genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  65  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18299597--18299658	4	14.0	4	80	15	61	67	0	4	27	1.10
18299597--18299658	19	3.4	18	84	6	81	67	0	4	27	1.10
18299597--18299656	22	2.6	22	80	19	70	66	0	5	28	1.12
18300392--18300446	24	2.2	26	78	18	64	40	0	16	43	1.48
18300879--18300927	22	2.3	20	80	16	55	46	2	22	28	1.63
18305653--18305697	24	1.9	24	86	4	65	4	22	15	57	1.56
18317062--18317114	2	26.5	2	96	0	97	50	0	0	49	1.00
18318935--18319032	28	3.5	28	83	6	119	28	27	12	31	1.93
18320676--18320709	18	1.9	17	88	5	50	76	0	11	11	1.02
18321173--18321205	7	4.7	7	100	0	66	45	12	0	42	1.41
18330474--18330535	30	2.1	30	100	0	124	27	3	30	38	1.72
18333411--18333449	20	2.0	20	89	0	60	7	28	20	43	1.79
18334391--18334444	24	2.2	24	87	6	74	22	31	29	16	1.96
18335087--18335190	33	3.2	33	65	20	81	25	4	21	48	1.70
18374331--18376424	555	3.8	553	90	2	3208	26	20	10	42	1.84
18378794--18381170	538	4.4	544	84	4	2964	27	19	10	42	1.84
18380950--18381382	227	1.9	230	91	3	725	31	13	12	42	1.83
18378798--18381254	539	4.5	528	76	10	1870	27	19	10	42	1.84
18381177--18383325	532	4.0	538	85	4	2708	26	20	10	42	1.84
18397747--18397783	18	2.1	18	94	0	65	54	13	5	27	1.61
18397832--18397876	19	2.5	19	85	7	58	24	28	2	44	1.66
18402820--18402996	39	4.5	39	74	6	121	19	19	21	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18403220--18403258	21	1.9	21	89	5	62	61	7	30	0	1.24
18419786--18419826	22	1.9	21	85	5	55	9	17	0	73	1.09
18420338--18420392	21	2.6	21	77	11	58	27	21	18	32	1.96
18423034--18423103	29	2.4	29	83	4	97	42	10	25	21	1.84
18423092--18423227	30	4.6	30	76	8	125	39	13	27	19	1.89
18423080--18423254	30	5.9	30	74	7	106	41	13	24	20	1.89
18423071--18423282	90	2.4	88	81	4	246	38	14	25	22	1.91
18429003--18429033	12	2.6	12	94	0	53	9	19	45	25	1.81
18449573--18449683	34	3.3	34	87	2	125	19	10	32	36	1.87
18449597--18449688	34	2.7	34	89	0	139	18	14	33	33	1.91
18457786--18457810	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
18458073--18458210	70	2.0	70	100	0	276	43	17	4	34	1.69
18458499--18458530	16	2.0	16	93	0	55	25	0	3	71	1.00
18459577--18459639	5	12.2	5	75	21	51	76	0	1	22	0.88
18459570--18459639	13	5.8	12	82	14	83	75	0	1	22	0.88
18459562--18459639	25	3.1	25	80	12	88	74	1	2	21	1.01
18459573--18459640	30	2.3	31	85	14	90	75	0	1	23	0.89
18459570--18459638	17	4.1	16	79	20	70	75	0	1	23	0.89
18459570--18459633	4	15.5	4	79	20	62	75	0	1	23	0.90
18465921--18465983	3	21.0	3	90	0	99	68	0	31	0	0.90
18467007--18467050	2	22.0	2	95	0	79	0	0	47	52	1.00
18467879--18467925	18	2.7	18	87	9	62	36	0	2	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18470137--18470177	14	2.8	14	85	7	55	41	0	4	53	1.22
18480660--18480868	80	2.6	80	85	7	264	39	18	17	24	1.92
18480660--18480853	27	7.2	27	90	4	261	39	18	18	24	1.92
18480660--18480870	107	2.0	107	83	8	268	39	18	17	24	1.91
18482135--18482169	18	2.0	17	94	5	61	31	0	22	45	1.53
18483851--18483896	16	2.7	17	80	10	58	65	0	2	32	1.05
18483929--18483979	24	2.1	25	85	10	70	56	3	0	39	1.18
18484171--18484207	18	2.1	18	90	5	58	59	0	2	37	1.12
18492524--18492595	22	3.3	22	88	0	108	34	15	23	26	1.94
18496072--18496185	57	2.0	58	84	8	153	24	21	6	48	1.73
18497555--18497595	19	2.2	19	86	0	55	41	0	14	43	1.45
18500010--18500043	16	2.1	17	88	5	52	35	11	2	50	1.54
18502351--18502401	8	6.4	8	81	0	57	50	5	0	43	1.26
18507014--18507094	29	2.8	29	85	5	103	27	6	12	54	1.61
18519093--18519156	24	2.7	24	92	0	101	42	6	28	23	1.78
18519236--18519279	21	2.1	21	86	0	61	18	11	15	54	1.70
18519239--18519388	42	3.6	42	78	3	149	16	18	18	46	1.84
18525793--18525844	20	2.6	20	75	6	52	69	1	3	25	1.16
18528909--18528933	10	2.5	10	100	0	50	20	8	28	44	1.79
18529391--18529436	9	4.8	10	79	15	53	60	0	0	39	0.97
18532111--18532214	49	2.1	49	87	1	147	28	8	10	51	1.66
18533861--18533894	14	2.4	14	90	0	50	26	0	5	67	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18533991--18534224	121	1.9	122	95	0	425	44	0	4	50	1.29
18534156--18534202	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
18534153--18534269	41	2.7	40	73	20	101	43	0	1	53	1.16
18534362--18534454	44	2.1	44	87	4	132	37	30	4	27	1.76
18538418--18538468	22	2.3	22	89	0	84	49	11	15	23	1.78
18544147--18544197	26	2.0	26	84	7	68	60	9	5	23	1.50
18545897--18545934	15	2.5	15	87	8	51	65	10	0	23	1.23
18551851--18551883	16	2.0	17	88	5	50	18	3	12	66	1.36
18553376--18553409	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
18553695--18553737	20	2.2	20	91	0	68	55	6	20	16	1.64
18555664--18555726	5	13.2	5	72	21	55	39	0	0	60	0.97
18555664--18555726	30	2.0	32	85	11	87	39	0	0	60	0.97
18555675--18555724	17	2.9	18	80	8	52	40	0	0	60	0.97
18556896--18556936	17	2.3	18	87	8	57	4	29	7	58	1.46
18558285--18558367	23	3.7	23	69	15	82	15	8	20	55	1.66
18558297--18558454	45	3.8	44	78	16	208	16	7	20	55	1.65
18558353--18558471	12	9.2	12	72	18	80	13	6	22	57	1.60
18558365--18558490	23	5.5	23	73	11	123	14	6	22	57	1.60
18558285--18558459	80	2.2	80	95	0	314	15	7	21	56	1.64
18558438--18558477	12	3.3	12	83	13	55	5	5	25	65	1.34
18558470--18558511	21	2.1	20	91	8	68	16	4	19	59	1.54
18558539--18558572	12	2.8	12	95	0	59	8	2	26	61	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18558571--18558612	21	2.1	20	91	8	68	16	4	19	59	1.54
18559482--18559513	15	2.1	15	100	0	64	25	0	0	75	0.81
18559367--18559773	130	3.2	127	91	4	666	44	5	2	47	1.40
18559726--18559760	14	2.6	14	95	4	63	31	0	0	68	0.90
18562104--18562207	49	2.1	49	92	0	172	30	8	10	50	1.67
18563809--18563851	8	5.0	8	78	15	50	67	2	0	30	1.03
18563778--18563860	27	3.0	27	84	10	96	67	1	1	30	1.06
18563780--18563828	19	2.6	18	83	3	62	73	0	2	24	0.94
18564042--18564098	19	3.1	18	76	19	55	26	12	1	59	1.43
18564102--18564173	29	2.4	31	81	9	87	31	5	1	61	1.28
18564102--18564274	10	17.5	10	66	15	67	37	3	0	58	1.20
18564102--18564174	30	2.5	30	78	12	80	32	5	1	60	1.28
18564148--18564186	19	2.0	20	85	5	53	51	0	0	48	1.00
18564160--18564264	30	3.5	29	78	8	104	40	1	0	57	1.10
18565285--18565475	61	3.1	61	96	0	337	49	7	1	41	1.41
18566599--18566633	17	2.1	17	100	0	70	28	17	22	31	1.96
18570036--18570760	368	2.0	368	92	0	1218	36	15	19	28	1.92
18576910--18576936	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
18580544--18580596	23	2.5	21	78	9	54	39	0	7	52	1.30
18582308--18582345	9	4.2	9	100	0	76	26	42	0	31	1.56
18592228--18592292	16	4.1	16	91	0	112	38	4	35	21	1.74
18592271--18592361	45	2.0	44	89	6	139	31	5	28	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18592506--18592547	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18592515--18592556	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18593553--18594358	401	2.0	401	99	0	1594	40	18	16	23	1.90
18599877--18599916	21	1.9	21	89	0	62	25	25	35	15	1.94
18608826--18608868	18	2.4	19	80	11	54	25	2	0	72	0.97
18616777--18616809	13	2.5	13	95	0	57	51	18	0	30	1.46
18624583--18624634	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
18624570--18624625	13	4.5	13	80	13	73	48	16	0	35	1.46
18628160--18628193	4	8.5	4	100	0	68	52	0	0	47	1.00
18630318--18630364	20	2.4	19	85	3	67	61	2	2	34	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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