genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19171586--19171627	16	2.6	16	80	3	57	54	0	0	45	0.99
19178468--19178503	14	2.6	14	100	0	72	55	5	16	22	1.62
19180572--19180669	37	2.9	35	71	23	91	40	3	5	51	1.40
19183892--19183959	20	3.4	19	76	10	64	38	23	27	10	1.87
19199898--19200069	50	3.4	49	78	5	141	20	27	22	29	1.98
19199935--19200132	50	3.8	50	82	4	207	21	28	21	28	1.99
19207533--19207561	14	2.1	14	100	0	58	20	27	0	51	1.47
19208059--19208153	47	2.0	47	100	0	190	34	4	4	56	1.38
19213991--19214030	14	2.9	14	92	0	62	32	20	2	45	1.64
19220027--19220078	27	1.9	27	84	7	70	69	11	13	5	1.35
19222138--19222175	2	20.5	2	84	15	55	44	0	0	55	0.99
19222140--19222175	19	2.0	17	89	10	54	44	0	0	55	0.99
19224930--19224966	14	2.6	14	95	0	65	32	29	16	21	1.95
19225663--19225702	18	2.2	18	90	0	62	22	10	5	62	1.46
19225670--19225709	18	2.2	18	100	0	80	20	12	5	62	1.48
19226173--19226234	28	2.1	29	85	11	83	59	1	3	35	1.23
19234575--19234608	13	2.6	13	90	0	59	76	0	5	17	0.98
19235344--19235385	17	2.5	17	88	0	66	85	2	11	0	0.68
19235338--19235392	17	3.4	17	72	10	51	76	5	14	3	1.10
19236120--19236156	13	2.9	13	96	4	67	54	0	8	37	1.30
19236758--19236803	24	1.9	24	95	0	83	23	28	21	26	1.99
19241914--19242497	292	2.0	292	94	0	1015	34	16	21	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19249215--19249239	13	1.9	13	100	0	50	68	16	0	16	1.22
19249911--19250098	41	4.6	41	93	0	313	26	23	22	28	1.99
19250739--19250774	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
19252651--19253153	76	6.6	75	88	0	693	26	19	21	33	1.97
19253745--19253851	28	3.8	28	88	5	135	24	23	5	46	1.73
19254522--19254568	3	15.3	3	87	12	69	70	0	29	0	0.88
19254522--19254563	13	3.3	13	96	3	77	69	0	30	0	0.89
19254516--19254599	6	12.8	6	72	16	60	76	1	21	1	0.93
19254530--19254603	13	5.4	13	83	12	67	77	1	20	1	0.92
19254536--19254603	20	3.2	20	78	11	64	77	1	19	1	0.92
19258642--19258678	12	2.9	13	85	14	51	51	0	10	37	1.37
19262656--19262707	22	2.4	22	87	3	70	13	1	7	76	1.07
19268050--19268120	4	16.2	4	72	16	52	22	4	1	71	1.11
19268049--19268105	24	2.5	24	83	8	66	24	3	1	70	1.13
19268028--19268123	8	12.0	8	69	22	51	25	4	2	68	1.18
19268206--19268230	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
19269750--19269811	6	10.5	6	94	1	99	16	0	3	80	0.83
19272517--19272548	14	2.3	14	94	0	55	37	0	15	46	1.46
19277696--19277865	45	3.8	44	90	3	250	40	21	19	19	1.92
19281354--19281500	49	3.0	49	83	4	188	33	27	13	25	1.94
19282603--19282802	45	4.4	44	91	2	301	40	21	19	19	1.92
19282618--19282824	45	4.8	42	86	7	215	39	22	19	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19300505--19300545	22	1.9	21	85	5	55	70	12	7	9	1.33
19305448--19305476	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
19313833--19313921	28	3.2	28	79	6	99	28	24	17	29	1.98
19315890--19315930	4	10.0	4	85	15	57	0	24	2	73	0.96
19315899--19315941	21	2.1	20	86	4	59	0	25	4	69	1.07
19318668--19318727	21	3.0	21	85	4	79	18	28	16	36	1.93
19319576--19319702	67	1.9	67	90	0	200	21	23	33	22	1.98
19320217--19320250	18	1.9	18	88	5	52	38	5	17	38	1.74
19340664--19340754	2	47.5	2	77	8	73	53	1	6	38	1.34
19340812--19340848	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
19341611--19341653	23	1.9	23	90	4	70	46	16	4	32	1.67
19348466--19348567	49	2.1	49	96	0	186	46	24	1	27	1.64
19348605--19348659	22	2.4	24	82	14	71	50	3	0	45	1.19
19355695--19355738	20	2.1	21	83	4	54	61	0	0	38	0.96
19355728--19355792	29	2.3	29	82	12	73	58	1	0	40	1.07
19356709--19356807	29	3.4	29	74	12	94	44	9	17	29	1.79
19364327--19364394	34	2.0	34	85	5	93	30	20	25	23	1.98
19365104--19365165	26	2.4	26	86	0	79	40	11	12	35	1.80
19368378--19368526	77	1.9	77	97	0	280	25	6	22	44	1.77
19370234--19370278	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
19372815--19372902	45	1.9	46	81	6	108	32	17	6	43	1.75
19372840--19372953	57	2.0	58	87	3	167	28	14	7	49	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19374899--19374980	35	2.3	35	82	0	92	28	15	19	36	1.93
19379016--19379088	35	2.1	35	97	0	137	13	9	30	46	1.75
19383502--19383597	46	2.1	46	90	3	149	27	21	22	28	1.99
19383943--19383985	22	1.9	23	85	4	61	74	4	0	20	1.00
19391697--19391791	48	2.0	48	93	0	163	43	21	15	20	1.88
19392089--19392160	36	2.0	36	91	2	119	31	27	8	31	1.86
19396886--19396980	48	2.0	48	89	0	145	44	21	15	18	1.87
19397278--19397349	36	2.0	36	91	2	119	31	27	8	31	1.86
19402730--19402779	22	2.3	22	86	6	66	20	26	18	36	1.95
19403185--19403211	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
19404024--19404147	25	5.0	25	87	2	160	20	29	16	33	1.94
19404049--19404161	25	4.5	25	88	0	118	20	28	18	32	1.96
19406082--19406120	20	2.0	20	89	0	60	23	2	20	53	1.57
19408703--19408763	30	2.0	31	93	3	106	39	0	40	19	1.52
19408893--19408923	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19413506--19413556	15	3.4	15	80	20	54	52	7	1	37	1.42
19415049--19415084	5	7.2	5	100	0	72	41	19	19	19	1.90
19421169--19421202	2	17.0	2	87	0	50	47	2	0	50	1.16
19436058--19436127	36	1.9	36	85	0	95	30	7	11	51	1.64
19437712--19437744	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
19437752--19437790	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
19439793--19440116	44	7.4	45	70	15	166	28	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19439654--19440201	217	2.5	210	87	4	747	28	22	19	29	1.98
19441130--19441327	98	2.0	99	95	1	353	25	22	18	34	1.96
19448340--19448385	24	1.9	24	86	0	65	13	26	13	47	1.78
19451752--19451790	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
19452242--19452280	21	1.9	20	89	5	60	53	5	7	33	1.51
19470828--19470958	25	5.3	25	73	10	83	33	21	26	18	1.96
19471379--19471514	67	2.0	68	94	1	238	33	14	13	38	1.85
19479891--19479916	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
19480020--19480067	16	3.2	16	70	24	50	33	6	10	50	1.62
19486918--19486978	30	2.0	30	93	0	104	27	14	14	42	1.85
19496997--19497101	53	2.0	53	98	0	201	33	10	13	42	1.78
19500134--19500161	11	2.5	11	100	0	56	53	0	0	46	1.00
19503214--19503259	17	2.8	16	81	12	56	58	0	4	36	1.18
19503241--19503279	20	2.0	20	94	0	69	53	0	0	46	1.00
19503248--19503339	37	2.4	36	80	8	96	53	2	2	42	1.25
19512597--19512691	31	3.1	31	98	0	181	31	9	13	45	1.76
19512994--19513052	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
19517061--19517134	36	2.1	36	87	5	105	44	14	14	25	1.84
19520513--19520555	19	2.2	19	83	8	50	11	25	18	44	1.84
19521948--19521987	17	2.4	17	91	0	62	50	7	2	40	1.44
19531401--19531562	44	3.8	41	75	9	114	28	22	19	29	1.98
19531453--19531831	44	8.5	44	72	9	234	27	21	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19531455--19531831	89	4.2	89	75	7	275	27	21	20	29	1.98
19531831--19532080	44	5.7	43	77	7	250	26	23	18	30	1.98
19531763--19531899	68	2.0	68	88	0	202	28	22	18	30	1.97
19531674--19531988	157	2.0	157	86	1	443	25	24	20	29	1.99
19531833--19532083	89	2.8	89	88	1	351	26	23	18	31	1.98
19531629--19532077	246	1.8	246	87	0	664	25	23	20	30	1.98
19540919--19540998	40	2.0	40	97	0	151	17	41	15	26	1.88
19554466--19554842	89	4.2	89	90	0	567	26	27	24	21	1.99
19554491--19554832	45	7.7	45	67	11	204	28	26	23	20	1.99
19559358--19559388	12	2.6	12	94	0	53	35	35	19	9	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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