--1674141	26	2.0	26	92	0	86	30	11	7	50	1.67
1691225--1691278	26	2.1	26	100	0	108	31	24	7	37	1.83
1693900--1693965	29	2.4	28	72	20	68	43	10	3	42	1.54
1694184--1694234	23	2.3	21	83	12	59	54	3	0	41	1.19
1694360--1694425	31	2.2	30	82	12	75	59	4	7	28	1.45
1703566--1703620	23	2.4	23	80	14	69	69	1	3	25	1.15
1728205--1728379	50	3.5	50	87	0	242	19	30	24	25	1.98
1728786--1728843	30	1.9	31	82	6	75	29	22	5	43	1.75
1735668--1735699	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1735909--1735968	30	2.0	30	84	9	79	28	23	5	43	1.74
1740733--1740771	18	2.1	19	90	4	62	53	0	0	46	1.00
1750118--1750168	25	2.0	24	82	17	59	52	0	7	39	1.30
1751232--1751268	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
1751232--1751268	16	2.3	16	100	0	74	48	5	0	45	1.25
1752700--1752753	19	2.9	18	83	8	63	48	3	1	46	1.30
1757697--1757755	30	2.0	30	93	0	100	33	3	16	45	1.64
1762865--1762896	12	2.8	12	90	9	50	65	0	0	34	0.93
1777346--1777381	15	2.4	15	85	0	54	58	0	8	33	1.28
1779374--1779455	34	2.4	34	97	0	155	31	10	10	46	1.74
1781714--1781771	28	2.1	27	81	15	66	41	3	0	55	1.17
1782034--1782100	30	2.3	30	87	7	93	56	0	4	38	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1782037--1782164	40	3.3	39	85	5	179	59	0	3	37	1.13
1782045--1782150	10	10.5	10	70	19	51	57	0	3	38	1.17
1786091--1786169	40	2.0	39	83	11	99	43	12	17	26	1.85
1790202--1790444	105	2.3	105	89	3	382	28	20	14	36	1.92
1798912--1799014	46	2.2	48	89	5	165	29	10	17	42	1.83
1799040--1799097	29	1.9	29	82	6	71	34	8	13	43	1.75
1802130--1802519	196	2.0	197	89	1	604	26	13	19	40	1.89
1826669--1826758	36	2.4	36	79	5	90	46	8	8	35	1.66
1826752--1826817	20	3.6	19	78	15	77	43	7	15	33	1.74
1826752--1826920	38	4.7	37	71	20	110	42	8	11	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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