genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11433175--11433263	30	3.0	28	86	6	79	6	11	57	24	1.58
11433139--11433211	18	4.1	18	68	7	58	10	6	58	23	1.55
11434016--11434053	19	2.0	19	85	10	51	52	5	2	39	1.38
11434090--11434129	19	2.1	19	86	9	55	72	0	0	27	0.85
11436796--11436831	17	2.1	18	94	5	65	36	16	22	25	1.94
11438069--11438106	18	2.1	18	85	9	51	36	2	2	57	1.26
11438644--11438722	36	2.3	35	91	8	128	49	2	6	41	1.42
11438893--11438957	29	2.3	29	81	7	71	36	3	10	49	1.53
11439454--11439531	24	3.3	22	74	16	59	29	1	2	66	1.13
11447455--11448366	96	9.7	95	73	11	517	32	15	21	31	1.94
11447455--11448002	45	11.6	45	73	9	315	32	14	21	31	1.93
11447546--11448002	141	3.2	141	87	0	601	33	13	20	32	1.92
11448011--11448110	44	2.3	44	82	0	119	31	16	23	30	1.96
11448218--11448409	44	4.4	44	78	3	147	30	18	21	29	1.97
11448920--11448957	18	2.2	17	90	4	58	78	2	5	13	1.02
11448991--11449024	13	2.5	13	90	4	50	20	5	0	73	1.04
11450048--11450073	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
11462286--11462319	16	2.1	16	94	0	59	29	11	2	55	1.50
11462421--11462586	42	4.0	42	82	4	176	25	14	25	33	1.94
11462491--11462622	42	3.2	41	83	10	126	28	15	25	31	1.95
11462428--11462606	84	2.1	84	81	6	202	27	14	25	32	1.94
11469117--11469170	16	3.4	16	87	5	74	57	0	24	18	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11481989--11482016	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11483332--11483510	89	2.0	89	97	0	340	32	24	9	34	1.87
11486874--11486923	20	2.4	21	86	3	66	14	36	26	24	1.93
11486875--11486923	21	2.4	20	86	3	62	14	36	26	22	1.92
11487367--11487543	87	2.0	87	82	2	212	23	20	17	38	1.93
11493004--11493047	21	2.0	22	83	12	56	29	13	9	47	1.74
11496110--11496171	33	2.0	31	87	9	83	43	11	8	37	1.70
11497710--11497772	3	21.0	3	96	0	117	34	0	0	65	0.93
11497846--11497872	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39
11500683--11500832	41	3.7	41	90	0	237	24	28	18	28	1.98
11502468--11502492	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
11511290--11511326	16	2.3	16	90	0	56	59	10	16	13	1.61
11512932--11513191	23	11.1	23	77	5	234	42	18	13	25	1.86
11512912--11513191	71	4.0	71	88	1	420	42	18	12	26	1.86
11512873--11513191	141	2.3	142	90	3	493	42	18	12	26	1.86
11513849--11513916	28	2.4	28	90	0	100	30	25	11	32	1.91
11515126--11515496	138	2.7	138	78	5	410	32	16	22	27	1.96
11515398--11515586	44	4.3	44	75	5	123	32	16	22	28	1.96
11517277--11517345	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
11517418--11517444	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39
11517528--11517574	22	2.1	22	85	14	62	23	6	4	65	1.33
11531449--11531523	32	2.3	34	76	6	82	53	2	4	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11533451--11533646	42	4.7	42	74	0	158	23	25	34	16	1.95
11535107--11535160	17	3.2	16	78	17	56	70	7	5	16	1.30
11539299--11539348	21	2.2	21	82	10	55	36	10	4	50	1.55
11547738--11547777	1	40.0	1	84	0	53	0	0	7	92	0.38
11547726--11547764	20	2.0	20	84	0	51	2	5	5	87	0.75
11547738--11547777	12	3.4	12	93	6	73	0	0	7	92	0.38
11547738--11547777	11	3.5	11	96	3	71	0	0	7	92	0.38
11551624--11551670	16	2.7	18	80	16	62	59	0	8	31	1.27
11551653--11551749	25	3.6	25	72	16	72	59	5	4	30	1.38
11553374--11553407	11	3.0	11	87	8	50	85	2	11	0	0.71
11553376--11553408	17	2.0	16	94	5	57	84	6	9	0	0.76
11579894--11580077	45	4.1	44	84	8	246	41	20	17	20	1.90
11579878--11580077	90	2.2	90	86	5	287	41	19	18	20	1.91
11579932--11580104	45	4.2	39	83	9	125	39	20	19	20	1.92
11587210--11587263	23	2.3	23	96	0	99	42	3	0	53	1.18
11587709--11587786	29	2.7	28	77	13	86	60	7	3	28	1.42
11588627--11588679	25	2.2	24	86	3	70	47	0	15	37	1.45
11589350--11589374	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
11592829--11593118	50	5.7	50	81	3	296	27	22	28	21	1.99
11595579--11595616	17	2.2	17	100	0	76	15	18	18	47	1.83
11611849--11611945	26	3.8	25	72	21	76	30	2	4	62	1.25
11611871--11612001	52	2.5	52	82	11	153	32	3	3	59	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11611933--11611998	25	2.5	25	79	16	71	33	4	4	57	1.39
11611974--11612053	27	3.0	26	75	10	72	30	5	6	58	1.44
11611907--11612117	106	2.0	106	80	9	234	28	4	5	61	1.38
11611913--11612113	26	7.7	26	73	11	106	29	3	5	61	1.37
11611862--11612113	53	4.8	52	75	9	178	29	3	5	61	1.37
11620278--11620394	61	1.9	61	91	3	191	29	28	20	22	1.98
11625615--11625681	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
11626960--11627001	19	2.2	20	83	12	52	57	2	0	40	1.12
11627960--11627993	16	2.2	16	89	5	52	29	5	8	55	1.54
11628533--11628611	36	2.3	36	80	10	94	50	1	0	48	1.08
11630577--11630619	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
11630870--11631007	66	2.1	66	90	4	217	43	9	13	34	1.76
11633398--11633445	25	2.0	24	91	4	78	16	29	16	37	1.91
11633560--11633607	24	2.0	25	87	4	71	16	18	22	41	1.90
11636397--11636484	20	4.4	20	73	11	72	25	18	37	19	1.94
11636397--11636485	40	2.2	40	82	4	99	24	17	37	20	1.94
11639994--11640345	126	2.8	126	89	2	548	29	16	21	31	1.96
11643337--11643647	43	7.3	43	77	6	222	29	30	17	23	1.97
11643337--11643630	86	3.5	86	78	4	276	28	30	17	23	1.97
11647154--11647188	16	2.2	16	89	0	52	45	20	14	20	1.85
11647963--11648007	20	2.2	21	92	4	74	13	0	4	82	0.82
11647969--11648007	12	3.3	11	83	16	51	12	0	2	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11648364--11648401	7	5.4	7	87	0	58	28	50	0	21	1.49
11648356--11648401	21	2.2	21	92	0	74	28	47	0	23	1.52
11648591--11648646	24	2.3	24	82	11	78	58	1	1	37	1.19
11648720--11648800	21	3.8	21	73	11	67	39	37	0	23	1.55
11648751--11648792	14	2.9	14	89	6	66	35	38	0	26	1.57
11648747--11648793	15	3.3	15	88	8	71	40	34	0	25	1.56
11649367--11649439	19	3.8	19	73	14	60	46	10	9	32	1.71
11649241--11649444	18	11.6	18	71	17	124	46	10	11	31	1.75
11649435--11649476	21	2.0	22	90	4	68	42	2	14	40	1.58
11649748--11649802	21	2.8	18	77	20	56	40	9	14	36	1.78
11649799--11649914	17	6.6	17	71	14	85	48	10	13	27	1.75
11649807--11649857	20	2.7	18	82	11	66	47	7	13	31	1.72
11649977--11650015	17	2.2	18	90	4	62	56	10	10	23	1.63
11649799--11650015	18	11.7	18	71	15	115	47	10	11	30	1.73
11649933--11650060	45	2.8	45	79	11	145	47	11	12	28	1.76
11650011--11650099	18	5.0	17	70	10	54	39	11	13	35	1.80
11650011--11650100	17	5.0	18	69	11	60	38	11	13	36	1.80
11650011--11650067	20	3.0	20	64	26	50	40	10	14	35	1.80
11650157--11650202	17	2.6	17	80	12	58	45	4	15	34	1.66
11650979--11651018	19	2.0	20	85	4	55	0	32	50	17	1.47
11651025--11651085	11	5.4	11	75	14	61	0	26	0	73	0.83
11651044--11651096	3	16.0	3	81	14	52	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11651029--11651096	23	3.0	23	85	6	84	0	29	0	70	0.87
11651216--11651245	15	1.9	16	93	6	53	0	10	3	86	0.67
11651215--11651247	16	2.0	17	94	5	59	0	9	6	84	0.76
11651410--11651509	29	3.4	29	81	9	112	38	4	28	30	1.75
11651409--11651524	59	2.0	59	87	3	171	38	5	25	30	1.78
11651410--11651511	30	3.4	30	83	5	127	37	3	28	30	1.75
11651429--11651524	30	3.2	30	86	2	140	38	4	26	31	1.75
11651526--11651551	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
11651924--11652162	41	5.8	40	83	3	253	28	29	19	22	1.98
11651924--11652158	123	1.9	122	82	0	290	28	28	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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