genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  99  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28918539--28918611	27	2.7	25	75	14	65	27	5	1	65	1.22
28918783--28918878	43	2.2	43	88	0	138	18	18	34	28	1.95
28918975--28919017	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
28921903--28921957	26	2.1	26	96	0	101	36	5	16	41	1.71
28922280--28922520	41	5.9	41	88	2	342	20	23	24	31	1.98
28927659--28927713	21	2.6	21	100	0	110	29	18	18	34	1.94
28928024--28928067	23	2.0	22	86	4	61	31	0	13	54	1.39
28928094--28928140	13	3.6	13	72	11	51	38	4	4	53	1.40
28928086--28928138	26	2.0	26	100	0	106	39	3	7	49	1.49
28928242--28928551	43	7.3	43	92	1	489	24	19	30	25	1.98
28928242--28928551	85	3.6	86	91	1	489	24	19	30	25	1.98
28928242--28928551	128	2.4	128	91	3	489	24	19	30	25	1.98
28931618--28931672	27	2.1	26	82	3	65	27	25	20	27	1.99
28934039--28934306	54	5.0	54	83	2	297	21	30	20	27	1.98
28934054--28934306	108	2.3	108	87	0	353	20	31	20	27	1.97
28935504--28935536	11	2.8	12	90	4	50	21	3	0	75	0.93
28940167--28940199	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
28940828--28940964	41	3.3	41	97	0	256	29	18	21	29	1.97
28940828--28941013	41	4.6	40	87	4	230	27	19	23	29	1.98
28946967--28947014	24	2.0	23	84	11	62	72	0	16	10	1.10
28955631--28955742	57	2.0	57	84	7	147	30	16	6	46	1.72
28959489--28959548	5	11.4	5	96	1	93	18	3	0	78	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28964728--28965857	566	2.0	563	93	0	1947	31	17	16	34	1.93
28969611--28969651	20	2.0	20	90	0	64	73	7	2	17	1.17
28969679--28969723	21	2.1	21	80	8	56	48	0	6	44	1.29
28969687--28969789	40	2.6	40	79	11	95	52	2	3	40	1.35
28969712--28969817	39	2.7	39	82	4	106	53	3	5	36	1.42
28970401--28970425	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
28987270--28987330	30	2.0	31	90	3	97	50	19	14	14	1.77
28988223--28988309	34	2.6	34	81	3	104	37	32	10	19	1.86
28993912--28993948	18	2.1	18	94	0	65	29	10	24	35	1.89
29000627--29000660	15	2.3	15	89	0	50	20	0	0	79	0.73
29001104--29001161	30	2.0	30	82	3	73	58	1	6	32	1.35
29001302--29001351	26	1.9	26	84	8	66	58	0	4	38	1.17
29001558--29001623	13	5.1	13	69	7	53	34	6	25	33	1.81
29001792--29001853	30	2.1	30	87	6	90	50	0	3	46	1.17
29001833--29001901	31	2.2	33	84	10	90	52	1	1	44	1.19
29004240--29004277	13	2.8	13	85	14	51	7	10	0	81	0.87
29004778--29004810	12	2.6	13	95	4	59	75	0	18	6	1.00
29011123--29011218	46	2.1	46	94	3	167	32	10	11	45	1.74
29019339--29019367	14	2.1	14	93	6	51	65	0	27	6	1.18
29020975--29021043	34	2.0	34	91	0	111	20	2	27	49	1.63
29026304--29026364	24	2.6	24	75	12	63	49	1	1	47	1.21
29028779--29028822	19	2.2	19	84	8	52	22	13	2	61	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29033181--29033213	16	1.9	18	88	11	52	60	3	0	36	1.12
29041538--29041594	26	2.2	26	83	0	69	33	19	7	40	1.78
29043891--29043919	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
29058815--29058849	8	4.5	8	89	3	54	14	2	0	82	0.77
29067061--29067101	18	2.3	18	91	4	66	56	9	9	24	1.62
29068142--29069193	45	23.4	45	86	1	1392	30	21	16	31	1.95
29071550--29071615	25	2.6	25	83	9	71	56	6	18	19	1.62
29075698--29075760	25	2.5	24	80	7	63	33	1	4	60	1.27
29077276--29077300	11	2.3	11	100	0	50	48	32	12	8	1.69
29078823--29078912	40	2.2	40	80	11	101	57	1	7	33	1.34
29079508--29079562	19	2.7	21	88	11	96	36	14	10	38	1.81
29094040--29094083	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
29095476--29095534	29	2.0	29	96	0	109	54	0	8	37	1.31
29095539--29095576	9	4.2	9	89	0	58	31	10	10	47	1.72
29099941--29099979	14	2.8	14	92	0	60	38	2	0	58	1.12
29106589--29106634	24	1.9	24	82	8	58	56	10	13	19	1.66
29118986--29119089	41	2.5	41	85	0	145	19	29	18	32	1.95
29121248--29121317	32	2.2	32	97	0	131	40	12	18	28	1.88
29124676--29124886	75	2.8	75	91	0	332	10	45	9	35	1.70
29124898--29124956	20	3.3	20	71	28	69	0	45	0	54	0.99
29124895--29125035	33	4.3	33	76	10	128	2	45	0	51	1.18
29124895--29125035	66	2.1	66	84	2	176	2	45	0	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29125012--29125053	15	2.7	15	92	3	66	4	52	4	38	1.44
29130118--29130179	23	2.7	23	85	2	81	50	1	1	46	1.20
29130155--29130194	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
29130210--29130451	68	3.7	63	94	4	357	40	4	9	45	1.57
29130267--29130294	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
29130183--29130421	68	3.5	68	98	1	455	39	4	8	47	1.54
29130335--29130362	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
29132770--29132853	7	12.0	7	85	7	109	79	0	1	19	0.79
29138495--29138544	16	2.9	17	76	8	57	46	2	4	48	1.32
29139920--29139999	40	2.0	40	100	0	160	27	17	20	35	1.95
29145758--29145784	8	3.4	8	100	0	54	44	33	0	22	1.53
29149075--29149104	15	1.9	16	93	6	53	26	3	10	60	1.45
29149853--29149884	12	2.7	12	95	0	55	34	37	0	28	1.57
29152232--29152655	138	3.1	136	90	3	650	47	5	7	40	1.54
29156493--29156539	21	2.2	21	92	0	76	51	19	4	25	1.65
29156608--29156676	26	2.7	26	97	0	129	21	23	30	24	1.99
29158393--29158715	58	5.6	58	79	7	280	39	21	13	25	1.90
29158393--29158706	116	2.7	114	81	5	319	39	21	13	25	1.90
29158405--29158773	29	12.8	29	72	9	247	39	20	15	25	1.91
29164110--29164194	25	3.4	25	73	12	93	30	18	20	30	1.96
29168668--29168715	20	2.5	20	83	10	55	39	16	0	43	1.48
29168868--29168971	41	2.7	39	76	7	104	31	23	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29169063--29169116	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
29170085--29170120	18	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
29170206--29170277	33	2.2	32	88	11	103	51	6	1	40	1.37
29179510--29179546	14	2.6	14	82	0	56	72	0	0	27	0.84
29193417--29193454	20	1.9	20	89	10	60	18	5	21	55	1.62
29199533--29199567	17	2.1	18	89	10	56	57	0	0	42	0.99
29200084--29200122	5	7.8	5	100	0	78	41	17	0	41	1.50
29199726--29200222	253	1.9	253	84	6	655	36	10	6	46	1.65
29200209--29200266	30	1.9	31	85	3	82	36	0	5	58	1.20
29200224--29200282	31	1.9	31	82	6	75	37	0	6	55	1.26
29204922--29204960	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
29207356--29207383	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
29213818--29213851	16	2.3	14	90	10	50	35	0	0	64	0.94
29223588--29223637	25	2.0	25	100	0	100	32	16	12	40	1.84
29227814--29227853	15	2.7	15	100	0	80	32	5	5	57	1.42
29237142--29237206	31	2.1	31	100	0	130	29	15	27	27	1.96
29242878--29242944	27	2.5	27	95	0	116	19	10	25	44	1.82
29257436--29257477	20	2.1	20	90	0	66	35	14	4	45	1.66
29258551--29258588	19	2.0	20	85	15	53	36	15	2	44	1.61
29267842--29267873	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
29268097--29268127	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
29268180--29268216	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29269225--29269250	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
29269550--29270028	252	1.9	243	84	5	609	46	7	7	39	1.60
29269868--29269913	19	2.5	20	80	19	57	47	4	0	47	1.21
29269885--29269929	17	2.8	17	84	15	60	44	4	4	46	1.43
29270298--29270330	17	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
29284043--29284178	52	2.6	52	90	0	200	29	12	22	35	1.91
29284627--29284666	17	2.4	17	86	0	53	17	10	32	40	1.83
29288835--29288957	22	5.8	20	73	12	84	47	19	17	15	1.82
29288856--29288957	22	4.6	22	77	0	87	49	19	15	15	1.80
29291350--29291382	16	2.1	16	94	0	57	36	6	0	57	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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