genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  51  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14427638--14427872	43	5.5	42	81	7	258	23	19	31	25	1.98
14428907--14428955	24	2.0	24	88	0	71	36	12	16	34	1.86
14442937--14443116	90	2.0	90	100	0	360	33	14	16	35	1.89
14446466--14446496	9	3.4	9	95	0	53	16	0	22	61	1.34
14450286--14450351	20	3.5	20	72	19	70	33	16	7	42	1.77
14456173--14456207	16	2.2	16	94	0	61	40	5	31	22	1.78
14456185--14456281	44	2.2	44	87	5	133	35	5	27	31	1.79
14456419--14456460	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14456428--14456469	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14456417--14456777	120	3.0	119	92	3	582	50	4	1	43	1.30
14456576--14456765	38	4.9	38	72	17	142	50	3	1	44	1.29
14456651--14456714	28	2.4	26	79	10	67	54	0	0	45	0.99
14460056--14460132	9	8.1	10	77	21	69	59	0	1	38	1.06
14460072--14460133	10	6.4	10	80	10	67	64	0	1	33	1.03
14460023--14460156	40	3.3	40	88	8	182	58	0	2	38	1.19
14460058--14460173	23	4.5	27	71	20	81	58	0	2	38	1.12
14460130--14460155	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
14463627--14463657	16	1.9	16	100	0	62	19	6	35	38	1.77
14464929--14464986	27	2.1	27	84	12	75	24	17	17	41	1.90
14470467--14470499	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
14477576--14477642	35	1.9	35	93	0	116	26	25	10	37	1.88
14483216--14483288	8	8.0	9	74	17	53	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14484735--14484810	37	2.1	37	87	0	107	44	21	10	23	1.83
14497519--14497584	27	2.4	27	84	0	87	33	24	12	30	1.91
14497567--14497618	27	2.0	26	88	3	77	34	17	15	32	1.91
14500975--14501046	36	2.0	36	100	0	144	27	11	30	30	1.91
14509393--14509432	19	2.0	20	85	4	55	65	5	2	27	1.27
14509531--14509601	29	2.4	29	77	11	74	45	4	1	49	1.30
14516302--14516337	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
14520749--14520775	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
14521534--14521654	40	3.0	39	79	11	97	25	16	23	33	1.96
14521552--14521656	40	2.5	43	79	11	119	26	16	23	33	1.96
14522294--14522335	11	3.8	11	75	12	50	23	4	21	50	1.68
14522283--14522330	22	2.2	22	92	0	78	25	8	22	43	1.81
14522247--14522430	69	2.7	69	88	3	273	22	10	20	46	1.81
14522363--14522404	11	3.8	11	87	0	66	26	2	21	50	1.61
14522352--14522406	22	2.5	22	90	0	83	25	7	21	45	1.77
14523500--14523524	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
14525568--14525602	18	2.0	18	88	5	54	42	8	0	48	1.33
14526831--14526928	38	2.6	38	93	0	160	33	20	16	29	1.94
14528201--14528289	2	44.5	2	100	0	178	49	0	50	0	1.00
14533143--14533241	52	1.9	52	83	6	130	40	19	4	36	1.70
14535405--14535438	17	2.0	17	88	0	50	29	0	11	58	1.33
14535862--14535914	22	2.5	21	79	8	63	20	5	30	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14537757--14537796	20	2.1	19	86	9	55	37	0	2	60	1.11
14539942--14539987	20	2.2	21	85	11	60	58	6	0	34	1.24
14539965--14540003	18	2.1	18	85	9	51	56	7	0	35	1.28
14557407--14557459	16	3.4	16	78	2	63	71	0	0	28	0.86
14557402--14557460	25	2.3	27	80	11	61	71	0	0	28	0.87
14563262--14563323	19	3.2	19	72	4	52	74	9	6	9	1.23
14563288--14563350	29	2.4	26	84	12	76	69	9	11	9	1.36
14564228--14564264	7	5.6	7	81	12	51	70	0	16	13	1.17
14564229--14564279	13	4.0	13	80	7	52	64	0	17	17	1.29
14565517--14565840	131	2.5	128	78	8	375	30	20	24	24	1.99
14565813--14566124	129	2.4	129	91	0	480	29	19	26	24	1.98
14566209--14566297	44	2.0	44	86	0	124	31	23	21	23	1.98
14566716--14566748	14	2.3	15	89	5	50	69	9	0	21	1.15
14566739--14566790	17	2.8	18	82	11	61	71	0	0	28	0.87
14566724--14566792	24	2.9	24	82	8	70	69	1	0	28	0.97
14570080--14570124	17	2.6	17	82	0	63	31	0	0	68	0.89
14570077--14570157	42	1.9	42	82	9	103	35	0	2	61	1.09
14574789--14574836	18	2.7	18	93	0	78	52	10	8	29	1.65
14583344--14583379	18	2.0	18	100	0	72	11	16	11	61	1.57
14584059--14584125	35	1.9	34	82	8	82	23	7	20	47	1.75
14584841--14584974	40	3.3	40	90	0	214	17	8	25	48	1.75
14586602--14586679	28	2.8	28	82	9	79	56	5	3	34	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14586810--14586937	35	3.7	34	75	9	116	52	1	9	36	1.43
14586923--14586951	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
14587033--14587071	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
14587362--14587407	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
14587362--14587420	22	2.7	22	82	7	66	40	16	5	37	1.71
14587376--14587446	21	3.4	20	82	11	72	40	15	8	35	1.78
14588246--14588453	44	4.7	44	83	3	231	28	27	15	27	1.96
14588453--14588680	88	2.6	88	87	0	330	20	23	28	27	1.99
14588665--14588953	44	6.5	44	78	7	264	29	25	16	28	1.97
14588682--14588953	132	2.1	133	94	0	474	29	26	15	28	1.96
14594650--14594685	3	12.3	3	88	5	56	30	2	0	66	1.06
14594651--14594688	17	2.2	17	95	0	67	31	2	0	65	1.06
14596391--14596425	17	2.1	17	88	0	52	80	2	5	11	1.00
14596669--14596703	17	2.1	17	100	0	70	54	0	11	34	1.37
14597196--14597241	22	2.1	22	84	8	58	8	13	2	76	1.11
14597798--14597848	2	25.5	2	80	7	50	43	3	1	50	1.31
14598303--14598331	13	2.1	14	93	6	51	34	6	6	51	1.55
14602979--14603016	7	5.4	7	84	12	51	73	0	15	10	1.09
14602977--14603009	14	2.4	14	95	5	59	66	0	18	15	1.25
14604302--14605298	132	7.5	132	78	6	761	29	17	24	28	1.97
14604702--14604984	44	6.4	44	80	2	228	32	14	23	28	1.95
14604657--14604911	134	1.9	134	87	0	375	30	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14604977--14605352	132	2.8	132	86	1	396	29	18	22	29	1.98
14606164--14606209	22	2.1	22	84	8	58	8	13	2	76	1.11
14606770--14606820	2	25.5	2	80	7	50	43	3	1	50	1.31
14607295--14607323	13	2.1	14	93	6	51	34	6	6	51	1.55
14608170--14608211	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17
14608524--14608570	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
14608562--14608587	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
14618282--14618328	23	2.1	22	84	7	60	27	0	19	53	1.45
14621712--14622473	17	43.1	17	73	11	486	45	11	12	30	1.77
14621745--14622475	18	41.3	17	72	11	433	46	11	12	29	1.77
14621746--14622475	35	20.6	34	75	10	495	46	11	12	29	1.77
14622240--14622273	16	2.2	16	89	5	52	61	5	2	29	1.34
14621738--14622473	53	13.8	54	73	11	512	45	11	12	30	1.77
14622627--14622674	22	2.2	22	88	3	71	41	6	8	43	1.60
14622671--14622715	20	2.3	20	88	7	67	37	2	13	46	1.55
14623029--14623099	10	6.9	10	77	6	61	0	21	0	78	0.74
14623033--14623092	32	1.9	31	86	10	86	0	25	0	75	0.81
14623050--14623092	18	2.2	20	88	8	63	0	27	0	72	0.85
14623032--14623102	21	3.6	19	77	17	65	0	22	0	77	0.77
14623027--14623100	11	6.5	11	72	9	51	0	21	0	78	0.75
14623209--14623268	24	2.5	24	81	13	79	5	8	6	80	1.03
14623207--14623265	22	2.6	22	86	7	75	5	8	5	81	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14623229--14623273	24	1.9	24	86	4	65	4	11	8	75	1.17
14623385--14623432	6	7.4	7	90	4	59	0	25	0	75	0.81
14623760--14623926	30	5.6	30	82	4	133	40	4	24	30	1.76
14623780--14623928	59	2.5	59	85	2	199	39	4	24	31	1.74
14623780--14623928	30	5.0	29	83	8	169	39	4	24	31	1.74
14624120--14624636	78	6.6	78	92	2	758	35	20	17	27	1.95
14629764--14629793	15	1.9	16	93	6	53	20	13	33	33	1.91
14633760--14633803	22	2.0	21	83	12	54	34	9	13	43	1.76
14633622--14634279	36	18.5	35	72	11	387	46	11	11	30	1.75
14634095--14634223	18	7.4	16	77	12	62	52	9	10	27	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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