genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  94  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27224444--27224496	19	2.7	20	82	11	56	7	11	0	81	0.88
27224482--27224550	12	5.9	12	81	6	70	10	4	4	81	0.97
27224445--27224508	31	2.1	30	82	8	76	9	9	0	81	0.88
27229819--27229853	6	5.5	6	90	10	52	17	2	2	77	1.02
27238825--27239077	124	2.0	124	92	0	416	30	14	21	33	1.93
27242234--27242291	25	2.3	25	93	0	98	44	13	0	41	1.44
27242258--27242351	43	2.2	43	88	1	134	54	10	0	35	1.35
27242764--27242802	18	2.2	18	95	0	69	38	7	30	23	1.83
27244504--27244534	12	2.6	12	94	0	53	67	0	0	32	0.91
27247292--27247323	11	2.9	11	95	0	55	56	9	0	34	1.32
27254341--27254452	35	3.2	35	93	2	199	16	12	28	42	1.84
27263070--27263173	42	2.4	42	76	6	111	25	19	25	28	1.98
27263070--27263196	43	3.0	42	74	12	116	23	18	27	29	1.98
27273769--27273798	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
27283324--27283356	15	2.1	17	88	11	52	57	3	0	39	1.14
27293903--27293951	19	2.5	20	80	6	57	55	0	2	42	1.11
27294311--27294335	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
27301715--27301804	27	3.3	27	87	0	117	35	15	17	31	1.92
27302714--27302779	25	2.7	25	76	2	71	56	18	18	7	1.64
27302753--27302814	20	3.1	20	80	0	70	58	17	17	6	1.60
27302745--27302794	25	2.0	25	84	0	64	58	18	18	6	1.59
27313795--27313839	7	6.1	7	87	5	63	40	0	42	17	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27314509--27314575	33	2.1	33	94	2	118	19	20	13	46	1.83
27321185--27321297	38	2.9	39	77	6	122	23	17	26	32	1.97
27325510--27325797	142	2.0	141	95	2	533	31	7	10	50	1.64
27326859--27326895	9	3.9	9	92	7	56	21	37	0	40	1.54
27335914--27336100	95	2.0	95	88	4	279	31	13	14	40	1.85
27347898--27348140	50	4.7	50	76	8	163	24	26	20	28	1.99
27347947--27348140	50	3.7	52	77	4	180	24	26	21	27	1.99
27349002--27349217	43	5.0	43	90	2	267	27	33	18	20	1.96
27349002--27349217	86	2.5	87	89	2	310	27	33	18	20	1.96
27352750--27352890	70	2.0	70	97	0	264	46	21	2	29	1.63
27353725--27353757	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
27366398--27366458	29	2.1	29	81	9	70	47	11	9	31	1.72
27373135--27373212	3	26.0	3	97	0	147	67	0	32	0	0.90
27374193--27375748	517	3.0	517	98	0	2995	28	24	15	30	1.96
27375530--27375556	14	1.9	14	100	0	54	40	29	0	29	1.57
27379408--27379521	28	4.1	28	82	8	135	29	20	23	26	1.99
27379406--27379513	56	1.9	56	87	7	157	28	20	25	25	1.99
27379896--27380090	27	7.3	27	81	8	213	22	18	18	40	1.91
27379885--27380041	81	1.9	81	88	5	237	23	17	20	38	1.93
27384469--27384498	13	2.4	13	94	5	53	73	0	10	16	1.09
27385154--27385234	40	2.0	40	95	0	144	49	13	11	25	1.75
27385267--27385333	32	2.1	32	100	0	134	47	20	4	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27386807--27386864	27	2.2	27	84	6	75	29	17	10	43	1.82
27401501--27401592	27	3.4	26	81	12	105	38	9	21	30	1.86
27410365--27410402	19	2.0	20	85	15	53	36	0	5	57	1.21
27415021--27415077	26	2.2	25	78	9	60	68	1	1	28	1.09
27419459--27419512	11	4.8	11	95	2	90	42	7	1	48	1.42
27419459--27419519	22	2.8	22	90	7	90	42	6	1	49	1.38
27419504--27419534	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
27419492--27419608	36	3.3	34	80	14	130	36	2	0	59	1.17
27419836--27419873	17	2.2	17	95	0	67	26	26	5	42	1.76
27424173--27424210	17	2.2	17	100	0	76	26	28	5	39	1.78
27433238--27433428	41	4.7	41	88	3	296	21	20	25	32	1.98
27433752--27433788	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
27433888--27434163	152	1.8	154	86	4	407	28	1	29	40	1.65
27434210--27434257	14	3.4	14	77	5	51	20	0	37	41	1.53
27434051--27434314	129	2.0	132	84	5	349	31	1	24	42	1.65
27434069--27434348	129	2.1	132	77	8	282	33	1	20	44	1.62
27438917--27439106	43	4.5	41	78	11	136	24	16	24	33	1.96
27438923--27439196	86	3.2	85	81	6	270	25	19	25	29	1.98
27438990--27439188	43	4.6	43	85	2	247	25	21	26	27	1.99
27439234--27439277	21	2.1	21	91	0	70	40	29	18	11	1.85
27450500--27450557	26	2.3	26	78	3	64	36	13	10	39	1.79
27481218--27481307	43	2.1	43	97	0	171	21	32	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27482439--27482545	25	4.3	25	84	4	137	22	22	26	28	1.99
27487384--27487408	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
27487956--27488035	41	2.0	41	89	0	124	53	21	11	13	1.70
27495354--27495394	21	1.9	22	90	5	66	17	17	43	21	1.87
27501338--27501465	20	6.3	20	71	12	91	12	27	18	41	1.87
27501338--27501446	40	2.7	40	80	2	130	11	28	19	40	1.87
27502702--27502731	11	2.7	11	89	0	51	10	6	26	56	1.57
27517340--27517435	27	3.4	26	73	21	79	65	1	19	13	1.32
27517342--27517443	45	2.3	45	81	8	127	65	0	19	13	1.32
27517364--27517398	18	1.9	18	88	0	52	54	0	20	25	1.45
27517341--27517434	13	6.7	13	69	23	57	65	1	19	13	1.32
27535233--27535419	50	3.6	50	78	5	151	27	20	27	23	1.99
27535677--27535725	20	2.5	20	83	3	64	59	6	22	12	1.55
27541916--27542245	166	2.0	167	96	0	608	30	20	17	32	1.95
27544559--27544604	23	2.0	24	86	4	67	17	17	0	65	1.28
27547330--27547410	42	1.9	42	97	0	153	50	17	2	29	1.59
27547330--27547423	42	2.3	42	90	5	147	51	17	2	29	1.57
27549849--27549958	53	2.1	53	96	0	202	21	11	18	48	1.80
27562454--27562528	22	3.4	21	83	7	87	25	30	1	42	1.63
27562454--27562528	33	2.2	32	80	17	82	25	30	1	42	1.63
27562454--27562530	11	6.9	11	79	16	72	25	29	1	42	1.63
27562492--27562589	51	1.9	51	87	4	144	27	23	3	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27571322--27571678	124	2.9	125	85	1	448	30	22	18	29	1.97
27574999--27575079	28	2.9	27	81	5	99	56	4	16	22	1.58
27576364--27576686	51	6.4	50	75	8	253	28	14	26	30	1.95
27576364--27576647	102	2.8	102	82	5	326	28	14	26	30	1.95
27576567--27576701	50	2.7	50	87	2	164	27	18	24	29	1.98
27579155--27579363	10	21.9	9	67	14	64	58	0	5	34	1.28
27579156--27579223	20	3.5	19	86	9	93	69	0	2	27	1.03
27580770--27580815	24	1.9	24	81	0	56	28	8	2	60	1.38
27582412--27582467	19	2.9	19	82	12	78	71	0	0	28	0.86
27582432--27582492	11	5.6	11	71	24	58	62	0	1	36	1.05
27582486--27582510	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
27583427--27584056	164	3.9	167	74	17	572	45	8	13	32	1.74
27585800--27586298	35	14.1	35	76	6	378	32	3	30	33	1.74
27585800--27586298	70	7.0	70	80	4	437	32	3	30	33	1.74
27585837--27585917	42	1.9	42	94	0	144	34	2	30	32	1.71
27588333--27588366	16	2.1	16	88	0	50	44	14	5	35	1.70
27589608--27589649	13	3.2	13	100	0	84	23	21	23	30	1.99
27596163--27596295	67	2.0	66	95	1	239	30	21	23	24	1.99
27596446--27596470	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27600738--27600794	21	2.8	20	81	7	69	14	15	31	38	1.87
27600737--27600802	21	3.1	21	72	12	55	12	16	31	39	1.85
27607385--27607439	24	2.2	26	90	6	87	32	7	3	56	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27607536--27607568	11	3.0	11	95	0	57	60	0	9	30	1.27
27609004--27610109	228	4.9	228	82	3	1107	31	22	23	23	1.99
27609004--27610143	456	2.5	455	82	2	1291	30	22	23	23	1.99
27611314--27611344	6	5.2	6	92	0	53	80	0	0	19	0.71
27618065--27618139	25	3.2	25	60	21	61	41	4	17	37	1.68
27618061--27618154	46	2.0	46	100	0	188	42	4	17	36	1.68
27622865--27622969	20	5.2	20	70	11	63	33	17	32	17	1.93
27622925--27623032	40	2.7	40	85	4	121	32	20	29	17	1.96
27622958--27623042	40	2.2	40	86	2	118	31	20	31	16	1.94
27627019--27627218	62	3.2	59	75	19	181	50	5	4	40	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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