genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  195  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58996494--58996528	17	2.1	17	88	0	52	48	17	20	14	1.81
58997075--58997116	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
58998331--58998370	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
59005905--59005950	24	2.0	23	84	16	60	13	15	15	56	1.68
59008887--59008917	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
59019192--59019218	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59026086--59026120	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
59027787--59027841	13	4.2	13	76	19	60	47	10	0	41	1.39
59041032--59041063	6	5.3	6	100	0	64	65	0	0	34	0.93
59041856--59042005	77	2.0	76	90	4	239	35	6	14	44	1.71
59042765--59042833	20	3.5	19	77	15	70	57	5	0	36	1.22
59042769--59042849	20	4.0	20	76	12	67	55	4	0	39	1.21
59045374--59045427	19	2.9	19	89	8	76	53	9	0	37	1.33
59047352--59047382	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
59048238--59048317	3	26.3	3	87	7	108	32	1	2	63	1.15
59060842--59060882	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
59061027--59061310	43	6.6	43	74	10	195	29	22	21	26	1.99
59061075--59061187	41	2.7	41	81	4	127	30	16	23	30	1.96
59061026--59061501	44	10.9	45	70	13	189	30	21	22	26	1.98
59061031--59061501	217	2.2	217	91	2	750	29	21	22	26	1.98
59064490--59064868	28	13.6	28	82	9	427	32	1	21	45	1.60
59064720--59064797	33	2.4	33	95	0	138	30	0	23	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59064755--59064820	23	2.8	23	88	2	96	28	0	24	46	1.52
59064486--59064868	113	3.4	111	80	10	453	32	1	21	44	1.60
59064504--59064868	136	2.6	132	75	19	384	32	1	20	45	1.60
59068652--59068678	10	2.7	10	100	0	54	92	0	0	7	0.38
59069707--59069751	24	1.9	23	86	13	65	71	2	17	8	1.23
59069794--59069866	12	6.1	12	73	17	53	61	1	24	12	1.39
59074118--59074151	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
59074348--59074389	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
59074390--59074460	22	3.2	23	84	7	94	36	1	28	33	1.66
59076390--59076455	31	2.2	30	83	8	80	27	4	16	51	1.64
59089471--59089531	16	3.4	19	72	22	51	49	0	26	24	1.51
59093609--59093642	17	2.1	16	94	5	59	23	35	0	41	1.55
59095635--59095686	2	26.5	2	92	3	88	51	0	0	48	1.00
59096152--59096177	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
59096244--59096272	11	2.7	11	94	5	51	89	0	10	0	0.48
59112053--59112078	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59115147--59115198	26	2.0	26	85	7	70	50	3	0	46	1.20
59115157--59115237	38	2.1	39	82	11	96	49	1	0	49	1.08
59115145--59115210	25	2.6	25	81	9	64	53	3	0	43	1.16
59115246--59115278	13	2.4	14	85	10	50	45	0	0	54	0.99
59115307--59115363	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
59116139--59116210	30	2.4	30	90	0	117	38	8	15	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59121075--59121139	31	2.1	30	85	2	85	35	13	12	38	1.83
59129278--59129434	60	2.6	60	80	7	172	15	15	18	50	1.78
59132436--59132754	161	2.0	161	97	0	602	30	12	18	38	1.88
59135815--59135899	9	9.2	9	84	5	116	35	32	11	20	1.89
59135813--59135902	29	3.2	29	85	6	130	37	31	11	20	1.87
59136549--59136620	37	2.0	37	83	8	94	48	13	4	33	1.62
59136649--59136707	24	2.5	24	91	0	91	28	28	0	42	1.56
59140159--59140192	16	2.1	16	100	0	68	50	11	0	38	1.39
59140159--59140202	16	2.6	16	89	7	52	47	11	0	40	1.39
59141059--59141098	16	2.5	16	91	0	62	27	5	32	35	1.79
59143316--59143402	25	3.5	25	88	0	129	21	21	16	40	1.91
59145730--59145889	85	1.9	85	82	0	203	27	15	19	38	1.91
59147064--59147115	21	2.5	21	96	0	95	32	17	21	28	1.96
59150917--59151105	70	2.8	67	85	6	258	42	6	7	43	1.58
59160264--59160294	14	2.2	14	94	0	53	48	0	6	45	1.28
59163153--59163204	24	2.3	22	75	18	54	71	0	9	19	1.13
59164199--59164377	75	2.4	75	81	5	220	23	25	24	26	2.00
59165521--59165556	18	2.0	18	94	0	63	33	13	22	30	1.93
59174648--59174705	29	2.0	30	86	6	84	44	13	10	31	1.78
59184090--59184129	20	2.0	20	90	0	62	45	5	30	20	1.72
59186437--59186503	32	2.1	32	94	0	116	38	17	25	17	1.92
59188291--59188324	10	3.4	10	83	0	50	79	5	0	14	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59196527--59196560	3	11.3	3	87	0	50	61	0	5	32	1.20
59197944--59198144	44	4.7	44	70	9	171	24	20	22	32	1.98
59197932--59198190	128	2.0	128	93	0	446	24	20	23	31	1.98
59197945--59198171	44	5.3	43	69	9	140	22	21	22	33	1.97
59198154--59198277	43	2.9	43	76	1	122	26	24	16	32	1.96
59197958--59198231	128	2.1	127	85	4	336	26	21	20	31	1.98
59198740--59198797	24	2.4	24	91	0	89	31	27	8	32	1.87
59199738--59199780	15	2.9	14	80	13	50	6	13	0	79	0.93
59199740--59199787	21	2.3	20	89	7	69	4	14	0	81	0.84
59203646--59203676	16	1.9	16	100	0	62	54	0	6	38	1.26
59204212--59204397	41	4.5	41	93	0	309	30	19	26	23	1.98
59205678--59205711	12	2.8	12	95	0	59	8	20	29	41	1.82
59207600--59207666	33	2.0	33	100	0	134	32	16	14	35	1.90
59208439--59208481	23	2.0	22	90	9	70	48	0	9	41	1.35
59208575--59208617	3	14.3	3	85	0	59	60	0	6	32	1.23
59211303--59211630	128	2.6	124	84	6	403	32	16	10	40	1.82
59211169--59211632	128	3.6	127	74	9	393	31	15	9	43	1.79
59216115--59216166	13	4.1	13	73	14	54	61	7	17	13	1.54
59216950--59216987	20	1.9	20	100	0	76	65	5	15	13	1.43
59218834--59218882	22	2.2	22	100	0	98	36	8	12	42	1.72
59218880--59218916	19	2.1	17	90	10	56	54	0	5	40	1.24
59222017--59222095	36	2.2	36	86	0	113	21	18	11	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59233411--59233444	17	2.1	17	88	5	52	14	0	23	61	1.33
59234229--59234358	35	3.7	35	84	4	172	36	16	20	26	1.93
59235993--59236046	27	2.0	27	96	0	99	33	14	5	46	1.68
59236007--59236364	179	2.0	179	97	0	671	38	15	11	34	1.83
59238532--59238558	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
59242337--59242398	31	2.0	31	100	0	124	29	9	19	41	1.83
59246272--59246325	26	2.2	24	90	6	81	24	9	9	57	1.59
59246505--59246583	31	2.5	31	83	0	104	24	13	13	48	1.79
59246748--59246794	18	2.6	17	80	12	51	34	0	0	65	0.93
59246952--59247036	43	2.0	43	97	0	161	20	30	28	21	1.98
59253578--59253637	5	12.0	5	100	0	120	60	0	0	40	0.97
59255862--59255952	25	3.6	25	79	4	94	21	24	7	46	1.78
59258202--59258231	6	5.0	6	91	0	51	63	0	20	16	1.31
59258202--59258235	12	2.8	12	90	0	59	64	0	20	14	1.28
59258376--59258449	25	2.9	25	86	7	96	44	9	13	32	1.76
59261477--59261571	24	3.9	25	75	9	88	37	21	23	17	1.94
59262136--59262176	21	2.0	21	90	0	64	36	24	4	34	1.77
59269983--59270033	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
59271357--59271556	105	1.9	101	86	4	283	32	17	24	27	1.96
59271392--59271586	105	1.9	105	83	2	257	33	17	23	25	1.97
59274331--59274356	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
59276093--59276297	41	5.0	41	81	8	159	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59277718--59277938	27	8.2	27	81	2	237	36	20	20	23	1.95
59277718--59277928	81	2.6	81	84	3	280	35	21	19	23	1.96
59277960--59278022	24	2.6	24	82	0	72	22	7	25	44	1.79
59278192--59278364	32	5.4	32	85	3	206	21	21	18	38	1.94
59278356--59278407	22	2.4	22	80	0	59	17	15	19	48	1.82
59279883--59279914	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59280925--59280974	25	2.0	25	100	0	100	56	8	12	24	1.62
59282430--59282461	16	1.9	17	93	6	57	9	34	6	50	1.60
59283575--59283617	21	2.0	21	82	8	52	44	9	13	32	1.76
59285423--59285502	39	2.1	39	100	0	160	35	12	20	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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