genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  75  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21265357--21265390	18	2.0	16	88	11	50	35	0	0	64	0.94
21267307--21267394	44	2.0	44	97	0	167	57	6	18	17	1.60
21268306--21268339	17	2.0	17	100	0	68	23	35	5	35	1.79
21274531--21274565	18	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
21280002--21280145	33	4.3	34	66	11	100	34	16	20	27	1.95
21279962--21280179	101	2.2	101	88	3	323	33	15	24	27	1.95
21282653--21282762	55	2.0	55	96	0	202	30	10	19	39	1.86
21285555--21285721	30	5.5	30	77	4	156	25	26	11	36	1.90
21285552--21285778	91	2.5	91	88	0	319	25	26	11	37	1.89
21285706--21285778	30	2.4	31	86	2	94	26	23	8	42	1.82
21288998--21289050	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
21292007--21292058	22	2.5	19	76	14	50	28	1	15	53	1.52
21298530--21298565	17	2.2	16	90	5	54	63	0	0	36	0.94
21300664--21300701	19	2.1	18	85	14	51	2	5	23	68	1.23
21306060--21306356	50	5.8	50	81	3	274	28	20	27	23	1.99
21311725--21311965	50	4.7	50	91	3	347	25	19	31	23	1.98
21311725--21312022	50	5.8	51	86	5	336	27	19	29	24	1.98
21311725--21312071	150	2.3	152	81	6	373	28	19	27	24	1.99
21316005--21316058	21	2.6	21	82	5	65	25	35	20	18	1.95
21316920--21316963	21	2.2	20	84	12	54	45	4	13	36	1.64
21321338--21321473	43	3.2	44	85	4	145	33	30	14	21	1.93
21321830--21321860	16	1.9	16	93	0	53	58	9	0	32	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325193--21325220	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21326111--21326160	26	1.9	26	88	8	75	58	18	14	10	1.63
21327365--21327402	14	2.7	14	88	8	51	34	39	2	23	1.69
21327397--21327565	80	2.1	82	82	6	202	45	26	1	26	1.61
21327559--21327624	35	1.9	35	81	9	82	34	40	0	24	1.55
21327591--21327628	14	2.7	14	95	0	67	44	36	0	18	1.50
21327636--21327665	15	2.1	15	93	6	53	33	36	0	30	1.58
21328065--21328260	41	4.8	41	90	1	304	30	32	19	17	1.96
21328511--21328569	29	2.0	29	100	0	118	44	6	13	35	1.71
21334471--21334500	3	10.0	3	92	0	51	36	0	63	0	0.95
21339640--21339874	117	2.0	117	98	0	452	42	14	16	25	1.86
21341722--21341773	17	3.1	17	82	0	68	36	5	21	36	1.77
21350715--21350758	9	5.1	9	78	10	56	52	4	0	43	1.22
21350776--21350811	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
21351462--21351513	22	2.4	22	77	6	52	28	15	17	38	1.90
21358857--21358953	32	3.1	32	67	14	94	32	12	17	37	1.87
21362217--21362263	19	2.6	19	75	18	55	38	2	4	55	1.31
21362329--21362371	14	3.0	14	86	10	52	72	2	25	0	0.97
21370326--21370359	13	2.6	13	85	0	50	0	14	2	82	0.79
21372743--21372782	14	2.9	14	80	0	53	32	7	15	45	1.74
21372766--21372805	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
21372751--21372817	34	1.9	35	87	3	100	32	8	10	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21375509--21375563	23	2.4	23	96	0	101	36	10	29	23	1.89
21376780--21377147	102	3.6	102	91	0	619	30	29	20	18	1.97
21376989--21377134	33	4.3	33	68	23	115	31	29	21	17	1.96
21378775--21378824	22	2.3	22	89	3	75	56	2	0	42	1.11
21380903--21380954	27	2.0	28	85	11	74	59	1	0	38	1.08
21392806--21392875	34	2.1	34	100	0	140	22	17	17	42	1.88
21399381--21399412	9	3.6	9	91	0	55	12	18	0	68	1.20
21404250--21404951	183	3.8	183	92	0	1127	42	19	8	29	1.80
21404591--21404849	30	8.5	29	69	16	125	43	20	7	28	1.79
21404250--21404951	368	1.9	366	91	1	1145	42	19	8	29	1.80
21407916--21407976	26	2.3	26	85	0	86	39	9	9	40	1.72
21412344--21412533	41	4.6	41	81	1	220	20	18	26	34	1.95
21412406--21412436	16	1.9	16	93	0	53	12	22	25	38	1.90
21419077--21419149	28	2.7	27	75	19	73	64	1	4	30	1.20
21419155--21419197	20	2.2	20	87	4	61	67	0	4	27	1.10
21419120--21419262	10	14.7	10	65	17	52	64	1	4	30	1.21
21419476--21419512	11	3.2	12	88	7	51	40	0	0	59	0.97
21419462--21419511	22	2.4	21	78	12	59	42	0	0	58	0.98
21419479--21419508	11	2.6	12	89	10	53	40	0	0	60	0.97
21419483--21419556	29	2.5	29	80	6	78	37	2	1	58	1.21
21419542--21419574	15	2.1	17	88	11	52	24	3	0	72	0.98
21423036--21423080	20	2.2	20	84	7	56	48	8	28	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21427072--21427266	98	2.0	98	93	2	338	36	23	10	29	1.88
21428564--21428695	19	6.8	19	88	3	192	36	14	10	38	1.81
21428575--21428694	59	2.0	59	90	0	186	37	13	10	39	1.78
21428999--21429101	43	2.4	43	85	0	143	27	9	17	45	1.79
21429085--21429113	13	2.2	13	100	0	58	31	0	20	48	1.50
21444794--21444824	16	1.9	16	100	0	62	22	12	0	64	1.27
21446825--21446882	29	2.0	29	100	0	116	6	24	0	68	1.13
21451008--21451038	7	4.4	7	91	0	53	41	38	0	19	1.51
21451507--21451546	18	2.2	18	91	8	64	22	2	0	75	0.93
21452957--21453074	33	3.7	32	70	13	98	60	2	1	35	1.21
21453059--21453180	59	2.1	58	88	7	178	45	1	0	51	1.16
21453953--21454019	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
21455571--21455620	19	2.6	19	75	12	57	38	8	12	42	1.71
21455757--21455837	21	3.9	21	93	0	135	44	12	9	33	1.75
21456769--21456897	52	2.4	52	83	10	163	17	32	24	26	1.96
21457163--21457241	23	3.3	23	91	3	113	44	25	6	24	1.77
21476353--21476396	22	1.9	24	86	9	65	45	2	11	40	1.53
21485120--21485191	38	1.9	37	85	2	99	33	4	27	34	1.76
21486994--21487054	21	3.0	21	85	2	70	70	0	3	26	1.02
21487015--21487059	21	2.2	20	92	4	72	71	0	2	26	0.98
21489670--21489765	45	2.0	45	82	7	111	59	2	36	2	1.21
21489772--21489801	12	2.4	13	88	11	53	56	0	43	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21490441--21490484	15	2.9	17	71	28	53	36	9	0	54	1.32
21492735--21492959	41	5.5	41	95	2	393	24	27	20	28	1.99
21496047--21496294	48	5.1	48	88	2	304	46	10	10	33	1.71
21499708--21499747	4	9.5	4	89	10	62	0	25	0	75	0.81
21499708--21499747	18	2.4	17	88	12	64	0	25	0	75	0.81
21499707--21499748	22	1.9	22	100	0	84	0	26	0	73	0.83
21499710--21499758	22	2.2	22	85	3	62	2	32	0	65	1.04
21519183--21519218	14	2.6	14	100	0	72	36	13	25	25	1.93
21529137--21529173	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
21529554--21529598	22	2.0	22	83	8	56	53	0	4	42	1.21
21530833--21530931	51	1.9	51	83	0	126	30	20	8	41	1.81
21534493--21534528	18	2.0	18	100	0	72	50	0	16	33	1.46
21535336--21535402	32	2.1	32	85	0	89	19	26	35	17	1.94
21546745--21546813	24	2.9	24	82	18	74	50	0	31	17	1.46
21551422--21551456	18	1.9	18	88	0	52	8	8	8	74	1.23
21553699--21553829	23	5.7	23	71	7	79	18	16	21	44	1.87
21553762--21553844	23	3.6	23	79	6	87	22	15	20	40	1.90
21560581--21560832	24	10.8	24	69	16	145	55	4	5	33	1.45
21560578--21560866	69	4.1	67	73	12	183	54	5	6	33	1.48
21560670--21560850	70	2.6	69	74	11	170	56	4	6	32	1.45
21561636--21561680	19	2.4	19	88	0	72	13	24	4	57	1.54
21564815--21564855	21	2.0	21	95	0	73	12	26	4	56	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21568323--21568381	31	1.9	30	86	3	82	64	0	20	15	1.29
21568314--21568374	24	2.6	23	84	7	86	62	0	19	18	1.33
21569843--21569963	35	3.4	35	69	18	115	45	5	8	40	1.58
21580356--21580427	35	2.1	35	86	5	101	29	8	31	30	1.87
21580363--21580438	35	2.2	35	83	4	91	28	7	32	30	1.86
21580387--21580523	69	2.0	69	82	5	170	30	5	31	32	1.79
21580441--21580524	35	2.4	35	86	9	127	32	3	29	34	1.75
21595912--21595964	17	3.2	17	89	2	81	45	7	24	22	1.78
21599480--21599512	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
21601315--21601347	17	1.9	17	93	0	57	39	0	9	51	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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