genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  47  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13335007--13335051	19	2.3	21	75	25	53	20	6	2	71	1.20
13343530--13343564	18	1.9	18	94	0	61	0	14	2	82	0.77
13344536--13344587	19	2.9	17	81	10	59	40	11	15	32	1.83
13357207--13357406	44	4.6	44	80	7	198	33	27	18	21	1.96
13362269--13362345	41	1.9	40	91	2	127	28	22	15	33	1.94
13380413--13380487	30	2.5	30	86	0	105	25	33	26	14	1.94
13386687--13386751	25	2.6	25	72	18	62	29	4	3	63	1.30
13386709--13386758	3	16.3	3	80	12	57	30	4	2	64	1.23
13386709--13386758	15	3.5	13	86	10	64	30	4	2	64	1.23
13386902--13386950	24	2.2	22	85	10	64	28	2	10	59	1.41
13386893--13386992	49	2.0	51	82	3	123	30	3	10	57	1.47
13387548--13387656	19	5.7	19	88	0	173	39	9	12	38	1.76
13387555--13387656	38	2.7	38	98	0	195	40	8	11	39	1.73
13387956--13388009	26	2.2	26	83	6	67	18	7	3	70	1.26
13390216--13390243	14	2.0	14	100	0	56	35	42	7	14	1.73
13395995--13396120	46	2.7	46	87	2	173	40	20	25	13	1.89
13397356--13397567	45	4.7	45	78	3	203	30	18	22	28	1.98
13397404--13397573	89	1.9	90	81	1	207	30	18	22	28	1.97
13397651--13397958	143	2.2	142	87	4	442	29	22	21	25	1.99
13399401--13399441	10	4.0	10	96	3	73	21	0	0	78	0.76
13399403--13399470	3	23.3	3	80	14	56	26	2	1	69	1.12
13399406--13399470	26	2.6	25	83	9	78	26	3	1	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13400618--13400665	21	2.3	20	80	16	53	22	8	2	66	1.29
13400954--13401054	24	4.2	24	79	3	96	32	1	7	57	1.39
13404880--13404977	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
13408812--13408909	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
13410774--13410837	22	2.7	25	86	9	82	39	1	0	59	1.07
13410849--13410874	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13412504--13413066	278	2.0	278	99	0	1108	32	19	11	36	1.87
13421270--13421301	11	2.8	12	86	13	50	12	0	0	87	0.54
13422164--13422222	22	2.6	22	86	7	75	35	6	1	55	1.36
13425056--13425291	43	5.4	43	79	2	211	19	18	22	40	1.91
13433917--13433960	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
13434028--13434172	23	6.3	23	90	0	227	32	26	20	21	1.97
13439045--13439189	23	6.3	23	93	0	245	31	26	20	20	1.98
13460109--13460159	15	3.3	15	74	15	50	58	3	3	33	1.35
13460322--13460423	41	2.4	42	93	3	170	59	0	1	38	1.09
13460322--13460507	30	6.0	29	73	15	124	60	0	2	36	1.15
13460322--13460498	11	16.8	11	70	21	80	59	0	2	37	1.12
13460412--13460447	8	4.5	8	100	0	72	77	0	0	22	0.76
13460328--13460498	52	3.4	50	70	22	137	61	0	2	35	1.11
13468464--13468730	94	2.8	94	83	2	338	26	21	17	34	1.95
13469305--13469719	213	1.9	213	98	0	803	41	13	13	32	1.82
13486937--13486988	20	2.7	20	84	3	70	15	32	0	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13489817--13489843	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
13490912--13490940	7	4.1	7	100	0	58	0	0	13	86	0.58
13492628--13492664	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
13493097--13493154	17	3.2	17	79	16	55	24	24	0	51	1.48
13495819--13495857	20	1.9	20	89	5	60	41	7	2	48	1.45
13496176--13496368	107	1.8	107	91	0	323	31	19	17	31	1.95
13501386--13501423	17	2.3	17	86	4	51	10	10	2	76	1.12
13508944--13508974	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
13511254--13511289	2	18.0	2	94	0	63	47	2	0	50	1.15
13514283--13514320	20	1.9	20	94	0	67	31	21	10	36	1.87
13515013--13515053	9	4.3	9	85	11	55	39	2	0	58	1.11
13520412--13520535	3	41.3	3	95	0	221	66	0	31	1	1.01
13525271--13525298	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
13528173--13528222	24	2.2	23	89	7	75	34	4	6	56	1.43
13531807--13531860	18	3.0	18	76	7	65	46	1	9	42	1.46
13532063--13532087	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
13532982--13533017	18	2.0	18	94	0	63	41	0	5	52	1.24
13538529--13538553	11	2.3	11	100	0	50	76	0	8	16	1.02
13538503--13538552	15	3.3	15	80	8	57	78	0	8	14	0.97
13539361--13539686	45	7.3	43	70	13	171	30	22	17	30	1.96
13539361--13539472	44	2.5	45	79	4	120	32	24	16	27	1.96
13539304--13539611	96	3.3	94	71	14	271	30	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13552700--13552775	38	2.0	38	97	0	143	10	25	2	61	1.41
13558033--13558291	91	2.9	91	84	3	326	30	24	16	28	1.97
13563620--13563645	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
13576500--13576557	11	5.5	11	82	17	70	20	1	1	75	0.97
13576500--13576557	21	2.7	23	78	21	72	20	1	1	75	0.97
13576497--13576554	29	2.0	29	87	12	84	18	3	1	75	1.03
13576508--13576557	18	2.6	19	82	17	68	20	2	2	76	0.99
13578493--13578535	6	7.3	6	84	5	52	16	0	6	76	0.99
13581849--13581942	42	2.2	42	98	0	179	26	27	27	18	1.98
13593356--13593383	12	2.3	12	100	0	56	46	14	7	32	1.71
13600179--13600414	41	5.8	41	78	3	224	18	17	25	37	1.93
13600179--13600412	82	2.9	82	81	2	281	18	17	26	38	1.93
13600179--13600414	123	1.9	122	80	6	271	18	17	25	37	1.93
13608405--13608429	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
13608739--13608770	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
13627888--13627939	19	2.7	20	81	3	61	23	15	19	42	1.89
13645288--13645315	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
13646092--13646122	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
13650445--13650475	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
13651350--13651570	111	2.0	111	93	0	379	33	17	15	33	1.91
13652002--13652031	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
13653817--13654047	44	5.2	44	88	1	329	24	25	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13662543--13662572	14	2.1	14	100	0	60	40	13	26	20	1.89
13665814--13666034	111	2.0	111	98	0	424	32	16	17	33	1.93
13667891--13667923	17	1.9	17	88	11	50	18	0	6	75	1.00
13674167--13674233	29	2.3	29	84	5	82	22	16	17	43	1.88
13677011--13677053	18	2.3	19	88	4	61	53	0	23	23	1.46
13677011--13677054	19	2.4	18	88	3	61	52	0	22	25	1.48
13683990--13684094	43	2.4	43	81	9	124	28	27	18	25	1.98
13684994--13685050	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
13686878--13686935	24	2.4	24	91	0	98	34	10	24	31	1.89
13687476--13687868	44	8.6	44	73	11	231	30	19	21	28	1.98
13687385--13687975	230	2.6	230	89	0	896	30	17	21	29	1.97
13687701--13687904	88	2.3	91	80	8	213	30	17	21	29	1.96
13689639--13689669	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13690912--13690994	42	1.9	43	85	9	116	37	6	1	55	1.32
13691382--13691524	72	2.0	72	93	2	243	27	18	18	34	1.95
13695888--13695994	25	4.3	25	90	0	151	16	28	20	34	1.95
13695906--13696004	50	2.0	49	87	2	126	19	25	20	35	1.95
13704012--13704340	43	7.7	43	87	5	418	22	19	27	30	1.98
13707344--13707376	16	2.1	16	100	0	66	18	18	12	51	1.76
13707420--13707449	16	1.9	15	93	6	51	30	13	3	53	1.56
13709386--13709534	69	2.2	68	85	1	190	39	6	16	37	1.74
13711254--13711322	33	2.1	33	89	5	104	28	26	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13711258--13711322	11	5.9	11	82	8	71	29	27	0	43	1.56
13711319--13711375	29	2.0	29	86	6	80	38	3	5	52	1.41
13713431--13713479	21	2.3	21	82	6	64	30	40	22	6	1.78
13713743--13713863	61	2.0	61	86	0	170	30	10	4	53	1.56
13716902--13717320	126	3.3	126	93	1	705	27	21	18	31	1.97
13717415--13717441	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
13730167--13730196	7	4.1	7	95	4	51	53	0	0	46	1.00
13733177--13733207	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13733261--13733288	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
13734312--13734337	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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