genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  84  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24000282--24000321	19	2.1	19	90	0	62	37	22	0	40	1.54
24003036--24003109	4	18.2	4	77	13	71	70	0	5	24	1.08
24005912--24005962	21	2.4	21	80	6	59	21	37	9	31	1.86
24009747--24009889	68	2.1	68	84	5	182	29	10	11	48	1.73
24009766--24009894	34	3.8	34	79	6	118	31	11	13	44	1.79
24009800--24009909	34	3.2	33	73	14	98	30	10	14	44	1.78
24009792--24009946	68	2.3	68	77	6	161	32	11	12	42	1.79
24013030--24013077	23	2.1	23	100	0	96	50	4	25	20	1.66
24014523--24014563	14	2.9	14	92	7	66	58	26	0	14	1.37
24019650--24019857	101	2.0	103	95	1	375	39	17	11	30	1.85
24020995--24021025	16	1.9	16	93	0	53	38	35	6	19	1.77
24021915--24021998	42	2.0	42	90	0	132	32	8	13	46	1.72
24032317--24032354	17	2.3	17	86	4	51	39	10	2	47	1.52
24040021--24040077	29	2.0	28	83	12	73	8	36	7	47	1.62
24040714--24040971	128	2.0	128	97	0	489	24	16	14	44	1.85
24043262--24043294	17	1.9	17	93	0	57	9	9	33	48	1.66
24045932--24046002	19	3.6	19	80	12	72	49	2	0	47	1.16
24046230--24046306	13	5.9	13	84	0	100	36	25	6	31	1.82
24058930--24058980	25	2.0	25	100	0	102	15	27	15	41	1.88
24060442--24060859	38	10.7	37	66	18	143	43	1	4	50	1.31
24060424--24060905	120	4.1	120	91	3	769	43	1	4	50	1.30
24060727--24060762	18	2.0	18	100	0	72	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24060727--24060783	10	5.9	10	75	8	55	43	0	1	54	1.10
24060727--24060784	20	3.0	20	87	5	66	43	0	1	55	1.10
24060842--24060876	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24060424--24060905	234	2.0	237	90	2	763	43	1	4	50	1.30
24061063--24061173	45	2.5	45	98	0	213	32	27	6	34	1.82
24073920--24074002	21	4.0	21	81	3	98	42	16	24	16	1.89
24073920--24074002	42	2.0	40	88	4	121	42	16	24	16	1.89
24079740--24079824	35	2.4	35	84	3	118	16	15	27	41	1.88
24083303--24083356	28	1.9	28	92	0	90	38	20	16	24	1.92
24085397--24085626	113	2.0	113	100	0	460	40	12	20	27	1.88
24087065--24087159	35	2.7	35	87	6	147	15	12	28	43	1.84
24094104--24094144	14	2.8	16	89	10	61	17	0	31	51	1.46
24094349--24094857	126	4.1	124	88	4	718	38	15	17	28	1.91
24094349--24094857	250	2.0	251	89	3	776	38	15	17	28	1.91
24098360--24098395	18	2.0	18	88	0	54	41	8	25	25	1.83
24099905--24099969	32	2.0	32	96	0	121	44	18	20	16	1.87
24104795--24104946	61	2.5	61	82	3	164	21	14	26	37	1.92
24107209--24107239	10	3.1	10	95	0	53	19	0	6	74	1.03
24107203--24107239	15	2.6	14	87	8	56	21	0	5	72	1.04
24107635--24107705	36	2.0	36	94	0	124	30	18	25	25	1.98
24110781--24110820	10	4.0	10	86	0	62	37	22	2	37	1.68
24123518--24123571	24	2.2	24	83	0	63	22	27	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24123651--24123757	25	4.3	25	75	4	83	21	25	23	29	1.99
24128383--24128465	35	2.4	35	79	4	87	7	30	10	51	1.63
24128817--24129199	27	14.2	27	79	3	337	40	20	20	17	1.91
24129575--24129760	28	6.7	28	87	1	257	22	18	26	32	1.97
24129575--24129758	83	2.2	83	88	2	262	21	18	26	33	1.97
24129575--24129799	111	2.0	108	78	8	229	22	19	26	32	1.97
24130919--24130961	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
24131654--24131730	22	3.4	22	82	12	93	41	16	24	16	1.89
24131654--24131825	25	7.4	24	80	13	121	40	18	22	19	1.92
24131729--24131824	50	1.9	50	91	0	156	39	18	19	21	1.92
24133993--24134064	36	2.0	36	100	0	144	16	27	11	44	1.82
24141440--24141490	24	2.1	24	85	0	66	21	23	19	35	1.96
24142660--24142685	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
24145992--24146035	21	2.1	21	83	8	54	56	11	20	11	1.64
24162041--24162195	77	2.0	77	93	0	265	24	27	13	34	1.93
24166271--24166317	21	2.3	20	85	3	58	12	36	0	51	1.40
24166674--24166712	16	2.4	16	100	0	78	53	10	7	28	1.62
24167273--24167299	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
24173743--24173776	15	2.2	15	89	5	50	41	2	11	44	1.56
24177999--24178041	22	2.0	21	86	4	59	69	0	6	23	1.12
24178009--24178043	16	2.2	16	90	10	54	74	0	5	20	1.02
24186826--24186897	33	2.1	34	89	2	110	40	6	12	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24190569--24190707	34	4.0	35	90	0	201	41	29	10	18	1.85
24190547--24190704	69	2.3	71	84	6	207	41	29	11	18	1.85
24193990--24194033	19	2.3	19	84	7	54	25	18	6	50	1.71
24195459--24195555	26	3.7	26	85	0	140	35	24	21	18	1.96
24195730--24196211	27	18.0	27	83	5	473	22	18	20	38	1.93
24195729--24196213	54	9.0	54	82	3	525	22	18	20	38	1.93
24195730--24196213	134	3.6	133	83	3	596	22	18	20	38	1.93
24196523--24196554	16	1.9	17	93	6	57	50	6	9	34	1.60
24196913--24196969	28	2.0	28	86	0	78	33	22	19	24	1.97
24197212--24197318	32	3.3	32	80	0	133	38	22	19	19	1.94
24197197--24197318	64	1.9	64	86	0	172	36	20	21	21	1.95
24197322--24197373	26	2.0	26	88	0	77	36	26	23	13	1.92
24197513--24197581	24	2.9	24	82	0	75	46	18	7	27	1.75
24197602--24197670	27	2.6	27	80	0	75	20	20	23	36	1.95
24197622--24197689	27	2.5	27	82	0	82	17	25	20	36	1.94
24197691--24197927	27	8.9	27	73	13	107	23	13	20	42	1.88
24197762--24197931	54	3.2	53	79	5	155	24	15	18	42	1.88
24197801--24197930	27	4.9	26	81	5	111	23	16	19	41	1.90
24204359--24204537	92	1.9	93	96	1	333	32	13	21	32	1.92
24206742--24206778	13	2.8	13	83	0	56	35	0	24	40	1.55
24208057--24208091	12	3.0	12	91	4	54	34	0	8	57	1.29
24211734--24211774	21	2.0	21	90	0	64	36	7	12	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24219806--24220054	27	9.2	27	82	1	275	42	19	20	18	1.90
24220420--24220474	28	2.0	28	96	0	101	21	25	21	30	1.98
24221836--24221874	15	2.6	15	95	0	69	23	12	35	28	1.91
24228691--24228915	27	8.3	27	82	2	265	40	21	20	17	1.91
24229209--24229287	28	2.8	28	78	0	95	20	21	25	32	1.97
24237664--24237907	40	6.1	39	84	5	292	33	19	28	18	1.95
24237667--24237906	120	2.0	120	86	4	342	34	19	28	17	1.95
24243189--24243266	34	2.2	34	80	14	88	30	24	23	21	1.99
24243969--24244027	26	2.3	26	87	0	82	38	10	15	35	1.81
24252198--24252291	31	3.0	31	82	0	125	32	18	22	26	1.97
24258801--24258909	40	2.7	40	87	4	148	42	14	28	14	1.85
24259001--24259098	48	2.0	48	90	0	151	18	27	6	47	1.72
24259009--24259111	48	2.1	48	81	0	125	24	26	5	43	1.76
24262365--24262584	71	3.1	71	76	8	239	35	4	13	47	1.62
24262626--24262841	72	3.0	70	77	5	207	33	5	13	46	1.67
24263112--24263155	20	2.3	18	81	11	52	29	2	2	65	1.16
24264867--24265016	81	1.9	80	83	5	194	29	18	24	28	1.98
24264903--24265029	42	3.1	41	85	7	161	25	16	26	31	1.96
24265855--24265971	62	1.9	62	82	7	148	39	5	12	41	1.68
24266091--24266155	28	2.2	30	86	8	89	55	3	9	32	1.47
24269009--24269046	6	6.3	6	100	0	76	31	52	0	15	1.43
24269363--24269423	31	1.9	32	83	3	79	42	1	8	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24273110--24273143	17	2.0	17	94	0	59	61	14	5	17	1.52
24291381--24291488	54	2.0	54	98	0	207	28	24	21	25	1.99
24293467--24293619	9	17.0	9	69	15	86	37	2	0	59	1.11
24293458--24293623	72	2.3	72	88	6	248	36	2	0	60	1.10
24293552--24293599	24	2.0	25	83	4	62	39	2	0	58	1.10
24293575--24293625	18	2.9	18	77	11	61	43	1	0	54	1.11
24295778--24295808	12	2.7	12	95	5	55	87	0	12	0	0.55
24296565--24296623	31	1.9	31	89	0	91	45	3	3	47	1.36
24297313--24297348	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
24297681--24297709	6	4.8	6	100	0	58	31	17	34	17	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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