genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  93  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26967013--26967181	59	2.8	60	71	10	157	50	4	1	43	1.31
26967189--26967368	91	2.0	90	87	1	261	46	4	2	46	1.37
26967226--26967283	28	2.2	26	84	12	73	51	5	0	43	1.24
26967223--26967366	44	3.2	43	68	16	112	48	3	2	45	1.31
26968361--26968396	17	2.1	17	89	0	54	41	11	0	47	1.39
26969931--26969991	27	2.3	27	85	0	77	22	4	31	40	1.75
26973565--26973613	25	2.0	25	87	0	71	34	16	12	36	1.86
26977152--26977276	32	3.8	31	71	25	96	40	4	4	50	1.45
26983920--26983973	28	2.0	27	85	10	74	27	3	5	62	1.34
26985402--26985446	20	2.3	19	85	11	56	35	11	13	40	1.80
26985412--26985452	20	2.0	20	95	0	73	24	14	14	46	1.82
26986097--26986173	26	3.0	26	76	0	82	36	23	22	18	1.95
26986303--26986362	27	2.2	27	90	0	93	23	16	20	40	1.91
26986316--26986660	81	4.3	82	79	9	318	22	15	17	44	1.86
26986316--26986660	27	12.8	27	79	6	263	22	15	17	44	1.86
26986316--26986664	54	6.5	54	79	10	311	22	15	17	44	1.86
26993133--26993173	20	2.0	20	95	0	73	26	17	12	43	1.84
26993644--26993702	27	2.2	27	84	6	75	23	23	27	25	2.00
26993820--26993891	26	2.8	26	85	4	92	43	20	15	20	1.88
26994039--26994342	27	11.3	27	81	8	302	21	14	18	45	1.85
26994044--26994334	54	5.4	54	82	7	333	21	14	18	45	1.85
26994044--26994342	160	1.9	160	85	4	415	21	14	18	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26998285--26998339	23	2.5	22	85	11	67	18	0	27	54	1.44
26998443--26998576	29	4.6	29	81	0	160	37	4	23	35	1.75
27002039--27002094	20	2.8	20	83	0	76	35	7	14	42	1.73
27004875--27004904	15	2.0	15	93	0	51	40	10	16	33	1.82
27006449--27007088	330	1.9	331	94	0	1120	30	18	12	37	1.88
27010186--27010223	14	2.6	14	91	4	58	68	0	0	31	0.90
27010261--27010333	31	2.3	31	83	6	85	38	0	27	34	1.57
27013715--27013751	17	2.1	18	90	5	58	59	0	2	37	1.12
27014511--27014660	78	1.9	78	100	0	300	30	20	29	19	1.97
27014825--27014926	29	3.4	31	86	6	131	31	3	0	64	1.11
27014834--27014994	40	4.3	39	71	24	123	36	3	0	60	1.13
27014824--27014956	69	1.9	68	90	4	214	33	3	0	63	1.10
27014874--27014994	29	4.3	29	74	16	130	36	2	0	61	1.10
27014932--27014994	11	5.9	11	76	14	69	42	1	0	55	1.09
27014824--27014988	69	2.4	68	80	12	183	34	3	0	62	1.11
27016771--27016821	18	3.0	17	88	5	68	45	0	0	54	0.99
27017002--27017056	16	3.4	16	82	0	65	25	23	5	45	1.74
27018680--27018714	18	1.9	19	88	11	56	37	2	0	60	1.12
27018905--27019014	53	2.1	52	81	6	134	37	4	5	52	1.45
27019390--27019426	17	2.2	16	90	4	56	48	0	2	48	1.15
27019571--27019609	5	7.4	5	88	5	51	76	2	0	20	0.90
27019718--27019776	25	2.3	26	80	19	70	57	1	1	38	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27022289--27022332	18	2.4	18	88	0	61	18	27	9	45	1.79
27022731--27022851	49	2.5	49	95	0	215	44	3	7	44	1.48
27023148--27023422	125	2.2	124	92	0	451	28	20	20	30	1.97
27026357--27026618	92	2.9	91	80	6	318	31	17	17	33	1.94
27026588--27026709	44	2.7	45	81	7	142	27	21	18	32	1.96
27026593--27026753	44	3.7	42	78	7	133	27	21	20	31	1.98
27034810--27034856	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
27038357--27038398	13	3.2	13	80	9	50	59	9	0	30	1.29
27038589--27038623	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
27040569--27040614	21	2.2	21	96	0	83	15	4	26	54	1.59
27042140--27042175	18	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
27044156--27044273	57	2.1	58	85	4	159	29	19	6	44	1.76
27049253--27049285	16	2.1	16	94	5	59	51	3	24	21	1.62
27050355--27050462	56	2.0	54	90	3	171	44	20	9	25	1.81
27050542--27050796	69	3.7	68	86	3	366	43	15	10	30	1.81
27054394--27054450	25	2.3	25	78	6	62	33	12	24	29	1.92
27055881--27056092	105	2.0	105	100	0	424	32	22	15	30	1.94
27060024--27060064	18	2.3	18	86	0	55	34	2	46	17	1.61
27060991--27061033	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
27063774--27063937	53	3.0	54	93	1	276	23	12	14	50	1.76
27064069--27064144	24	3.2	23	75	5	80	40	9	7	42	1.66
27064907--27064946	20	2.0	20	86	13	57	7	10	5	77	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27067695--27067733	2	19.0	2	94	5	69	48	0	2	48	1.15
27068040--27068116	27	2.8	28	75	18	81	51	3	7	36	1.49
27068219--27068276	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
27077496--27077535	19	2.1	19	90	0	62	17	25	7	50	1.72
27082982--27083102	45	2.7	45	80	0	116	23	22	11	42	1.86
27107985--27108321	51	6.7	51	82	5	382	29	26	15	29	1.96
27107985--27108321	102	3.3	102	90	2	477	29	26	15	29	1.96
27107978--27108321	153	2.3	149	83	6	435	29	25	15	29	1.96
27108789--27108847	30	1.9	31	86	10	86	27	20	8	44	1.80
27109679--27109745	24	2.8	24	86	0	89	44	17	16	20	1.86
27113414--27113457	18	2.5	18	85	10	56	22	0	6	70	1.11
27125050--27125583	44	12.6	39	74	11	197	27	15	25	31	1.96
27125046--27125833	126	6.1	128	79	8	692	29	15	24	30	1.95
27125114--27125878	44	17.5	44	72	9	460	30	15	24	30	1.95
27125284--27125781	89	5.7	88	83	8	491	29	14	25	29	1.95
27125088--27125647	215	2.6	214	87	4	779	28	15	25	31	1.95
27128063--27128090	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
27149476--27149501	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27155589--27156381	95	8.4	95	85	2	948	30	19	12	37	1.88
27158155--27158185	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
27158332--27158404	26	2.8	26	85	4	85	45	6	16	31	1.74
27159557--27159588	8	4.2	8	84	15	50	37	0	12	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27159557--27159587	14	2.2	14	100	0	62	35	0	12	51	1.40
27159707--27159847	75	1.9	75	82	5	178	34	4	17	43	1.70
27159929--27160035	41	2.6	41	83	0	124	26	18	22	32	1.97
27160160--27160379	63	3.2	67	81	9	259	30	10	16	41	1.82
27160200--27160305	31	3.4	30	68	18	81	30	10	16	42	1.82
27160494--27160534	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
27166858--27166944	45	1.9	45	92	0	147	33	17	8	41	1.78
27172843--27172920	38	2.1	38	100	0	156	37	35	11	15	1.84
27174508--27174548	8	5.1	8	81	18	50	51	0	0	48	1.00
27174508--27174557	15	3.3	15	82	15	59	50	0	0	50	1.00
27176323--27176358	11	3.4	11	84	7	56	16	5	0	77	0.94
27185445--27185484	21	1.9	21	100	0	80	42	5	15	37	1.68
27188665--27188716	25	2.1	25	92	0	86	28	19	23	28	1.98
27188672--27188726	25	2.2	25	87	6	76	27	25	21	25	2.00
27192170--27192212	17	2.6	17	85	7	54	20	11	0	67	1.22
27192399--27192467	29	2.4	28	79	9	77	59	7	10	23	1.54
27196898--27196995	42	2.3	42	94	0	169	27	27	10	34	1.89
27197867--27197900	17	2.1	17	88	5	52	32	17	0	50	1.47
27203026--27203052	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27206713--27206768	23	2.5	22	80	11	62	30	3	1	64	1.21
27206698--27206753	13	4.6	12	75	18	53	26	7	1	64	1.29
27207445--27207487	19	2.4	18	85	11	61	69	0	2	27	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27207445--27207487	17	2.4	18	82	17	54	69	0	2	27	1.00
27211408--27211438	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
27213947--27214013	14	4.9	14	94	3	93	52	0	0	47	1.00
27213955--27214013	2	29.5	2	96	0	109	50	0	0	49	1.00
27218157--27218183	14	1.9	14	100	0	54	29	14	7	48	1.71
27218335--27218368	15	2.3	15	100	0	68	50	0	32	17	1.47
27222061--27222637	50	11.5	49	68	5	271	24	20	23	32	1.98
27222057--27222666	100	6.1	100	86	2	704	24	20	23	31	1.98
27224053--27224093	7	5.7	7	88	11	57	12	14	0	73	1.11
27224062--27224088	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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