genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683988--2684084	23	4.2	23	91	0	167	18	17	22	41	1.90
2684073--2684108	16	2.2	16	90	0	54	16	25	19	38	1.92
2684098--2684137	20	2.0	20	85	5	53	17	22	27	32	1.96
2684876--2685028	47	3.2	47	78	9	157	26	15	27	30	1.96
2685272--2685379	29	3.7	30	82	3	121	31	22	5	40	1.77
2685885--2685947	23	2.7	24	72	2	65	65	0	34	0	0.93
2685884--2685945	29	2.3	26	76	17	63	64	0	35	0	0.94
2686186--2686229	18	2.4	19	81	11	65	81	0	18	0	0.68
2686197--2686229	16	2.0	17	94	5	59	78	0	21	0	0.75
2686550--2686649	21	5.3	18	70	22	64	33	11	10	46	1.73
2686548--2686586	20	1.9	21	94	5	71	41	10	10	38	1.73
2686602--2686649	18	2.5	20	80	16	64	33	10	8	47	1.68
2686827--2686888	18	3.4	18	82	8	81	33	9	8	48	1.65
2695022--2695051	5	5.8	5	92	7	51	76	0	3	20	0.92
2695140--2695194	3	18.3	3	92	0	92	63	0	0	36	0.95
2696685--2696737	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
2696911--2696953	21	2.0	21	86	8	61	48	0	2	48	1.14
2700055--2700096	16	2.6	17	85	10	54	47	4	4	42	1.45
2701006--2701045	20	1.9	20	85	10	53	32	2	0	65	1.06
2702365--2702427	12	4.6	14	78	13	53	14	0	39	46	1.45
2702387--2702425	6	6.3	6	90	3	60	17	0	43	38	1.50
2702480--2702600	34	3.6	36	75	14	100	40	1	13	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703717--2703762	20	2.1	22	84	11	60	45	19	6	28	1.75
2706763--2706817	21	2.6	21	94	0	101	41	10	9	38	1.72
2711318--2711375	31	2.0	30	90	10	93	29	13	18	37	1.90
2716614--2716708	34	2.8	32	78	10	100	43	1	14	41	1.53
2716613--2716725	33	3.4	32	79	4	109	41	0	13	44	1.49
2717877--2717914	16	2.4	16	90	0	58	55	10	5	28	1.56
2721268--2721301	15	2.5	13	82	17	50	52	0	0	47	1.00
2723178--2723211	17	2.0	17	88	0	50	44	0	14	41	1.45
2723899--2723928	16	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
2730416--2730453	18	2.1	18	85	9	51	26	2	5	65	1.27
2735085--2735146	23	2.5	25	79	10	65	16	1	9	72	1.18
2735090--2735158	23	3.0	23	77	12	61	14	2	7	75	1.13
2736971--2737028	30	1.9	30	85	0	80	58	5	6	29	1.46
2739976--2740017	18	2.3	18	91	0	66	26	0	2	71	0.98
2749073--2749171	51	1.9	52	89	4	155	44	3	12	40	1.57
2765753--2765811	29	2.0	30	84	15	79	27	1	5	66	1.22
2765861--2765894	17	1.9	18	88	5	52	38	8	0	52	1.33
2766113--2766185	3	24.3	3	100	0	146	32	0	0	67	0.91
2768379--2768574	51	3.9	51	81	6	229	22	17	29	30	1.97
2768383--2768567	101	1.8	101	89	5	293	22	17	28	31	1.96
2775746--2775776	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
2777588--2777956	103	3.6	103	91	2	528	30	29	21	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777801--2777953	33	4.5	33	69	23	111	33	28	20	17	1.96
2785830--2785916	45	1.9	45	95	4	158	25	18	9	47	1.78
2786446--2786502	30	1.9	31	89	10	93	49	1	3	45	1.29
2786559--2786624	25	2.6	25	85	0	87	71	3	24	1	1.09
2786571--2786624	4	13.0	4	80	7	63	74	3	22	0	0.98
2786571--2786624	21	2.6	21	82	5	65	74	3	22	0	0.98
2787498--2787608	41	2.8	40	81	9	147	25	18	22	34	1.96
2787499--2787601	37	2.7	38	83	6	127	26	17	24	32	1.97
2797385--2797431	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2798275--2798352	27	2.9	27	82	3	95	19	20	34	25	1.96
2798417--2798453	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
2798677--2799010	27	12.8	27	87	6	494	53	14	0	31	1.43
2798677--2799008	181	1.8	181	96	0	619	53	14	0	31	1.43
2798677--2798958	19	15.3	19	67	23	122	53	14	0	31	1.43
2798989--2799334	61	5.4	61	82	12	431	57	11	0	30	1.37
2799027--2799212	80	2.3	80	83	5	234	58	11	0	30	1.37
2799111--2799151	19	2.2	19	90	0	64	48	17	0	34	1.47
2798984--2799441	141	3.2	141	82	9	529	56	11	0	31	1.37
2798903--2799422	202	2.5	210	83	10	680	56	11	0	31	1.37
2799050--2799220	80	2.2	79	90	3	247	56	13	0	29	1.42
2799231--2799336	34	3.3	34	69	17	118	58	9	0	32	1.30
2799313--2799444	19	6.3	19	74	19	120	53	11	0	34	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2799313--2799444	46	3.0	44	84	10	189	53	11	0	34	1.37
2799327--2799382	27	2.1	27	93	0	94	55	10	0	33	1.35
2799293--2799431	42	3.2	42	84	11	199	54	8	0	36	1.31
2803546--2803583	20	1.9	20	88	0	58	39	13	2	44	1.57
2807344--2807391	23	2.1	23	100	0	96	58	0	4	37	1.18
2810748--2810813	31	2.1	31	86	5	89	39	9	9	42	1.68
2814844--2814894	24	2.1	24	88	0	75	17	31	23	27	1.97
2814854--2814899	24	1.9	24	90	0	74	17	34	23	23	1.96
2817200--2817240	18	2.3	18	87	8	57	36	4	14	43	1.67
2829637--2829677	20	2.0	20	86	9	57	14	7	39	39	1.74
2829612--2829675	34	1.9	33	84	9	85	15	7	35	40	1.76
2835141--2835175	18	1.9	18	88	0	52	45	2	5	45	1.41
2839830--2839859	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2840510--2840713	106	1.9	106	100	0	408	47	7	13	31	1.71
2851656--2851686	7	4.4	7	100	0	62	87	0	0	12	0.55
2870294--2870346	17	3.3	17	75	24	60	39	1	9	49	1.46
2870292--2870345	14	3.2	18	73	24	55	38	1	9	50	1.45
2870634--2870658	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2871556--2871596	19	2.2	19	90	0	64	26	0	17	56	1.41
2873225--2873314	28	3.3	27	73	17	80	27	3	2	66	1.19
2873230--2873314	26	3.2	27	74	9	86	27	3	2	67	1.19
2873344--2873396	27	1.9	27	84	3	70	37	5	1	54	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874306--2874347	19	2.3	19	92	8	70	40	0	4	54	1.21
2887568--2887671	54	1.9	54	90	2	163	24	16	10	49	1.77
2888650--2888716	31	2.2	31	88	0	98	26	7	11	53	1.64
2889319--2889344	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2889878--2889920	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
2908675--2908714	21	1.9	21	84	0	53	30	17	5	47	1.69
2917664--2917689	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2927688--2927722	17	2.1	17	88	0	52	42	11	5	40	1.65
2928636--2928732	51	1.9	51	86	0	140	25	4	19	50	1.65
2929345--2929369	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
2930175--2930210	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
2930251--2930326	39	2.0	38	84	2	98	63	1	6	28	1.28
2930363--2930406	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
2930363--2930430	12	5.8	11	89	3	55	64	1	0	33	1.02
2931357--2931472	12	11.3	11	70	22	58	60	0	3	36	1.14
2931389--2931461	30	2.4	28	84	11	83	64	0	2	32	1.08
2931415--2931448	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
2931339--2931482	39	3.5	40	88	6	209	60	0	2	36	1.16
2952164--2952206	2	21.0	2	95	4	77	48	2	0	48	1.14
2953339--2953408	4	17.0	4	85	5	95	70	2	27	0	1.02
2953547--2953782	120	1.9	121	95	3	429	41	0	18	40	1.54
2954191--2954237	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2954441--2954539	40	2.6	38	82	4	119	28	18	24	29	1.98
2957322--2957394	27	2.7	27	79	14	71	56	5	5	32	1.45
2957527--2957628	3	33.7	3	87	5	143	62	0	2	33	1.17
2961573--2961607	3	11.7	3	87	0	52	34	5	0	60	1.21
2961573--2961604	12	2.7	12	100	0	64	34	6	0	59	1.23
2961960--2962030	5	14.4	5	78	11	60	19	4	2	73	1.13
2961945--2962074	10	14.3	9	70	20	60	19	6	3	70	1.24
2961986--2962074	4	20.8	4	76	10	54	20	4	4	70	1.22
2962211--2962404	109	1.8	107	84	3	264	29	15	19	35	1.93
2969784--2969838	26	2.3	23	84	9	65	72	1	1	23	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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