Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  52  of  206  ( 24623 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14633817--14634187
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20
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2.8
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34
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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Entropy
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1.11
14644298--14644426
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1.96
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Score
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1
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3
44
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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1.38
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44
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0
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0
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0
0
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0.91
14830071--14830180
42
2.6
43
83
9
136
27
18
21
32
1.96
14835063--14835129
34
2.0
34
90
0
107
34
8
17
38
1.82
14837064--14837101
20
2.0
20
89
5
60
44
31
18
5
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14838722--14838756
12
2.9
12
91
0
52
65
14
0
20
1.26
14846922--14846970
2
24.5
2
100
0
98
51
0
0
48
1.00
14847823--14847872
20
2.5
20
77
9
57
50
2
6
42
1.38
14847823--14847878
19
2.8
20
81
7
62
50
1
7
41
1.40
14858450--14858484
17
2.1
17
94
0
61
31
14
28
25
1.95
14860023--14860103
22
3.8
20
80
9
74
55
1
2
40
1.21
14868346--14868390
22
2.0
22
82
0
54
40
2
2
55
1.24
14872214--14872243
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
14877830--14877860
8
3.9
8
91
0
53
58
0
0
41
0.98
14877827--14877861
16
2.2
16
100
0
70
54
0
0
45
0.99
14877827--14877870
16
3.0
15
87
9
56
56
2
0
40
1.11
14884914--14885293
192
2.0
191
95
0
679
40
16
14
28
1.88
14885938--14886052
59
1.9
59
96
0
212
37
19
15
27
1.92
14887791--14887876
22
3.9
22
90
0
118
27
15
27
29
1.96
14899555--14899810
84
2.9
89
79
9
279
33
16
27
22
1.96
14899634--14899972
84
4.1
84
80
8
385
36
16
24
22
1.94
14899741--14899885
75
1.9
75
88
0
218
37
16
20
24
1.93
14899657--14899972
159
2.0
159
85
3
422
36
16
23
23
1.94
14900917--14901067
78
1.9
78
97
0
284
41
12
17
29
1.86
14901366--14901698
84
4.1
82
81
8
367
22
25
17
35
1.95
14901366--14901675
159
1.9
159
87
3
446
22
24
17
35
1.95
14905271--14905322
3
17.3
3
100
0
104
67
0
0
32
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14930255--14931290
151
6.8
152
88
2
1472
26
18
20
33
1.96
14930255--14931290
76
13.6
76
88
2
1461
26
18
20
33
1.96
14931632--14931741
30
3.7
29
81
4
130
32
20
3
42
1.70
14932180--14932252
23
3.4
22
75
12
71
72
0
26
1
0.93
14932191--14932257
30
2.2
32
84
10
86
76
0
22
1
0.87
14932192--14932255
23
2.9
22
86
4
76
75
0
23
1
0.90
14932192--14932271
22
3.6
22
77
11
74
76
0
20
3
0.94
14932179--14932266
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2.2
39
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9
99
75
0
22
2
0.92
14932580--14932615
15
2.3
15
90
4
54
83
0
16
0
0.65
14932726--14932757
13
2.3
15
89
10
50
34
0
6
59
1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206