genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25983386--25983609	102	2.2	101	95	2	403	44	20	0	34	1.52
25983572--25983654	37	2.3	36	87	2	112	44	19	0	36	1.51
25985793--25985863	21	3.4	21	80	3	81	32	18	47	1	1.57
25986170--25986329	85	1.9	85	89	2	250	35	21	18	23	1.96
25986163--25986329	42	4.0	42	86	3	228	34	20	18	25	1.96
25986808--25986870	25	2.5	25	92	0	108	49	19	9	22	1.76
25991022--25991151	35	3.7	35	81	4	138	33	3	16	46	1.62
25991032--25991161	69	1.9	67	84	3	170	33	3	16	46	1.62
25991032--25991166	35	3.9	33	78	11	137	32	2	16	48	1.61
26008468--26008580	27	4.2	27	73	18	85	46	15	16	20	1.83
26019128--26019185	6	9.0	7	88	11	81	15	22	0	62	1.33
26019127--26019184	7	9.2	6	89	10	73	15	20	0	63	1.30
26019127--26019185	12	4.6	13	89	10	95	15	22	0	62	1.32
26023359--26023434	27	2.8	27	97	0	143	22	30	28	18	1.97
26029372--26029404	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
26030129--26030226	23	4.3	23	81	2	108	20	16	21	41	1.90
26040919--26041384	128	3.6	128	90	0	727	31	18	24	25	1.98
26041326--26041447	63	1.9	63	98	0	235	27	18	29	25	1.98
26041200--26041574	191	2.0	190	94	1	653	29	18	26	25	1.98
26041389--26041621	127	1.8	128	95	0	423	30	17	26	24	1.97
26041625--26042136	44	11.8	43	70	10	195	29	18	24	26	1.98
26041608--26042149	217	2.5	217	92	0	895	29	19	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26049660--26049731	29	2.5	28	77	8	74	30	22	16	30	1.96
26049782--26049912	61	2.1	61	84	2	165	27	27	13	31	1.94
26050056--26050243	53	3.5	53	81	2	243	25	23	14	36	1.93
26055944--26055971	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
26070198--26070233	12	3.1	12	96	4	65	30	16	8	44	1.77
26071683--26071783	34	2.9	36	72	14	102	37	26	14	20	1.92
26071683--26071838	70	2.2	70	83	2	188	33	25	16	25	1.95
26074203--26074284	25	3.3	24	84	5	94	29	23	26	20	1.99
26074251--26074467	25	8.7	25	72	6	163	34	20	26	18	1.96
26074226--26074445	50	4.4	50	75	7	187	34	20	25	18	1.96
26074240--26074444	75	2.7	74	79	5	209	35	21	25	17	1.95
26074332--26074471	75	1.9	75	83	3	183	37	18	24	20	1.94
26077225--26077529	131	2.3	130	80	8	325	37	11	10	40	1.76
26078761--26078858	45	2.2	45	83	3	117	3	19	19	58	1.53
26078765--26078828	20	3.2	20	81	0	65	4	18	17	59	1.54
26078775--26078860	45	1.9	45	85	4	120	2	19	18	59	1.49
26098656--26098716	30	2.0	30	96	0	113	59	19	4	16	1.55
26109662--26109687	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
26110281--26110317	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
26125285--26125323	20	2.0	20	89	0	60	10	5	43	41	1.61
26135346--26135375	10	3.0	10	95	0	51	13	0	6	80	0.91
26145356--26145409	28	2.0	27	85	3	72	12	38	3	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26147645--26147684	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
26147633--26147699	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
26149210--26149251	17	2.6	17	85	7	52	35	30	19	14	1.91
26162265--26162291	12	2.2	12	100	0	54	33	18	14	33	1.92
26164354--26164600	50	4.8	50	81	7	223	22	28	20	27	1.99
26170262--26170456	50	3.9	49	79	4	180	21	28	21	29	1.98
26175298--26175451	66	2.3	66	79	0	164	29	22	12	35	1.91
26179132--26179195	20	3.4	19	82	12	87	40	1	14	43	1.54
26179283--26179320	20	1.9	20	89	10	60	36	2	0	60	1.11
26185558--26185605	20	2.6	17	78	15	51	33	6	4	56	1.44
26185562--26185602	19	2.1	20	86	4	57	31	4	4	58	1.40
26186713--26186771	18	3.3	18	71	15	50	35	3	0	61	1.13
26186801--26186998	90	2.2	90	83	5	247	34	8	18	38	1.80
26188274--26188390	46	2.6	46	79	4	130	18	15	23	42	1.88
26197116--26197168	22	2.4	22	81	6	63	43	13	1	41	1.54
26198058--26198094	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
26203095--26203139	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
26203177--26203207	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
26203358--26203383	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26203743--26203998	42	6.1	42	88	0	372	30	19	20	29	1.97
26213518--26213562	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
26213600--26213630	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26214152--26214407	42	6.1	42	89	0	381	29	19	21	29	1.97
26219809--26220012	24	8.6	23	72	14	130	56	4	6	31	1.47
26228785--26228901	37	3.3	36	70	23	97	40	2	5	51	1.40
26229297--26229334	14	2.6	14	91	4	58	21	34	7	36	1.82
26246219--26246249	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
26248855--26248904	11	4.2	11	76	18	55	72	0	8	20	1.10
26260752--26260786	17	2.1	17	88	0	52	28	0	0	71	0.86
26260780--26260832	12	4.6	12	73	21	51	43	0	0	56	0.99
26260793--26260832	21	1.9	21	94	0	71	40	0	0	60	0.97
26261339--26261380	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26263727--26263753	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
26267892--26268214	47	6.6	47	88	7	425	22	31	19	26	1.98
26270537--26270577	20	2.0	20	86	9	57	21	0	4	73	1.02
26274473--26274521	16	3.1	15	78	18	55	28	0	2	69	1.00
26294545--26294571	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
26303446--26303521	11	7.0	11	74	11	50	73	3	18	3	1.14
26310361--26310434	11	6.8	10	72	17	51	72	4	18	4	1.16
26311106--26311152	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
26311130--26311181	15	3.2	15	73	19	50	36	0	13	50	1.42
26311313--26311452	40	3.5	40	76	6	151	27	17	25	30	1.97
26317262--26317293	3	10.7	3	93	0	55	28	0	3	68	1.04
26342795--26342833	16	2.4	16	78	0	51	10	0	33	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26342805--26342841	9	4.3	9	90	10	60	10	0	32	56	1.34
26342795--26342841	9	5.8	8	82	9	51	10	0	34	55	1.35
26342881--26343147	125	2.1	124	94	0	471	28	17	22	31	1.97
26346225--26348350	21	100.6	21	86	2	2738	25	0	27	46	1.57
26346225--26348350	148	14.4	147	86	2	2729	25	0	27	46	1.57
26349914--26350352	21	20.9	21	84	2	549	24	0	28	46	1.57
26351646--26352138	21	23.2	21	82	4	571	25	0	27	46	1.56
26351754--26351788	7	5.0	7	92	0	61	14	0	40	45	1.45
26351646--26352138	106	4.6	105	84	6	575	25	0	27	46	1.56
26351650--26352138	127	3.8	126	84	6	605	24	0	27	46	1.56
26352239--26352857	21	29.3	21	81	3	636	24	2	26	46	1.63
26353680--26353749	21	3.4	21	94	3	117	21	0	32	45	1.52
26355179--26355216	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
26356110--26356151	11	3.9	11	84	3	59	61	0	0	38	0.96
26356206--26356247	11	3.7	12	79	20	54	42	0	30	26	1.55
26358151--26358204	26	2.1	26	96	0	99	44	7	0	48	1.31
26358471--26358513	20	2.2	20	86	0	59	48	0	4	46	1.22
26367260--26367293	14	2.5	14	85	4	52	47	0	2	50	1.16
26369195--26369239	6	7.5	6	89	0	72	46	0	35	17	1.49
26369391--26369447	27	2.1	27	93	0	96	36	8	15	38	1.79
26369391--26369461	27	2.7	27	82	10	85	38	8	18	35	1.81
26378649--26378867	45	4.9	45	81	0	231	37	19	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26378831--26378998	46	3.7	46	81	7	184	45	14	21	18	1.84
26386920--26387157	27	8.8	27	81	9	245	43	20	15	21	1.87
26386911--26387157	54	4.6	52	82	7	273	44	20	14	20	1.86
26386911--26387157	81	3.1	81	89	1	363	44	20	14	20	1.86
26387340--26387411	26	2.8	26	84	0	99	18	20	20	40	1.92
26387336--26387419	26	3.2	25	75	5	87	20	17	20	41	1.90
26389375--26389497	41	3.0	40	81	8	138	31	26	19	21	1.97
26389340--26389497	42	3.7	43	76	9	146	30	26	19	23	1.98
26390839--26390894	28	2.0	28	92	0	94	28	23	21	26	1.99
26390841--26390923	33	2.8	28	76	18	78	27	24	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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