genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10061471--10061521	10	5.3	10	75	17	54	31	0	1	66	1.03
10061196--10061525	19	16.8	19	67	19	94	34	0	5	59	1.25
10068340--10068374	14	2.5	14	90	9	54	31	5	14	48	1.67
10083094--10083141	23	2.1	23	84	7	62	70	6	8	14	1.31
10093479--10093547	25	2.8	25	84	4	77	34	15	14	34	1.89
10093831--10093871	19	2.3	19	87	8	59	48	12	0	39	1.41
10096410--10096507	11	9.3	11	70	12	80	23	29	2	44	1.64
10096410--10096472	33	1.9	33	90	6	101	23	30	1	44	1.63
10096432--10096531	51	2.0	51	90	4	157	26	26	2	46	1.64
10096532--10096571	19	2.1	19	95	0	71	47	0	0	52	1.00
10098332--10098374	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
10098795--10098891	49	2.0	49	100	0	194	41	2	9	47	1.47
10098862--10098923	31	2.0	31	96	0	115	24	3	9	62	1.40
10098813--10098972	80	2.0	80	95	0	284	35	2	8	53	1.45
10100234--10100331	11	9.3	11	67	12	62	23	28	3	44	1.68
10100222--10100273	22	2.3	23	86	3	70	23	26	1	48	1.62
10100234--10100296	33	1.9	33	87	6	92	23	28	3	44	1.69
10100256--10100355	51	2.0	51	86	4	139	25	27	3	45	1.68
10100493--10100546	24	2.3	23	78	15	56	35	0	3	61	1.14
10102145--10102185	18	2.3	18	86	0	55	19	29	7	43	1.78
10105966--10106252	124	2.3	125	92	0	486	30	19	18	31	1.96
10106420--10106470	9	6.3	9	80	15	51	54	33	0	11	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10106434--10106476	22	2.0	22	90	4	70	48	39	0	11	1.40
10106641--10106706	29	2.3	29	73	2	71	42	12	18	27	1.85
10109186--10109290	50	2.1	50	98	0	201	27	8	9	54	1.62
10109664--10109979	160	2.0	160	99	0	623	43	14	12	28	1.83
10110187--10110234	13	3.8	13	76	15	55	64	0	6	29	1.18
10117175--10117245	3	23.0	3	77	11	54	32	5	4	57	1.41
10117615--10117652	20	1.9	20	88	0	58	31	13	7	47	1.71
10117664--10117718	18	3.2	18	87	5	78	43	10	3	41	1.57
10117664--10117718	16	3.3	16	82	5	56	43	10	3	41	1.57
10122469--10122545	35	2.3	32	84	10	93	74	9	7	9	1.24
10122814--10122847	7	5.0	7	85	7	52	70	0	14	14	1.17
10124065--10124528	87	5.3	87	89	0	685	29	22	23	24	1.99
10124299--10124435	42	3.2	43	65	17	111	27	26	23	22	1.99
10131752--10131787	17	2.1	17	94	0	63	61	0	0	38	0.96
10131854--10131900	18	2.6	18	86	0	58	61	2	2	34	1.20
10131858--10131942	44	1.9	44	83	4	109	60	2	3	34	1.27
10131871--10131933	18	3.6	18	73	16	60	60	1	4	33	1.27
10133073--10133116	14	2.9	15	83	6	54	27	2	0	70	0.99
10134673--10134699	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
10141851--10142001	22	6.9	22	90	0	221	27	26	14	31	1.95
10145589--10145628	21	1.9	21	90	10	64	27	12	5	55	1.58
10145853--10145916	3	21.3	3	100	0	128	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10145974--10146013	16	2.4	16	87	4	53	40	5	0	55	1.22
10146075--10146131	20	3.0	20	84	7	73	38	1	1	57	1.19
10146075--10146131	19	2.9	19	84	7	71	38	1	1	57	1.19
10153481--10153797	112	2.8	112	82	6	381	34	15	15	34	1.90
10153994--10154504	111	5.0	103	76	14	434	33	15	14	36	1.89
10154351--10154581	115	2.1	109	84	6	293	31	13	13	41	1.84
10155123--10155156	14	2.4	14	95	0	59	23	26	8	41	1.83
10155228--10155258	7	4.4	7	95	0	53	19	32	9	38	1.84
10155123--10155302	57	3.3	57	85	11	275	27	25	14	33	1.94
10156602--10156891	45	6.4	45	91	0	436	40	21	18	19	1.91
10166145--10166202	21	2.8	21	75	0	62	43	17	24	15	1.87
10166145--10166251	42	2.5	42	86	0	124	44	15	21	17	1.86
10172187--10172232	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
10186150--10186174	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
10186342--10186389	23	2.1	23	100	0	96	37	20	4	37	1.72
10186632--10186667	15	2.4	15	100	0	72	36	8	11	44	1.70
10188240--10188266	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
10189675--10189882	91	2.3	91	89	0	317	45	3	4	47	1.39
10189797--10189857	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
10189715--10189901	47	4.1	43	69	18	112	44	2	3	48	1.34
10189909--10190213	59	5.1	57	64	23	153	40	3	5	50	1.43
10189936--10190134	66	3.2	63	67	23	170	39	4	7	49	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10189898--10190213	120	2.6	120	90	4	521	40	3	5	50	1.42
10190143--10190194	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
10190231--10190272	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
10190222--10190263	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
10190413--10190507	45	2.1	44	82	5	111	37	26	4	31	1.75
10190486--10190555	16	4.4	16	85	0	86	27	32	2	37	1.72
10195242--10195272	16	1.9	16	93	0	53	41	16	12	29	1.85
10196017--10196046	9	3.3	9	90	0	51	56	13	0	30	1.37
10196181--10196219	21	1.9	20	94	5	69	51	0	5	43	1.24
10196181--10196219	20	2.0	20	90	10	53	51	0	5	43	1.24
10196437--10196463	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
10201331--10201686	178	2.0	178	97	0	676	43	16	14	25	1.86
10204408--10204475	21	3.3	21	87	4	104	41	17	27	13	1.87
10207061--10207167	44	2.5	42	80	3	115	28	17	25	28	1.98
10212228--10212264	17	2.2	17	90	0	56	45	0	5	48	1.25
10215078--10215243	39	4.3	39	87	0	242	29	5	21	43	1.74
10216626--10216670	22	2.0	22	87	8	65	51	15	0	33	1.44
10216838--10216886	22	2.2	22	96	0	89	30	24	16	28	1.96
10220977--10221005	5	5.8	5	100	0	58	41	0	20	37	1.53
10221828--10221864	19	1.9	19	100	0	74	32	18	10	37	1.86
10228924--10229092	28	6.0	28	76	2	160	38	14	22	24	1.91
10230812--10230935	34	3.6	34	86	0	149	43	14	8	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10246098--10246128	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
10255744--10255794	17	3.0	17	77	8	59	43	1	1	52	1.23
10255713--10255794	34	2.5	33	82	11	98	41	3	2	52	1.32
10259783--10259855	27	2.7	26	77	12	76	56	1	1	41	1.16
10259783--10259864	26	3.1	25	73	23	69	57	1	1	40	1.14
10259844--10259916	31	2.4	32	84	11	91	54	1	4	39	1.28
10260512--10260545	16	2.1	17	94	5	61	14	5	17	61	1.52
10264875--10264922	16	2.9	16	87	3	69	14	6	18	60	1.55
10266928--10266958	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
10267325--10267370	24	2.0	22	83	8	56	36	8	2	52	1.45
10267367--10267422	26	2.1	27	83	9	71	33	8	1	55	1.42
10271786--10271834	22	2.2	22	92	0	80	34	28	0	36	1.58
10271805--10271863	30	2.0	30	96	0	109	32	35	0	32	1.58
10271786--10271885	52	1.9	51	85	2	137	35	31	0	34	1.58
10271835--10271876	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
10272076--10272109	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
10273772--10273816	23	2.0	23	95	0	81	44	20	2	33	1.63
10273800--10273869	34	2.1	34	97	0	131	45	24	0	30	1.53
10273867--10273956	28	3.2	28	85	3	135	42	21	2	34	1.65
10273772--10273953	80	2.3	80	84	13	273	43	21	1	32	1.63
10274446--10274690	124	2.0	124	86	1	339	33	22	13	30	1.92
10275061--10275116	20	2.5	22	83	11	62	58	1	0	39	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10275061--10275104	22	1.9	24	86	9	65	56	2	0	40	1.11
10279609--10279635	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
10279690--10279755	9	7.6	9	81	10	66	48	18	0	33	1.48
10279871--10279895	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
10289186--10289305	43	2.8	43	88	0	168	25	18	25	30	1.98
10289990--10290154	88	1.9	87	94	1	294	36	4	10	47	1.59
10292011--10292048	20	1.9	19	85	15	51	47	0	0	52	1.00
10312208--10312246	21	1.9	19	85	10	51	23	2	7	66	1.30
10316718--10316782	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
10322302--10322348	20	2.3	20	100	0	94	40	4	31	23	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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