genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  95  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27627147--27627204	17	3.6	17	69	19	52	56	1	3	37	1.26
27636763--27636825	26	2.4	26	94	0	108	38	15	12	33	1.86
27643096--27644916	455	3.9	465	88	3	2782	20	33	7	39	1.80
27645339--27645417	20	4.0	20	75	9	72	46	17	6	29	1.73
27645333--27645415	39	2.1	40	82	6	98	45	15	7	31	1.73
27653703--27653787	20	4.2	20	73	10	75	49	15	8	27	1.72
27653698--27653787	40	2.2	40	84	7	112	48	14	8	27	1.73
27654191--27654258	23	3.0	23	82	0	91	30	13	13	42	1.82
27667157--27667220	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
27667164--27667220	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
27672878--27673141	103	2.5	104	90	3	415	29	30	20	19	1.97
27673470--27673533	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
27673477--27673533	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
27676420--27676461	21	2.0	22	85	4	59	26	0	16	57	1.40
27679082--27679151	37	1.9	37	85	5	99	42	10	7	40	1.66
27683149--27683176	14	2.0	14	100	0	56	35	28	0	35	1.58
27685964--27686006	21	2.0	21	95	0	77	25	6	18	48	1.73
27689551--27689714	27	6.1	27	82	0	166	28	21	13	37	1.91
27689551--27689714	81	2.0	81	84	0	211	28	21	13	37	1.91
27690053--27690096	22	2.0	22	86	8	63	34	31	2	31	1.70
27698133--27698157	10	2.5	10	100	0	50	0	24	0	76	0.80
27701099--27701148	6	8.3	6	100	0	100	16	52	0	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27704272--27704565	50	5.9	50	91	0	444	24	22	32	21	1.98
27704898--27704927	12	2.6	12	94	5	53	6	20	0	73	1.05
27713269--27713316	2	24.0	2	95	0	87	2	0	47	50	1.12
27714018--27714074	19	2.9	19	76	10	62	24	7	3	64	1.34
27718063--27718173	57	1.9	57	96	0	204	23	15	27	33	1.95
27727110--27727163	27	2.0	26	82	3	63	18	5	7	68	1.33
27728372--27728436	30	2.2	30	94	0	112	18	18	18	44	1.87
27733333--27733383	20	2.5	21	78	12	61	64	5	0	29	1.17
27735090--27735137	23	2.2	21	85	10	62	68	4	2	25	1.18
27741846--27741932	43	2.0	43	93	0	147	41	5	6	45	1.55
27742764--27742999	44	5.4	44	78	7	176	15	18	18	48	1.82
27744994--27745019	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27746036--27746069	14	2.4	14	100	0	68	55	23	8	11	1.63
27746290--27746356	21	3.2	21	86	0	89	2	47	19	29	1.64
27750982--27751493	9	58.9	9	69	21	265	34	0	20	44	1.55
27750982--27751252	35	7.5	35	67	19	125	35	0	19	43	1.57
27750982--27751447	25	18.6	25	74	20	226	34	0	20	44	1.55
27750956--27751255	148	2.0	149	97	1	566	36	1	18	44	1.57
27750982--27751112	22	5.8	24	70	22	72	35	0	19	43	1.57
27751004--27751447	148	3.1	145	83	13	506	35	0	20	44	1.54
27751210--27751345	19	7.3	19	68	20	74	34	0	20	44	1.52
27752986--27753017	16	1.9	17	93	6	57	75	15	0	9	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27753115--27753156	19	2.2	19	95	0	75	45	11	35	7	1.69
27753124--27753166	19	2.3	19	87	0	59	48	13	27	9	1.73
27754032--27754195	83	2.0	80	90	3	256	30	19	10	39	1.85
27754577--27754665	39	2.3	40	84	3	119	37	39	3	20	1.69
27755152--27755378	115	2.0	115	94	3	408	54	9	20	15	1.68
27757707--27757745	3	13.0	3	94	0	69	0	35	0	64	0.94
27763480--27763512	13	2.8	12	90	9	50	36	9	15	39	1.79
27764577--27764817	42	5.7	43	74	12	221	21	17	26	34	1.95
27764577--27764817	85	2.8	84	87	3	329	21	17	26	34	1.95
27767468--27767678	103	2.0	104	88	5	311	36	11	10	40	1.76
27786320--27786482	30	5.4	29	80	10	134	38	12	26	22	1.90
27786292--27786511	90	2.5	90	83	8	261	38	12	25	23	1.90
27793314--27793531	29	7.4	30	83	6	180	36	15	26	22	1.93
27793400--27793591	30	6.4	30	80	4	183	40	14	24	21	1.90
27793376--27793563	89	2.1	89	86	3	254	38	14	25	21	1.92
27793347--27793652	119	2.6	119	85	5	404	38	14	24	22	1.91
27793427--27793621	89	2.2	90	83	9	256	40	13	23	22	1.90
27793572--27793651	30	2.7	30	78	5	72	43	10	18	27	1.82
27805807--27805859	27	2.0	27	92	0	88	32	13	15	39	1.85
27816504--27816552	19	2.6	19	96	0	89	28	22	28	20	1.98
27817351--27817470	38	3.2	38	92	2	188	35	29	19	16	1.94
27821228--27822374	381	3.0	381	93	1	1861	30	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27830252--27830507	130	2.0	130	99	0	503	30	23	21	24	1.99
27830994--27831027	18	1.9	18	88	5	52	20	55	2	20	1.56
27831260--27831328	19	3.5	19	72	24	63	14	5	1	78	1.01
27831265--27831358	40	2.3	39	82	12	109	14	7	2	75	1.11
27853092--27853161	35	2.0	35	100	0	140	48	17	20	14	1.81
27854841--27854877	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
27856640--27856712	38	1.9	38	91	0	119	17	20	27	34	1.95
27856643--27856729	38	2.3	38	83	0	102	19	21	24	34	1.96
27856736--27856831	38	2.5	38	84	3	131	17	18	28	35	1.94
27856640--27856827	98	1.9	98	87	2	279	17	19	27	35	1.94
27864549--27865218	335	2.0	335	92	0	1115	31	14	23	30	1.94
27867677--27867751	22	3.7	21	76	20	88	18	18	26	36	1.94
27869247--27869292	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
27873493--27873623	22	6.0	22	89	0	190	32	14	25	27	1.95
27873726--27873788	31	2.1	30	85	8	83	50	9	7	31	1.64
27877955--27878195	50	4.8	50	82	2	272	28	23	26	21	1.99
27881363--27881389	13	2.1	13	100	0	54	37	22	14	25	1.93
27883223--27883268	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
27889842--27889867	12	2.2	12	100	0	52	23	26	7	42	1.81
27897123--27897179	30	1.9	29	82	10	71	43	5	21	29	1.74
27908793--27908875	25	3.4	25	67	18	75	22	13	15	48	1.80
27908797--27908951	48	3.2	48	90	0	238	22	14	15	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27908815--27908889	22	3.2	22	68	14	60	25	13	16	45	1.83
27925953--27926155	104	2.0	104	96	0	379	38	19	14	27	1.91
27928088--27928190	53	1.9	53	96	0	188	34	2	20	41	1.67
27930158--27930196	20	2.0	20	85	10	53	58	17	10	12	1.61
27930772--27930801	13	2.3	13	94	0	51	66	0	10	23	1.21
27936103--27936145	20	2.2	20	86	0	59	9	32	23	34	1.87
27944040--27944117	40	2.0	40	89	0	120	26	28	15	29	1.96
27949619--27949712	45	2.1	45	85	0	125	34	22	17	26	1.96
27949714--27949850	50	2.7	50	80	3	141	31	26	17	24	1.97
27957806--27958083	30	9.3	30	80	5	192	38	14	23	23	1.92
27957806--27958139	60	5.6	60	74	6	248	39	14	23	22	1.91
27957923--27957993	29	2.4	30	85	2	99	42	15	26	15	1.87
27957863--27958117	30	8.5	30	78	5	160	40	13	23	22	1.90
27965077--27965101	12	2.1	12	100	0	50	40	24	28	8	1.83
27969633--27969671	19	2.1	19	85	0	51	25	5	15	53	1.62
27971909--27971966	17	3.5	16	78	21	66	60	6	25	6	1.48
27971899--27972000	33	3.1	33	92	1	159	56	7	26	8	1.57
27971899--27971977	17	4.9	15	72	26	63	58	8	25	7	1.55
27971899--27971980	16	5.0	16	72	26	64	58	8	25	7	1.53
27973326--27973380	27	2.0	27	96	0	101	32	7	27	32	1.84
27974437--27974476	16	2.5	16	87	0	53	32	17	32	17	1.93
27975235--27975323	27	3.3	27	87	1	126	32	17	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27975235--27975343	27	4.1	26	84	2	101	30	17	22	29	1.97
27975397--27975491	24	4.0	24	87	0	127	25	7	23	44	1.79
27975448--27975529	24	3.4	24	83	3	94	24	8	20	46	1.78
27975598--27975657	27	2.2	27	85	5	77	21	21	21	35	1.96
27975646--27975696	26	2.0	26	84	0	66	13	19	29	37	1.90
27975698--27975826	32	4.0	32	77	4	143	20	18	21	39	1.92
27982419--27982448	15	2.1	14	93	6	51	33	13	13	40	1.83
27985511--27985555	19	2.4	19	96	0	81	28	28	26	15	1.96
27991244--27991289	22	2.0	23	84	12	60	15	10	10	63	1.53
27995001--27995037	19	1.9	19	100	0	74	43	16	0	40	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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