genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  57  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16162021--16162115	17	5.5	17	72	5	66	38	5	11	44	1.63
16162275--16162562	124	2.3	127	84	4	377	28	16	23	30	1.96
16166468--16166512	10	4.5	10	80	0	54	48	20	2	28	1.61
16166944--16166984	8	5.1	8	96	0	64	43	24	0	31	1.54
16174496--16174867	196	1.9	196	90	0	600	34	26	13	25	1.93
16175900--16175952	20	2.5	22	81	6	65	22	16	16	43	1.88
16180733--16180765	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
16181523--16181571	18	3.1	15	76	18	55	55	2	0	42	1.11
16181525--16181567	18	2.4	18	88	0	68	48	2	0	48	1.14
16190194--16190287	39	2.4	39	89	0	134	32	2	21	43	1.64
16192501--16192550	22	2.3	22	80	12	59	14	2	16	68	1.31
16195643--16195767	28	4.5	28	88	6	182	35	18	21	24	1.96
16195643--16195806	56	2.9	56	83	8	176	34	18	21	24	1.96
16195641--16195806	84	2.0	84	81	11	198	34	18	21	24	1.96
16209035--16209103	32	2.2	32	97	0	129	39	17	2	40	1.64
16219428--16219452	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
16220019--16220127	52	2.1	53	87	5	168	38	15	13	32	1.87
16221108--16221194	37	2.4	37	86	3	122	39	18	22	19	1.93
16221403--16221454	22	2.3	23	83	3	70	57	13	0	28	1.36
16221425--16221504	37	2.2	37	81	2	90	51	10	1	37	1.44
16222063--16222124	29	2.2	28	82	2	70	24	14	16	45	1.84
16222343--16222681	126	2.7	126	97	0	626	30	15	21	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16226110--16226489	29	13.2	29	84	2	516	24	1	24	50	1.57
16226110--16226489	57	6.6	57	90	1	528	24	1	24	50	1.57
16226110--16226489	86	4.4	86	88	3	539	24	1	24	50	1.57
16226533--16226585	25	2.1	25	89	3	79	41	13	3	41	1.62
16226699--16226751	24	2.2	24	89	0	79	1	24	30	43	1.65
16227006--16227051	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
16227696--16227720	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
16228802--16228866	31	2.2	30	88	5	96	63	1	0	35	1.04
16228911--16228961	22	2.3	22	96	0	93	39	1	31	27	1.68
16230080--16230205	58	2.2	58	88	2	182	53	3	0	43	1.16
16230080--16230233	58	2.7	56	84	8	168	53	3	0	42	1.21
16234142--16234237	47	2.0	47	95	0	174	46	8	4	40	1.53
16236165--16236202	18	2.2	18	90	9	62	71	0	5	23	1.07
16240476--16240542	20	3.3	20	76	12	64	59	13	10	16	1.60
16240485--16240524	21	1.9	21	90	10	64	60	10	15	15	1.60
16248719--16248768	25	2.0	25	100	0	100	24	12	8	56	1.62
16250576--16250614	20	2.0	20	94	0	69	61	0	2	35	1.10
16251562--16251611	24	2.0	25	84	7	66	44	24	0	32	1.54
16253421--16253466	16	2.9	15	87	9	56	56	0	0	43	0.99
16255020--16255046	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
16257822--16258003	87	2.1	87	95	2	330	26	11	14	47	1.78
16259715--16259745	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16260134--16260168	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
16261102--16261140	14	2.6	14	88	8	51	82	2	10	5	0.93
16261098--16261140	5	8.6	5	82	10	52	81	2	11	4	0.93
16262137--16262189	3	17.3	3	81	11	63	39	0	0	60	0.97
16262314--16262375	26	2.4	28	76	15	69	37	4	3	54	1.38
16262507--16262546	4	10.0	4	84	10	55	22	0	2	75	0.93
16268484--16268571	26	3.2	26	76	16	81	35	1	3	60	1.21
16270658--16270709	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
16276060--16276098	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
16276310--16276385	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
16280587--16280625	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
16280730--16280758	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
16280845--16280920	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
16282690--16282732	11	3.8	11	80	17	52	30	0	4	65	1.13
16282693--16282736	23	1.9	23	90	0	70	31	0	6	61	1.22
16284359--16285484	560	2.0	560	97	0	2148	31	20	15	31	1.94
16286686--16286724	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
16286740--16286823	19	4.6	19	66	19	52	29	13	13	44	1.81
16286667--16286823	54	2.9	54	93	0	269	31	12	14	42	1.82
16290672--16290714	18	2.5	17	85	7	52	25	27	0	46	1.53
16292708--16292760	9	6.3	9	72	16	51	45	1	1	50	1.23
16292677--16292759	32	2.4	35	86	11	109	46	2	1	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16298755--16298842	43	2.0	43	97	0	167	45	21	13	19	1.84
16305996--16306036	21	1.9	22	90	5	66	65	14	7	12	1.45
16311904--16311978	38	1.9	39	84	7	100	21	0	22	56	1.43
16316502--16316531	15	2.0	15	93	0	51	33	30	3	33	1.74
16317946--16318049	49	2.1	49	92	0	172	30	6	11	50	1.64
16319434--16319476	21	2.0	21	82	8	52	37	0	6	55	1.27
16319513--16319551	16	2.4	16	86	0	51	48	0	0	51	1.00
16319697--16319789	44	2.1	44	84	6	116	37	23	4	34	1.75
16322440--16322489	18	2.8	18	78	0	55	18	48	22	12	1.80
16323640--16323692	24	2.2	25	89	3	81	47	1	30	20	1.61
16329105--16329178	29	2.5	29	77	4	76	28	14	10	45	1.79
16336563--16336602	20	2.1	19	85	4	53	55	0	2	42	1.13
16337824--16337873	24	2.1	24	84	0	64	54	0	6	40	1.25
16338031--16338064	3	11.3	3	93	0	59	64	2	0	32	1.08
16338219--16338253	8	4.2	8	96	3	61	74	0	0	25	0.82
16338221--16338253	3	11.7	3	87	12	52	72	0	0	27	0.85
16338221--16338253	11	2.9	12	86	13	52	72	0	0	27	0.85
16339666--16339771	44	2.4	44	79	6	117	25	20	26	27	1.99
16339873--16341265	44	31.8	44	66	13	386	25	24	20	29	1.99
16339855--16341248	131	10.6	132	89	1	1977	26	24	20	29	1.99
16341758--16341977	108	2.0	108	81	6	250	51	8	15	24	1.70
16351536--16351593	30	1.9	30	83	13	75	41	6	22	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16351931--16352122	50	3.8	50	87	1	269	26	22	29	20	1.99
16351931--16352122	101	1.9	99	87	2	276	26	22	29	20	1.99
16355314--16355365	10	4.9	11	82	15	65	9	5	0	84	0.77
16355293--16355366	12	6.5	11	75	20	55	8	8	0	83	0.80
16360829--16360862	3	11.3	3	93	0	59	64	2	0	32	1.08
16378164--16378189	5	5.2	5	100	0	52	57	0	42	0	0.98
16387584--16387614	9	3.4	9	100	0	62	41	22	12	22	1.88
16388009--16388245	85	2.8	85	85	1	298	33	18	23	25	1.97
16388007--16388236	42	5.4	42	86	2	248	33	18	23	24	1.97
16394391--16394436	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
16394398--16394857	9	52.4	9	74	12	354	33	2	16	48	1.58
16394532--16394843	27	11.6	27	94	1	484	32	2	14	50	1.57
16398478--16398827	113	3.1	112	82	4	443	27	23	18	30	1.98
16398722--16398867	74	2.0	73	82	6	179	27	22	18	31	1.97
16398608--16398981	188	2.0	187	90	0	586	26	23	18	31	1.97
16398795--16399052	114	2.3	114	84	1	329	22	24	20	32	1.98
16398495--16399098	302	2.0	302	83	6	776	26	23	19	31	1.98
16402185--16402247	20	3.3	19	78	15	67	55	6	0	38	1.25
16406707--16406804	48	2.0	48	98	0	187	47	27	10	14	1.76
16410100--16410257	33	4.7	33	69	12	124	28	23	15	32	1.95
16410103--16410327	101	2.2	101	93	0	387	28	24	14	31	1.95
16412254--16412893	320	2.0	320	95	0	1154	31	19	5	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16412828--16412871	24	1.9	22	86	9	61	27	15	2	54	1.53
16413190--16413295	24	4.4	24	68	14	74	18	25	20	34	1.96
16415223--16415332	50	2.2	51	88	3	168	24	20	7	47	1.76
16427098--16427133	17	2.1	17	89	0	54	30	2	5	61	1.33
16427674--16427709	16	2.2	16	90	0	54	11	61	0	27	1.30
16433315--16433362	24	2.0	24	100	0	96	29	33	4	33	1.77
16436247--16436277	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
16441804--16441872	35	2.0	35	91	0	111	24	17	10	47	1.78
16444954--16444993	21	1.9	21	89	0	62	42	20	10	27	1.83
16445207--16445560	176	2.0	176	97	0	672	37	20	7	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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